1995年，以耿谆为代表的十一位花冈惨案的幸存者及死难者家属向日本东京地方法院起诉。2000年11月双方达成和解，依和解条款，被告鹿岛建设公司一次性拿出5亿日元，设立花冈和平友好基金，用于对986名受难中国劳工的赔偿、慰灵、遗属的自立、护理以及后代的教育。
花冈诉讼的原告代表耿淳老人和日本律师产生了分歧。日本律师认为这是一个巨大的进步，耿淳等原告认为没有道歉和谢罪，5亿日元只是一个慰问金、香火钱，并不是赔偿，并永久地剥夺了花冈受害者再上诉的权利，这是再一次的侮辱。耿淳老人愤而拒领和解慰问金。
日本人和中国人的出发点是不一样的，想达到的目的也是不同的。中国人自己的官司，自己要知道要什么。王选决不会让这样的事在细菌战诉讼中发生。这件事对王选是一个警醒，更坚定了她坚持原告自己意愿的主张。
“给我一个位置。”王选对日本人说。直到1996年，王选还不是调查团的正式成员，调查团也只是日本市###动的一个团体，王选只是一名义务的翻译，开记者招待会的时候，发言的全是日本律师，没有中国的原告。“这是中国人的诉讼，应该有中国人自己的声音和地位。”
“原告团团长、总代表这个身份是抓权抓来的，我开始抓权。”王选毫不避讳地说，“我是一条红线，只有我能把一粒粒散珠串起来，只有我能把中国的原告拧成一股绳，只有我能代表中国的原告。中国的原告不能108个人有108个想法，必须团结一致。”
1998年1月20日，义乌召开第一次原告工作会议。浙江和湖南的代表第一次在义乌相聚。来自义乌、崇山村、江山、宁波、衢州、常德的21个人聚在一间没有空调没有火盆的小会议室里，外面天寒地冻，屋里激情四溢。王选穿着一件大红的羽绒服，以她特有的热情感染着大家。王选说：“这是我们中国人的官司，我们要有我们自己的立场和主张。”崇山村的原告王丽君说：“我们崇山村人就选王选做总代表，她在日本通语言，可以和日本律师经常见面，我们什么事都全权由她做主。”
王选笑着说，大家信任我，那我就做这个总代表吧。
1998年11月第五次开庭一结束，王选就匆匆回到上海，义乌的首届细菌战受难同胞纪念大会在等着她。王选和义乌的王培根商量，各地代表都到了，我们晚上是不是开个原告会？王培根说，我也是这样想，我们有必要成立一个自己的组织，对外也好有个名称。这天晚上，大家决定成立细菌战诉讼原告团，王选当选为团长。王培根为秘书长、陈玉芳为副秘书长。
这是一个不被官方认可的组织。在此后王选曾经申请它能够成为一个被认可的非政府组织（NGO），但是没有得到同意。这却是一个真正的组织，它被180名原告所认可，它代表千千万万的死难者出现在日本的法庭上，它的名声也在国际上渐渐产生影响，并为世界所认可。
与日本律师的合作
土屋公献毕业于东京大学法律部，1960年获取律师资格。1974年担任第二东京辩护律师协会副会长，曾为阻止国会修改《刑法》做出过贡献。1991年土屋公献先后担任日本辩护律师联合会副会长、会长。1996年土屋公献卸任日本律师协会会长，投入细菌战的诉讼中来，土屋公献以其在日本律师界的影响力使辩护团律师队伍迅速扩大，从1997年8月提起诉状的8位律师，到1998年2月第一次开庭时，已有212名律师参加到这一行列中来。
日本律师的调查取证在王选的帮助和翻译下进行很得顺利。有了王选，日本律师就一步都离不开她了。王选忙得连洗衣服的时间都没有。
这是中国人的诉讼（2）
一濑敬一郞被推为细菌战诉讼辩护团事务局局长。有200多名律师报名义务服务。为了便于行动，推选一濑等担任为原告辩护的任务，组成原告律师辩护团，公推日本律师公会理事会会长土屋公献先生任原告律师辩护团团长。作为事务局长的一濑，负责辩护团诉讼日常事务，他在东京的律师事务所，成为诉讼的大本营，所有原告文书都是在他的律师事务所里制作的。
辩护团确定首次起诉时间为1997年5月30日。一开始，辩护团认为原告在30名左右比较合适，因为10名以下不足以说明问题，而50名又会因为申请免除诉讼费用、准备材料而工作量太大，辩护团无法承担。
辩护团确定的可以作为原告的条件是：由于细菌战而失去父母的人；由于细菌战而失去兄弟姐妹的人；由于细菌战而失去祖父、祖母、外祖父、外祖母的人；由于细菌战身染疫病而幸存的人，这四个条件中具备任何一个都可以成为原告。
没有想到的是，愿意作为原告控告日本政府的人达到了108人，他们是191位死于细菌战的人的亲属和3名身染疫病而幸存下来的人。
108人的工作是极其艰巨的。很多律师都是义务在做这项工作，他们常常是利用休假拿自己的钱来做，有时候时间很有限，但工作还要赶出来。仅义乌崇山村，日本律师就来了8次，律师调查团来了4次，会谈了54个家庭。他们一天的工作是12小时，翻译全部由王选顶下来。日本人做事极度认真，晚上的时间整理录音并把它们打印出来。
1998年2月16日细菌战诉讼第一次开庭。王选、王丽君、胡贤忠作为原告出庭。
当听到细菌战诉讼第一次开庭的消息，在日的北京大学历史系教授徐勇特地赶来，成为唯一旁观了开庭的中国人。
开庭之前有许许多多的事要做，王选带领的原告团和一濑带领的辩护团分别在忙着自己的事。在一濑的律师事务所，徐勇看到一濑和夫人以及参加辩护的律师们一直忙碌着。到了深夜，律师们离去，一濑和夫人还在忙。晚上三四点的时候，徐勇实在钉不住了，在一濑的办公室的椅子上睡着了，当他睁开眼睛的时候，看到一濑房间的灯还亮着。一夜未睡的一濑，第二天一早就携夫人前往法庭参加开庭。
此时的王选也是一夜未眠。这时她带着两名原告赶到法庭。大家在法庭外汇合之后，先进行“揭露”，由原告们向日本民众演讲、游行。游行的队伍前面走着土屋公献、一濑敬一郞和王选，大家拉着一条横幅，这是一濑敬一郞前一夜准备好的。
王选要在法庭上代表108名原告进行一个陈述。
在等待开庭的时间里，律师、原告、教授四五十个人在喝着咖啡，王选因为一夜未睡，也因为紧张，手脚变得僵硬起来，在场的徐勇很为王选担心：在这样重大的时刻，不能出现差池。
“我知道这是一个重大的历史时刻，就因为它太重大了，压迫得我喘不过气来。”王选的情绪慢慢放松下来，渐渐地她进入了一种亢奋状态，情绪起来了，她特有的执着的劲头又回来了。
王选为了她的法庭发言，整整一个星期没有好好吃饭，千字的发言，她思考了整整一个月。闭上眼睛，王选就想到了一个一个身体蜷缩着死于鼠疫的人，看到一双双期待的眼睛。
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漫长征途的起点（1）
王选感到一种逼迫
又一个老人去世了，他没有等到诉讼开庭的那一天。王选来到崇山村，王旌昌的儿子拉着王选的手来到老人的遗像前：“我父亲临终前给你写了很多很多的材料，一定要我交给你。”王选拿着厚厚的控诉材料，一下子就哭了。
“我父亲临终前最后一句话是：一定要让王选替我出这口气。”
看着一个又一个历史见证人去世，王选感到一种逼迫。
崇山村因细菌战死过人的208户，30个原告，从诉讼到现在的十年间，已经有10个人逝世了，剩下的20个，身体也不是太好，有几个已经八十多岁了，话都讲不清楚了，再让这些人到日本去出庭，是一件很残酷的事。
日子在一天天地过去，人也一天天地老去，能够见证这段历史的人在王选身边一个个地滑向死亡的深渊，巨大的悲凉和巨大的压迫如影随形般地追着王选，让她喘不过气来。
王选在王旌昌的遗像前点燃一炷香，闭上眼睛默默祭祷，眼泪从脸上无声地滑落。她想起了三年来所有的辛苦和艰难。想起了中国人和日本人为了开庭这一天的到来，从1995年到现在三年的努力。
她想到了王培根。没有王培根和那些老人们的努力，就不会有向法庭递交的调查报告。从义乌区委书记的位置上退下来后，就投入细菌战的调查和诉讼，现在已经是快七十岁的人了。
还有七十八岁的王荣良，崇山村细菌战调查的主要参与者之一，他在交出调查报告的时候倒下了，住在医院里，喉部被切开，呼吸困难，心里还惦记着细菌战诉讼。
善总是悄悄潜伏着
那些日本人做这件事，不会有一分钱的收入，到中国调查的全部费用都是自己掏。不仅如此，他们还要遭到日本右翼的打击和排挤。
人类的至善与至恶如同冰与火一般地交织在一起。王选想起了那个看管六个“试验材料”的松本博，在说出邪恶的事实时，这位老人也亮出了内心柔软的部分——善良。
他给这些做“试验材料”的中国人烟抽，想办法不让烟冒出去被人发现，他和中国人说话，中国人叫他“小男孩”。
他一回到家就告诉了母亲他在中国做了什么，她的母亲说，你是个罪犯。他结婚之前，他告诉未婚妻自己是一个罪犯，让她做出选择。在这么强大的恶面前，善总是悄悄潜伏着，再暴虐的恶也无法把它泯灭。
王选说：“有一次，一个七十多岁的日本老兵，面对众人，面对越洋传输到美国的电视镜头，坦白自己在中国强奸过一个少女，然后把她带到军营里作慰安妇。我感到有一种力量击中了我的心，从始到终我的眼泪就没有断过。这样一个风烛残年的老人，能这样面对自己的罪恶，得有多大的勇气！”
极大的恶与至纯的善的淬激使王选明白：“我们揭露是为了记忆，而记忆并不是为了恨。我知道当我站在法庭上发言时，王选这个名字已经没有意义，我也不仅仅是一个原告，我代表的是屈死的灵魂，是人类的正义向邪恶发出声音。”
漫长征途的起点
王选回忆说：“1998年2月16日东京地方法院第一次开庭原告代表的《陈述意见》也许是过去的东西了，但它是一封百姓的宣言，记录了我们纯真的热情和理想；它是我们漫长征途的起点，我们勇敢迈出的第一步。”王选的语调很轻，但很感人，说到动情处，她哭了
1998年2月16日，东京地方法院103号法庭。
王选一身青衣坐在原告席上。
原告总代表王选陈述起诉理由。原告王丽君、胡忠贤作受害证言。
原告辩护律师席上，坐着10名日本律师，领头的是土屋公献。
被告席上应诉的是日本政府代理人、日本政府内阁法务省大臣松蒲功派的代表川口泰司、渡部义雄、前泽功、川上忠良、近藤秀夫等五人。
辩护团团长土屋公献首先陈辞：“爽快地承认以往犯下的反人道罪行，明确承担责任，向受害者谢罪，绝不违反日本的‘国家利益’。这是与亚洲邻国和世界建立信赖关系不可或缺的条件，是用金钱换取不到的巨大的‘国家利益’。所以，作为被告的日本政府不应回避对是否使用过细菌武器这一问题做出回答。……我强烈地期待本法庭能够诚实地遵守业已确立的国际法各项原则，认真积极处理数十年前发生的本诉讼案件，恢复受害者作为人的尊严。”
接着，椎野秀之律师陈述《731部队的罪状》，萱野一树律师陈述《被告的细菌战所造成的中国六地区受害》，多田敏明律师陈述《细菌战犯罪逃避了战争责任》，西村正治律师陈述《发现井本日记的重大意义》，鬼束忠则律师陈述《本诉讼案所适用的国际法》，一濑敬一郎律师陈述《法院应依据事实彻底审判细菌战犯罪》。
各位律师详细列举了日军对衢州、宁波、常德、江山等地直接实施细菌战导致鼠疫、霍乱流行，以及由于对衢州实施的细菌战引起了义乌、东阳、崇山村、塔下洲的鼠疫流行，造成大量平民死亡，并给原告造成损害的事实。而且用事实证明，侵华日军731部队、1644部队等根据天皇“大陆命（大本营陆军作战命令）”和陆军参谋总长的“大陆指（大本营陆军部作战指令）”，在1940年到1942年间多次在中国实施了细菌战，实际受害地区比本案原告所在地广泛得多。
漫长征途