应龙攻破二江，甚是得意，此时便有麾下一狗头军师孙时泰奏请他挥师北上，直取重庆，而后再捣成都，劫蜀王为质，与朝廷抗衡。（其实这计策，说的一点也不狗头）然而应龙却摇头反对，延误时机，声言争夺地界，应往河北而行，足见其野心勃大。京师，万历皇帝闻合江、綦江被贼攻破，于是大怒，继而追夺前四川巡抚谭希思，贵州巡抚江东一切官职，关入大狱。随后命李化龙至成都，先好言相劝，极力安抚一番。
到了万历二十七年年底，明兵在朝鲜战场得胜而归，万历皇帝长舒一口气，这便下了横心，决定平叛此次叛乱，他先赐李化龙尚方宝剑以督战，随后调各路兵马二十万（主要是援朝部队），这其间李化龙向万历皇帝要了一个人，此人便是威震海内，援朝而归的刘綎，传说此人力大无比，使一柄一百二十斤重的镔铁大刀，在马上挥发自如，轮转如飞，江湖人称“刘大刀”。
刘綎得胜朝鲜，闻又要征讨播州，于是他老兄耍了一回奸，在朝鲜逗留数日，迟迟不归，还设难要挟朝廷，最终致使言官交章弹劾，遂议论将他调往南京任职，刘綎闻知，欲即辞官，可就在此时，李化龙上疏万历皇帝力荐刘綎，声言若要平叛播州之乱非刘綎不可，万历皇帝信之，遂留而不发，起复四川总兵，与李化龙会和成都，前往讨贼。
播州，杨应龙乘势领兵焚烧东坡、烂桥、梗湖、贵路、接着又烧龙泉等地。当地都司杨惟中见贼兵势众，遂领家眷逃走。李化龙见状便上疏万历皇帝，弹劾褚帅不用心御贼，见贼便跑，万历皇帝怒骂，遂逮捕沈尚文，将童元镇、刘延革职查办，贬为事官。
万历二十八年（1600）二月，各路军马大集，李化龙先以督师名义，调水兵三万扼守贵州，断贼兵后路，继而移师重庆，招大小文武官员，起誓大征。
官军分八道进兵，川师四路：总兵官刘綎出綦江，马孔英出南川，吴广出合江，副将曹希彬出永宁，黔师三路：总兵官董元镇出乌江，参将朱鹤龄统宣慰使安疆臣出沙溪，总兵李应祥出兴隆，楚师（湖广一带）一路分两翼：总兵官陈璘出偏桥，副总兵陈良玭出龙泉，每路兵马三万，官军出三成，其余七成皆有各地土司出之。贵州巡抚郭子章驻贵阳，以便指挥断贼后路，湖广巡抚支可大移往沅州，指挥战斗。李化龙自率其余兵马于中军策应。这时，万历皇帝又以楚地辽阔，遂擢升江铎为佥都御史，巡抚偏、沅。
官军八路兵马二十万众，气势荡荡南下，有推官高折枝先率南川兵进，驻扎桑木镇，后刘綎也自綦江入，应龙率精兵两万，叮嘱其子杨朝栋道：“你破綦江，驰马南川，尽皆焚烧积聚，此举实属无能之为也；如今对抗官军褚路兵马皆大败，言毕气得捶胸顿足，继而又感叹道：“我当初不用时泰计谋，今恐死期已至矣；
另一边，李化龙令安疆臣斩贼兵来使，遂与其绝交。总兵董元镇出乌江与贼兵迎战，结果大败而回，李化龙遂以督军名义逮捕问罪，诸将见势，随后皆奋力搏战，刘綎自綦江出，杨应龙久闻其威名，稍有所惧，这便也派兵守住各路要害。
刘綎率兵前进，直捣贼兵所据楠木、山羊、简台三洞。三洞险绝无比，高不可攀，贼将穆照等人联营万众，竟对刘綎的到来毫无忌惮。刘綎见状将兵分为三路，攻其三面，与贼兵大战于李汉坝，生擒魁首，其余贼兵见状便只得退缩洞内。官军乘势攻克三关，直捣洞前，刘綎左手持金，右手举剑，大呼道：“奋命杀敌者当赏其金，畏缩不前者当诛其命。士卒闻得他这么一吼，随后皆奋勇杀敌，斩贼兵四十余人，此时，刘綎又下令燃起火把，直仍洞中，为此，贼兵死伤众多，官军杀进洞内，生擒贼将穆照及魁首吴尚华。
杨应龙闻三洞尽被攻克，于是大惊，遂遣子朝栋、惟栋及其党羽杨珠统领精锐之兵五万，自松坎、鱼渡、罗古池三道并进，以御刘綎之兵。