几着棋到位后，他又对下一步的战役重新作了调整，指示北攻乐安的徐达：
“若乐安半月可下，则可率师自黄河南下河南，取汴梁。不能，则留精锐长困。康茂才、薛显、傅友德所部将士由冯国胜节制向济宁草桥集结，听候调发。”
徐达接到指令，第一天就攻下乐安，拔掉山东最后一个钉子，便直取汴梁。守将左君弼出降。西出河南府（今洛阳市），元将詹同的五万大军败逃。
冯国胜则率兵西取陕州，占领潼关，并将潼关以东诸郡统统拔下，归入大明版图。
徐达夜破李思齐。
北伐军攻下山东、河南，又扼守住潼关，朱元璋亲定的“撤其屏蔽”、“断其羽翼”、“据其户槛”的作战计划已完全实现，对大都已形成三面包围之势。
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访民情，选都城亲临前线（1）
朱元璋不敢懈怠。他决定亲至汴梁，一来考察地势民情，以便确定大明都城定于何处，二来慰问出征将士，指授下一步的征战方略。
新朝建立，本应马上定都，没想到却发生了问题。
应天是朱元璋的发祥之地，又新建了宫阙，当然是首选之地。他身边的文武重臣大多是淮西子弟，眷恋故土，应天离濠州近，也强烈要求定都应天。
朱元璋是打算定都应天的。一次，他召集一批儒士到钟山聚会，他兴之所至，令他们赋诗相庆。他自己则兴致勃勃，先吟成七绝一首：
翠微突兀倚晴穹，
日色喧和紫气浓。
谷内野猿跳上下，
莺啼悠韵乐三冬。
儒生邓伯言也献诗一首，中有两句：
鳌足立四极，
钟山一蟠龙。
朱元璋读了此诗，觉得气势宏伟，拍案高诵起来。那邓伯言以为朱元璋是拍桌震怒，吓得一跳，晕倒在地上，经太医抢救才醒了过来。
由此可知，朱元璋对应天凝聚的龙气是难以忘怀的。
不过，有些儒臣却不赞成在应天建都。从大军北伐时起，许多人就向朱元璋进言，都说古来当皇帝的，非在中原建都不足以控制天下。
朱元璋觉得此言也有道理。应天虽虎踞龙盘，地势异常险要，又是全国的经济中心，但其位置偏于江左，离对元作战的中原太远，不便于他部署和指挥军队。同时，历代在此建都的东吴、东晋，以及南朝的宋、齐、梁、陈六朝都是短命王朝，大约是龙脉尽已走泄，不宜在此建都。故他颇为犹豫，想借到汴梁去部署军事行动，顺便考察一下那儿的地理形势，看看有无龙气凝聚之地。
车驾从应天出行，一过长江，沿途的景色就越走越萧瑟。已是四月天气，田野里却没有看见几个下地的人。田地一片荒芜，杂草丛生，甚至长满荆棘。
他在一个村庄里停车进行走访，只见房屋破败，有的已经倒塌，长满了野草。还看见一只狐狸在四处跳窜，见了人也不躲避。走遍全村，竟找不到一个人。最后在一个茅草棚里寻出一个断臂老人，一问，才知经过兵乱，这里的老百姓不是死了，便是逃了，全村五百多口人，现在只剩下他一个残废。他的一家人都饿死了。
朱元璋感到一种莫名的恐惧。百姓都死光了，他这个皇帝还怎么当呢？他感到，非马上招抚流亡，安定民生，垦田拓荒，努力农桑不可。
越往北走越荒凉，心绪就越沉重，眉头越紧锁不开。待得到了汴梁，他的脸色憔悴，好似老了几岁。
在路途中，他即令中书省的官员急速调粮来赈济孤贫老弱。
随行的中书省官员面有难色，说：
“陛下，眼下南征北讨，四处急需粮食，朝廷连军粮供应都有困难。”
朱元璋脸色一沉，厉声说道：
“尔等为何这般不晓事？得民心者得天下，抚恤老幼，天下为人子弟父母者都会感激诚服。立国者以人为本，如见死不救，他们还要我这个皇上做什么？现在缺的不是粮食，是一颗救贫恤弱的良心。这是当务之急，你等不用多言，快照此办理！没有钱，就卖了我的裤子。”
一到汴梁，他顾不上休息，立即召见常遇春，并亲至军队进行慰劳。他把带来的金银财帛赏赐给各级将士，探望负伤的士兵，抚着他们的伤口嘘痛问苦，称赞他们浴血奋战，不到一年，即平定齐鲁，攻下河、洛之地。
洪武元年（1368年）六月初一，徐达风尘仆仆从前线赶到行在进谒。
朱元璋见到他，即迫不及待地说：
“将军应与各位将领抓紧时机攻取元都。”
徐达连声应答，说：
“谨领圣旨，末将立即部署。”
朱元璋与诸位将领寒暄了一阵，便屏退他们，只留下徐达，用温语问道：
“将军欲取元都，打算用什么方法？”
徐达站起身，恭敬地回答说：
访民情，选都城亲临前线（2）
“末将自平定齐鲁，攻下河、洛之后，王保保在太原取观望态度。现在潼关又被我攻占，张思道、李思齐失势西逃，元之声援已绝，大都已成一座孤城，臣等只须乘势直捣，大都必克。”
朱元璋取出地图，仔细察看了一阵，指示说：
“卿说得对。不过你看，北土平旷，利于骑兵驰驱，我军不可不先做准备。卿宜选骁勇的偏将，率领一支精兵去充当先锋。将军督帅水陆大军，随后跟进。再运山东之粟做粮饷，由临清向北，直捣元都。他外援断绝，内部必惊惧溃散，元都可不战而下了！”
徐达对朱元璋的高瞻远瞩及指挥战役的才能历来佩服，对他刚才的指示略加思考，即认定是真知灼见。不过，他又沉吟了一阵，方才请示道：
“陛下所见甚是高妙，臣定当谨遵。不过臣有一虑，我军北进，恐元兵望风北窜。如此，将贻后患，我北疆必难得安宁，臣意必派兵追击。”
朱元璋对此事已成竹在胸，他指示说：
“祸福成败俱系于天。元兵若逃脱北归，这是天命未厌绝他，只有等他渐渐消亡，不必派兵穷追。但他出塞之后，我应周密固守，防其侵扰。”
朱元璋没想到智者千虑必有一失。由于他禁止追击北撤的元兵，使元朝没有彻底灭亡，一直在北部坚持活动，不时侵扰大明北疆，成为大明的长期祸患，令其子孙头痛不已。
四天后，徐达返回河阴前线，按朱元璋的指示作直捣大都的准备。
朱元璋则对汴梁作了一番考察，觉得此城地处中原，四方朝贡，地点适中，颇合心意，决定在此定都，不过，又觉此地无险可守，是个四面受敌之地，便决定把应天也定为都城，仿古已有之的两京制，下诏令应天为南京，汴梁为北京。
攻克元都城，朱元璋被捧为五百年一出的王者
洪武元年（1368年）七月一日，徐达率大军北上，其间又接到朱元璋亲手绘制的征进阵图，和催他乘时进兵的谕令。
北伐大军一路顺风，彰德、邯郸、临清等郡县不战而下。半个月后，各路兵马都在朱元璋指定的临清会师。徐达召集军事会议，指示机宜。
各路兵马分头北进。常遇春及张兴祖充当先锋，一路斩将夺关。徐达则率马步舟师紧随其后。十二天后，徐达率师攻入大都郊外的通州城。
徐达引兵北上时，元将仍在你砍我杀，内讧不止。扩廓帖木儿与受元顺帝指使来进攻的元将厮杀，却不去解救山东、河洛之危，还引发各处元军相互抢掠攻战，使得元顺帝“四道进兵，犄角剿捕”的迎敌计划全盘落空。故徐达的北伐大军乘势北上，所向披靡。
得知明军占领了近在咫尺的通州城，元顺帝惊恐万状，慌忙召集三宫后妃及太子，商议弃城北逃之事。皇太子知事不可为，也支持出逃。
元顺帝连夜召见文武大臣，把自己及皇太子的打算告诉他们。
知枢密院事哈喇章闻言大哭，劝阻说：
“通州已失，陛下车驾一出，都城必人心离析，无法坚守了。臣请陛下为大元列祖列宗计，死守以待援兵，与明军在城下决一死战，大元庶几有救。”
元顺帝面现哀色，沉吟半晌，才说：
“朕之大将皆远在千里之外，哪来可待之援兵？再不逃，只怕会死无葬身之地了。”
哈喇章闻言痛哭失声，再次劝阻。元顺帝主意已定，便命淮王监国，丞相留守，自己则在当夜三鼓，率后妃、太子、太子妃及一群天魔妖女出建德门、经居庸关逃往上都。
八月二日，徐达率兵进至齐化门下，令将士填壕登城而入，大都攻克。元朝灭亡。
徐达登上齐化门楼指挥大军入城，下令擒斩监国的淮王及元丞相等，并下令封闭元政府的府库、图籍和宝物，关闭宫殿大门，派重兵把守。
待城中元军悉数歼灭，徐达方走下城楼，严令士卒不得侵暴士民，然后派人赴京报捷，又派薛显、傅友德率兵去古北口关隘口巡逻，防止元军反扑，派华云龙去新筑城垣。
一切善后工作及恢复措施，都在徐达指挥下有条不紊地进行。
深谋远虑的朱元璋在大胜面前仍冷静俭朴
朱元璋听内臣奏报徐达进克大都的捷报时，正在批阅各部奏章。他面无表情，只淡淡地说：
“知道了！”
他挥退奏事太监，继续提笔挥写批示，好像一切皆在他预测之中，算不了一回什么事。只有那个在旁侍奉的秉笔太监，才发现他的字越写越大，越写越快，最后竟龙飞凤舞，满纸云烟，不可辨识了。那太监不禁抿嘴一笑，知他故作镇定，其实内心激动万分。
几天后，他又收到徐达遣使送来的平元都捷报，他细细披览一番，见徐达把他称为五百年才一出的王者，却把自己说成一介菲材，将推翻元朝，天下重归一统的辉煌业绩，全归功于他的头上，心中十分高兴又颇为感动，觉得徐达对他忠志无疵，昭明乎日月。
为庆贺推翻元朝，也为表彰徐达的赫赫战功，第二天，他举行了隆重的庆祝仪式。
群臣都跪拜起舞，山呼万岁，然后上表称贺。
朱元璋下诏改大都路为北平府，令徐达置燕山等六卫守御北平。然后令徐达、常遇春留三万人分隶六卫，立率大军攻取山西，消灭元军的劲旅扩廓帖木儿。
几天后，朱元璋又收到徐达派重兵押送来的元朝典籍图书和府库中的大批金银珍宝。
朱元璋十分高兴，特领马皇后前去观看。
马皇后看着那五光十色，耀眼欲花的各式珠宝、玉器和堆积如山的金银，意味深长地说：
“元朝有如此多的珍宝却守不住江山，看来君王须备有另一种珍宝，才能守住天下啊！”
朱元璋听了默然无言，半晌才说：
“朕知皇后之意，皇后是说君王当以得贤为宝。”
马皇后立即跪拜在地，满怀感慨地说：
“诚如陛下所言！妾与陛下起自贫贱，能有今日，实为不易，妾只愿陛下能得贤人相辅佐，共同治理天下，而远声色珍宝，则万民幸甚！”
朱元璋也受了感动，点头说：
“朕当牢记皇后的金玉良言。”
朱元璋在这个问题上确是一诺千金。他一生谨言慎行，很少接近女乐歌舞，不看戏听曲，更无酣歌夜饮的习惯，不是款待群臣，从不设宴席。他日夜都在为国事操劳，稍有闲暇，也是去阅读经史古籍，或与文人学士谈文讲经，诗酒唱和，自得其乐。
他在吃穿用上均不讲究。他深知“上有所好，下必甚焉”， 故对各地名优特产的贡奉常予申斥。
前不久，湖广进竹席，他怕开了进奉之风，下令退回。接着，金华又供上香米，他觉得好吃，但怕因此而扰民，给百姓带来麻烦，只吃了一餐，剩下的便如数退还，并告诫他们不得再供。
不过他对香米滋味念念不忘，便叫金华贡上稻种，叫内臣们在皇家苑林中开出几十亩水田，自己插种。每当春耕秋收，他必去观看指点。吃着亲手种出的香米，他觉得特别香甜，饭量都大了好些。
他不太饮酒，能喝点葡萄酒，招待群臣或与文士们诗酒唱和，也只三盅即止。
他唯一的嗜好是下棋，披阅公文累了，便下局棋换换脑子。宫中有个姓潘的老婢，身高不足四尺，朱元璋戏称她为潘长，很懂棋艺，朱元璋便经常召她对弈。每当棋下到终局，朱元璋便命姬妃们猜一猜谁可获胜。姬妃们也会凑趣，她们先观察朱元璋的脸色，如满面喜色，知朱元璋必定占了上风，便一齐欢叫道：
“潘长不是陛下对手！”
朱元璋听了，也不多言，只叫太监们拿来些金银小玩物赏给她们。
如朱元璋脸色沉静，大家即嚷道：
“陛下不要让这老婢，要杀她个片甲不留，给她个厉害瞧瞧。”
朱元璋必会呵呵一笑，众宫女们便一拥而上，将潘长按倒在地上，将她推得团团转，尽情取乐。