这次查封江西书店和抓人，是省党部调统室主任冯琦（CC系，江西中统特务头目）亲自到赣州来执行的，他先找到蒋专员商量，亮出名单，专员同意了，派特务室的人带了军警去协助逮捕，后来把抓到的人送到马家洲去了（江西省中统特务在泰和的集中营）。
不久，四区特务室在杨明的布置之下，派了行动组长蔡百里、侦察组长汤觉吾，带了一帮小特务，前往南门外营角上“中国工业合作协会东南分会驻赣州办事处”，抓走了人，又破坏了一个中共的地下组织。
1942年，中华正气出版社资料室主任魏晋被捕，特务室要他登报脱党###，魏晋拒绝。后经周百皆竭力营救得以保释。
经过这场变故，许多进步人士和革命群众被投进了监狱。有的人失踪了，蒋经国愈来愈走到群众的对立面。他原来的改革计划也大半随之半途而废。
当时赣南形势不是孤立的，是全国局势变化的缩影。在全国，蒋介石又打起了###的旗帜，由“曲线救国”来代替全面抗战了。
小蒋并不情愿发生这种变化，在这种逆转中他自己都差点不保。这一切，被他后来著文斥作“黑暗的恐怖”，无疑在日机轰炸下母亲罹难的伤口上加了几把盐，令他痛苦万分。由此，他日见脾气暴躁，遇事易怒，使原本就是劳动民众那种棕色的脸，显得黑了许多。他深深感到，“有许多人捏造了许多事实来攻击、来毁谤，并且有计划的派人、派兵到赣州来，（是）要想造成一个蒋经国不得不走的事实”（见蒋经国著《哭王继春之死》）。在江西省参议会上，某些人抛出的一个提案，“要求政府很快的调换专员”（同上文），便是要把他赶走的一个具体步骤。
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蒋经国急转弯粉墨登场（1）
在这种全国逆转的情况下，蒋经国再努力也跳不出国民党的大紧箍咒。在苏联时，人家说他是“带国民党本质的共产党”；回到国内，他又成为“有共产党气质的国民党”，因此，他的改革，他的冲劲，只能到某一限度就停摆了。正如美籍华裔作家江南所说的：“从这个角度，分析他的新政，热闹有余，成事不足。禁禁烟赌抓抓烟土强盗，尽可放手大干，且容易看得见成绩，一旦动摇到国民党的根本，注定非败阵不可。”
蒋经国不断收到乡长和保甲长们的情报，说乡下“匪患”越来越严重，乡团队的人被“土匪”打死的不少，此患不除，将酿成“大祸”。蒋经国最后下了决心，一变就一百八十度大转弯，亲自带领保安团去平定“匪区”——红军长征后仅存的赣南粤北游击区。
此时的蒋经国再也不是戴鸭舌帽，穿夹克工人服，见了人就笑着打招呼的“蒋经国同志”了，而是一身戎装，戴着白手套，骑着高头大马，威风凛凛的保安少将司令了。
蒋经国率领的保安团队来到南康县，追索所谓逃走的壮丁，沿途洗劫，群众愤怒无比，质问蒋经国：“这哪里是国共合作？你们还在‘剿匪’嘛！”
蒋经国竟然回答说：“就是‘剿匪’又怎么样？”
终于，群众忍无可忍了。一天晚上，熟睡中的蒋经国被卫兵叫醒：“蒋专员！蒋专员！共产党暴动了，把团队的枪全缴了！”
这一惊非同小可！原来，红军长征后，有些赤卫队员留下来了，散居在乡村务农，他们见蒋经国在赣州大抓共产党，现在又带兵到乡下来“剿匪”，闹得百姓遭殃，鸡犬不宁，就秘密联络起来。群众有反“围剿”的传统，一呼百应，一夜之间，就把保安团队的人分割包围。保安队被吓懵了，一个个乖乖缴了枪。
这一惊使小蒋的脸变得更沉了。1940年6、7月间，他在赣州召开的三青团会议上，无端指责共产党违背民族利益。在另一次行政扩大会议中，他又和信丰、大余等县县长秘密讨论了所谓防止“非法分子”的活动，“剿匪”油山“###”的问题。接着，又与邻省韶关、南雄等地专员、县长秘密召开“两省联防会”，共同对付共产党游击队。赣南专署还出告示，规定“窝藏奸匪”者杀头、坐牢，告密者赏谷子。
蒋专员目睹信丰县的革命火焰正旺，油山的游击队活动频繁，这是他“大展鸿图”的障碍，因此绞尽脑汁，企图扑灭革命火焰。但他又怕公开撕毁国共合作协定，罪责难逃。故借清查户口、挖掘兵源、严行三禁、安定社会秩序为名，炮制所谓“清乡运动”。
为了处理这类安全问题，蒋经国派王升担任专区警察首长。此后，王升就统管赣南的情报和警务工作。蒋经国又派王升兼任军事科科长，职责包括征兵入伍。按照国民党中央政府配下来的征兵名额，赣南地区落后了，还“欠”中央3000名新兵。
王升处理征兵问题颇有一套，有一回在赣州市逮捕200名拿不出身份证的年轻人，把他们统统送去当兵。不久，赣南就满足了国民党中央征兵员额的要求。
1940年4月的一天，蒋经国和王升身穿便衣，肩背斗笠，足踏草鞋，从乡下私访回信丰县城。走到加定桥头，正遇水东小学操场上在上体育课，便停步从石围墙缝隙向里瞧，见一队学生，前面走的都是些矮小个子，年约十一二岁；后面走的那些却是高大个子，浓眉黑胡，少说也有30岁了。
这些是小学生吗？他感到诧异，就闯了进去找校长问个究竟。碰巧，一问就问到校长曹相任本人。曹校长也不知道面前这个矮个子是什么角色，便轻慢地答道：“我就是校长，你有何事？”
小蒋抽一张名片给他，又问：“你这是什么学校？”
曹看了名片一惊，知道他是蒋专员，吓得再不敢轻慢，怆惶失措地答道：“敝校是水东小学。”
蒋专员惊讶嘲讽地说：“啊！这是小学吗？我还以为是大学呢？你看那操场上排在队伍后面的学生，连大学生的年龄都超过了！上级规定小学生的年龄是多少？”
曹校长知道被抓住辫子了，如喝了两斤大曲似的，耳红脸发烧，支支吾吾地仍狡辩说：“他们的年龄是大了些，但他们积极要求上学，所以把他们收下了。”
蒋专员一针见血地训斥他说：“你这是在包庇壮丁，违犯兵役法，应该坐牢的！”
曹相任吓得魂飞魄散，牙齿打架，哀求说：“请专员原谅，我把超龄生送回去就是。”
蒋专员严肃地说：“要把他们交到乡公所填入壮丁名册，准备应征。”说完便同王升扬长而去。
自此以后，曹校长战战兢兢，心神不定，天天等待着受处分。约过了两个月，果然接到撤职命令。曹校长还庆幸地说：“好得没有叫我去尝铁窗风味。”
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蒋经国急转弯粉墨登场（2）
小蒋的眼睛盯上了信丰县，那里陈毅、项英的游击队闹得凶。1940年6月21 日，江西省第四行政区保安司令部指派参谋龚景率一连武装去信丰县主持“清乡运动”。信丰县府于6月23日召开临时会议，成立“信丰县清乡委员会”，由邓必兴县长兼主任委员，龚景为副主任委员，县警察队长聂锡藩、国民党信丰县党部书记张善初、军事科长蔡松波、保警大队长吴光球、财政科长孔显尧、商会主席米国宝、地方绅士张祝三等为委员。24日又召开扩大的县政会议，县属各单位主管及镇长都参加了会议。会上，龚景演讲了清乡的重要性，交代了清乡的任务：查缉异党分子，挖掘隐藏壮丁，严禁赌、烟、娼。会议决定从二区开始，进而向五区、三区到四区，猛攻六区，特别是油山、长安等处。最后回到一区总结经验教训，布置善后工作，同时，在会上还组织了“清乡工作队”，由每个乡镇抽调一至二名干事为队员，警察队、保安队、财政科都要派员参加，龚景自兼总指挥，统率一切。他带来的武装队，除留一个排担任随身警卫、勤务、通讯外，其余均驻守油山附近，以防备游击队的袭击，保证“清乡运动”顺利进行。
6月28日，清乡工作队排成长蛇阵，浩浩荡荡向二区的荔迳进军。荔迳乡先期召集了各保甲长及乡绅在乡公所等候开会，龚景一到就宣布开会。龚景在会上讲了清乡的必要性，严令与会者慎重其事，要尽一切努力搞好这一工作，并嘱咐各保要安排好工作人员的膳宿。
会后，工作队分两大组出发，由保长作向导，逐保挨户核对户口，侦查“坏人”。龚景则带兵巡回视察，解决疑难问题，并强迫各保长、甲长出具连坐切结：“保证今后境内不出现违法乱纪、隐瞒壮丁、吸毒、赌博和窝藏异党分子等情况，如有出现，愿受政府最严厉之处分”。
队伍到达六区大阿、九渡、禾秋、长安等乡时，如临大敌，简直是草木皆兵，连走路也恐先争后，怕带头碰着游击队会送了命。龚景于是大声嘱咐：“大家在这区要特别注意侦察游击队的活动，抓获‘异党分子’。”他们每到一个山区的屋场，就强迫居民把所有的东西都搬出，放在空坪上，任队员翻箱倒柜搜查。又派人员进屋到处敲敲捅捅，检查有无地窖夹墙隐藏共产党人和武器。搞得百姓鸡犬不宁。工作队还对每个青壮年都追根究底，查问游击队和共产党人的行踪。尽管如此，也未找出###半点蛛丝马迹，只在一次搜山中，抓到了中共粤赣区特委青年部长朱平。朱平叛变后，带领国民党武装二三百人包围潭塘坑粤赣区特委机关，妄图突然袭击中共特委机关。幸而特委得知朱平被捕后，分析了骤变的形势，果断地采取了紧急措施，一方面迅速将机关人员、文件、物资转移，白天只派一二人去佯装办公，晚上即全部撤离。另一方面，通知各地党组织，积极做好准备，以防事变的发生。结果保安大队的袭击扑空了，游击区却没有遭到任何损失。
赣南地区国共合作公开破裂了。中共粤赣区特委就国民党袭击我机关一事，发表《告赣南###》。特委还与信丰、大余、三南的工作人员一起在油山成立“抗日除奸武装工作队”，处决了两个叛徒。
1941年初，蒋经国第二次组成第四行政区清乡工作团，派副司令吴骥当团长，信丰县长和龚景二人为副团长，龚景兼任军事组长，专署中校参谋孙克强为政治组长，特务室派出侦察组长汤觉吾为侦缉组长，还带了一个政工队。清乡武力以人民自卫总队的第四大队为主力，信丰县的自卫队辅之。此外，他们还把当地的土豪劣绅、流氓恶霸组成一个肃奸组，组长朱勉。这些人是地头蛇，破坏力相当大，是清乡团的鹰犬。
通过“肃奸组”的秘密侦察，抓到一个赣粤边区基层组织的女部长，她叛变“自新”以后，分配在赣县砂石乡乡公所当妇女主任。
第二次“清乡”又草草结束。可不久小蒋又接到报告，说信丰、油山地区时有游击队活动。他气得七窍生烟，火冒三丈，怒斥龚景、邓必兴是饭桶、无能，致使前二次清乡毫无成效，遗患无穷。他准备再发动一次清乡运动，但认为必须改变方式，不能打草惊蛇，要实行秘密清乡，不附带什么“三禁”、“挖丁”，专一“清剿异党”，打杀共产党、游击队。因而立即下令所属各县县长、县党部书记长、三青团主任及保安司令部有关人员，集中到南康县政府开秘密会议，研究如何清除异党分子，扑灭游击队。
会上，蒋经国阐述了开会的目的，介绍了游击队的活动情况，指定赣县主任秘书代县长杨明拟出具体行动计划。同时，组织了“清乡工作团”，蒋经国自兼团长，区保安副司令吴骏及金××兼副团长，负责清乡的具体工作，团以下设便衣队，由肖炳任队长，调专署便衣警察和政工队一部分成员及本县几个熟悉情况的人以及游击队叛徒组成便衣队，经常在油山附近的长安、九渡、大阿等乡，神出鬼没地侦察游击队的行径，抓捕、打击、杀害共产党人。
蒋经国急转弯粉墨登场（3）
是年冬月，吴骥和金参谋长驻大阿、长安一带，身带蒋经国的私章，故而可以随便批准抓人、打人、杀人，弄得当地人心惶惶，鸡犬不安。吴、金还命令大阿、长安乡长举办特别训练班，以培养爪牙；将有共产党嫌疑的人集中关押起来，进行逼供。据统计，国民党在这次清乡运动中，“清出”对国民党不满的进步人士和他们所谓的“异党分子”共三百余人，其中一百余人被迫声明“自新”，许多无辜群众惨遭杀害，他们先后四次枪毙革命人士。第一次是专署秘书方冲明杀害二人；第二次在大阿圩枪杀一人；第三次是一个姓徐的参谋在九渡圩枪杀了数人；第四次枪毙了一个姓郭的。红军长征后留下坚持游击战争的朱赞珍的母亲，就是在那时被杀害的。
这年冬天