直到一###七年六月底离开伦敦之前，孙文和南方一直保持着往来。临别之际，孙文赠书二册给南方，并在南方的记事本上写下惜别之辞。
海外逢知音
南方学长属书 香山孙文拜言
学长是学问的先进之意。
在大英博物馆的图书阅览室里，在众目睽睽之下，南方熊楠竟然咬了英国人馆员的鼻子，因而受到禁止入馆两个月的处罚，那是在和孙文道别那年的十一月之事。
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中山樵（1）
孙文从伦敦经由加拿大抵达横滨，时值一###七年八月十六日。横滨是以前的亡命之地，孙文对当地的地理略有所知。
原本孙文是打算在中国发动革命，与日本这块距离遥远的土地相较之下，在属于中国一部分的香港设立革命基地当然更为合适。
但托人打听之后，孙文获知香港当局并无意取消禁止他在五年内入境的决定。
孙文从温哥华搭乘“印度女皇”号出发，驻英的大清国公使馆三等书记官曾广铨也明目张胆地搭上了这条船，又大剌剌地在横滨下了船。
在大英博物馆的图书阅览室里经过一番苦读后，孙文对国际法了然于胸。一抵横滨，他立即在已能说些不甚流利日语的陈少白陪同下，先造访了加贺町警察署长公舍，并出示英国的新闻报道和说明事件始末，然后请求保护。
“当然会提供适当的警备保护。可不能再发生前年下关事件那样有辱国家的案件。那是日本武士道的耻辱。在去年参加俄皇加冕礼归来时，李大人怒气犹未息，尽管船只停靠此地，他却不肯下船。委实遗憾！只因一小撮别有用心的人，竟然让全体日本人都遭到误解。”
加贺町署长为前年的下关事件再三道歉，并保证会提供警备保护。
“以后的事才重要。过去的事已不可挽回。”
陈少白如此说道。
为了调查“反清秘密结社”，日本的外务省派遣宫崎寅藏、可儿长一、平山周这三人赴中国。
宫崎寅藏，以别号滔天而知名。
他在横滨和陈少白结识，对于反体制的领导人孙文之事，也是通过陈而得知。
宫崎滔天等人从大清国出差回来时，陈少白碰巧去了台湾。尽管介绍人不在，但滔天并不是那种会因此就作罢的人。孙文也从陈少白处听到关于滔天的事而对他知之甚详。
对方似乎是个爽快之人，孙文也期盼能与此人见面。然而，初次见面却是滔天不告而来访，符合滔天一向的行事风格。
孙文连忙请滔天入内，因是在熟睡中被访客吵醒，他身上还穿着一袭睡衣见客。
反清革命的领导人，在重阳起义时亦实际率领同志潜入火网下的指挥者。陈少白告诉滔天有关孙文的形象就是如此。
兴中会的组织者孙文的英雄形象就这样烙印在滔天的脑海。然而，开门出来的却是一个身材中等的男子，身穿一袭皱巴巴的睡衣，一面用手搔着睡乱的头发，一面伸出手来用有些结巴的日语说道：
“你好！初次见面请多指教。”
——这就是天下第一豪杰吗？……
滔天日后在书中写着对初次见面的第一印象感到很失望。
两人开始用笔谈交换意见。孙文的双眼闪闪发光，内蕴的热情如激流般急涌而出。
这让滔天对英雄的期待由失望转为欢喜。
——对了，这才是四百余州引颈期盼的英雄啊！……
滔天感动得几乎落泪。此人和南方熊楠似乎具有极相似的气质。
对于南方要将西洋人全部逐出境外的想法，孙文曾说过那决不可设为最终的愿望。在追求大同这一理想的过程中，“反西洋人”或“反清革命”在所难免，但终极目标则必须是将之扬弃的境界。
从西医书院时代起，孙文便苦心研究过黑格尔。在说服他人时，他的思路井然有序。
思路井然有序的外在象征显现在孙文的身上，尤其是在进行笔谈时的身影更加令人折服。
滔天之前去过中国，曾和许多人进行笔谈，这些人当中比孙文字写得漂亮的多得是。有些人下笔立刻就名句不断出现，也有些人具有“举人”资格，更有些是盯着笔直瞧的洪门首领。但这些人不知何故都让他觉得“矫饰做作”。
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中山樵（2）
而身穿睡衣的孙文则丝毫没有矫饰做作之气，想说什么就写下什么——仅此而已。
日后孙文与滔天的长期友谊就从此刻展开。这时陈少白并不在场，而是去了台湾。
在重阳起义失败后，兴中会会员杨心如逃往台湾。他是四大寇之一的杨鹤龄的堂弟。逃往台湾的人非仅他一人。台湾刚割让给日本，对反清起义的残党而言是块较易逃亡之地。
若留在清朝的领土，他们有遭逮捕处决的危险。就算是在香港，孙文也被禁止在五年内居留，对反清分子而言，未必是个安全之地。
从这点来看，反清分子倒是可以昂首阔步行走于刚纳入日本掌中的台湾土地。为了与藏身于台北永乐町某外国人商社内的杨心如取得联络，陈少白才去到台湾。
根据所签订的和谈条约，台湾的居民皆成了日本帝国的臣民。但若此时人不在台湾，即使家在台湾也不算是日本人，日后即使归来也只算是居留此地的大清国人，也就是被视为华侨。
即使是兄弟，若兄长赴厦门办事，弟弟留在台湾的家中，等到日后兄长归来仍是大清国人，而弟弟则拥有日本国籍。
和谈时人不在台湾的杨心如和陈少白当然被视为是华侨。
后来与起义失败而逃至此地的容祺年、吴文秀、赵满潮取得联系，并设立兴中会台湾分会后，陈少白便又返回日本。在滔天拜访孙文之时，少白人正好在台湾，但那只是一段短期旅行。
先在横滨安顿下来后，孙文随即又转至东京居住。宫崎滔天等日本同志代为介绍的财政界重要人士大多居住在东京。
孙文先是住在银座的旅馆。此时大清国政府通过驻日公使馆要求将孙文驱逐出境。
大清国驻日公使自甲午之役（日清战争）后一直由汉军旗人裕庚担任。之前孙文刚从香港亡命出奔时，裕庚也才刚到任，因尚要处理败战问题（赔偿等事宜），故虽也曾提出驱逐出境的要求，但仅是做做样子而已。此次则是比前一次更严厉的要求，而比这种正面要求更可怕的是暗地里的刺客。
受到伦敦事件的教训后，孙文比以前更加小心行事。虽是如此，日本同志中仍有人对宫崎滔天表示不满：
——孙文明明得到教训，却又处处露出空子，这未免太小看清朝当局了吧。清朝或许是在覆亡前夕，但也正因如此，反倒可能使尽全力一搏呢！
孙文必须同时对抗清朝的表面权威和暗地谋略。日本的官员也未必个个都是秉持着善意的中立想法。有些日本人甚至认为，万一到了紧要时刻，可将孙文出卖给清朝，这样对日本更为有利。
“总之他是客人，只能自求多福。”
滔天一概如此说道。
孙文使用日本式的化名。
中山樵。
有一次在日比谷公园散步时，见到一幢豪宅的门牌上写着“中山”二字。孙文见了便用笔谈方式问道：
“中山这姓氏在日本算稀有吗？还是很普遍？”
“是很普遍的姓氏，比我这个宫崎还普遍。此宅的中山是侯爵世家，但也有乞丐或小偷同样姓中山。”
滔天如此写道。
“能在此见到，应该是有缘吧！我就用它来当化名。姓中山，名樵，那是樵夫之意，小时候我曾经想过要当樵夫呢！”
孙文这段话是通过陈少白的翻译。在日本已停留一段长时间的陈少白也使用“服部次郎”这个日本名字。
孙文自己选定的中山樵这名字后来过于有名，几乎成了孙文的别名而被称为“孙中山”。
他在签署机密文件时也使用“中山樵”这名字，但出了名之后就不得不再次改用别的名字。甲辰（一九○四）之后的机密文件大多署名为“高野长雄”。此化名是将同是医师也同为国事奔走的高野长英之姓名变更其中一字而成。
中山樵（3）
孙文的运动目的有两项，即消灭大清国和建立新的共和国。换言之，就是破坏与建设。
孙文很早就在思考建国的理念，而其理论基础则是在大英博物馆附设图书馆里经过研究而奠立的。
孙文将之命名为“三民主义”。
民族主义。
民权主义。
民生主义。
有时也会分别改用“国家主义”、“民主主义”、“社会主义”代替来做阐释。当然这都是后来的命名，在他第二次访日之时，这些理论都还只是处于混沌的状态罢了。
此一时期或许可称为是孙文的“待机时期”吧。
（确实有些累了。真想去到乡下暂时过着悠闲日子。）
孙文如此想着，此时宫崎滔天伸长了自己原本高大的身子，取出近来常备的纸笔写下：
——养吾浩然之气？
最后还画上一个大大的疑问号。
一旁的陈少白说道：
“宫崎先生是想邀请孙先生到自己的故乡熊本县荒尾村去吗？”
刚才想到要去乡下田庄哪！孙文颇觉不可思议，通过陈少白告诉滔天：
“宫崎先生，莫非你会什么奇术？我刚刚心里想着要去乡下，你竟会立即出现并邀我前往九州岛。看来你会读心术呢！我当然乐意和你一道去。”
滔天仰天大笑。
于是孙文与陈少白一道造访位在熊本县荒尾村的滔天老家，时间是那年（一###七）的十一月。
孙文在荒尾村停留了十余日。滔天之妻槌子热情款待，让失意的亡命客孙文等人宽慰了心怀而永铭肺腑。
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众健将（1）
香港当局决定以五年为限禁止孙文入境，此一命令公布之时是重阳起义的翌年三月四日。当时孙文已从日本移居夏威夷。
一九○○年七月，孙文从新加坡搭“佐渡丸”抵香港，此时他的驱逐令仍在有效期间。香港当局获知此船载着孙文，便在船只下锚之际同时发出禁止其上岸的通知。
伦敦国家档案局中，保存有香港总督卜力与本国的索尔兹伯里首相兼外相之间的电报往来记录。如今已逾保密期限，这些档案全部对外公开。
根据这批档案，可知卜力总督原本打算准许孙文上岸。另外，孙文所搭的“佐渡丸”和李鸿章所搭的招商局安平号约在同一时间停泊在香港。香港总督向上级请求指示，是否可对两人在香港会面商谈合作事宜不加干涉？此一电报的日期是在“佐渡丸”驶离新加坡的七月十二日当天。
索尔兹伯里在七月十四日的电报中答以“不可”。因此，孙文便未获准在香港上岸。
而在日本外务省档案中亦有让人感兴趣的一份兵库县知事的报告。该文件的文号是七月二十五日的“兵发秘字第四一○号”。内容是前一天（七月二十四日）搭“佐渡丸”抵神户的孙文和友人谈话的概要。
根据这些文献，可知香港总督在背后怂恿李鸿章，说大清国当今的时局正有利于两广（广东、广西）脱离清朝独立，要李鸿章聘孙文为顾问，乘机取得政权。对此，李鸿章答以今后将观察时局之趋势再慢慢决定。孙文则对来客说，香港总督的胆识着眼于将两广划入英国势力范围，而李鸿章则只在香港停留一晚便又乘船北上，使香港的外国人圈子感到非常失望。
事实上，在索尔兹伯里首相坚持光荣的孤立主义之情况下，也难怪李、孙二人的合作未能获得英国的支持。两年后的日英同盟亦是在格莱斯顿（WilliamEwartGladstone）成为外相之后方才有实现的可能。
李鸿章是在一九○○年七月十七日搭招商局的安平号去香港，隔天的十八日便出发赴上海。
在香港仪仗队的列队欢迎及十七响礼炮之下，李上岸礼貌性地拜会了香港总督卜力。他在香港仅停留了一晚。
孙文等人所搭的“佐渡丸”在七月十六日抵香港，于二十日朝日本驶去。
孙文和李鸿章在香港停留的日期相重叠，但两人并未碰面。孙文当时尚未获解除入境限制。
在“佐渡丸”上，孙文等人召开了会议讨论下次的起义行动。
“情势并不差。起义地点选在惠州，弼臣（郑士良）对惠州了如指掌。那一带的会党也与他相熟。在广州则由史坚如和邓荫南做呼应。民政之事就交给毕永年吧！”
孙文分配了任务给众人。
至于起义的日期，则由宫崎滔天提出立刻发难的意见。
“这种事一想到就得立即进行。”
宫崎坚持立刻发难的论调。
“那么要如何暗中通过那个呢？”
孙文指着海上一艘