者放弃他们虚伪的立场，依照人民的权利与和平行事！……武器，干什么用？反对谁？反对人民支持的革命政府？反对革命？为讹诈
共和国总统？为威胁和平？让我们看匪帮泛滥、天天火并？武器，究竟用它干什么？”
卡斯特罗还打着有力的手势说：“……那我就告诉你们，两天前，某个组织成员进入圣安东尼奥兵营，那是卡米洛·西恩富戈斯和我，作为武装力量总司令的辖区；他们拿走了500件武器，包括机枪……如果他们要挑衅，枪支不缺少，但缺少拥护他们的群众……”
卡斯特罗进入哈瓦那后，被新政府暂时任命为“各武装组织的总统总代表”，办公室设在希尔顿旅馆第二十层楼里。塞利娅·桑切斯为办公室主任，继续充当他的助手，帮助他排忧解难，谋划策略。塞利娅的公寓位于11街，卡斯特罗也住进了这所公寓，仍然由塞利娅照顾他的生活。不过，他大部分时间在这里办公。
除此之外，卡斯特罗在科伦比亚兵营还拥有一间宽大的办公室，他有时来到这里办公。他担任新政府的要职后，积极投入到新的工作中，以维护新政府的稳定局面。不久，他在这里与来自皮诺斯岛监狱的一些军官进行谈话，他们中有大部分人参与了联合军事委员会的政变阴谋，其中有巴尔金上校。这些军官将被撤职，或要求永远离开国家。不过，由于何塞·拉蒙·费尔南德斯领导了监狱的暴动，并因支持七·二六运动受到起用。他决定让费尔南德斯去一所新的军事学校担任领导职务。但是，费尔南德斯却准备退役后到一家糖厂工作。
卡斯特罗见费尔南德斯不接受他的提议，心里感到很烦躁。他在大厅来回走了几步，便用激将的口气说：“就这样，你应当去糖厂，我要去写书，让革命见鬼去吧，不是吗？”在这种情况下，费尔南德斯同意去军校任职。
这时，卡斯特罗由于工作繁忙，他无法照顾儿子菲德利托的生活，只好将他交给姐姐利迪娅照管。另外，刚从墨西哥回来的妹妹埃玛和阿古斯蒂娜也可以照管菲德利托。而菲德利托的母亲米尔塔和巴拉特一家流亡在外，因为他们与巴蒂斯塔有密切关系。
一直单身的卡斯特罗，打算将全部精力投入到致力于国家的改变和建设中。
成为了军政核心（1）
卡斯特罗通过武装斗争推翻了巴蒂斯塔的统治，取得了革命的胜利，但他并没有成为新政府中的核心领导人物。当他要求总统乌鲁蒂亚授权他以政府名义发表声明时，却往往受到总统的劝阻。不过，他在新政府中却是举足轻重的角色，主要职责是为新政府制定纲领和方针路线，尽可能地使新生的政府尽快走上正轨。于是，他宣布执行1940年宪法中从未实施的反对大庄园的法律条文、18个月内进行大选和8至10个月内改组各政党；赋予部长会议以制宪权。
关于外交的政策问题，尤其是与美国的关系，卡斯特罗在电视上发表讲话时，说他想跟美国保持最好的关系，但是他不能对那个国家采取卑躬屈膝的态度。他还声明说：“我并没有把自己出卖给美国，我也不接受他们的命令。”
关于美国军事基地在古巴的存在问题，卡斯特罗强调指出：决定取消它的权力属于古巴，也不希望那里的驻军中有“特务或阴谋分子……”他在会见美国军事顾问代表团时说，如果他们所效力的军队被打垮，接下去怎么办，“说实话，我真不知你们在这里做什么……”1月底，美国军事顾问团撤离古巴，但关塔那摩军事基地仍被美军占领着。
这之后，卡斯特罗将主要精力投入到审叛战犯的工作上来，并专门派切·格瓦拉负责“清洗”旧政府军中的军官，对犯有严重罪行的将处以极刑。与此同时，他还在拉卡瓦尼亚城堡设立了“革命法庭”，并由律师和调查人员组成小组对案件进行审判。
1月22日，在哈瓦那体育馆，以马埃斯特腊山颁布的刑法为依据，对原巴蒂斯塔政府的三名军官进行公诉，其中有个警察局长被指控在任职期间屠杀了108个旧政府的反对者。
卡斯特罗亲自参加了这次审判，并发表了关于革命接班人的讲话。他认为革命的政权是不可能被他的敌人推翻的。他对此说：“……我对我的敌人说过：在我的后面还有更激进的人……我建议‘运动’领导指定劳尔·卡斯特罗为七·二六运动第二领导人。这并非因为他是我的兄弟，所有人都知道我们多么憎恶任人唯亲；这是因为，实事求是地说，我认为他有足够的品德成为我的接班人，如果明天我在这个斗争中死去的话……我征求人民的意见是否同意！（欢呼声，高喊‘同意’）……他们需要时，可以杀死我……此外，也可能再杀死劳尔，但他自有他的继承人，继承人后面还有另外的继承人……”
卡斯特罗在讲话中还要求说：“……借此机会我们要求美国政府交还逃亡的战争罪犯和被他们窃取的、存入美国银行的成百万比索……”
在这次“清洗”旧政府的官员中，有数百人受到审判，其中有150人处以极刑。此次“清洗”，虽然不同于苏联赤色社会主义国家发生的大规模的“肃反”运动，但也有些相似的地方。因此，卡斯特罗亲自领导的这次“清洗”工作，尽管经过了一些法律程序，却引起了世界新闻媒体的关注，甚至遭到了一些媒体的强烈谴责，尤其是美国的谴责。其中有些媒体称此次“清洗”为“浴血暴行”。
然而，卡斯特罗绝不承认这是一场“暴行”，他认为这是为正义所进行的一次审判，是一件受到人民群众拥护的事件。
1月24日，卡斯特罗在革命取得胜利后，第一次出访委内瑞拉的加拉加斯。此次出访主要是参加推翻独裁者马科斯·佩雷斯·希梅内斯一周年纪念活动。在一次以目前民主化进程为主题的###上，他发表了讲演，希望能在充分自由的框架内谋求经济和政治独立。他还向听众宣称说：“我向全世界人民保证，当大多数人反对我们时，我们便退出……”在访问期间，当他发现一些媒体和舆论反对他在古巴所进行的革命。于是，他回国后，便亲自创办了拉丁社，并邀请阿根廷记者豪尔赫·里卡多·马塞蒂担任主编，聘请哥伦比亚记者加夫列尔·加西亚·马尔克斯等资深记者为通讯员，专门发布被忽略的事件，驳斥国际通讯社的报导。
在这期间，卡斯特罗越来越关注古巴共产党（人民社会党），因为共产党是古巴具有健全组织的唯一政党，该党中一些重要领导人都参加过1933年的革命，并在古巴人民群众中具有不可低估的影响力。在巴蒂斯塔执政期间，曾将所有反对派都说成是共产党并进行镇压，这无形中使共产党更加深入人心。就在从西班牙流亡到古巴的一位名叫帕雷斯的人，也发表文章说：共产党是“唯一在航行中的政党”，“菲德尔的菲德尔主义是不足以保证菲德尔主义生存下去的”。这个断言确实具有现实性，因为卡斯特罗也逐渐感到了自己的政治危机。
与此同时，共产党也发表了声明，认为新政府不是人民的政府，是资产阶级的政府。声明指出说：“任何领袖或党派、或个别组织都无法取代人民的任务……在政治结构方面，临时政府不能称做人民革命联合政府。为团结而斗争应该意味着……要求应以民主方式讨论解决分歧……古巴需要一个自由民主政府，也就是一个由工人阶级、农民、城市小资产阶级和民族资产阶级组成的政府，在工人阶级领导下……”
然而，这时的卡斯特罗还处在一种犹豫之中，古巴究竟向何处去？应建立一个什么样的社会制度和发展道路的国家？他为此陷入深深的苦思之中。这时，有些共产党人把他看成是古巴版的克伦斯基，并希望通过他在国内实现赤色的社会主义模式。
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成为了军政核心（2）
从卡斯特罗的角度来说，虽然他的思想处在一种极其复杂的矛盾斗争中，但实际上社会主义倾向已经在他的思想中占主导地位。他对信赖的共产党内的人士透露说：“我们依法搞社会主义，永远以更彻底的措施驳斥反对派。人民会慢慢去观察，理解什么是正义，直到能够确定它的含义……”
在2月间的一天夜里，在哈瓦那东部的塔拉拉海滨切·格瓦拉的家中，义军中的一些领导人物正在这里举行秘密会议。参加会议的有：阿尔弗雷多·格瓦拉、比尔马·埃斯平、劳尔·卡斯特罗、卡米洛·西恩富戈斯、拉米罗·巴尔德斯、利昂内尔·索托和马克思主义理论学家安东尼奥·努涅斯·希梅内斯，卡斯特罗于凌晨赶到会场。会议除了制定土改等计划外，还提出了新的施政方针，为日后以卡斯特罗为首的新政权奠定基础。以卡斯特罗为核心的这个小组，日后被称为“影子内阁”。
2月13日夜，何塞·米罗·卡多纳突然向总统乌鲁蒂亚提出辞去总理职务，并提议说“菲德尔·卡斯特罗应出任政府的真正首脑”。随后，乌鲁蒂亚请卡斯特罗出任政府总理。据卡斯特罗日后对此说：“乌鲁蒂亚代表全体部长请求我上任，我提出唯一的条件：给予我承担对未来政策的责任。条件被接受。”
2月16日，对卡斯特罗来说是个极其重要的日子，是载入古巴史册的日子，更是世界关注的日子。就在这天，他就任古巴总理（后改为部长会议主席）和革命武装力量总司令，掌握古巴军政大权，另外还有被总统允许“享有其他所需要的广泛特权”。
卡斯特罗出任古巴政府总理后，立即投入到对国家的改革和建设工作中，并很快制定了改革纲领。他在起草这个纲领时，参照了原参议员奇瓦斯的主张、《历史将宣告我无罪》及1940年宪法的内容。纲领的主要内容是对土地、税务、关税进行改革，第一个两年内提供40万就业机会的工业计划，普遍增加工人的工资、禁止无正当理由解雇、降低药品、房租、生活必需品和公共费用（电、煤气和电话）的价格，通过国家信贷机构吸引国内外投资，确定对银行的充分保障，鼓励增加存款以取得农产品加工业发展所需资金，建议工人储蓄工资的一部分支持改革。除此之外，纲领提出在古巴实行全民教育，开办1万所学校；修建180条渡槽；增加和改善医疗条件，“5年内耗资3000万，提供13万张病床，农村平均每千人4张，城市居民每千人6张”。与此同时，纲领还计划修建体育娱乐场所，建设马路、公路、港口、广场、公园等等。全部项目的总投资预计10亿比索。
此后，卡斯特罗还决定在1月间关闭的夜总会、赌场重新对旅游者和外国人开放。他对此解释说：“当可能的时候，我们将结束赌场的游戏。现在它是一种社会需要，为的是不把大批劳动者抛向街头……”
卡斯特罗在古巴实施的一系列改革，实际上走的是资本主义的发展道路，因为并没有损害而是维护资本家的利益。他希望通过内外资本家的投资来刺激古巴经济的好转及增长，以改变古巴现状。因此，他不想与资本家发生冲突。
卡斯特罗采取的一系列改革，确实对战后恢复古巴经济起到了重要作用，这一点是可以肯定的。
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出访美国谋发展（1）
华盛顿，一次新闻招待会上，卡斯特罗（左）和美国副总统尼克松握手
卡斯特罗在外交问题上，表现出十分积极和重视的态度，尤其重视与美国的外交关系。由于他一直认为，古巴的经济发展需要邻国美国的支持，因此，积极与美方进行接触。
与此同时，美国驻古巴大使邦塞尔也表示要与古巴保持友好关系，但却没有明确表示支持古巴新政府，这在卡斯特罗同他的一次谈话中可以得到证实。据他对此说：“我在科希马尔庄园接见了他，听他谈论电力、电话、银行、农庄、所有美国公司和这些公司在当地的业绩……但是，他一点也没意识到谈话的对象是谁……”
1959年4月15日，卡斯特罗应美国报纸协会的邀请，在春暖花开的时节首次访美国。他此次出访美国，对于日后古美关系的发展具有决定性意义，也是影响古美未来关系的关键所在。
然而，对于美国的艾森豪威尔政府来说，这是试探卡斯特罗立场的绝好机会，弄清楚这位握有军政大权的古巴重要领导人，是否有社会主义倾向。这是美国政府迫切需要知道的问题。不过，美国中央情报局局长艾伦·杜勒斯等人认为，共产党已经参加了古巴政�