蔡、宋等人商议，都感觉不能勉强袁世凯南下，不然祸变不测，局势可能发展得谁也无法控制。蔡元培于是致电给南京的总统孙文及参议院，将北京兵变之后局势的危殆仔细说了，并说一般舆论认为袁将南行是兵变的主要原因。蔡元培强调速建统一政府为今日最重要之事，其余各事尽可迁就，以定大局为要，因此建议取消迎袁南下，并将首都定为北京。
南京的孙文早从报上得知北京兵变的的惨状，今又见蔡元培的电文，既心痛民国的多艰，又哀叹对于时局的无奈，长叹道：“孙文不愿退让寸步，但时局如此，却奈民国何？”
遂回电允许袁世凯在北京就职，但要求新一届内阁的名单必须征得参议院的同意，并且待新旧内阁在南京办妥移交手续后，自己方始辞职。
袁世凯既可以不南下了，对孙文所提的条件自然全部答应。三月八日，在蔡元培的主持下，袁世凯于石大人胡同迎宾馆举行就职典礼，宣誓就任民国临时大总统。誓词曰：“民国建设百端，世凯深愿竭其能力，发扬共和之精神，涤荡专制之瑕秽，谨守宪法，依国民之愿望，蕲达国家于安全强固之域，俾五大民族同臻乐利，率屡勿谕！俟召集国会，选定第一任大总统，世凯即行解职。谨掬诚悃，誓告同胞。”
蔡元培见袁世凯就职之礼圆满而成，便欲辞归南下。袁世凯仰慕蔡元培的道德文章，坚要邀蔡留在北京，出任内阁的教育总长一职，但蔡元培知民国隐患良多，颇有心灰意赖之感，不愿身入政界，只想研究学问。袁世凯极尽热情的挽留，说：“我代表四万万同胞诚恳邀请先生，请先生千万赏脸，勿要推辞。”
蔡元培说：“元培心已倦，神已疲，只能向四万万同胞的代表敬谢邀请，不敢以不振之心，误了民国的大计。”
袁世凯苦笑摇头，但还是说：“我一定要将先生弄进内阁。”
三月十三日内阁总理唐绍仪从北京南下，到南京将新任内阁名单提请参议院表决。新内阁组成如下：
外交总长：陆征祥 内务总长：赵秉钧
财政总长：熊希龄 陆军总长：段祺瑞
七五 鸿翅雁影里，爪痕鸣声都是渔歌（3）
海军总长：刘冠雄 教育总长：蔡元培
司法总长：王宠惠 农林总长：宋教仁
工商总长：陈其美 交通总长：梁如浩
十总长之中，同盟会方面列名四人，袁世凯系统的列名三人，参议院审议后认为基本公允，表决结果除否决了交通总长梁如浩的提名外，其余九人都顺利通过。
孙文叹息黄兴未能继任陆军总长之职，而陈其美、蔡元培虽被提名通过，却都不愿就职，孙文、黄兴一再劝说，蔡元培答应了暂署其职，陈其美却以巩固上海形势为由，坚决辞了工商总长一职。
四月一日，孙文正式宣布解职，四月二日，参议院议决以北京为首都，于是临时政府及参议院先后迁往北京。
袁世凯欢喜无限，当下签发委任状，委黄兴为陆军参谋总长，黄兴辞而不受，说：“功成身退，革命者理所当然。”
袁世凯于是又聘汪精卫为总统府高等顾问，汪精卫也辞而不受，说：“我早已有誓，不做官，不当议员，唯见共和成功，民国巍立，则于愿已足。”
袁世凯无法，想到民国如今名虽统一，但南北的政务交接，特别是南方民军的管理及善后问题极多，便又委黄兴为南京留守使，总辖南方民军，以待中央定出政策，那时或遣散、或编练，逐步统一军队编制。孙文觉此职非黄兴无人胜任，便劝黄兴就任，黄兴无奈允诺。
此时唐绍仪在北京像模像样的做起内阁总理来了，内抚各僚属总长，外以同盟会各大员的支持自重，欲将民国治理得政通人和、百业俱兴。
袁世凯心中不快，在他看来，内阁应该是自己的幕僚班子，总理当是幕僚长一类人物，事事秉承自己的意见办事，但这个唐绍仪满脑子新观念，老是引《临时约法》为据，强调内阁负责制，在人事安排等大事上，不时与袁世凯顶撞，有时两人竟然争得面红耳赤，因此每次唐绍仪进总统府，袁世凯都要生上好几天气，唉声叹气，抑郁不乐，此后袁世凯的侍从武官们一看见唐绍仪入总统府，就笑了起来，说：“唐总理又来欺负我们袁大总统来了。”
孙文见内阁制运转正常，大为欢喜，放下心来。刚辞去总统职务时，还感觉有些许失落及忧虑，如今顿感无官一身轻，心情愉悦欢欣。这时候南方各省纷纷来电，邀请孙文前往游历视察，演讲共和真谛，其中以湖北黎元洪的邀请最是殷勤。孙文意动，遂欲赴首义之地一行，与从未谋面的黎元洪一晤。
四月七日，孙文乘坐“联鲸号”兵舰由南京出发，溯长江而上武昌。同船的除胡汉民、汪精卫、陈璧君、章士钊、吴若男外，还有子孙科、女孙婉，秘书宋霭龄等二十多人。
四月九日，船近武昌，拉响了汽笛。泊于武昌江面的楚有舰、裕川舰等一齐鸣笛，并顺流而下远接。当“联鲸号”驶向武昌织布局码头时，龟山、蛇山之上礼炮如雷，长鸣二十一响，而码头之上，军乐齐奏，市民的欢呼上遏行云。自平湖到文昌门江岸，军政商学各界及一般市民二万余人翘首引颈，眼望着滚滚江水中孙文的坐舰劈浪而来，禁不住急舞双手，纵声大叫，都欲尽快一睹这手创民国、功成身退的一代伟人的风采。
孙武，蒋翔武代表黎元洪将孙文迎上岸来，岸上马营、步营的数千士兵一齐举手行礼，孙文脱帽答礼。各界代表列队使劲地鼓掌，孙文上前与之握手致意。这时欢迎的市民争欲上前一睹孙公风采，肩磨脚踩、拥挤非常。
孙文向人群挥手，孙武肃容揖让，请孙文登车入城。
孙文及其一行上了马车。督府传骑队五百兵士荷枪前导，马营、步营之兵殿后，所经之处，街道两旁的店铺、民房皆结彩悬旗，还有焚香拜于道左的老翁老媪。欢呼声此起彼伏，顺长街铺展延伸。
黎元洪率督府各司长、顾问、参议及高级军官列队在督府门外迎接。孙文下车与黎元洪双手互握，笑道：“文在海外未归之时，即知道首义英雄黎君之名，今日相见，实快心怀。”
黎元洪喜慰非常、满脸诚恳、紧握孙文的手说道：“孙先生二十年奔走海外，张革命之说、倡民主共和，才有今日的民国。元洪久慕先生高义，相见恨晚。”
一番仪式之后，孙文黎元洪携手共入督府，状甚亲密。至督府仪事堂分宾主坐定，茶点伺候。黎元洪因问道：“孙先生，如今民国初定，以先生高见，当以何事为重？”
孙文说：“革命已经成功，所以此刻乃是破坏终而建设始的时候，当同心协力、奠定邦本、恢复主权、发展民主，对外强国以自保，对内则实行民主制度、发展经济，使共和国的公民皆能富足、自由而且幸福。”
黎元洪对孙文所言茫然不解，但装作欢喜赞叹、大为拜服的样子，说：“先生的兴国方略严谨切实，大有道理。元洪还想请教先生，让人人都富足幸福，确为至公至大的正论，但如何能让人人都自由呢？比如军队中的士官、督府的大小职事，大家若都自由行事，那天下不就乱了吗？”
孙文笑道：“民主与自由，是对人民而言，官吏与军人却必须服从纪律，若借口自由，事无专责，那民国便成了一盘散沙，又如何能为国民办事，让人民幸福呢！”
七五 鸿翅雁影里，爪痕鸣声都是渔歌（4）
在座的一名军官忽然笑问道：“孙先生，军人也是人民的一员，以血泪而创民国，为什么军人就不能享受民主与自由呢？”
孙文微笑说道：“军人人数少，农工商学民众的人数多，所以军人之职，是为民众服务的；军人服役之期短，为普通民众之期长。朝做总统，夕可解职，朝为军人，夕可解田，所以民主与自由，官吏与军人皆可随时享之。但现今既为军人，既作官吏，则要守纪律、听命令，如此普通民众的自由幸福方可保障，而所有在职的官兵，当视自己为人民的公仆，人民的自由幸福富足快乐，难道不是所有官吏军人的幸福吗！”
孙文说完，众人立刻鼓起掌来，对孙文的才学见识称赏不已。黎元洪说：“常听人说孙先生才学过人、口才超卓，今日元洪方得亲见。孙先生，以何法维护人民的自由幸福不受侵犯呢？”
孙文说：“《临时约法》已经生效，只要上至总统，下至各级官吏都遵守约法，民国便没有独裁，人民便有自由与幸福。以后国会组成了，会制定更加完备详明的民国宪法，并以宪法为据，监督内阁的行政，各省也都设省议会监督督府的工作，大家都依法办事，接受监督，谁独裁便反对谁，这样，民主自由与人民的幸福不就有保障了吗！”
黎元洪叹服，说：“听君一席话，胜读十年书，古人诚不我欺。孙先生高识卓见，民国一定欣欣向荣，趋臻自强之境。”
孙文说：“黎副总统既有首义之功，今后维护民国，珍视约法，更须借重你的大力。”
黎元洪昂然说道：“元洪当谨记孙先生今日的训示，与在坐诸同志一起相互勉励，谨防违背革命宗旨的事情发生。”又对在座的湖北诸人说道：“凡我同志都要加强团结，遵守纪律，不谋私利，以免辜负孙先生今日的谆谆教诲。”
孙文微笑点头，宾主尽欢。
当晚孙文下榻于同盟会湖北支部。第二日，武汉各社团代表均来竭见，黎元洪也亲来答拜，并举行盛大欢迎会请孙文演讲共和真谛，会后设宴，招待孙文一行。
孙文在武汉呆了四、五日时间，参观首义英雄聚会的楚望台，凭吊血战退敌的刘家庙车站，此后被邀出席各种###，发表演讲，耳边欢呼之声不绝，日日宴会不断。
行程将满，孙文在胡汉民、汪精卫的陪同下，兴致勃勃登临黄鹤楼以抒怀抱。楼下长江浩荡奔流，极目楚天，看云卷云舒，孙文说：“我流离海外二十年，从不敢自图安逸。去年武昌起义，各省相应，才造成今日的中华民国。登此名楼，看江山胜迹，抚今追昔，怎不使人感慨万千。”
孙、黎之会，一时成为国内新闻的焦点，许多报纸称之为“两个伟人的相会”。袁世凯见机，忙发电邀孙文驾临北京，电文说：“中山先生阁下：大业告成，高飞遐举，鸿冥天幂。世凯羁滞幽燕，不得亲聆先生的高识卓见，伊人秋水，寤寐交索。盼先生早临京师，世凯当恭陪盛宴，亲挹雄谈。临颍神驰，无任延岐。”
袁世凯又怕孙文推故不来，发电的同时，派人亲至武昌促驾。北洋军的将领大为不服，言之于袁世凯，说：“孙文是一造反的逆臣贼子，大总统何以对他如此推重？”
袁世凯说：“你等不知，孙文功成身退，深得各届的推重，我要谋划大事，必得借重他的人望。南方各省，尚拥军几十万之众，内阁中人，也以南方的支持而敢于和我对抗，如果孙、黄他们支持与我，那天下便不难混一了。”
北洋将领们愤愤不平，对孙文大为藐视，不过袁世凯既已这样发话，他们也不便多说，就相互串通，要等孙文到京时，设法给他难堪。
孙文却并不打算进京，他要回广东一行，因此婉言谢绝了袁世凯的邀请。
四月十二日，孙文在湖北官民的恭送下，乘船直下上海。本打算不在上海停留，从海路直接转赴广东，但上海的陈其美等人哪肯放他便走，沪上各界的欢迎会、招待会、演讲会一个接着一个，盛情难却下，孙文只好又在上海盘恒了三日，十九日晚才终于脱身，登船前往广东。
孙文在武汉出席各种宴会招待会之时，寓居日本的康有为却无论如何在日本呆不下去了，对中国命运的强烈关注压倒了对个人安全的考虑，他急于回国一探革命后内地的情状。家人在劝说无效下，便欲招众弟子门人虞从陪伺，以策安全。
康有为说：“若考虑安全，则不如轻车简从，化名而往。”于是只带弟子两名，于长女康同薇一起，乘船从上海悄悄上岸。
此时孙文刚从武汉返抵上海，正受各界邀请演讲民主共和的真谛，沪上街谈巷议间，俱以做共和之民为荣。康有为以帽遮颜行于街巷，闻市民絮语，多夸赞民主自由之乐，不由大怒道：“世人无知，怎晓共和的真意，更遑论民主自由，只听一二狂人的煽惑，遂使神州有此惨变。天祸中华，夫复何言！”康同薇忙捂住他的嘴，以免惹来麻烦。一行人觅地住了数天，得知内地党派林立，有数