事件的重演，邓尼兹下令除非有特别命令，不得攻击任何客轮，即便其有军舰护航。
其二是击沉“勇敢”号航母，“雅典娜”号被击沉后，英国认为德国很可能已开始实施无限制潜艇战，为确保大西洋航线安全，英国海军出动航母执行反潜使命，“皇家方舟”号前往西北部海域，“勇敢”号和“竞技神”号则前往西南部海域。
９月１７日黄昏，“勇敢”号航母由４艘驱逐舰掩护，在爱尔兰以西海域进行反潜巡逻。当接到发现德军潜艇的报告后，“勇敢”号立即起飞舰载机，并抽调２艘驱逐舰前去搜索。不久，正当这艘２２５００吨级的舰队航母接受返航的舰载机着舰时，被德军Ｕ－２９号潜艇发现，艇长舒哈特上尉当即决定予以攻击，该艇迅即突破英军的警戒圈，向“勇敢”号发射了两条鱼雷，两雷全部命中，仅仅二十分钟后，“勇敢”号就爆炸沉没，全舰１２００名官兵中包括舰长琼斯海军上校在内的５１４人阵亡。Ｕ－２９号随即遭到了英军驱逐舰的深水炸弹反击，但该艇成功摆脱攻击安全返回。
其三就是三大事件中最辉煌的偷袭斯卡帕湾，斯卡帕湾位于苏格兰东北部的奥克兰群岛，东临北海，西接大西洋，战略地位极其重要，是英国海军本土舰队最重要的锚泊基地，英军在该基地布防相当严密，斯卡帕湾七个入口中，六个布置有防潜网和水雷区，第七个入口柯克海峡，航道狭窄，水流湍急，暗礁密布，形成天然的障碍，所以英军没有布设防潜网和水雷，但为防意外，英军早在一次世界大战中就在航道上凿沉了３艘旧船。
一次世界大战中，德军就曾两次出动潜艇企图突入斯卡帕湾，但均被英军发现而遭击沉。此次邓尼兹决心从英军意想不到的柯克海峡突入，达到出奇制胜的目的。他召见了在德军潜艇部队中以技术高超而闻名的Ｕ－４７号潜艇艇长普里恩上尉，命令其秘密进行突破斯卡帕湾的可行性研究，普里恩认为只要导航准确，操作无误，是可以穿越沉船障碍进入斯卡帕湾。
经周密准备，１０月８日普里恩指挥Ｕ－４７号潜艇从基尔出发，１３日四时悄然到达奥克兰群岛东部海域，随即潜坐海底，使艇员得到休息。十九时十五分，潜艇浮出海面，开始闯入柯克海峡。普里恩关闭柴油发动机，仅以电力发动机提供动力，凭借着高超的驾驶技术，克服水流湍急的困难，绕过了沉船和串联其间的钢索，于１０月１４日零时二十七分顺利突入斯卡帕湾。
但普里恩在斯卡帕湾西南主要锚地没有发现任何军舰，原来在Ｕ－４７航行途中，英军舰队主力已离港出海。普里恩只得再驾艇向东，终于在梅恩兰岛西侧发现２艘战列舰和多艘驱逐舰，零时五十八分普里恩在３０００米距离用首部发射管向２艘战列舰齐射三条鱼雷，其中一雷命中“皇家橡树”号战列舰，普里恩发射完首部鱼雷后，迅速转舵，又用尾部鱼雷管发射一条鱼雷，但没有击中，然后全速向柯克海峡撤离。
英军根本没有想到是遭到德军潜艇偷袭，当“皇家橡树”号战列舰中雷后，有人以为是军舰发生了爆炸事故，有人以为是遭到了空袭，基地指挥部拉响了空袭警报，港湾里的军舰采取防空措施，而“皇家橡树”号舰长本上校和几位主要军官也只是草草巡视了一番，没有采取任何补救措施。
普里恩从潜望镜里发现了英军这一情况，艺高人胆大的普里恩索性再次返回，重新为首部鱼雷管装填鱼雷，实施第二次攻击。一时二十二分，Ｕ－４７在２２００米距离上瞄准“皇家橡树”号齐射三条鱼雷，两条鱼雷命中右舷，机舱被炸穿，并引发了大爆炸，“皇家橡树”号急剧右倾，于一时三十三分倾覆沉没，舰上官兵包括第二战列舰分舰队司令布格罗夫少将在内的８３３人丧生。
Ｕ－４７迅速驶向柯克海峡，按原路撤出斯卡帕湾。１０月１７日返回威廉港，受到了海军总司令雷德尔和邓尼兹的热烈欢迎。普里恩被授予一级铁十字勋章，其余艇员均获得二级铁十字勋章，所有参战官兵还获得了希特勒的接见。邓尼兹也由准将晋升为少将。
尽管德军潜艇开战初期在大西洋上没有取得骄人的战绩，但击沉“勇敢”号和偷袭斯卡帕湾的胜利，使德军统帅部逐渐意识到了潜艇的巨大作用，逐渐开始重视潜艇部队的建设，并开始加紧潜艇的制造。
第四章 １９３９年９月至１９４０年５月
自９月３日“雅典娜”号被击沉后，英国认为德国已开始实施无限制潜艇战，立即消除了一切犹豫，从９月５日起开始实行在一次世界大战中颇有见效的护航运输船队体制，至１０月英国同其他盟国的主要航线上都建立起护航运输船队体制。事实上希特勒在开战初期一直对英国抱有媾和的幻想，因此严禁邓尼兹实施无限制潜艇战，在破交行动中必须严格执行对商船的俘获规则。
英国护航运输船队体制，源自数学概率论的原理，也是数学家在战争中的一大贡献，根据概率论分析，商船在海上与潜艇相遇，是随机的，一定数量的船只，编队规模越小，批次就越多，批次一多，与潜艇遭遇的机率也就增加了；而且由于潜艇数量有限，每次与船队遭遇，因所携带弹药限制，只能攻击相同的商船，也就是说，船队规模越大，即使与潜艇遭遇，每艘船被击沉的机率就越小。综合上述两条规律，船队规模越大，每艘船被击沉的概率就越小，以１００艘船为例，如果编为五队，每艘船被击沉的概率为２５％；如果编为一队，每艘船被击沉的概率为１％，足足相差２４倍！
护航运输船队体制由英国海军部领导，所有船只编为运送物资的慢速运输船队（航速在７。５节以下）、运送物资的快速运输船队（航速在９至１０节）和运送军队的运输船队三种，固定航线的护航运输船队，通常使用起驶点的第一个英文字母为代号，如哈利法克斯开往英国的船队代号为ＨＸ，各固定航线均有护航运输船队的航行日程表。
早期的护航运输船队通常由４０至６０艘船组成，排成９路或１２路纵队，船与船之间距离约为５５０米，纵队之间间隔约为９００米，形成正面宽约４至４。５海里，侧翼宽约１。５至２海里的长方形队形，这样一来可以减少运输船队侧翼遭到潜艇攻击的机会，二来可以避免队形过长，后尾船只忙于追赶前面船只，三来能减少船只相互碰撞的危险，而且这样的队形最有利于各船之间的目视通信。护航军舰以４艘配置于船队的四角，形成盒状警戒圈，其余军舰则位于船队正前方扇面。最初英军使用战列舰或巡洋舰担任护航军舰，当德军水面舰只的威胁消除后，便不再使用战列舰或巡洋舰护航了，因为在潜艇威胁面前，使用宝贵的战列舰或巡洋舰为运输船护航有些得不偿失。
有些人对护航船队体制持否定态度，认为大批船只在装完货物或卸完货物后，必须停留在港口，等待与其他船只编成护航船队，这样既浪费了时间又减低了船舶运载量。但事实胜于雄辩，护航运输船队体制的实行，大大降低了船只的损失，在战争爆发后的四个月中，编入护航运输船队的５７５６艘船只中，只有１２艘被击沉，而且这１２艘中还有５艘是在掉队的情况下被击沉的。而同一时间里单独航行的船只有１０４艘被击沉。这一阶段，英国共损失运输船１１６艘，计４２。３万吨。
战争初期，英国的反潜措施除了采取护航运输船队体制以外，就几乎没有其他有效的措施了。航母编队的攻击性反潜战术，因“勇敢”号被击沉而夭折；反潜飞机装备的ＭＫⅠ型雷达性能欠佳，只能发现５０００米外水面状态航行的潜艇，在能见度好的情况下，潜艇甚至通过目视观察能先发现飞机！而且反潜飞机由于使用的炸弹性能不佳，投向潜艇后反而会被水面反弹到空中爆炸，对飞机所造成的损害竟然更甚于对潜艇的损害！有２架飞机就这样被自己的炸弹所击落。加之反潜飞机数量严重不足，英国只得采取“稻草人”战术，即征用大量民间飞行俱乐部无武装的飞机，沿海岸飞行，以迫使德军潜艇下潜，并及时发现被击沉的运输船，这种落后的战术竟然一直使用到１９４０年５月法国沦陷后。要使反潜飞机真正在作战中发挥作用，不仅要对炸弹进行改装，还要安装轰炸瞄准具和新型的探测仪，完成这些工作至少需要一年的时间。
为了弥补护航舰只的不足，英国开始加紧建造轻型护卫舰，这种护卫舰排水量在２０００吨以下，装备火炮、深水炸弹和声纳，在武装拖网渔船和其他小型舰艇的支援下，是一种能在近岸海域有效进行反潜作战的舰艇。
在１９３９年９月至１９４０年５月的第一阶段中，德军由于种种原因限制，主要采取的是单艇作战，邓尼兹还是按照战前的设想开始进行集群作战的尝试性实验，第一次是１９３９年１０月中旬，出动６艘潜艇，结果其中１艘在英吉利海峡触雷沉没，２艘在攻击护航运输船队中被击沉，因此集群作战实验没有成功。
同时组织潜艇在英国海岸附近海域进行了大面积布雷，所布的水雷先后炸沉１２艘船只炸伤６艘，损失船只的吨位达１２万吨。
１９３９年１１月中旬，邓尼兹再次出动４艘潜艇进行集群作战尝试，Ｕ－５３号潜艇发现了ＫＳ－２７护航运输船队，尽管多次遭到英军护航军舰和水上飞机的压制和驱赶，但仍一直保持着与船队的接触，并引导其他３艘潜艇赶来，但因种种原因没能达成集群攻击，潜艇只对掉队的船只进行了攻击。
尽管集群攻击战术未能如愿，但德军潜艇多以单艇在英国港口和近岸航线实施阵地伏击或机动伏击，或在护航运输船队可能航线或广阔海域实施游猎作战，仍取得了不小的战果，９月击沉４１艘同盟国及中立国的船只（本文所统计的船只数量、吨位均指同盟国和中立国，下同）计１５。３万吨，１０月击沉２７艘计１３。５万吨，１１月击沉２１艘计５。２万吨，１２月击沉２５艘计８。１万吨，被潜艇击沉的船只占损失船只总数的５１。７％，其中１１月和１２月战绩下降的原因是战争爆发后出击的潜艇陆续返回基地补充给养，德军由于潜艇数量少，基地距离作战海域又远，在大西洋活动的潜艇数量大为降低，通常只有３至５艘，从未超过８艘。至１９３９年底德军共损失潜艇９艘，几乎占其潜艇总数的六分之一。
最使邓尼兹高兴的是，有关破交作战的种种限制逐渐被取消，９月２３日获许可以攻击命令停止航行但仍在使用无线电报警的船只；９月２４日获准可以攻击法国船只；９月３０日可以攻击任何在北海航行的船只；１０月２日从英法沿岸至西经１５度海域航行的所有船只均可以予以攻击；１０月１７日获准攻击除客轮以外的任何敌方船只；１０月１９日从英法沿岸至西经２０度海域航行的船只只要实行灯火管制均可予以攻击；１１月１７日终于取消所有限制，开始实施无任何限制的潜艇战！
至此，邓尼兹终于可以彻底放开手脚大干一场了！
１９３９年１１月，美国终于逐渐认识到纳粹德国的残暴本性，开始改变了禁止向交战双方出售武器或贷款的中立立场，国会通过了中立法的修正案，允许在“现金交易运输自理”的原则下出售武器，也就是购买武器的国家必须用现金支付，并用自己的船只运输，从纸面上看这对双方都是公平的，其实由于德国海军力量非常薄弱，根本无力保护自己的船只，所以这一修正案是明显倾向于英国的。
进入１９４０年，德军潜艇的破交作战仍未有突破性的进展，１月击沉４０艘商船，计１１。１万吨，２月击沉４５艘１７万吨。２月间邓尼兹第三次组织集群作战的试验，派出５艘潜艇前往北大西洋，结果Ｕ－５４发现了法国的两支护航运输船队，但该集群中的另２艘潜艇由于距离太远无法及时赶到，只是攻击了因掉队而落后的船只，第三次集群攻击的尝试又告失败。
３月４日德国最高统帅部下达了禁止潜艇执行破交作战的命令，将其全部用于即将发起的挪威战役，根据这一命令德军投入挪威战役的潜艇达３１艘，占其潜艇总数的６５％，为此邓尼兹不仅从潜艇学校抽回了担负训练任务的潜艇，还缩短了２艘新下水潜艇的试航时间，除了少数几艘在进行检修的潜艇外几乎尽数参战，但令邓尼兹哭笑不得的是在战役中，潜艇部队被赋予的