发库藏、募死士击贼，颇有斩获。但不幸地，总兵王绍禹的部下，已跟李自成有了勾结；同时有一路援军驻扎在城外，在李自成带兵冲到时，城门关得太快，这一支军队来不及撤退，吃了大亏，迁怒到城内守军，反而投敌自效前驱。这样里外生变，不过两天工夫，洛阳的城就破了。
那是一场浩劫，洛阳百姓被杀的有几十万；王府被一把火烧得精光，福王父子组城逃命，但世子幸免，福王则仍旧被找到了。同时被捕的还有兵部尚书吕维棋，他劝福王自裁；福王贪生，向李自成磕头求饶命，结果被肢解了杂在鹿肉中一锅煮，李自成置酒大会，说是吃“福禄酒”。
下一个月，李自成开始攻河南省城开封。
开封是北宋的都城，金兵人寇后，重加修缮，城墙有五丈厚，李自成怎么样也攻不破。时来时去，胶着到了崇帧十五年正月，攻势突趋猛烈，李军在城墙上凿了无数的洞，填上火药爆炸，但依然无效。最后一次“大放”，满天的砖瓦灰石，向外飞击，反把李军前队的人马，打得血肉横飞。
于是李自成与另一有名的流寇罗汝才，集中了八十万人马包围陈州，布阵四十里，轮番进攻，陈州很快地陷落。
接着便是北上攻归德府，雄州危急了。
汤家商议逃难。但四面都是流寇，而且到处都缺粮，人吃人的事已不足为奇，一大家人就是逃得出去也难活命；因此，汤斌的母亲赵夫人作了断然的处置。
第一步，她叫十六岁的汤斌，到北城外一座庙里去读书；李军自南来，倘或攻破难州，他就得渡过黄河，往山东逃了过去。
汤斌自然不肯。无奈他母亲真的动了气，说他昧于大义，徒死无益！叱斥完毕，继以声泪俱下的苦劝，汤斌不得不勉强依从。
第二步，她嘱咐她丈夫，保护她那七十多岁、两耳重听的婆婆逃命。汤祖契是孝子，为了护持老母，也就顾不得妻子了。听了赵夫人的话，亲自充任轿夫，抬着母亲，星夜往山东曹州一带去逃难。
于是处分了一切家务，为城破之日，赵夫人悬梁自尽。
赵夫人知书识字，早萌死志，上吊不成，冷不防又去投井；丫头老妈子也是早有防备的，陌生人尚且不能见死不救，何况是贤德有思的主母？所以就在她扑向并栏的刹那，有人拖住了她的衣服。回头一看，跪了一地的下人。赵夫人不能不发怒了，因为这对她是无比重要的荣辱关头，错过这一刻，也许就死不成；就是死成了，泰山鸿毛之间，评价大不相同。
“走开，莫误我的大事！”她厉声呵斥，“贼来不死，什么叫贞节？死得不是时候，不是取义！”
道理虽正大，下人却不能领会，环跪泣劝；就这乱糟糟，哭得不可开交的时候，难州城破，流寇已经打进大门来了。
“人呢，人呢！”为首的小头目，拿刀把桌子拍得极响，“喊你们家主人出来！”
“主人都不在家。大王！”老仆汤成抖得瑟瑟地。
“这么说，一个家都交给你了！那好，金银珠宝埋在什么地方？领路！”
“不知道埋在哪里——。”
一句话未完，刀背横扫过来，正打在汤成的嘴上；白胡子立刻就染红了，疼得他在地上打滚。
“搜！”
一搜把赵夫人搜了出来，拖着头发，横拉直拽；赵夫人不绝口地骂，骂之不足，用脚踢、用手打，甚至用嘴咬，结果死在白刃交加的乱刀之下。至死而不曾受辱，赵夫人的志愿达到了！
奉母携子在山东、河南、河北交界一带的曹州、卫辉、大名之间，东选西躲，一步一惊的汤祖契，在短短的三个月中，遭遇了一连串的沉重打击。
爱妻殉节不久，老母不堪惊忧奔波，死在流亡途中，一个弟弟死在归德，所造一子，下落不明。两个哥哥，一个陷在睢州。凶多吉少；还有一个死在衢州，留下十岁的弱女，孤苦无依，倘或不加闻问，此生怕就再无见面的日子。
“虽是女孩子，到底是你伯父的骨血；汤家的人不多了，我要想法子去领回来。再说，女孩子又不比男孩；男孩还能自立，女孩流落，将来不堪设想。”
乱世弱女子，无以为生，如果不死，便多半会落入娼家；汤斌也觉得父亲的顾虑是件很严重的事。
“爹！”他说，“我去一趟。”
“衢州怎么走，你知道吗？一直深入仙霞岭，近江西了。往返六千里路，谈何容易？脱口就说了出来，见得你不诚不敬！”
受了父亲的责备，汤斌自己想一想，果然轻率；因而不敢再作声。
“我想只有我们父子俩一路去。”汤祖契说，“清兵已经南下；史阁部拥立了福王世子——一这位世子虽是头号纨袴，不过经此巨创，也许有所作为。再说史阁部拥护他，当然是看得他有出息。我们看看去！”
于是父子俩跋涉南下，虽然走得脚上起了水泡，到晚来只要有一席容身之地，汤祖契一定还要课子；。也只有听得汤斌的琅琅背诵，侃侃讲义，他才能忘掉道路流离的苦楚。
到得南京一看，汤祖契的心，整个儿凉了！福王父子在洛阳的一切，他原是深切了解的，总以为老福王让李自成“吃福禄酒”吃掉，小福王无论如何想起父亲脔割生烹的惨绝人寰的死相，也会食不下咽。谁知不然！在马士英、阮大锨报弄摆布之下，搞得乌烟瘴气，光是朝朝演阮大铖的“燕子笺”、“春灯谜”；夜夜选秦淮妓女侍寝，就把汤祖契气得觉都睡不着！
“这简直成了禽兽世界，不可以一日居！”汤祖契说，“我们赶快走吧！到衡州去。”
“是！”汤斌很兴奋地说，“衙州是诗礼之乡！”
因为，孔子的南宗在衙州。
宋徽宗末年，金兵入侵，掳了徽、钦二帝北去；康王赵构，由于哲宗所废的盂后的主持，接承大统，是为高宗。在建炎初年南渡，建都临安；那时在曲阜的衍圣公，是孔子的第四十八代孙孔端友，他奉了子贡所手刻的孔子楷木像，扈从而南，定居在衢州。
高宗赐了衢州的官田，孔端友依照曲阜的规制，建立家庙；终南宋之世，一百六十余年，衍圣公都由孔端友的子孙承袭。宋亡元兴，不承认衢州孔家承袭衍圣公的资格；而且孔庙也毁在兵火之中，于是曲阜恢复了衍圣公府。衢州孔家则被称为“孔子南宗”。
明代宋兴，当然没有再度更张，以南宗承袭衍圣公的必要；但衢州孔家的境遇，比较好得多了，永乐初年，重建孔庙；正德元年，将南宗的孔子第五十九代孙孔彦绳，授职为“五经博士”，这是个世袭的职位，不须到国子监供职，专管衢州孔庙的祭祀。
正德十五年，衢州孔庙移建于衢州府城中的“西安县学”；南宗孔家的门第，渐次兴旺，汤祖契的哥哥，因为偶然的机缘，成了孔家的食客。因此，汤斌随父到了行州，很容易地得到了瞻仰孔庙的机会。
流寇的猖狂，福王的荒淫，马阮的奸恶，江淮四镇的跋扈，以及一路流离中所看到、听到的悲惨景象，使汤斌从极端痛苦中，得到一个领悟，这已不是改朝换代的亡国之痛；是礼乐消沉，人心崩溃，空前未有的亡天下的大危机！在衢州孔庙中，汤斌徘徊苦思，决定双肩担负起振兴文教，挽救人心的重任。
往返奔波六千里，汤祖契终于带着儿子和侄女儿重新回到家乡，那已是第二年，也就是清朝顺治二年的年底了。
衢州城内，一片荒凉；汤祖契访寻终日，才找到了家园的原址。父子俩一起动手，就断垣残壁间，草草搭起一座聊蔽风雨的茅棚，暂且安顿了下来。
重建家园的工作，相当艰难，但也相当顺利；顺利的是汤家一向待佃户忠厚，而汤祖契的热心、魄力，又是久为乡里所信服的，所以听说他们父子回乡纷纷不期而集。但是，“人多好做事，人少好吃饭”，接着这番顺利号召而来的，便是觅取粮食的艰困——大乱之后，所缺乏的一定是粮食、种子、农具和耕牛；这时唯有跋涉他乡去设法买粮食；人多粮少，就只有束紧裤带，半饥半饱。
汤斌少年时的境况优裕，但这几年伤心惨目的生活，已经把他磨练成一个最能吃苦的人；起先是不忍之心，吃得太饱，会使他想起活活饿死在沟壑之中的老弱妇孺，反党胃中不舒服。以后书读得多了，便有这样一个心得：“节用最关治道！”秦灭汉兴，如果不是文帝的俭朴，何来以后的盛世？“开元之治”媲美贞观，只以玄宗不知节用，几年工夫，就召来安史之乱。同时他也深深体察到，多少有抱负、才具的好官，原可以畅行其志，把自己的分内之事，处理得井井有条，处处妥贴，只以不知节用，在取予之间不谨，或则清誉有玷，受人扶制；或则一时收功，留下后患，特别是地方大僚，犯这个毛病的很多，像胡宗宪，能用俞猷、戚继光平定东南沿海的倭乱，但起居奢华，拟于王侯，一方面造成奢靡的风气；一方面又造成了贿赂的风气，贻害无穷。看到了这一点，汤斌不须立志，自然而然地就能够甘于藜藿。
汤家，很快地又显得热闹了；汤斌娶了马秀才的女儿，是个极贤德的妻子，婚后一年，生了儿子。依照族谱中的排行，汤斌这一辈用“文”字，下一辈用“水”字，汤祖契替长孙取名为汤溥。
汤斌的堂弟，也就是他那死在归德的叔叔的儿子，流落在曹州府，为一个鄙吝的土豪所收养。那土家知道汤祖契到处在打听侄儿的下落，曾有话传出来，不惜任何花费，但求寻着侄儿，因而把这个汤家的少年，视作奇货；伪造了一张契约，说汤祖契的弟弟，是把侄儿子卖了给他的，数年衣食，所费不赀。这样经过多次的谈判，托人居间调解，汤祖契才能把侄子赎了回来，为他娶妻，同时还分了两百亩田给他，希望他能撑起自己的门户。
然后，汤祖契自己也续了弦；那是出于汤斌的劝谏。汤祖契虽是望五之年，身体却异常健硕；但老来无伴，而且有些起居琐事的侍奉，又非儿媳妇和侄女儿所能尽心，汤斌觉得父亲应该有个伴，而他又是不主张纳妾的，所以表示希望有一位继母。
他的继母姓轩，是个老小姐，嫁了汤祖契觉得相当称心，因为那一双比她小不了几岁的儿子儿媳，对她尽心尽礼，异常敬重。不久，轩夫人生了一个女儿，汤斌则又生了一个儿子；人丁兴旺，而且上慈下孝，越发显得一片发皇的气象。
就在这俭朴安定的几年中，汤斌在学问上已大有成就；他是个于书无所不窥的渊博之士，但他没有陷溺在书城中，而且对那些成天钻人书本里，不问世务的人，不以为然。
因为正心诚意的理学，往往流于空谈，“平时袖手谈心性，临危一死报君王”，试问于世事何补？还有一班学者，以考据的态度，穷年兀兀，去分辨朱熹和陆九渊的异同，以及宋朝程、朱一派和明朝王阳明一派如何抵触？于是门户之见，顽固不化；信奉程、朱的，只要骂王阳明，就算是卫道之士。这种态度，在汤斌看来，根本就不是有用的读书人。
因此他有几句话，成为当头棒喝：“学者读书，不务身体力行；专为先儒辨同异，亦是玩物丧志。”因此，他不薄程、朱，而更信服王阳明，因为王阳明是知行合一，能够将他的读书心得，经世致用的人。也因为如此，他不愿做个隐士；同时他觉得必须应考人仕，只有通过这条途径，他才有为生民造福的最大的机会。
于是在中了举人以后，他在顺治八年秋天进京，参加顺治九年春天的壬辰科会试，中了进士。从这年开始，恢复明朝的制度，从进士中拣选庶吉士——一这是专为造就第一等人才的办法，大致起于明朝永乐年间，选取新进士中，才资英敏而年轻的，在文渊阁读书，待遇非常优厚，由司礼监供给笔墨纸张；光禄寺预备早晚膳食；礼部供给蜡烛灯油及月俸；工部在皇城内东华门附近找一所宽敞的房子，以供住宿，皇帝时常到文渊阁亲自出题考试，查看学业的进度。五天休沐一天，放假出宫；派太监及锦衣卫官员，随行照料。
到了天顺二年，定下规制，不是翰林出身不能当宰相；因此，被选为庶吉士的，号称为“相储”。但庶吉士并非每科都选；最初是隔一秋选一次，以后或者三科并选，或者数科不选，甚至有九科不选的。
进士膺选为庶吉士，称为“馆选”，人馆就学，便称“开馆”。馆中有资深的翰林指导，名为“教习”，三年学成“散馆”；当然要经过一次考试，成绩优良的，留在翰林院，谓之“留馆”，授职为编修或检讨，通称为“翰林”，其次则授职给事中或御史，是为“言官”。
清朝开国，在顺治三年开科取士，以后又有四年、六年两科，总计取中的进士已有一千一百人之多，而始终未选庶吉士；到了九