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五十三年，廓尔喀侵犯藏境。初，第六辈班禅之殁，及京归舍利於藏也，凡朝廷所赐赉，在京各王公及内外各蒙边地诸番所供养，无虑数十万金，而宝冠、瓔珞、念珠、晶玉之钵、镂金之架裟，珍宝不可胜计。其兄仲巴呼图克图悉踞为己有，既不布施各寺，番兵、喇嘛等亦一无所与。其弟沙玛尔巴垂涎不遂，愤唆廓尔喀籍商税增额、食盐糅土为词，兴兵扰边。唐古特私和廓尔喀，朝廷所遣之侍卫巴忠、成都将军鄂辉、总兵成德等实阴主其议，令堪布等许岁币万五千金，於是廓尔喀饱飏而去。巴忠等以贼降饰奏，讽廓尔喀噶箕入贡，受封国王。五十四年七月，廓尔喀遣人至藏表贡，并致驻藏大臣书，请如前约。鄂辉恐发觉私许之款，屏不奏。次年，藏中币复爽约。
五十六年七月，廓尔喀复大入寇，占据聂拉木，诱执噶卜伦丹津班珠尔以归。八月，复占据济咙。保泰等迁班禅于前藏。廓匪进扰萨加沟，遂至扎什伦布，仲巴呼图克图遁。九月，都司徐南腾坚守官寨，廓匪大掠扎什伦布财物以归。巴忠扈从热河，闻变，沉水死。鄂辉、成德奉命赴藏剿御，皆逗留不进。
十月，保泰等请移达赖、班禅於泰宁，上严斥之，而嘉达赖之拒其议。命嘉勇公福康安为将军、超勇公海兰察为参赞大臣，率索伦、达呼尔兵及屯练土兵进讨。其军饷则藏以东，四川总督孙士毅主之；藏以西，驻藏大臣和琳主之；济咙边外，则前督惠龄主之。五十七年正月，鄂辉等始复聂拉木。二月，帕克哩营官率番兵收复哲孟雄、宗木地方。是月，陷寇之第巴博尔东自阳布回藏。唐古特私许岁币事觉，诏以保泰、雅满泰隐匿不奏，革责枷号。三月，授福康安为大将军，逮仲巴呼图克图于京。四月，添调川兵三千赴藏。闰四月，福康安自定日进兵趋宗喀。五月，克擦木，复济咙。是月十五日，克热索桥，遂入廓境。二十四日，克胁布鲁碉卡。六月，福康安、海兰察等进攻东觉，并雅尔赛拉、博尔东拉诸处，皆克之，成德等亦攻克扎木铁索桥。六月，廓酋拉特纳巴都尔迭遣大头人乞降，送出丹津班珠尔及前俘之兵。七月，福康安攻克噶勒拉、堆补木，夺桥渡河，深入廓境七百馀里，将迫其都阳布。都统衔斐英阿等阵亡。成德亦进克利底大山贼卡。廓酋复呈缴唐、廓前立合同，献所掠扎什伦布财物及沙玛尔巴之尸。八月，廓尔喀遣使进贡。福康安以廓尔喀屡请投诚奏入，奉旨受降。时以廓境益险，八月后即雪大封山，因允所请。於是福康安率大兵凯旋，撤回藏。议定善后章程：驻藏大臣与达赖、班禅平等；噶卜伦以下由驻藏大臣选授；前后藏番归我设之游击、都司节制训谏；自行设炉鼓铸银币；设粮务一员监督之。至是，我国在藏始具完全之主权。
初，达赖、班禅及各大呼图克图之呼毕勒罕出世，均由垂仲降神指示，往往徇私不公，为世诟病。甚至哲卜尊丹巴胡图克图示寂，適土谢图汗之福晋有妊，众即指为呼毕勒罕；及弥月，竟生一女，尤贻口实。而达赖、班禅亲族亦多营为大呼图克图，以专财利，致有仲巴兄弟争利、唆廓夷入寇之祸。而达赖兄弟孜仲、绥绷等充商卓特巴，肆行舞弊，占人地亩，转奉不敬黄教之红帽喇嘛，令与第穆呼图克图、济咙呼图克图同坐；且与众喇嘛敛取银两，并将商上物件暗中亏缺，来藏熬茶人应得路费皆减半发给，有伤达赖体制，因之特来参见者日减，殊失人心。高宗乘用兵后，特运神断，创颁金奔巴瓶，一供於藏之大招，遇有呼毕勒罕出世，互报差异者，各书名於牙签，封固纳诸瓶中，诵经三日，大臣会同达赖、班禅，於宗喀巴佛前启封掣之。至扎萨克蒙古所奉之呼图克图，其呼毕勒罕亦报名理籓院与驻京之章嘉呼图克图，或喇嘛印务处掌印掣定，瓶供雍和宫，而定东科尔入官之限。
嘉庆九年十月，达赖有疾，命成都副都统文弼带医驰往看视。未抵藏，达赖已於是月在布达拉圆寂，年四十有七。九辈阿旺隆安嘉穆错摆桑布，於嘉庆十年在康巴垫曲科转世。年二岁，异常聪慧，早悟前身，奉特旨即定为呼毕勒罕，毋庸入瓶签掣。十三年九月，迎至布达拉坐床，赏达赖之叔洛桑捻扎朗结头品顶戴。十八年，由班禅传授小戒。时达赖幼穉，噶卜伦乘机舞弊，将达赖庄屋侵占，并将办事人随事更换，豢贼自肥，公肆劫掠。命成都副都统文弼、西宁办事大臣玉宁驰藏查办，并究噶卜伦策拔克与成林互讦。经讯噶卜伦策拔克率意更定章程四条，以内地治理民人之法概行禁止，致邀众怨，成林挪移库款，分别斥革，发伊犁、乌鲁木齐效力赎罪。此藏事之内溃也。至外事之棼乱，则廓尔喀噶箕乃尔兴戕其王，被诛。逆党热纳毕各咙窜逃至唐古特，又与披楞开战，求达赖、班禅助款。布鲁克巴部长曲扎曲勒请赏王爵，文弼匿不奏闻。帕克哩营官勒索其进关货物，逞凶肇衅。哲孟雄部请赏唐古特庄田，并定边界。缅甸国男妇私与藏中胡图克图文件往来。藏事已岌岌可危矣。二十年二月，在布达拉圆寂，年十一岁。
十辈阿旺罗布藏降摆丹增楚称嘉穆错摆桑布，於道光二年三月晦，奏明在大招金奔巴瓶内掣定。八月，迎至布达拉坐床。遣章嘉胡图克图由京驰藏照料。奏定噶勒丹锡埒图萨玛第巴克什为正师傅，噶勒丹旧池巴阿旺念扎及荣增班第达甲木巴勒伊喜丹贝嘉木磋为副师傅。寻以传授达赖经典三年有馀，其未得诺们汗之荣增班第达亦赏给诺们汗，赏达赖之父罗布藏捻扎头品顶戴。十四年，由班禅传授格隆大戒。十五年，博窝滋事生番降，设曲木多寺四品番目营官一，宿凹宗、聂伊沃、有茹寺三处六品番目各一，宿木宗、普龙寺、汤堆批批三处七品番目各一。
藏西南徼外有哲孟雄者，唐古特之屏籓也。自五辈达赖以来，因其崇信黄教，归达赖管辖。乾隆五十六年驻藏大臣奏哲卜雄、作木朗二部落每与达赖、班禅通书讯，惟不听藏中调遣，被廓尔喀侵占已有十年。经福康安檄令协剿，夺回侵地，藉称天热，畏懦不前。迨闻廓尔喀归顺，复思藉天朝威势，断还六辈达赖所定旧界。经福康安等驳斥，画分边界，不能自由入藏，而夏秋之间，该部落因地方炎热，仍准其来卓木曲批避暑。于七辈达赖时，曾将唐古特界内卓木曲批迤西夺扎之庄田赏给作为养赡，历年自行徵收钱粮、青稞。卓木之民常至哲孟雄往来贸易。其部长之妻亦唐古特人，常遣人赴廓部长住所。距藏仅十一站，至卓木曲批避暑处，在帕克哩以外，与藏仅隔一山，不三站，设有鄂博，并无要隘，相安无事者有年。自不准赴藏，而始有请求给地之奏，及请赏卓木雅纳绰之民，不得已有请赏给帕克哩营官之缺。前藏商上向与后藏商卓特巴龃。时噶勒丹锡勒图萨玛第巴克什尤为贪奸，不公不法，凡后藏代其陈请者，辄责其贪鄙无知。文幹等饬噶卜伦严斥，谓无妄求管理藏地所属职官民人之理，并定八年来藏一次之限。廷臣不知详情，允之。文幹等仅行文藏内文武严查，而不敢译旨钦遵，盖恐一经宣布，部长必有理申明也。而其部长每岁凟请赴藏熬茶及入藏避暑如故。迨道光四年，松廷等始将前奉谕旨专札明示，并随时严行駮饬。五年，班禅据报详情，谓：“哲孟雄部长楚普郎结诉称自不准赴界，上年人民病毙者一千有馀。再达赖坐床已逾数年，各部落俱得赴藏朝见，而旧所属之人独抱向隅，实无面目见其部民。”於是始准其暂居避暑，仍令帕克哩营官防范稽查。在当时文幹误听前藏一面之词，不查实情，率行具奏。文幹等既知困难，有失字小之道，而犹迁就其词，准其来藏熬茶一次，盖以准噶尔视哲孟雄。而哲孟雄离心离德，甘为印度属地，至有捻都纳之败，而西藏之门户洞开矣。十七年，在布达拉圆寂，年二十二。
第十一辈阿旺改桑丹贝卓密凯珠嘉穆错，於道光十八年九月朔在噶达转世。二十一年五月，奏明在金奔巴瓶内掣定，由班禅披授戒，赏其父策旺顿柱公爵。十月，拉达克部落勾结生番占踞藏境一千七百馀里，夺据达坝、噶尔及杂仁三处营寨。经驻藏大臣派戴琫等率兵攻剿，并将矛手番兵改挑枪兵，收复补仁营寨。又噶尔布伦等带兵四面夹攻，殄毙森巴及拉达克大小头目四十馀、贼匪二百馀，拉达克头人八底部长乞降，公禀投归唐古特商上，原缴所占凡、汤及达坝、噶尔四处营寨，并准堆噶尔本挖金番民酌定五百名，由前后藏番民内择精壮派往充当金夫，派戴琫一、如琫二、甲琫二，定驻守，教习技艺。二十二年四月，由前藏迤东日申寺迎至布达拉坐床。二十四年，以济咙呼图克图阿旺罗布藏丹贞嘉木错为正师傅，以降孜曲结喇嘛罗布藏冷竹布为副师傅。
驻藏大臣琦善奏参噶勒丹锡埒图萨玛第巴克什诺们汗阿旺扎木巴勒楚勒齐木巴什擅作威福，贪黩营私，所有被控各款，讯拟结奏闻。经理籓院议得：“已革诺们汗阿旺扎木巴勒楚勒齐木巴什，洮州夷僧，本系入册档一微末喇嘛，自其前辈历受三朝重恩，在雍和宫传经，旋命赴藏坐宗喀巴床，派充达赖师傅，敕封诺们汗萨玛第巴克什名号，递加衍宗翊教靖远懋功禅师，又加赏达尔汗，屡颁御书匾额以荣之，宜如何清洁潜修，公正自矢。乃竟不知守分，胆敢需索番属财物，侵占百姓田庐，私拆达赖所建房屋，擅用未蒙恩赏轿伞。更强据商产，隐匿逃人。钤用印信不在公所，进呈贡物不出己赀，滥支滥取，任性听断，恣意侵凌。甚至达赖起居不能加意照料，房内服侍无人，以致达赖颈上带伤，流血不止，始则忽而不防，继且知而不问。盖当达赖受伤时，随侍只森琫一人，此森琫即为该诺们汗之随侍。近两辈之达赖，每届接办印务以前，辄即圆寂，不得安享遐龄，其中情节，殆有不可问者。即放一扎萨克喇嘛，勒取财物，盈千累万，尤属骇人听闻。”诏令将历得职衔名号全行褫革，追敕剥黄名下徒众全行撤出，庙内查封，发往黑龙江安置。所有财产，查抄变价，赔修藏属各庙宇。旋命释回，交地方严加管束。复捐输银两请回前藏，又因廓尔喀军事，请求开复回藏。均严旨不允。迨同治初元，病殁土尔扈特旗，准其留葬，不准转世。门徒二十三人，留於该旗游牧。至光绪初年，土尔扈特王复请捐输钜款，代求转世，始曲允其已转世之呼毕勒罕得令为僧。
琦善寻奏改章程二十八条，又奏罢稽查商上出入及训练番兵成例。故事，商上出入所有一切布施金银，均按季奏报。自琦善奏定后，而中国御藏之财权失。又驻藏大臣及兵丁俸饷，向由福康安在廓尔喀经费内拨交商上生息，以资公用。及琦善议改章程，将生息取销，一切由商务供给。迨后中国驻藏一切开支，藏人渐吝供给，而不知当日实有赀本发商生息，并非向商上分肥。总之，乾隆所定制度，荡然无存矣。
是年十二月，敕谕第十一辈达赖喇嘛曰：“咨尔达赖喇嘛。朕抚绥寰宇，敷锡兆民，期一道以同风，冀九垓之遍德。亦赖洪宣梵义，普结善缘，导引群生，同参胜果。其有能通上乘，继阐正宗，使诸部愚蒙悉资开悟者，宜加多楙奖，元沛宠封。兹以尔慧性深沉，经文谙习，既著灵踪於龆岁，益坚戒律以壮年。承袭以来，皈依者众。朕甚嘉之，故特依前辈达赖喇嘛例，封尔为大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇呾喇嘛达赖喇嘛，改受金册。尔尚振修黄教，主持乌斯，本利济以佑民，迓庥祥而护国。所有图伯特事务，其悉依例董率噶卜伦等，妥协商办，报明驻藏大臣转奏，俾图伯特阖境延釐，众生蒙福，弥勤启迪，用副绥怀。兹随册赍往金银、采币、玻磁器皿，尔其敬承，以光我国家亿万年无疆之休命。钦哉！”
二十六年十二月，琦善以披楞，即英人，请定界通商闻，诏耆英以守成约拒之。二十七年七月，耆英复以英、德使请於西藏指明旧界派员前往闻。谕驻藏大臣斌良密查，如无流弊，自应照旧奏准允行，倘心怀诡谲，即当据理駮饬。并谕海善派员往查，事寻中辍。
二十八年，赏公爵策旺顿柱宝石顶、双眼花翎。咸丰二年，达赖亲往布赉绷、色拉、噶勒丹及南海、琼科各寺院熬茶讲经，诏帮办大臣额勒亨额妥为照料。寻病殁，由驻藏大臣穆腾额奏驻�