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20世纪80年代以来，由于一些政府主导的企业孵化项目效果令人失望，许多企业虽然在政府的资助下成立了，但是存活率很低。政府直接使用优惠税收政策资助新创企业的做法受到了广泛的质疑和批评。在孵化器运行的过程中，人们逐渐认识到，政府部门的最大优势在于拥有庞大的区域网络和广泛的联系，能够以极低的成本向创业者提供大量非常有价值的信息、关系和建议。研究者还发现政府部门与其他组织的协作能使企业孵化项目更具成效，这些机构包括中介服务企业、教育研究机构、金融支持机构等，人们开始把企业孵化和城市创新系统联系起来。
观念上的变化彻底改变了政府在企业孵化支持方面的基本战略。政府开始从直接资助转向信息和网络的支持。后来政府在孵化器中的主要职能开始转化为政府部门、企业界、研究教育机构、社会团体的全面协作，孵化器的经营主体转向多元化，既有政府合作和资助型的孵化器，也有企业投资型的孵化器。但是，政府在孵化器运作中的作用还是不可或缺。
到了20世纪80年代中后期，美国大多数州通过了有关建立企业孵化器项目的立法，这标志着政府的支持由直接资助转向更系统的全面支持。例如：政府提供创业教育和培训、种子资金和启动资金、技术支持服务等，再通过提供部分资金和优惠政策引导创业基金和风险投资公司解决新创企业资金短缺的问题，建立区域性的技术转让中心，促进新技术的转化、扩散和应用；同样孵化器对新创企业的支持不再限于基本管理职能，还有管理技巧、工作经验和技能，从而为新创企业的发展奠定了良好的基础。
但是到90年代之后，孵化器的运作又出现了新的问题。虽然孵化器的运作不以赢利为目的，但是在财务上常常不足以自负盈亏。治理结构不合理，管理上差强人意，经济来源陷于枯竭，导致许多孵化器处于挣扎求生的境地。经营班子不得不花费大量的时间去化缘，根本就没有时间用于培育新创企业，结果全职执行主管人数急剧减少，并且只将不到10％的工作时间花费在直接支持新创企业的工作上。
在这种情况下，人们开始对孵化器的运作进行反思。孵化器的中心任务是帮助创业者发展企业，孵化器不应该是一个准政府机构，而应该是一个新创企业。这意味着孵化器应该按照企业模式运作，因为一个充满官僚习气的孵化器，不可能为不断适应环境变化的新创企业提供真正有价值的创业支持。
孵化器在它的发展历程中遇到的最大问题是它的身份之惑——它到底应该是一家公益机构，还是一家经营性机构？它到底应该是一个政府性机构，还是一家企业？不弄清楚这个问题，孵化器就难以长续健康发展，也就谈不上为新创企业提供良好的孵化环境了。 。。
孵化器之困（2）
和许多人想象的不一样，中国孵化器的发展在世界范围内并不落后。从数量上看，在目前世界上将近5000家孵化器中，美国有900多家，中国有600余家，位列第二；从成立时间上看，1987年，东湖创业中心作为中国首家孵化器面世，在世界范围内也属于老资格了。中国现在在孵化器里孵化的有5万家企业，100多万人，其中90％以上受过大学本科及以上教育。这些企业研发的生产应用类技术几乎涵盖了所有领域。这是中国技术创新大军中一支非常重要的力量，这股力量的存在自然引起了国际社会的关注，他们认为这是中国改革的一项重要成就。因此在2005年的APEC会议上，一些国家要求中国要履行大国义务，向其他国家输出孵化器模式。
但就是发展得很好的中国孵化器事业同样遭受了身份之困。目前中国600余家孵化器中90％以上仍然是政府主导，也就是说它是要依靠政府输血的，不具备自生能力。而且这种体制之困决定了它们难以在更高层面的服务上有更大作为。
最初的孵化服务是比较简单的注册、培训、后勤等服务，但是伴随着企业的成长，它们所需要的服务也在升级，它们需要的高层次法律、管理以及投融资服务，孵化器已经难以为它们提供。尤其是孵化器受限于现有体制，在投融资服务上难以满足中小高科技企业的融资需求。根据发表在《科技创业》2005年第1期上的《中国科技企业孵化器问题研究报告》，中小科技企业融资覆盖率大约只有20％～30％左右，同时，由于我国投融资市场体系的不完善，引进风险资本的成功率很低，一般不超过5％。研究人员对孵化器的调查过程也证明了这一点，一方面投融资渠道建设最为关键的因子被提取出来，另一方面又无法进入孵化器绩效评价的回归方程，这充分说明了投融资服务是中小高科技企业的现实需求，然而科技孵化器的现有运作模式却无法满足这一需求。
解剖孵化器
2008年5月，四川成都教育科技园找到工作室，希望就其未来发展战略问题进行合作。这也是一家老资格的孵化器，始创于1994年，前身为四川省各大专院校科研项目成果转化基地。与许多政府背景的孵化器不同，成都教育科技园从一开始就是民营的。2005年12月，经省市科技管理部门推荐，教育科技园被科技部认定为国家高新技术创业服务中心，成为全国首家纯民营国家级创业服务中心。民营的背景使得它最初的道路走得更为艰难，但是也为后来的运作提供了更大的空间。
如今的教育科技园已拥有孵化场地及配套设施4万平方米，形成了年产值3亿多元，年税收2000万元的孵化规模，成为一家以电子信息为主，生物医药、新材料为辅的综合型科技企业孵化器。同时，为进一步探索一条为科技企业提供从研发、中试到产业化全过程的创业服务之路，教育科技园又投资建设了获得“中小企业创业示范基地”称号的成都海峡中小企业科技园。
作为一家孵化器企业能够做到这样的规模已经相当不简单，而作为一家民营企业能够走到今天更不容易。因为孵化器作为一种服务提供商在相当程度上分担了政府的职能，提高了企业成活率，解决了就业问题，增加了税收，所以孵化器一开始是由政府直接投资并且直接走到前台来服务的，在随后的发展过程中，才逐渐出现多种资本混合的形式。 。。
孵化器之困（3）
对于政府而言，堤内损失堤外补，对孵化器的投入可以从就业、税收上面获得回报，但是对于孵化器，尤其是自负盈亏的民营孵化器来说，从在孵企业身上获取的回报相当有限，而相应的风险却不小，其付出的努力没有得到相应的回报。这样的模式在短期内可以通过一些政策或者补贴的方式来弥补，但是对于一家要考虑十年甚至百年大计的企业来说，这显然不是长久之计，必须找到合适的商业模式，既为在孵企业提供优质服务，也搞明白自己的蛋糕在哪里。
对于成都教育科技园来说，它遭遇的问题是带有普遍意义的，那就是作为孵化器，它的定位到底是什么？
2008年6月，在成都教育科技园王总的陪同下，我们前往武汉东湖创业中心进行考察。作为国内孵化器老大哥的武汉东湖创业中心在创立后的十余年间一直是国内孵化器的样板，然而这个“标兵”却在2001年前后做了“逃兵”。东创主任龚伟如今说起来还颇有几分得意：“当时其他孵化器的负责人见到我都说，你们是国家树的一面旗帜，怎么就改制了，是不是不做孵化了？从中央到地方，大家观察了我们三年，最后得出结论说你们是对的，你们还是做孵化。”
改制的过程颇有几分逼上梁山的感觉。2001年，武汉市为了创建国家光电子信息产业基地，准备投资十个亿打造两个核心项目，一个是光谷广场，一个是创业街。打造创业街的任务落在东湖创业中心的头上，但是政府投资建完光谷广场之后却没有钱再来投资创业街。没有钱，但是要出成果，东创在情急之下打起了“毕业”企业的主意，请他们入股，投资建设。不用龚主任多费口舌，这些创业者对创业街的价值心知肚明。事实证明，这是一条真正双赢的道路，东创不但顺利完成了几十万平方米的开发建设，还走出了孵化器建设的一条新路——产权式孵化器SBI（Shared Business Incubator）。通过孵化器投资主体的多元化实现孵化器建设的商业化运作。SBI建设不再依靠政府投入，而是靠社会机构、企业投资者及个人投资者以共享孵化器物业产权的形式投资建设，这样既可以调动社会资金，满足中小企业对于孵化器的要求，又可以使投资者分享创新企业与孵化器的成长带来的收益。
伴随着SBI走出一条新路，东创中心也完成了改制。因为发展到一定程度，改制成为一种内在的要求。龚主任的解释是：“原来的体制走不下去，走不下去的原因是留不住人，留不住人的原因在于提供不了那个待遇，没有人却要做科技型企业孵化器，那是笑话。你没做过企业怎么为别人提供咨询？我们今天到企业去给别人做咨询的时候底气很足，因为我们是很成功的企业。不是说我们赚了多少钱，而是我们知道怎么赚钱。原来我们不是企业，原来我们是政府，政府去孵化企业，很多时候没有真正起到孵化的作用。”
东创借改制之势在全国布局，目前已经在东西南北中五个城市设立了市场接入机构，把武汉东创的模式在全国范围复制。虽然东创的改制还没有完全结束，打造一个完善的模式还需要更多的时间，但是东创的发展方向无疑是符合孵化器发展规律的。
纵观世界各国孵化器的发展，大致经历了四个阶段：着眼于企业组织的创立、从单个孵化器转向孵化系统、孵化器的企业化运作和创业孵化集团的出现。
孵化器之困（4）
20世纪90年代以来，孵化器的运作逐渐呈现集团化的趋势。随着孵化器的科技成分越来越高，传统的不具备或缺乏创业经验的孵化器只能帮助新创企业生存，对新创企业快速成长的价值非常有限。而由风险投资、地产开发和控股公司组合而成的孵化器集团，除了向新创企业提供办公场所和技术研发平台、企业管理咨询支持和服务、技术开发计划、市场营销、竞争研究分析、法律顾问、会计等外，更重要的是为新创企业提供风险投资资金、企业发展战略、品牌经营和公司治理结构方面的支持，其目标是追求企业孵化的最终成功。
孵化器集团的出现解决了孵化器自生能力的困境。作为孵化器建设和孵化器运营商的孵化器是不以赢利为最高目标的，他更关注在孵企业所需要的硬件条件，而作为风险投资人和地产开发商的孵化器则可以分享在孵企业成长的红利。由于与在孵企业的合作关系，孵化器风投机构对于在孵企业的了解更充分，判断更准确，投资回报率也更高。通过孵化集团这种方式，可以解决孵化器赢利模式的难题。
综合美国、法国、以色列以及中国这几个孵化器做得比较好的国家的经验，工作室认为：孵化器作为国家科技创新体系中的关键环节，离不开政府的支持，在孵化器发展的历史中，无论是发达国家还是发展中国家，政府都扮演着重要的角色。各国中央和地方政府都通过不同形式的支持，如直接资助和补贴、优惠税收政策等，支持孵化器的建立和发展。此外还为新创企业与各种机构协作提供支持，加强企业间的交流与合作，搭建社会关系网络平台。
但是离不开政府并不等于由政府来运作，孵化器的发展从政府主导到政企合作再到企业主导，政府逐渐从前台到后台，从事无巨细到营造环境，而企业逐渐成为运营的主体。孵化企业的孵化器本身首先应该是一个企业。虽然孵化器有多种所有制形式，但企业化运作模式是孵化器发展的趋势。孵化器采用企业化模式经营，而非一个政府的附属机构或部门，按照市场经济的规范界定各层组织的产权，使得产权明确。由类似董事会、监事会和专家委员会等组织对孵化器的运营进行管理，通过提供一定的综合设施或服务，进而收取一定的费用，带动本企业的发展。
未来的孵化器一定是采取多元化发展模式，逐步由政府主导投资模式转向大学科研机构、大企业、民间机构和国外资本共同参与的投资模式，政府在孵化器发展的进程中主要扮演领路人的角色。未来的孵化器会越来越多地成为融合了风险投资、专业孵化服务（例如企业管理咨询�