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战斗过后，双方都在吹嘘自己的胜利。10月29日，拿破仑给皇后约瑟芬写信道：“亲爱的，我只能告诉你一句话，我现在正住在一间破谷仓里，我已击败了俄国人，并夺获了30门炮和他们的辎重，俘获了6000人。但天气极坏，不断地下雨，而且泥深过膝。”
俄国的本尼格森在给亚历山大的报告中也吹嘘说，他在普乌土斯克将拿破仑打伤了。不管双方如何吹嘘，他们心里都明白：自己的对手是强大的，是不容易对付的。
面对恶劣的天气及各种必需品奇缺的状况，法国部队已不像往常那样热情高涨，而是口出怨言，意气沮丧。当拿破仑骑马经过部队时，再也听不到〃皇帝万岁〃的欢呼声，听到的只是长途行军后的痛苦呻吟声。北方的严冬、路面的泥泞以及士气低落使得拿破仑认为继续作战已不可能，他决定让军队就地宿营过冬，以待来年春季采取行动。
俄军退到了纳雷夫河上游的沃姆日阿及其以北地区。由于卡门斯基年老体弱，力不从心，在前次作战中远远落在战场后面，沙皇只好免去了他的职务，命令本尼格森接任俄军总司令。本尼格森见法军停止军事行动，也让俄军宿营过冬。
这时，一个意外事件打破了拿破仑的冬营计划。内伊的第6军宿营在沃斯特鲁达地区，由于此地人烟稀少，难以满足部队就地补给的需要，内伊擅作决定，派出一支部队向北面较为富饶的地区进行一次突袭，以取得更多的给养。内伊的鲁莽行动给本尼格森造成一种错觉，以为法军又开始了作战行动，于是，他立即率领63000人向西前进，企图将内伊赶过维斯瓦河。1月25日，俄军迅速反攻到莫龙格地区。这一突如其来的反击，严重威胁到法军左翼和托伦这个前进补给基地的安全。1月25日，贝尔纳多特的第一军向莫仑格开进，挡住了俄军的进攻。
拿破仑对内伊的鲁莽行动极为恼怒。此时开战，对法军非常不利。可事情既已如此，拿破仑只得迅速作出反应。1月29日，他命贝尔纳多特军实施机动防御，采取诱敌深入的方法，且战且退，把俄军诱到维斯瓦河一线，其余兵力则向敌侧后实施大迂回，切断敌军退路，然后加以合围歼灭。贝尔蒂埃立即派人将皇帝的命令送往各军。法军开始顶着鹅毛大雪飞速行军，拿破仑的大本营也以惊人的速度搬迁着，1月30日上午6时从华沙出发，31日中午就到达威仑堡，一天多行程80英里。2月3日，各军都到达了预定的集结位置，准备对俄军发起攻击。
就在这时，贝尔蒂埃派去给贝尔纳多特下命令的信使被哥萨克骑兵抓获了，拿破仑的作战计划暴露无遗，本尼格森立即意识到自己的处境十分危险，于是，当机立断，迅速率领部队朝东北方向哥尼斯堡撤退。拿破仑见敌军想溜，立即下令部队向北追击。贝尔纳多特因未接到拿破仑的命令，留在原地没有行动。
2月7日，由缪拉的骑兵和苏尔特的第4军组成的前卫在艾劳城追上了俄军后卫。苏尔特军迅速迂回到俄军后卫的左翼，俄军后卫见势不妙，乘黑夜放弃艾劳，退回到主力所据守的阵地——艾劳东面的山脊上。这时，拿破仑的大军都已赶到此地。
2月8日清晨，炮声隆隆，战斗打响了。奥热罗率军勇猛地向敌军阵地冲去，突然间风雪大作，法军士兵几乎睁不开眼睛，根本找不到射击的目标。而此时的俄军处于顺风位置，他们把火炮架在山岗上，居高临下地对风雪中迷失方向的法军实施猛烈轰击。法军士兵一批批地倒下，奥热罗也受了轻伤，这支部队不得不败下阵来，俄军的哥萨克骑兵团乘势收复了艾劳城。拿破仑见此情景，亲自率领军队向敌人展开进攻。
这是一场名副其实的血战。由于气候恶劣，双方打的是一场硬拚仗，往来厮杀，急剧搏斗，尸横遍野。这时，拿破仑意识到要使士兵在俄军猛烈炮火下奋勇作战，毫不退却，他本人的行动将是关键。于是，在洛迪桥和阿尔科拉桥战斗中所出现的那一幕又重现了：拿破仑在连续好几个小时的激烈战斗中，始终站在战斗的最前沿，俄军炮弹打断的树枝不断地落在他的头上，有次他竟差点被落在附近的炮弹炸死，但他毫不畏惧。贝尔蒂埃多次下令备马，让他尽快撤离这个死神的王国，都被他拒绝。他站在那里一动不动，冷静地发出一道又一道新的命令，还不时地发出〃好勇敢呀〃的叫喊声。他身边的近卫军换了一批又一批，脚下躺满了军官和士兵的尸体，他始终在那没有移动位置。拿破仑的勇气鼓舞着他的大军，英勇的奥普尔将军策马奔至皇帝面前，大声说道：“陛下，等着看我的刀吧，砍敌人的脑袋就像切奶酪一样快！〃他率领一个团队冒着敌军的炮火，勇猛地插入敌军阵地，哥萨克士兵开枪扫射，把他们打得血肉横飞，死里逃生只有18人。被迫挥师后撤的奥普尔将军不甘失败，又向敌人发起两次冲锋。第三次，他一边冲向敌军，一边吼道：”胸甲骑兵们，以上帝的名义冲啊！勇敢的胸甲骑兵们，冲啊！〃可是，敌人无情的扫射又使大批勇士倒下，跟着将军冲上去的只有寥寥数人。很快，这几个人也被敌军击毙，奥普尔将军身中数弹，当场阵亡。法军一批批地倒下，新的军队又不断补充上去，拿破仑依然站在他们中间巍然不动，与敌人展开殊死的搏斗。
战斗进行了一整天，双方损失极其惨重，拿破仑与本尼格森都有些吃不住劲了，士兵们也已达到了精疲力竭的地步。正在这关键时刻，达武军克服风雪阻挠，成功地迂回到敌军左翼。俄军受到夹击，防线开始动摇。夜幕低垂时，本尼格森终于坚持不住了，率领全军向哥尼斯堡撤退。
由于损失严重和天气恶劣，法军已无力量实施有力的追击，只是在第二天由缪拉率领少数骑兵象征性地追赶一段。艾劳一战是拿破仑自指挥作战以来流血最多的一次战役。800 00法军参加战斗，损失了15000人。俄军损失更为严重，73000人中损失了18 000人。虽然法军最终成为战场的主人，但拿破仑心里很清楚：本尼格森并没有真正被打败，他还保持着威力强大的、十分善战的军队。
艾劳之战后，医院里住满了伤员。在战场四周好几公里以内的空气中，充满着尸体腐烂的臭味，病菌也在迅速地传播开来，拿破仑决定离开这个地方，他将法军向西南撤了几十公里，准备在帕萨格河西岸休整、补充，宿营过冬。
大批法军远离本国几千里，既缺乏粮食，也没有过冬装备，伤病员充满医院，还需要补充新兵。拿破仑骑着马，踏着泥泞的道路，到医院里慰问伤病员，到部队中和士兵谈话，他总是尽最大努力解决一切困难。为了激励艰苦环境中的士兵，拿破仑没有到奢华的华沙宫去舒舒服服地过冬，而是留在前线与士兵同甘共苦。他写信给哥哥约瑟夫说：“在15天中，我没有脱过一次鞋。我们生活在雪和污秽之中，没有葡萄酒，没有烧酒，没有面包，我们吃马铃薯和肉。长途行军和后撤，没有一点舒服的地方。作战通常是进行血刃战，或者冒着枪林弹雨，受伤的人被放在敞篷的雪橇里，运到50里路之外……我们尽全力作战，也受尽战争的折磨。”
为了准备来年春天的战争，拿破仑撤销了在艾劳战役中损失严重的第普军，提前征召了1808年度的80000名新兵，把其中25000人补充到前线各军。同时，积极采取外交手腕，诱使土耳其对俄国采取更有力的进攻行动，迫使沙皇亚历山大一世不得不把更多的部队调到同土耳普军队作战的前线。拿破仑还向波斯派去一个使团，希望波斯国王能在俄国东部各省区给俄军以打击。西班牙也接到了拿破仑的一份文件，文件要求西班牙支援法军15000人，西班牙国王不敢稍有迟疑，立即将15000人送到拿破仑军中。拿破仑还签订了不少条约，根据这些条约，法军中又补充了不少德国人、意大利人和荷兰人。
这几个月强制性的军事上的沉寂，是拿破仑活动最紧张的时期。他以其旺盛的精力和坚强的意志解决了许许多多各式各样的问题。几乎每隔三四天，就有来自巴黎、阿姆斯特丹、米兰、那不勒斯和柏林的信使们求见。他们带来大臣们的奏折及元帅和地方长官的战斗报告，请求拿破仑过目，然后，再带走拿破仑作出的最后决定。拿破仑有时住在谷仓里，有时住在农舍中，不知疲倦地阅读文件、口述命令和决定。在一天当中，他草拟了关于加强税关检查的命令；签署和修改了为军官儿女设立学校的章程；申斥了自己的弟弟、荷兰国王路易；命令了巴伐利亚国王加强在提罗尔的监督。他还注意到了文学，他对《法兰西水星》杂志上的文学观点十分生气，命人立即改变这个杂志的全部文学见解，顺便挑选新的编辑，让新的编辑放聪明些。他也熟悉里昂丝业的生产情况，也知道巴黎国家剧院的演员们为什么彼此勾心斗角。他命令把斯塔埃尔夫人赶出巴黎，因为她具有自由主义的思想方式。他审查财政部的报表，发现了其中的错误和不准确的地方。他任免了意大利的官吏，发出关于密切注意奥地利及其军事准备活动的指令，还规定要在普鲁士城市和乡村进行人口调查。
如此众多纷繁复杂的事情，都被拿破仑迅速而明确地解决了。人们对他的工作狂热态度感到惊讶，他可以几天不睡觉，毫不倦怠地拟订着各种政策和计划，有人曾这样评价他：他的毅力远比他的智力更可怕。
1807年5月26日，但泽的普鲁士守军经过长期的围困后，终于向法军投降，法军不仅拔除了侧后的这颗钉子，而且还在那里发现了大量粮食和各种物资。粮食问题在春天明显好转起来。
与此同时，俄军也在加紧补充兵力和物资。亚历山大一世为了在将来的战斗中更有把握取胜，他在集中俄国人民的物质力量的同时，还准备集中俄国人民的一切精神力量。他向东正教的领袖们发出了求援信，牧师们立即起来响应，他们宣布拿破仑是恶魔的先驱，是基督教信仰的凶恶敌人，因为他顶礼膜拜穆罕默德，拒绝信奉基督教。他发动对俄战争，目的就是要摧毁东正教。牧师们号召俄国人民行动起来，同反基督教的恶魔进行圣战。可是，亚历山大一世还没来得及把人民的宗教情绪煽动起来，一场大会战已悄悄地拉开了序幕。
5月初，随着天气的变暖，拿破仑命令前线各军开始集中，充分做好战斗准备。6月5日，俄军巴格拉季昂部首先发起进攻，直逼内伊的第六军，因为此军离俄军驻地最近。由于众寡悬殊，内伊且战且退。拿破仑本打算6月10日向俄军展开进攻。现在，敌人突然进攻，拿破仑也不慌张，他立即草拟了一个新的计划，命第一、三、四、八军和第五军迅速发动反攻，俄军在来势凶猛的法军打击下，被迫退进海尔斯堡要塞。
海尔斯堡深沟高垒，是普鲁士多年经营的重点要塞之一。6月10日，双方在海尔斯堡展开了一场激烈的战斗。法军连续攻打一天，未能取胜，而且伤亡惨重。俄军经过一天的顽强抵抗后，也已精疲力尽。正在这关键时刻，法第三、四两军从俄军右翼向其侧后迂回，准备切断要塞守军与哥尼斯堡的联系。要塞中的俄军惊慌失措，主动放弃海尔斯堡，朝哥尼斯堡退却。
6月12日，法军转入追击。拿破仑决心在敌人进入哥尼斯堡要塞之前，拿下这个普鲁士的最后据点。双方军队都在冒着大雨行军，为抢先到达目的地进行了一场意志和耐力的竞争。
6月14日凌晨3时，法军第五军赶到弗里德兰。这时，俄军也已到达这里，正准备利用阿勒河上的唯一一座桥梁渡河。拉纳立即命令已到达的部队就地展开，抢占有利地形，架好火炮，进行射击，以阻止敌军渡河行动。拉纳以10000人的兵力顽强地抗击着俄军5 0000人，俄军欲进无路，欲罢不能。战斗从凌晨一直打到下午5时，每个法军都在咬紧牙关，坚持到生命的最后一分钟。就在这时，拿破仑率领着第六、第八、第一军和近卫军赶到了，疲惫不堪的拉纳军欢呼雀跃起来。这一天正好是马伦哥会战七周年的纪念日，拿破仑向欢呼的士兵高声说：今天是大吉大利的日子，是马伦哥大捷的纪念日，俄军将在这一天重蹈奥军的覆辙。法军士气更加激昂。
拿破仑立即对战场进行了一番勘察，他发现俄军犯了一个致命的错误：俄军急于渡河，50000人全部集中在狭窄的阿勒河湾，而背�