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吕不韦因送假太监进宫伴太后，犯下欺君之罪，本当连坐，因念他侍奉先王有功，功罪相抵，被免去相国职衔，勒令去河南乡下闲置。吕不韦在河南住了一年多，山东各诸侯国，多派遣使问讯，使者络绎不绝。这件事被嬴政知道后，为了防止他谋变，嬴政就派人给吕不韦送去绝命书，信中对吕不韦大加斥责：“你对秦国有什么功劳，却能封土洛阳，食邑十万？你和秦国又有什么亲缘，却得到仲父的称号？你快给我滚到西蜀去吧！”
吕不韦看完书信，长叹数声，几乎泪下。他想如果告知嬴政自己是他的生父，那么性格暴戾高傲的嬴政，为了不让家丑暴露，肯定不会放过自己，可是如果去了西蜀也不会有什么好结果，想来想去，他觉得不如就此自尽，免得受苦。便取了鸩酒，勉强吞下，顷刻间毙命。几年后赵姬也死了，赵姬死后，嬴政把母亲悄悄埋在了子楚的陵墓中。
至此，嬴政可以说是清除了对自己政权构成威胁的所有对手，于是他便开始对六国采取了军事行动。在嬴政手下，有一批很有才干的文臣武将，在他们的辅佐下，嬴政采取了远交近攻，集中兵力，先易后难，中间突破，后扫两翼，最后灭齐的方针。在执行中又及时抓住可乘之机。灵活机动地变通主攻方向，在军事进攻的同时，配合以政治上的分化瓦解，两者结合，得心应手，加速了统一的进程，前后用了十年的时间灭掉了六国，统一了中国。
最先灭掉的是韩国，秦王十四年，即公元前233年，韩国割地称臣，也没能挽救败亡的命运。三年后，秦国俘虏了韩王，灭掉了韩国；然后秦国攻打赵国，俘虏了赵王，公子嘉逃到了代郡，称代王。到秦王二十五年，代王也被俘，赵最后灭亡。
在秦王二十年，大将王翦领兵攻燕。在易水西面秦兵打败了燕、代联军。攻占了燕国都城蓟城（今北京）。燕王向辽东方向出逃。后来，燕王只得杀死了曾经派荆轲刺杀秦王的太子丹，把他的头献给秦军求和。到秦王二十五年，燕国最后的一个王——喜被俘获，燕国也被灭了。同时，魏国也被秦军灭掉。
秦王二十三年，攻打楚国的秦军因为兵力太少，被楚军打败。秦王又派老将王翦出征，并听从他的建议，给了六十万重兵，结果，王翦用了三年时间，终于拿下了楚国。
最后灭掉的是齐国。在秦国先后对其他五国用兵时，齐国不但袖手旁观，而且和秦国结盟，根本没有意识到自己的前途和其他五国一样。因此，齐国没有做任何战争准备。等到秦王二十六年，五国都被灭掉后，齐国这才派兵准备抵御秦国，并和秦国断交，但为时已晚。秦国大将王贲在最终灭掉燕国后，领兵大举南下，一战俘获了齐王。从此，春秋战国以后在中国大地上形成的诸侯争霸，连年混战局面结束了，六国统一于秦。秦的疆域异常辽阔，北到长城和阴山，南到南越，即现在的岭南地区，秦还设置了南海、桂林、象郡进行管理。疆域的西界是陇西，东则延伸到了辽东。
这时，嬴政才三十九岁。
实行改革建帝国
统一六国以后，嬴政认为自己德高三皇，功过五帝，于是将皇和帝并称为“皇帝”，因而称自己为始皇帝，意即从他开始，从此以后，中国历代君主均称皇帝，的后世称二世、三世，以至万世，传之无穷。他推行了一整套维护统一封建帝国的改革措施，对中国政治、经济和文化的统一和发展起到了巨大的作用。
秦始皇认为必须由皇帝来掌握全国的政权，不能再像西周那样分封诸侯，各管一地，致使最后诸侯各自独立，中央无法控制，这才导致了天下大乱。
于是他废除了自殷、周以来的分封制，实行郡县制，即把全国分为三十六郡，郡下设县，郡的长官是郡守，县的长官有两个名称，一是县令（万户以上），一是县长（万户以下）。县以下依次是乡、亭、里、什、伍，是一种准军事化的管理体制，基层百姓五家为一个单位，由伍长负责。什则由十家组成，由什长负责。
在中央设三公九卿，帮助皇帝处理国家大事。三公是丞相、太尉和御史大夫。丞相是最高行政长官，辅助皇帝处理政务，同时负责对文武百官的管理。太尉则是最高的军政长官，负责军事事务，但他平时没有军权，战时也要听从皇帝的命令，而且要有皇帝的符节才能调动军队，军权实际上也是掌握在皇帝手中。御史大夫是负责监察百官的，也是副丞相，皇帝的诏令一般由御史大夫转交给丞相去执行。
三公的下面是九卿：奉常，掌管宗庙礼仪；郎中令，负责传达皇帝命令，以及皇帝的警卫；卫尉，就是宫廷的警卫首领，负责皇帝住所的日常守卫；太仆，主要工作是负责侍从皇帝，掌管皇帝的车马；廷尉，掌管全国的司法事务，负责审理重案要案；典客，负责国家的外交事务，同时负责内部少数民族的事务；宗正则是专门管理皇室事务的官员；治粟内史，管理中央财政，并负责全国的税收工作；少府是皇帝个人的财政官员，管理归皇帝私有的山泽湖泊和宫廷手工业。
秦朝对于官吏的管理是很严格的，制定了很多处罚官吏的法令。官吏犯法，不是像西周那样享有特权，而是加重处罚。这使得秦朝的吏治非常清明，政府的办事效率极高。对于官吏要求很严，必须通晓法律，但也给了很高的地位。
这样从中央到地方，一切权利均集中于皇帝，大大加强了中央集权制的君主统治。
除了政治体制改革外，秦始皇还采取了一系列的措施来巩固集权统治。
为了保卫北方领土，他让大将蒙恬率军北防匈奴，并把战国时期各国修筑的长城连接起来以抵御匈奴的袭击，秦的长城西起西起甘肃岷山，东到辽东，共一万多里，号称“万里长城”。这是我国古代劳动人民修建的一项伟大工程，也是世界奇迹之一。
秦始皇还下令修建官道，即弛道。以咸阳为中心，共修成三条，一条向北通到了内蒙；一条通向东面的河北和山东，直到海边；一条向南，通两湖和江苏。弛道宽达五十步，两旁每三丈远就种一棵青松树。弛道的建立，大大缩短了信息传播的时间，有利于中央集权的加强和政令的及时传达。
为了根绝先前六国后裔的反叛行动，秦始皇将后裔贵族们连同富豪等12万余户，一律迁到了咸阳附近，这样便于监视，同时也繁荣了都城的经济。
同时，秦始皇还改革并统一了原来混乱的度量衡和货币，汉字也得到了统一，以秦小篆为全国通用文字，这大大促进了各地文化的交流。
焚书又坑儒
秦始皇在统一天下之后，志满意骄，凶暴残忍，酷法严刑。无休无止地征调赋税和夫役，修长城、建宫殿、筑陵寝、开边戍守使刚刚脱离战乱之苦的广大农民，又陷于疲于奔命的劳役之中。
秦始皇很喜欢六国华丽的宫殿，所以，每当灭掉一个国家，他都要让人将宫殿的图画下来，然后在咸阳照样仿造。秦始皇却建了其他很多的宫殿，单单咸阳的周围就建有宫殿二百七十多座，行宫在关外有四百多座，关内三百多座。在这些宫殿中，最大最有名的还是阿房宫。因为在秦末已经被项羽烧毁，所以其规模究竟有多大，现在无法估计，但根据历史记载，光阿房宫的前殿的东西就宽达五百步，大约相当于七百米。南北有五十丈，相当于一百一十五米。殿的门用磁石砌成，主要是用来防止人带兵器行刺。在殿门前排列着十二个铜人，即用没收民间兵器熔铸而成的那十二个铜人。但在秦始皇死在出巡的路上时，阿房宫还没有建成，这个巨大的工程，每年都要调用民工七十万人。
另一个宏大的工程是修建秦始皇自己的骊山墓，每年也用工七十多万人。加上其他的用工，如修建长城，修弛道，常年的兵役征发，致使秦朝每年服役的人达三万之多，男子征发不足使用，有时还要征发女子。
为了聚集财富以供自己大兴土木，秦始皇就制定了多如牛毛的苛捐杂税，本来按照传统，人们都主张和长辈同住，以便尽孝，而秦始皇则要成家的男子和父母分居，这样国家可以按照户数多收赋税。
秦始皇的暴政导致民怨沸腾，为了防止老百姓对自己的反叛，秦始皇制定了严酷的法律，秦法仅死刑就分为戮、腰斩、车裂、坑（活埋）、
凿颠（凿破头脑）、抽胁、枭首，并推行连坐法和族诛，这些严重的刑法的实施，就是为了镇压人民的反抗。严酷的法律，使人民生活在水深火热之中，老百姓动不动就触犯了法律，处罚当然就相当严厉，常将人的脚砍断，造成大量的残废人。原来百姓渴望统一，结束无休止的战争，是想从此过上安宁的日子，现在秦的暴政让他们失望至极，秦的民心丧失是它迅速灭亡的主要原因。
秦始皇是中国历史上以残暴著称的封建统治者。焚书坑儒是他最骇人听闻的、震烁古今的暴行之一，数千年来受到千夫所指，众口所矢，几乎妇孺皆知，被称作知识文化和知识分子在中国遭受的首次大规模的浩劫。
秦始皇由于实行严酷法律，引起了士人的不满，纷纷指责秦始皇。丞相李斯主张严厉镇压这些胆大妄为的士人，他给秦始皇写了一封奏疏，要求进行焚书。即除了《秦记》之外的所有史书一律烧毁，全国百姓和士人私自收藏的经书和诸子百家的典籍，也全部由官府统一烧毁。敢再违抗命令，议论政事的人一律处死。如果官吏知情隐瞒不报，也和藏书的人同等治罪。除了少数史书之外，其他的最后只留下了关于农业、卜筮和医药的书籍。
秦始皇同意了李斯的意见，下令全国进行焚书，这是对中国文化的一次清洗，和法律一样是秦朝暴政的集中体现。
在秦统一之前，秦王政对人才的意见可以说是相当重视。但这些是他为了实现其至高无上的统一目标而暂时将其暴戾的一面掩藏。现在统一大业已经实现了，他暴戾的性格便不再掩藏，也没必要掩藏了。因此有人敢批评他，挑战他的权威，秦始皇便不能容忍了。当时很多人对秦始皇的暴政怨愤异常，对他不利的言论遍布天下。这使秦始皇勃然大怒，派出御史到全国各地追查，最后抓到四百六十多人，秦始皇下令一块押到骊山的山谷中，全部坑杀，也就是活埋。因为这些人绝大部分是儒生，所以被后人称为“坑儒”。他还将不少人流放，长子扶苏劝阻他，也被他外放到边疆。
寿终归西
秦始皇非常迷信，有一次他因风水受阻而不能渡湘水，归罪湘君女神作崇，于是遣发3000囚徒，去砍伐山上的树木以资报复。
秦始皇做了皇帝之后，他为了能永居帝位，幻想成神成仙。最初他想皇帝的宝座由他一家独坐，要“传之万世”。但传之万世还不如他自己坐万世更惬意，于是他便迷信成仙，妄想长生不死，于是就千方百计地寻求仙丹妙药，他听信了当时著名的方士，徐福、卢生、韩终、石生、侯公等人的欺骗，多次入海求仙，寻找长生不老的仙药，
秦始皇后来率领百官群臣到泰山封禅，五次大规模的出巡，前呼后拥，浩浩荡荡，劳民伤财，虽有向天下人炫耀自己的文治武功的目的，但到东海寻求长生不死药也是一个非常重要的原因。为了找到神仙，求得仙药，秦始皇的出巡总是到海边去，因为他听说神仙总是在海边出现。到碣石（现在的河北昌黎）一次，到成山（现在山东成山角）两次，到琅邪和之罘三次，就是因为这些地方传说是神仙常来登陆的地点。每到一个地方，秦始皇都要派很多的方士去求仙找药，著名的徐福东渡日本就是秦始皇所派，为秦始皇去求采“长生不死”之药的。
为了兴建阿房宫和骊山墓，秦始皇从全国各地共征发了七十多万民工，耗费了无数的钱财物资，因而遭到了全国人民的反对。到公元前211年，在东郡（今河南濮阳一带）就发生了一起咒骂秦始皇的严重事件。那一年，有颗陨石落到了东郡。有人因为痛恨秦始皇，就在上面偷偷地刻了七个字：“始皇帝死而地分”。这件事传到京城，可把秦始皇气坏了。他马上派御史大夫到东郡去，追查是谁在陨石上刻的字。御史大夫在那里追查了许多天，始终没有查到一点儿线索。秦始皇非常生气，索性下令把陨石附近的老百姓全都抓起来杀了。
秦始皇本来就迷信，自从发生了�