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就朝廷以外的情况来说，满清入关不到二十年，人心并未归附，前明之思还在人们心中隐藏着，尤其是镇守云南的平西王吴三桂、镇守福建的靖南王耿精忠、镇守广东的平南王尚之喜三藩，势力十分强大，多年来一直准备造反。台湾岛上郑成功的后代也虎视眈眈，窥视清朝的东南沿海一带，寻找时机，准备反攻。东北方有俄国军队不断骚扰边境，侵吞土地，掠夺人口财富。西边的西藏也很不安定，西北部的准噶尔部更是气焰熏天，不断向东进扰，北方还有诸蒙古部落，也伺机南下。
朝廷内部的局势就更令人忧虑了，在四个顾命大臣当中，索尼因年纪大了病死后，遏必隆勾结鳌拜，惟鳌拜之命是从。鳌拜是“巴图鲁”（满族语勇士）出身，号称“满洲第一勇士”，性格强暴，为人武勇，极难制服。他在朝廷之上更是专横跋扈、盛气凌人，根本无一点人臣之礼。别的大臣和他意见不合，就遭到排挤打击。他欺负康熙帝年幼，对康熙视若无物，经常当众与康熙大声争论，乃至训斥康熙，直到康熙让步为止。
另一辅政大臣苏克萨哈和鳌拜发生争执，鳌拜便怀恨在心，不久就对苏克萨哈开刀了。事情的导火线是土地问题。
清王朝入关后，曾用强迫手段圈了农民大片土地，分给八旗贵族。顺治初年圈地时，摄政王多尔衮利用权势，将原定圈给镶黄旗的永平府一带的好地让给正白旗，而另拨河间府一带次地给镶黄旗。这件事当时曾引起一场风波，但事过20多年，旗民各安生业，旧怨也已淡忘。鳌拜掌权后，仗势扩大占地，而且旧事重提，让正白旗与镶黄旗互换土地，目的是讨好自己和遏必隆所在的镶黄旗，而打击苏克萨哈及其所在的正白旗。
这件事引起朝野上下的普遍反对，正白旗人诉告到户部。大学士、户部尚书苏纳海认为不可，直隶总督朱昌祚以此举会造成数十万失业者而抗疏称其不便，保定巡抚王登联以圈拨扰民而疏请停止。鳌拜诬陷这些官员大逆不道，矫诏将这三位大臣诛杀。
随后，螯拜还勾结同党诬告苏克萨哈犯了大罪，奏请康熙帝把苏克萨哈凌迟处死。康熙帝认为他无罪，不肯批准，鳌拜就在朝堂上跟康熙帝争了起来，康熙仍是不许，鳌拜竟捋起衣袖，拔出拳头，大吵大嚷，上前要打康熙。康熙帝非常生气，但是一想鳌拜势力不小，只好暂时忍耐，由他把苏克萨哈杀了。
这样，朝廷之上就只有鳌拜一党了。他把持了朝廷大权以后，独断专横，大肆捕杀异己。
1667年，康熙十四岁，按照当时的规定，他可以亲政（即亲自处理政事）了，但有鳌拜专权，他无论如何是亲不了政的。面对这种内忧外困的局面，康熙如果想开创一个太平兴盛的朝代，必然要有非凡的谋略和气魄。少年康熙表现出不同于一般人的胆识。首先，他决定除掉鳌拜，掌握实权，然后再作他图。康熙除掉鳌拜的方式极具少年的心性特点。当时，鳌拜掌握军权，如果直接下令捉拿，必定会引起叛乱，那样不仅鳌拜捉拿不到，连康熙自己也将危险，朝中的正直大臣，甚至太后都对此一筹莫展。一次，鳌拜称病不朝，康熙亲自去看望他，鳌拜躺在床上，卫士见他的神色有异，急忙向前检查，揭开被子，发现鳌拜的身下藏着一把极其锋利的匕首，鳌拜当时极为紧张，卫士也不知如何处置，康熙却突然插话道：“随身携刀是满族人的风俗，不必大惊小怪。”康熙在不动声色之中稳住了鳌拜。
明捉不行，那么用什么办法才好呢？康熙终于想出一计，并且不动声色地干了起来。满族人喜欢“布库”（摔跤），康熙就挑选了一些身体强壮的贵族少年子弟，到宫中练习摔跤，练了一年有余，技艺大为长进，康熙也不时到摔跤房去练习，居然也窥得了门径。宫廷中的王公大臣以及后妃太监尽知此事，但都觉得是少年心性，十分自然，没有任何人怀疑康熙有什么其他的动机。就连螯拜也是如此。他经常进宫去，看到这些少年吵吵嚷嚷在御花园里摔跤，只当是孩子们闹着玩，一点也不在意。在不知不觉之中，康熙的这支“娃娃兵”就练好了。
在这期间，康熙还依照中国传统的“将欲夺之，必先与之”的做法，连连给鳌拜升官，鳌拜父子先后被升为“一等公”和“二等公”，再先后加上“太师”和“少师”的封号。不仅稳住了鳌拜，还使他放松了戒备。
在康熙十六岁那一年，一切终于准备就绪了，他先把“娃娃兵”布置在书房内。有一天，鳌拜接到康熙帝命令，要他单独进宫商量国事。鳌拜像平常一样大模大样进宫去。刚跨进内宫的门槛，忽然一群少年拥了上来，围住了鳌拜，有的拧胳膊，有的拖大腿，登时把鳌拜掀翻在地，死命按住。鳌拜虽然是武将出身，力气也大。可是这些少年人多，又都是练过摔跤的，鳌拜敌不过他们，一下子就被打翻在地。任凭他大声叫喊，也没有人搭救他。康熙又让“娃娃兵”把鳌拜捆绑牢靠，投入了监狱。
这群“娃娃兵”做完了一件大事，鳌拜尚且蒙在鼓中，还以为是小皇帝爱胡闹，让他们捉鳌拜较量功夫呢？也只有这样，才能守得住秘密，否则，鳌拜的耳目极其众多，只怕要“出师未捷身先死”了！
在捉住鳌拜之后，康熙立即宣布了他的十三大罪状，并组织人审判鳌拜，把鳌拜集团的首恶分子也一网打尽。大臣们认为，鳌拜专横跋扈，擅杀无辜，罪行累累，应该处死。但康熙帝对鳌拜做出宽大处理，免于处死，终身监禁；对遏必隆仅革太师，后还公爵。不久，鳌拜死于狱中。
这样处理，不仅一举清除鳌拜及其同党，而且稳住了镶黄旗。当时，康熙帝年仅14岁，而部署周密，沉着机智，处理得当，不失分寸，初露其胸怀谋略、临机果决的政治家风范。
此后，康熙又为受鳌拜迫害和打击的人平反昭雪，发还了被鳌拜霸占的民田，又限制了奴仆制度，改革了政府机构。康熙真是“三年不鸣，一鸣惊人”，他这些雷厉风行的重大举措，使得一些反应慢的大臣简直有目瞪口呆之感，但他们很快就缓过神来，觉得康熙实在是一位英明的君主。群臣都不敢再把他当小孩子对待了，康熙也从此集中了权力，建立了威信。
康熙在从七岁到十六岁这段时间中虽然因鳌拜专权而备受牵制和压抑，但他的少年生活基本上还是自由和正常的。也许是满族人刚刚入关的缘故，他们还没有汉人皇族那样严格的礼教观念，也不按汉人那样严格地照规矩去生活，所以，康熙在少年时代还可以像一般人家的子弟一样在身心两方面得到较为正常的发展，而不像以前的许多皇帝在童年、少年时代就造成了有一定畸形倾向的性格。
据说，努尔哈赤及其许多儿子都目不识丁，只有第八子皇太极略通文墨，可见，满族人重武轻文，到康熙这一代，仍无多少礼教观念。然而，康熙毕竟生活在汉人地区，汉族的文化开始渗透到满族的贵族之中，再加上满族人从皇太极开始就十分重视汉族的文化，因此，康熙自幼年起就开始大量接触中国的文化典籍了。
况且康熙本人也是一个爱读书、爱思考的人，对于中国传统文化的学习，他是发自内心，是主动的，而不是像前代的许多皇帝那样成天被人“谆谆教诲”被动地接受的，因此，康熙的努力学习，并未对他健全的性格产生不良的影响，相反，增长了他的见识，开阔了他的视野，他是一个真正善于读书而又能用书的人，甚至可以这样说，康熙之所以成为一位英明的君主，其根本原因就在于他能活学活用中国的传统文化。
在铲除鳌拜之后，康熙又面临着一个十分棘手的问题——历法之争。
在顺治时期，西方的传教士就进入了中国，汤若望等一批人还受到了特殊的优待。在这一时期，汤若望用西方较为先进的算法推算出了一部天文历法，顺治把他封为“通玄法师”，并任钦天监监正（国家天文台台长）。这套历法在当时是较为准确的，但有一个叫杨光先的人投靠鳌拜，上书清廷，说汤若望在《时宪历》的封面上印上了“依西洋新法”字样，是要清朝屈服西方，是“阴行邪教”，如果废了黄帝以来的中国天文历法，那就要把尧舜以来的礼仪制度都要废掉。杨光先的理论在今天看来十分荒唐可笑，不会有人理他，但在当时却是一种很厉害的理论。在鳌拜的支持下，杨光先出任钦天监监正，朝廷的许多大臣也都主张废除洋法，用中国的旧历法。礼部、刑部还做出了决定，杀了一批主张用洋历法的大臣。亏了太后的保护，汤若望才免于一死。但从此朝廷形成了两个历法派。
康熙本人对历法了无研究，不能做出决断，但他知道不能用祖宗的规矩来压制西洋的先进的东西。在铲除鳌拜以后，康熙想实事求是地解决这一问题。于是，他一边派传教士南怀仁去推算比较两种历法，一边自己刻苦学习，了解了历法的大概。
经过研究和使用，杨光先的历法屡屡出错，因此，康熙废了旧历法，推行新历法，并以实事求是的态度来同大臣们讲明道理，较好地解决了新旧历法之争，也显示出了康熙认真求实的态度，为他进一步赢得了威信，。
平定三藩
康熙帝亲自执政后，大力整顿朝政，奖励生产，惩办贪污，使新建立的清王朝渐渐强盛起来。当时，南明政权虽然已经灭亡。但是南方有三个藩王却叫康熙帝十分担心。
这三个藩王本来是投降清朝的明军将领，一个是引清兵进关的吴三桂，另两个是尚可喜和耿仲明。因为他们帮助清朝消灭南明，镇压农民军，清王朝认为他们有功，封吴三桂为平西王，驻防云南、贵州；尚可喜为平南王，驻防广东；耿仲明为靖南王，驻防福建，合起来叫做“三藩”。
三藩占据要地，拥兵自重，成为清初的三个地方割据势力，其中以吴三桂实力最强，骄横不法。从顺治朝开始，军费开支浩大，每年入不敷出。以顺治十七年（1660年）为例，国家正赋收入银875万两，而云南一省就要支出银900多万两，竭全国之财力，尚不足一藩之需求。到了康熙初年，财政困难局面仍旧未见好转。国家钱粮，大半耗于三藩。三藩在自己的独立王国里，设立税卡，私行铸钱，圈占土地，掠卖人口。吴三桂还自行选派官员，称为“西选”，根本不把清朝廷放在眼里。
康熙帝知道要统一政令，三藩是很大的障碍。因此，他的态度极为明确，那就是坚决削藩，不能姑息养奸。不过，康熙也有自己的打算，他想，叛乱晚发生一天，就对自己有利一分，因为从年龄上讲，自己会一天天地长大，而吴三桂会一天天地老下去，自己会准备得越来越充分，而吴三桂则只会越来越不得人心。
正好康熙十二年（1673年），尚可喜年老多病，把藩事交于其子尚之信代理。尚之信掌权以后，残忍好杀而又多行不义，尚可喜受不了其子的挟持，便上书请求撤藩，要求告老还乡，并让其子袭爵。康熙帝批准尚可喜告老，但是不让他儿子接替平南王爵位。
当时，吴三桂的儿子吴应熊在北京，听到这一消息后，立即飞马报告了云南的吴三桂，吴三桂又告知了福建的耿精忠（耿仲明的孙子），两人均感惊慌，因为他们害怕撤藩。在幕僚的劝说之下，吴三桂与耿精忠均于这年的十月上书，请求撤藩，说了一些“仰恳皇仁，撤回安藩”之类的话，其实际用意是在试探朝廷的态度，这一点，清廷大臣们一眼就看出来了。
这些奏章送到朝廷，康熙帝召集朝臣商议。许多大巨认为吴三桂他们要求撤藩是假的，如果批准他们的请求，吴三桂一定会造反。围绕着是否撤藩这一问题，清廷展开了激烈的争论。绝大多数大臣找出种种理由来推搪，认为不可撤藩，其实只有一个原因，就是害怕吴三桂等人造反。只有兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛等几个大臣主张撤藩。几次讨论，都未取得共识。这时，康熙力排众议，十分决断地指出：“三藩久握重兵，蓄谋已久，撤藩，他们要反；不撤，他们迟早也要反。与其晚撤，不如早撤。只是一边撤藩，一边准备应战罢了。”于是，康熙派出使者，催促三藩快撤。这一年，康熙十九岁。
诏令一下，吴三桂果然暴跳如雷。他自以为是清朝开国老臣，现在年纪轻轻的皇帝居然撤他的权，就非反不