一级中枢机构，各部首长直接向皇帝负责，皇帝不再设立助手，而直接向各部发号施令。中国有史以来在政治上占重要位置的宰相制度，从此消失，皇帝遂在没有助手帮助的情形下，单独处理帝国事务。又把亲王派往各地监军，这样，大权就集中到皇帝一人的手中了。朱元璋对这个措施很是得意，认为是他最高智慧的结晶，可以使朱姓家族牢牢掌握权力魔杖，保持政权千秋万世。朱元璋为了防止大权旁落的确费尽了心机，他想方设法把权力集中到皇帝一人身上，可问题恰恰出在皇帝身上。
其二是建都察院，下设十三道监察御史，施行严刑峻法。都察院的权力是纠察百官的得失，监察御史的官品虽然只有七品，但什么话都可以说，什么大官都可以告，凡是大臣奸邪、擅作威福，小人构陷、扰乱视听，以及贪赃枉法，变乱祖制和学术风气等都在纠劾的范围之内。
《明律》中的许多规定，在今天看来，确实是十分残酷的，例如：凡奸邪进谗言使未犯死罪而致死的人处斩；如有人犯了死罪，有人用巧言进谏，使之免于死罪的，进言者也要被处斩；即使是掌管刑律的官员，如果听从了上司的主使，减轻或是加重了罪犯的刑罚，也要被处死，并将其妻子充作官奴，家产没入官府。对于贪污，朱元璋的认识十分深刻，认为这直接关系到政治风气乃至国家的生死存亡，他说：“吏治之弊，莫过于贪墨。”认为此弊不除，欲行善政，绝无可能。于是，《明律》规定，官吏必须廉洁奉公，即使因公出差乘坐公车，也不能捎带私人财物，附载衣服等不得超过十斤，每超过5斤打十鞭，十斤加一等，直至笞至六十。凡贪污者，至轻之罪也要发配到北方边地，如果贪污数额折价超过六十两银子以上，处以枭首、剥皮、实草之刑。其具体的做法是把犯官先砍去头，然后再剥下皮，把头挂在杆子上，把皮包上草秸，放在衙门口旁边的土地庙外，或是摆在公座之旁，其用意是警告后来的官吏，不得再行贪污。朱元璋的这一招虽不太“人道”，但却十分有效，这种法令实行不久，吏治果然有所好转。
但尽管如此，还是有些官吏胆敢以身试法，1385年，有人告发二司与户部侍郎郭桓勾结贪污，朱元璋迅速查勘，追出赃粮七百万石。朱元璋大怒，把六部左右侍郎以下的官吏全部处死。经过拷打，又牵连了许多人，最后杀人总数，包括官吏和地主竟达数万人之多。在这种严刑峻法和“运动”打击结合的综合治理下，洪武年间的吏治总算呈现出了新的面貌。
其三是对官吏实行特务统治。中国古代政治思想中本来就缺乏人权观念，但故意建立摧残人权制度的，则由朱元璋创始，即三百年间使人闻而战栗的“诏狱”和“廷杖”。
“诏狱”就是由皇帝直接指挥的皇家特务组织“锦衣卫”，后来又增设相同性质的“东厂”、“西厂”和“内厂”等非正规的司法系统，由皇帝最亲信的宦官主持。这些特务组织最初是负责监视百官动静的，只是负责调查及逮捕谋反妖言大奸大恶之人，后来发展到专门用于迫害在政治斗争中的失败者。这些特务组织相互交错，密如蛛网，遍布全国的各个角落。这样，街头巷尾的一举一动，夫妻吵架和市井打斗，早上发生，晚上就到了皇帝耳中，这是中国前所未有的现象。
一次，博士钱宰罢朝回家，在路上信口吟道：“四鼓咚咚起着衣，午门朝见尚嫌迟，何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时？”第二天上朝，朱元璋对钱宰说：“昨天做得好诗！不过我并未‘嫌’你啊，改作‘忧’字怎么样？”钱宰一听，连忙跪下叩头，吓得出了一身冷汗。好在朱元璋并不是要追究他的罪责，而是要显示自己的无所不知，钱宰才算没有倒霉。吏部尚书吴琳告老还乡，已是无所作为，但朱元璋还是不放心，常派锦衣卫去监视他。一天，一个特务向田间插秧的一个老农夫问讯道：“这里可有个退了休的吴尚书吗？”那老人措手答道：“我吴琳便是。”朱元璋得到了这一消息，知道吴琳并无异志，十分高兴，奖赏了吴琳。
大学士宋濂是著名的学者，对朱元璋可谓赤胆忠心，但朱元璋还不放心，经常派特务监视。一天，宋濂在家请客，特务竟把赴宴人等乃至菜肴全都列单汇报给了朱元璋，第二天上朝，朱元璋问宋濂请客及菜肴的情况，宋濂把所请客人和菜肴情况一一据实回答，朱元璋听后十分满意地说：“宋学士所说皆实，没有骗我！”国子监祭酒宋讷有一天在家生闷气，监视他的人认为有可能是对皇上不满，就偷偷地把他生气的样子画了下来，交给了朱元璋，第二天上朝时，朱元璋问他何故生气，宋讷做了解释，朱元璋知道他生闷气与朝事无关，才不追究。宋讷非常奇怪地问太祖怎么知道他的家事，太祖就把那张画像拿出来给他看，结果宋讷几被惊倒。
就这样，朱元璋掌握了臣下的一言一行，臣下深恐动辄得咎，真正做到了前人所谓的“慎”、“独”，哪里还敢有不臣之心呢？
对人权具有同等摧毁功能的还有廷杖，即在大庭广众之下，用木棍打罪犯的屁股。这是一种痛苦难忍的刑罚，受刑人大声哀号，头面撞地，尘土塞满口中，胡须能全被磨脱，情形惨不忍睹，强壮的人可支持八十下，超过一百的往往在杖下毙命，侥幸不死也要割去败肉数碗，医治半年以上。肉体的痛苦也许是次要的，最难医治的还是心灵的创伤，在众目睽睽之下暴露下身并呼天抢地，那是一个有自尊心的人无法接受的羞辱。在廷杖制度下，上自王公大臣，下至平民百姓，没有人能维持人性的尊严。
朱元璋还设立了巡检司，让巡检司专门负责盘查全国各地的过往行人，人们被限制在方圆一百里的活动范围之内，如有超出，须事先弄得“路引”，这是防止人民串连造反的重要措施。
其四是实行舆论控制，以建立他在人们意识中的崇高地位。在时人看来，朱元璋的出身十分微贱，祖祖辈辈都是替地主干活的农夫，而且朱元璋本人还做过和尚，因此，朱元璋做皇帝，不仅不符合当时的标准，简直对民众是一种污辱，尤其是许多贵族出身的文人，更是看不起朱元璋。至于出来做明朝的官，他们更是不干。对于这部分文人，朱元璋毫不留情。
例如贵溪儒士夏伯启叔侄两人为了找借口不出来做官，竟致把手指截断，朱元璋听说了，就特意把他们召来，当面质问：“过去世道动乱的时候，你们住在哪里？”他们回答说：“红寇窜乱之时，我们住在闽、赣一带。”朱元璋一听，勃然大怒，他起自红巾军，夏伯启竟敢把红巾军称为寇，实是胆大包天，当即下令把他们处死，并命令凡是不听征召，不与政府合作的知识分子，一律杀头抄家。
如果无意当中冒犯了他，甚至被人无中生有地构谄，朱元璋也横加杀害。例如，尉氏县教
谕许元为本府作的《万寿贺表》中有“体乾法坤，藻饰太平”之句，其中“法坤”读作“发髡”，即剃去头发，朱元璋怀疑是讽刺自己当过和尚，“藻饰太平”与“早失太平”同音，这位教谕当然也就成了枉死城里的新鬼。怀庆府学训导吕睿为本府作《谢赐马表》中有“送瞻帝扉”，“帝扉”可读作“帝非”，朱元璋也怀疑这是吕睿暗示他不能当皇帝，也将之杀头。亳州训导林云为本州作《谢东宫赐宴笺》中有“式君父以班爵禄”，其中“式君父”可读作“失君父”，祥府县学谕贾翥为本县作《正旦贺表》中有“取法象魏”，其中“取法”可读作“去发”，朱元璋都以为是对自己不敬，均处以死刑。逢年过节或是谢恩上表，总免不了要写一些歌功颂德的话，谁知这些文人却大遭其殃。最为怪诞的是杭州学府教授徐一夔为本府起草的《贺表》里有“光天之下，天生圣人，为世作则”之句，这本是极尽颂扬的话，谁知朱元璋见了大发其火，他说：“‘生’者，僧也，这是骂我当过和尚；‘光’则秃也，说我是个秃子；‘则’音近贼，是说我当过盗贼。”这位拍马屁拍到驴腚上的教授，只好呜呼哀哉了。在这种严酷的文字狱的统治之下，文人学士只好缩头缩脑，别说高谈阔论，发表什么政治见解，就是平时说话作文，也要小心万分，否则，不知什么时候，横祸就会飞到自己的头上。
朱元璋识字不多，却特别忌讳文字上冲撞他，对于能合他心意的一些诗文词句，他也格外见爱。一次，朱元璋微服出访，到了江淮一带的多宝寺，见寺中多宣多宝如来的佛号，就对侍从说：“寺名多宝，有许多多宝如来。”随行的学士江怀素知道太祖又在考较群臣，就马上趋奉道：“国号大明，无更大大明皇帝。”朱元璋一听大喜，把江怀素提升为吏部侍郎。朱元璋在江淮一带遇到以前的故友陈君佐，陈君佐少有才名，朱元璋就带他出入淮扬一带。一天，朱元璋在一家小店吃饭，忽有所思，又出对道：“小村店三杯五盏，没有东西。”陈君佐脱口而出对道：“大明君一统万方，不分南北。”朱元璋极其高兴，想让他随侍左右，当一词臣，陈君佐过惯了逍遥自在的生活，却不愿意，朱元璋也未勉强。又过了几天，朱元璋遇一士人，见他文采风流，相问之下，知他是重庆府监生，朱元璋便命他属对，自出上联道：“千里为重，重水重山重庆府。”那士人也不假思索，开口对道：“一人为大，大邦大国大明君。”朱元璋闻言大喜，第二天，就遣人送去了千两黄金。
朱元璋用这些手段改善了吏治，巩固了他的统治，树立了他的威信。
另一方面，朱元璋还建立了八股取士的科举制度，腐蚀了知识分子的灵魂，确立了“官本位”价值观念。
中国文化最阴暗最丑陋的部分就是“官本位”价值观，而最终确立官本位价值观的正是朱元璋。在明朝以前，官吏虽然得到社会普遍的认同，但具有真才实学的诗人、画家、医生甚至是不愿做官的山林隐士一样得到世人的尊敬。东晋的陶渊明不愿“为五斗米折腰”，挂冠归田，凡是经过九江的社会名流或达官贵人都要去他的草屋登门造访，以表达自己的礼敬。唐代的大诗人李白不愿也不会做官，可全社会的人依然对他敬慕有加，连唐玄宗李隆基也对他表现了极大的尊敬。自明王朝以后，官职的大小才成为衡量人的价值的惟一尺度。在极权专制社会，官性和人性并不总是成正比的，在大多数情况下甚至还成反比，官的大小不是依据其才能和贡献，而是依据贿赂和打击他人的权术，这样道德水准越低的人官反而当得越大，得到的待遇和礼敬也越高。具有道德勇气的人，加速度地被排斥出政府之外，或被诬陷在诏狱之中。这真是中国最大的政治悲剧。
通过竞争性考试即科举制度选拔官吏是中国对人类文明的一大贡献，可科举制度到了明王朝却进入了一个死胡同，成为阻碍社会前进的一种僵化制度。唐宋科举考试范围很广，既有政治策论等从政艺术，也有诗词歌赋等反映人情感修养的文学艺术，有时还考天文地理历史知识，能够较为公正地衡量一个人的综合素质。明王朝的科举考试则对题材和体式进行了严格的规定，考试范围极为狭窄，只以“四书”“五经”为题材，四书五经又以道学家领袖人物朱熹的注解为标准课本。试卷格式则硬性规定使用八股文。依照规定，作八股文不能发挥自己的意见，也不是自己在说话，而是儒家圣人系统在说话，看起来四平八稳，面面俱到，实际上什么都没有触及。这种文体，跟代数学上的方程式一样，用不着独立思考——事实上是严厉地禁止独立思考，只要把圣人系统的言语恰当的代入八股的方程式中，便是一篇最好的文章。知识分子所从事的惟一研究工作，是从“四书”“五经”中选出全部可作为考试的题目，请老于此道的八股作家，撰写数百篇八股文，日夜背诵。考试时把适当一篇照抄一遍，就象赌博时押宝一拉，押中时就成为进士，被任命为官员；押不中则落第而归，下次再来。通过这种途径考中的知识分子是难得有真才实学的。知识分子不接触其他任何书籍，甚至连四书五经也不接触，没有自己的思想，更没有自己的情感，不知道人类还有别的知识和别的情操，只知道如何做八股文和如何做官，于是一种只有中国才有的“官场”社会形成了。
知识分子自此由社会的进步力量变为社会的阻碍力量。如果说先前的知识分子铁肩担道义，妙手著春秋，站在时代前列的话，明王朝的�