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不久，杨宪因诬陷人而被处死，李善长又被罢去相职，胡惟庸逐渐升为丞相。他听说了刘基对自己的评价，怀恨在心，就诬陷了刘基的儿子，又害了刘基。刘基忧愤成疾，被朱元璋派人护送回青田，不久去世。
害死了刘基之后，胡惟庸更加得意洋洋，肆无忌惮，他恃权自专，朝中生杀陟黜之事，不待奏闻，就自行决断，对于送来的奏章，他也先行拆阅，凡不利于己者，就藏匿不报。朝廷势利之徒，竟走其门，胡家珍宝金帛，积聚无数。魏国公徐达看不顺眼，就给朱元璋上了密本，说胡惟庸奸邪，应加诛除。朱元璋没有相信徐达的话，反给胡惟庸知道了这件事，因此，胡惟庸对徐达怀恨在心。于是，胡惟庸就私下里买通了徐达家里的看门人，让他诬告徐达，谁知弄巧不成，这计谋被自己的守门人报告了徐达，反而遭到了朱元璋的怀疑，每天上朝都提心吊胆，恐怕遭到不测之祸，等了几天，竟然没事，才逐渐放下心来。胡惟庸自此收敛了一阵。
后来胡觉得自己应当再找个牢靠的靠山，就看上了李善长，李善长虽不当丞相了，但朱元璋还是十分看重他，经常出入宫廷。胡惟庸请人作伐，把女儿嫁给了李善长的弟弟李存义的儿子，胡惟庸有了李善长这一靠山，不觉又趾高气扬起来。正巧，胡惟庸在定远的老家宅中的井里忽然长出了竹笋，高及数尺，一班趋炎附势之徒都说是极大的吉兆，又有人说胡家的祖坟上每天晚上有红光照耀天空，远及数里。胡惟庸听了，更觉得是吉兆，越发得意。
恰在这时，德庆侯廖永忠因擅自使用皇帝的龙凤仪仗而被赐死，平遥训导叶伯巨上书劝谏朱元璋，说他分封太多，用刑太繁，求治天下之心太过迫切，结果使得朱元璋大怒，把他捕入狱中，活活饿死。安吉侯陆仲亭擅乘驿车，平凉侯费聚招抚蒙古无功，均被朱元璋下旨严厉责罚。汪广洋罢相数年，由胡惟庸推荐，重登相位，不久又因刘基案被贬谪，汪广洋知道胡惟庸的不法行为，但一直替他隐瞒，在二次罢相之后，出居云南，不久即被赐死。
朝廷官吏屡屡得咎，使得朝廷之上人心惶惶，深怕祸及己身。尤其是汪广洋被赐死，更使胡惟庸觉得震动，他觉得朱元璋迟早要惩治自己，就下定了反叛的决心。
首先，他把那些遭到朱元璋惩治而心怀不安的官吏争取过来，结成党羽，然后又托亲家李存义到他的哥哥李善长那里探听口风，李善长知道这是祸灭九族的事，起初不肯应允，经李存义再三说明利害，最后默许了。
从李善长的态度里他得到了鼓舞，加紧了谋反的准备活动。胡惟庸把一些亡命之徒结纳为心腹，又暗地里招募了一些勇士组成卫队，并把天下兵力部署情况了解得一清二楚，再派人去同东南沿海一带的倭寇连结，引为外援，还结交了一些掌握兵权的人，准备一旦事发，就起兵响应。他又秘密结交日本国派来的贡使，作为事败之后的退路。
胡惟庸在觉得一切准备完毕之后，就于洪武十三年（1380年）正月，奏告朱元璋说京宅井中出了一眼甜泉，乃是大吉大利之兆，请朱元璋前去观看。朱元璋竟信了他的话，车驾从西华门出发，准备前往。就在这时，内使云奇突然闯入跸道，勒住了朱元璋的马缰绳，极力劝阻朱元璋，说是不可前往，由于情势太急，云奇声调急促，以至不能说得明白。朱元璋见此情景大怒，以为云奇放诞不敬，就喝命左右用金锤挝击。云奇断了胳膊，扑倒在地，气息奄奄，但却用手指着胡惟庸宅第的方向。
这时，朱元璋忽然有悟，忙登上高处向胡惟庸的宅第方向看去，但见胡宅中隐隐透出兵气，朱元璋大惊，立即发兵前往捕捉。不一会儿，羽林军就将胡惟庸及埋伏的甲士捉拿归案，经人对质，胡惟庸无法抵赖，只得承认。胡惟庸被牵至市曹，凌迟处死。
朱元璋当然不肯罢休，他派出官吏，四处拷掠，把胡惟庸一案的新账旧账一同清算，由擅权枉法到私通日本、蒙古，再到串通李善长等人谋反，由此牵连到的胡惟庸的亲族、同乡、故旧、僚属以及其他关系的人皆被连坐族诛，先后杀掉了三万多人。
过了十二年，蓝党之狱又成。凉国公蓝玉，是著名的武将，也是开国功臣，但为人桀骜不驯。蓝玉与太子朱标是间接的亲戚，往来很亲密。蓝玉在北征时看到燕王朱棣的行止，深感不安，回来后对太子说：“我看燕王在他的封地里实在是太有威风了，其行止不亚于皇帝。我还听说燕地有天子气，愿殿下细心防备，免生不测。”太子为人生性忠厚，不愿生事，就对蓝玉说：“燕王对我十分恭顺，决不会有这样的事。”蓝玉见太子不信，只好自找台阶说：“我蒙受殿下的恩惠，所以才秘密地告诉你涉及利害的大事。但愿我说的不中，不愿被我言中。”
不久，太子病死，朱元璋觉得燕王朱棣为人阴鸷沉稳，很像自己，就想立他为太子，但一些大臣反对，觉得于古礼不合，也对其他皇子无法交待，朱元璋只得立了朱标的儿子做皇太孙。
燕王朱棣见太子已死，无人替蓝玉说话，在入朝奏事的时候就对朱元璋说：“在朝诸公，有人纵恣不法，如不处置，将来恐成尾大不掉之势。”朱棣虽未明指蓝玉，但大家心里都清楚，蓝玉曾在太子面前说过朱棣，朱棣现在要施行报复了，再加上“纵恣不法”四字，更是确指蓝玉。
在这种情况下，蓝玉竟还率性而为，一点也不检约自己。他出征西番，擒得逃寇，且捉住了建昌卫的叛帅，自以为功劳更大了，愈觉得意洋洋，本以为回朝后定会大有封赏，没想到朱元璋根本就不理他。到册立皇太孙时，他满以为会让自己做太子太师，却没想到自己还是太子太傅，反倒让冯胜、傅有德两人做了太子太师。蓝玉十分愤怒，扯着袖子大喊道：“难道我还做不得太子太师吗？”他这一番闹腾弄得朱元璋更不高兴。
自此以后，蓝玉上朝奏事，没有一件能够获准，但蓝玉不仅不知收敛，还更肆无忌惮，即使陪皇上吃饭，也出言不逊。一次，他见朱元璋乘舆远远经过，便指着说：“那个乘舆的人已经怀疑我了！”
此语一出口，大祸即来。其实，蓝玉并未像胡惟庸那样谋逆，只是“祸从口出”罢了。锦衣卫听到了这句话，立刻告及蓝玉谋反，并说他与鹤庆侯张翼、普定侯陈垣、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、东莞伯河荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等人设计起事，欲劫皇上车驾。朱元璋听了，正想杀人而找不到借口，便不问青红皂白，一齐拿到朝廷，并亲自审问，再由刑部锻炼成狱，以假作真，全部杀死。
仅此还嫌不足，凡与蓝玉偶通讯问之人，也不使漏网，四面构谄，八方株连，朝廷中的勋旧，几乎一扫而空。此次前后共杀一万五千余人，与胡惟庸案杀人并算，共计近五万人。
至此还不罢休，蓝党之狱过后年余，颖国公傅友德奏请土地，不仅不准，反予赐死。宋国公冯胜，在缸上设板，用碌碡打稻谷，以作打谷场，声响远震数里，有仇人状告冯胜私藏兵器，朱元璋把他召入廷内，赐以酒食，说是决不相信别人的谣言。冯胜喜不自禁，谁知刚刚回到家里，即毒发而死。定远侯王弼，在家里曾叹息说：“皇上春秋日高，喜怒无常，我辈恐怕很难活下去了！”这一句话，果然被特务告密，立即赐死。
这样一来，开国功臣已所剩无几，即便有几个，也早已远离朝廷，不涉政事了。徐达、常遇春、李文忠、汤和、邓愈、沐英六人得保首领，死皆封王，但徐、常、李、邓四人都死在胡、蓝大狱之前，沐英镇守云南，总算偏远无事，只有汤和绝顶聪明，他洁身远引、解甲归田，绝口不谈政事，享年七十多岁，得以寿终正寝。
朱元璋杀戮功臣已经成了他晚年生活的主要内容，“胡蓝之狱”总共牵扯被杀的人达四万五千多人，南京皇宫俨然成了一座阴深恐怖的死亡宫殿，很多官员上朝都提心吊胆，生怕自己被什么案件牵扯而遭治罪。据说，每次上朝，官员们如果看到朱元璋把玉带卡在肚子以下，就表明皇帝当天要杀人了，一个个都吓的面无人色，两腿发软；如果玉带高挂在胸前，就表明皇帝今天情绪不错，不会杀人。“胡蓝之狱”期间，有些官员每天早上上朝之前甚至和家人诀别，嘱咐后事，如果侥幸平安归来，全家人都要庆贺一番。最恶毒的暴政是把罪犯的妻女发配给妓院强迫卖淫，使她们遭受百般凌辱。
纵观中国历史上的各个朝代，把开国功臣杀得如此彻底的，确实应数有明一代，朱元璋从改变官制、改善吏治、严格法令、压制舆论、杀戮功臣和特务统治六个方面集中权力，巩固他的统治地位，可以说收到了相当的成效。自洪武年间及其以后，明代的君权在相当长的时间内没有旁落过，至于燕王朱棣起兵造反，夺了他的侄子建文帝的权，对亲族残酷地诛杀，那是皇帝家里自己的事了。
至于第三点，则要计之长远，为子孙谋划了。关于这一点，朱元璋的“棘杖”之喻可谓意味深长。史载朱元璋要赐死开国功臣李善长时，太子朱标曾向朱元璋进谏说：“皇父诛杀的人太多太滥了，恐怕有伤和气。”朱元璋听了，默无一语。第二天，他又把太子叫来，将一根长满刺的荆棍扔在地下，要太子捡起来，太子面有为难之色，朱元璋笑道：“我让你拿着棘杖，你认为棘杖上有刺，怕伤了你的手，若是把棘刺除去，就可以不必担忧了。我现在诛戮功臣，便是替你把刺去掉，你难道还不明白我的用意吗？”谁知太子却是一位饱读圣贤之书的书生，听了父亲这话，大不以为然，反而叩头道：“上有尧舜之君，下有尧舜之民！”这话明摆着说朱元璋是一个昏暴的君主，朱元璋大怒，当即提起身前的几案击打太子。幸亏太子在惊慌中抛出负子图，使朱元璋忆起了与马皇后背负太子同陈友谅作战的艰难岁月，太子才免遭杀戮。自此以后，朱元璋的权力“棘杖”上的确没有扎手的硬刺了。
历史的血腥至今犹能闻到，权力的“棘杖”又何曾一时光滑可手过呢？杀了近五万人来巩固皇权，试图为子孙后代削出一把可以挥压万民而又光滑可手的权力之杖，其结果怎样呢？还不照样是叔侄争位、宗室相残？还不照样是奸佞迭出、祸乱相行？孟子说：“不嗜杀者能一之。”其意是说以仁行事才能得天下、保天下。但这一万古不变的信条，在历史上实现了多少呢？
其实，权力的“棘杖”内外都是刺，去了外刺，内刺犹在，是无论如何也去不了的。此杖弃之不得，握之扎手，就是历史，对之也是无可奈何！
历史不是一匹驯服的马，像朱元璋那样彻底地杀掉功臣，很难维持长久；像东汉光武帝刘秀那样“以柔治国”，未杀一个开国功臣，而是与之结为姻亲，但裙带的柔情终于抵挡不住旺盛的权欲，还是招致了外戚和宦官专权的巨大弊端；那么舍其两极，取其中间，采取又打又拉，拉、打结合的办法是否可以呢？中国的历代王朝中也做过不少这样的尝试，似乎也不太成功，怎样才能避免杀戮和混乱呢？难道历史就是用鲜血和权力的“棘杖”组成的吗？
皇权专制
朱元璋不仅大开杀戒，杀掉许多功臣，而且还从政治体制进行了诸多改动，采取了一系列固权措施。一是改革官制，撤销中书省编制和宰相职位，把这两个主管行政和军事的要害部门分成几块，擢升六部为一级中枢机构，各部首长直接向皇帝负责，皇帝不再设立助手，而直接向各部发号施令。中国有史以来在政治上占