案疑窦甚多，必有冤抑，亟须昭雪。李毓昌在县署赴席，何以回衙后遽尔轻生？王伸汉厚赠李太清，未必不因情节支离、欲借此结交讨好，希冀不生疑虑。李毓昌之仆李祥诸人，俱为厮役，王伸汉何以俱代为安置周妥？其中难保无知情、同谋、贿嘱及灭口情弊。黄河水患殃及数县，灾区官吏，不思与民解忧，反而层层克扣，亦属事实。朕屡降旨，派中查赈，孰料查赈委员竟遭暴卒，致使区区布衣京控督抚大员，案关职官身死不明，总应彻底根究，以其水落石出。”写罢，又发了一道给山东巡抚吉纶的圣旨，责令他把李毓昌的尸体运到省城，详加检查，查清致死原因。圣旨发下后，他仍感到不放心，又降了一道急旨，着刑部、吏部会同把山阳县知县王伸汉及有关人证调进京城，由军机大臣与刑部直接审讯。他在圣旨里特别强调李祥、顾祥及马连升是案中关键，务必不令其逃逸或自尽。待把这些圣旨拟好发出后，时间已经过了正午。嘉庆感到一阵燥热，便叫过守在身边的鄂罗哩道：“公公前去军机处传朕口谕，李毓昌一案要尽速查清。朕当三日一催、五日一问，倘若断得有误，休怪朕的宝剑不留情面。”鄂罗哩恭恭敬敬地记下了圣谕，出去传旨了。嘉庆又低着头生了一会儿闷气，这才起身找晓月、晓云出气去了。
且说山东巡抚，很快就接到了京城八百里加急送来的圣旨。这位在山东做了数年最高执政官的吉纶，接到圣旨之后，竟有点不敢相信自己的眼睛。在他的经验里，日理万机的皇帝是不可能直接插手一个地方上的案件的，何况告状的人仅仅是一个普通老百姓。但是皇帝的圣旨白纸黑字，如何能够怀疑？他暗暗想：不知这个李太清花了多少钱才弄到了这样一道圣旨。他却也不敢违旨，当即就派出了一队兵丁，护送一位六品的执事官，前往即墨押送李毓昌的灵枢，又亲自下令让按察使衙门选拔五名有经验的仵作，共同检验李毓昌的尸身。数天以后，李毓昌的灵枢运到了省城济南。吉纶亲自监督验尸。无数胸中燃着怒火的山东人，纷纷从各地赶来观看。他们为自己的同乡无辜被害感到气愤，要亲自看一看李毓昌是怎么死的。仵作班的领班是一位须发已经全白的老人，据说这位老人在山东桌台衙门当了一辈子的仵作，断过无数疑难案件，被人尊为“活神仙”。其余四名仵作也是从各府里抽来的验尸能手。这五名仵作稳稳地坐在棺木前的长凳上，似乎胸有成竹。卯时二刻，巡抚的大轿来到了。巡抚大人吉纶今天显得特别严肃，他刚下得轿来，便传令百姓人等须在棺木三丈以外围观，不得向前拥挤，同时还告诫维护现场的军丁，只要百姓等没有越过界限，不得用皮鞭乱抽乱打。吩咐完毕，吉纶就稳步走向高擎着的一柄青龙华盖伞下，传令开始验尸。仵作们熟练地打开了棺材，发现尸身已经腐坏，只有骨殖尚且完整。细检各部骨殖，大部分已经变为黑色，惟独胸骨是暗黄色的。几位件作似有难色，互相对视了一眼，那位老仵作却不慌不忙地拿出一把铜尺来，在尸体头骨上量了几下，又用手扒开保存完好的头发，仔细察看，看罢，指着头部对其他四位仵作耳语了几句，那四位件作连连点头。老仵作这才走到吉纶面前禀报道：“回禀抚台大人，李毓昌遗骨已验毕，全身骨骼青黑，系砒霜中毒所致，唯有胸骨暗黄，说明死者是在毒性尚未攻心之前，即因他故而亡。查尸身、脖颈间，依稀可辨布带紧勒之痕迹，可断为在服毒后尚未身死之前又遭布带勒缠而死。据查山阳报呈的案卷，谓李毓昌是在房梁上自缢而死。然而，凡自缢者血阴直入发际，今观尸体发际血阴不全，不似自缢而亡，显然是人死之后，被外人抱持悬挂在房梁之上。以此推断，李毓昌之死绝非轻生自缢。”吉纶听罢，很是满意地点了点头，吩咐将李毓昌的尸骨暂用冰块镇起来，妥为保存，以待上宪复验，然后命件作填好尸单，连同自己亲自主持验尸的经过一齐封装好，仍派八百里加急快马送往京城直呈皇帝御览。就在吉纶顺利地验明了李毓昌死因的同时，刑部派出提调王伸汉与其他人证的差官们却遇到了不少麻烦。提调王伸汉倒没费一点气力，到了山阳就将他拘禁了，但王伸汉的心腹仆人包祥却闻讯逃遁了。刑部缉查人员追到包样的老家山西平遥县，也没有发现踪迹，亏得是山阳县那位被王伸汉废了的教谕章家璘在暗中提示，缉查人员才在河南商丘东郊的一个小村镇中拿获了包祥。马连升的下落也十分难找，费了几备周折才在河北省定县把他抓了起来。另外的两名仆人李祥和顾祥，则分别在长州和宝应县被找到拿获。这样一来，江苏省的大小官府也即刻沉不住气了。首先沉不住气的是两江总督铁保，他深悔自己一时轻率，照准了江苏巡抚的报帖，为了尽力挽回损失，铁保亲自下令到山阳县，将山阳县合衙差吏都拘禁起来，分头质询，希望能得出个像样的结论来。谁知拷来问去，折腾了许多时日，竟没有发现一点线索。江苏省巡抚江日章见总督重新过问此案，也坐不住了。他本性就又懒惰又糊涂，不想从头查起，只把藩、桌二司找来询问。藩台杨护所能知道的，只有他的那位钓鱼的幕僚告诉他的消息，待进一步追问时，那位幕僚竟不辞而别了，故而这位杨藩台大人，在江日章大人面前，支支吾吾地连一句整话也说不出来。桌台胡克家因收了王伸汉的贿赂，只一口咬定他是根据淮安知府王谷的验尸单结案，并不知道内中的详情。及至找到了王谷，王谷又把事情一骨脑儿地推在了王伸汉的身上。等到江日章想起应直接找王伸汉商议对策时，王伸汉早被提解进京了。就这样，整个江苏省官府，凡是沾了山阳凶案边的，没有一个不战战兢兢地等候着朝廷的最后决断。而此时的北京城，最引人注目的话题，正是这个山阳凶案。奉皇帝亲笔谕令，军机处派出三名军机大臣会同刑部，审讯从各地押调进京的有关案犯及人证。王伸汉自知不管说不说实话，自己看来都免不了一死，所以横下一条心来，一口咬定李毓昌是自缢。及至会审大臣拿出李毓昌的骨殖来揭穿他的谎言后，王伸汉又干脆一问三不知，把事情推了个一干二净。包祥、李祥和顾祥等，也是守口如瓶，尽管他们知道事情已经败露了，但谁也不肯说出实话来。幸亏主审的那位军机大臣目光敏锐，他看出在所有人犯当中，那马连升是个最胆小的人，于是就决定从马连升这里突破。一连五个通宵，连审带吓，连摆证据带拉拢劝慰，总算撬开了马连升的嘴。马连升把谋杀李毓昌的经过原原本本地供了出来。审讯官员见他所说的与验尸结果完全一致，就以这个供辞为依据，分头对王伸汉等人加紧追问。在人证物证面前，几个罪大恶极的凶犯不得不投降了，分别招供了自己的所做所为。几个人的口供碰在一起，连细节都十分吻合。刑部觉得这个案子头绪已经清楚了，就将审理结果具折报给了嘉庆皇帝。
说来也巧，嘉庆帝几乎是同时接到了刑部、两江总督及江苏巡抚的三道奏折，奏折上都是报告对李毓昌一案侦审的结果，但内容却大相径庭。刑部与军机处的会审结论，情节清楚，证据确凿，主犯王伸汉等人俱已画押，可谓是真相大白。嘉庆不觉点头赞许。而两江总督的那份奏折，却是以八百里加急送来的，打开一看，折上奏道：“万岁严旨缉查山阳凶案，奴才窃思李毓昌暴死实为可疑，恐系王伸汉为掩饰克扣赈银之罪，在酒席宴中投毒，致使毓昌饮毒而亡。但几个月来，奴才遍询当时同席之人，竟没有一人提出线索。奴才又抓捕当日宴席之厨役人员，严加审讯，终亦无结果。故席间投毒之疑，似可以摈弃，内中是否还有其他隐情，奴才正留意缉查，待访得实信后再行禀报”嘉庆读罢奏折，勃然大怒，大骂铁保昏聩胡涂已极，省中发生如此大案，竟然毫不觉察，乃至案情已然真相大白，还在那里痴人说梦。嘉庆大骂之后犹不解气，提起朱笔来批道：“铁保身为封疆大吏，昏聩无能，如痴如盲，着将铁保即刻就地革职，发往乌鲁木齐效力赎罪，旨到即行，勿庸申辩！”可惜了这位在大清朝也可称得上是德才兼备的铁保，只因李毓昌一案，不仅污了他大半生的清名，也彻底毁了他锦绣的前程。虽然他在嘉庆十五年六月又被起用为叶尔羌办事大臣，七月又擢升为喀什噶尔参赞大臣，总理天山以南八大城的军政事务。但好景不长，嘉庆十九年，嘉庆帝以“仍前溺职，不能屡恕”的罪名，将铁保革职，发往吉林，交吉林将军富俊派拨当差。铁保发配吉林后，闭门思过，终日以学字书法自遣。直到嘉庆二十三年，铁保才得以还京，授司经局洗马。道光六年，他以三品卿衔退休，七十二岁时病卒。嘉庆帝发落了铁保之后，又拿过了江苏巡抚汪日章的奏折。嘉庆一连读了两遍，竟不知这位汪巡抚到底说了些什么。原来，汪日章在这奏折中，忽而东拉，忽而又西扯，一会儿埋怨总督不明，一会儿却又责怪桌台无才，中间还时或地夹杂着一些请安的话语，显得不伦不类。一句话，全折对案件没有一点结论性的意见，似是而非，模棱两可，实在叫人猜不出他的想法。嘉庆不由得震怒起来，自顾吼道：“汪日章啊江日章，朕留你在江南何用！”吼罢抓过笔来疾速地写道：“江日章身为巡抚，于所属有此等巨案全无察觉，如同聋聩，实属年老无能，难堪布政重任，着即革职，夺去俸禄，永不叙用！”就这样，嘉庆一下子便罢黜了两名声势显赫的朝廷大员。接着，他也不想再与军机大臣及刑部商议，完全按照自己的意图又做了如下的批断：“即墨新科进士李毓昌，奉委查赈，一身正气，为民请命，不避斧聩钺，不肯捏报户口侵冒赈银，断然拒绝重贿，居心实为清正，宜为群臣之表，特令赏加知府衔，优厚安葬。”写到这里，嘉庆激情冲动，诗才滚涌，笔走龙蛇，写出了一首五言长诗，题名为《悯忠诗三十韵》：
君以民为体，宅中抚万方。
分劳资守牧，佐治倚贤良。
切念同胞与，授时较歉康。
罹灾速水旱，发帑布银粮。
沟壑相连续，饥寒半散亡。
昨秋泛淮泗，异胀并清黄。
触目怜昏垫，含悲览奏章。
恫瘝原在抱，黎庶视如伤。
救济苏穷姓，拯援及僻乡。
国恩未周遍，吏习益荒唐。
见利即昏智，图财岂顾殃。
浊流溢盐读，冤狱起山阳。
施赈忍吞赈，义忘祸亦忘。
随波等瘈狗，持正犯贪狼。
毒甚王伸汉，哀哉李毓昌。
东莱初释褐，京邑始观光。
筮仕临江省，察灾莅县庄。
欲为真杰士，肯逐默琴堂。
揭帖才书就，杀机已暗藏。
善缘遭苦业，恶仆逞凶芒。
不虑干刑典，惟知饱宦囊。
造谋始一令，助道继三祥。
义魄沉杯茗，旅魂绕屋梁。
棺尸虽暂掩，袖血未能防。
骨黑心终赤，诚求案尽详。
孤忠天必鉴，五贼罪难偿。
瘅法应饬，旌贤善表彰。
除残警邪慝，示准作臣纲。
爵锡几龄焕，诗褒百代香。
何年降甲甫，辅弼协明扬。
诗写罢，嘉庆又谕令山东巡抚吉给采石造碑，精工刊勒，立在李毓昌墓前，以为万世垂念之志。一个封建帝王，为一个臣属作这样的长歌诗韵，是极其罕见的；而又将此诗造碑立于墓前，则更是绝无仅有之举。由此可见嘉庆帝对此案的重视程度了。嘉庆帝一气呵成了《悯忠诗三十韵》之后，觉得有些劳累。稍事休歇片刻，他又接着批断道：“感念李毓昌中年为国殉身，未留子息，也未有亲戚兄弟，特旨恩赐其妻纹银两万两，以为抚恤。毓昌族叔李太清，万里奔波，参告庸臣俗吏，忠义气节可嘉，着即赐武举人功名，以示奖掖。原山阳县知县王伸汉，承办赈务，捏开浮冒，从中侵饱，甚至将不肯扶同舞弊之委员起意杀害，实属凶狡。行凶之后，又以巨金贿买上司，遮掩恶迹，贪默残忍，莫此为甚，着立处斩决，不得宽贷。其家产尽数抄没归官，其子息不论长幼俱发往伊犁，以泄幽愤。原任淮安知府王谷，身任方面，知情受贿，同恶相济，罪不可有，着处以绞立决。王伸汉仆役包祥，助纣为虐，狼狈为奸，阴谋毒狠，罪大恶极，处以斩决。李毓昌仆役李祥、顾祥及马连升，为虎作怅，残杀忠良，一律凌迟处死。其中李祥一犯尤为此案紧要渠魁，着刑部派司官一员，�