1780年，意大利解剖学家伽伐尼在做青蛙解剖时，两手分别拿着不同的金属器械，无意中同时碰在青蛙的大腿上，青蛙腿部的肌肉立刻抽搐了一下，仿佛受到电流的刺激，而只用一种金属器械去触动青蛙，却并无此种反就。伽伐尼认为，出现这种现象是因为动物躯体内部产生的一种电，他称之为“生物电”。伽伐尼于1791年将此实验结果写成论文，公布于学术界。伽伐尼的发现引起了物理学家们极大兴趣，他们竞相重复枷伐尼的实验，企图找到一种产生电流的方法，意大利化学家伏打多次实验后认为：伽伐尼的“生物电”之说并不正确，青蛙的肌肉之所以能产生电流，大概是肌肉中某种液体在起作用。为了论证自己的观点，伏特把两种不同的金属片浸在各种溶液中进行试验。结果发现，这两种金属片中，只要有一种与溶液发生了化学反应，金属片之间就能够产生电流。这样电池就诞生了。
这是在化学和电学领域与生物学交叉的地方，证明了两个问题：一是生物是某种化合物，不是上帝创造的生命，生命也不是什么特殊和神奇的东西，而是自然界的产物。二是生物体内部也有某种生物电，现在被证实是神经电信号，用来控制和支配生物体的行为。这些发现与对牛顿力学体系研究而形成的机械论观点不谋而合，机械决定论认为，只要给出所有物体在任何时刻的初始条件（位置 速度 加速度），就可以用牛顿定律预言整个宇宙和它的每—部分的全部未来。—切运动都可以归结为机械运动．一切运动的原因可以归结为力。自然界就是一架按照力学规律运动着的大机器，植物是机器，动物是机器，因而人也是机器。正如伏尔泰所说的：“如果全部自然界，一切行星，都要服从永恒的定律．而有一个小动物（指人），五尺来高，却可以不把这些定律放在眼中，完全任性地为所欲为，那就太奇怪了 。”在启蒙思想家的影响下，生物学一步步从神学的阴影中走了出来。
对生物学影响最大的是航海，大批的水手和学者们到了他们从来没倒过的地方，见识了许多希奇古怪的植物和动物，并将大量的标本和活体带回欧洲，对原有的知识体系形成了冲击。许多航海归来的生物学家和博物学家带回世界各地的动植物，并用自己的喜好为之命名，造成一物多名，或异物同名的混乱现象。卡尔&；#8226；冯&；#8226；林耐 瑞典自然学者，现代生物学分类命名的奠基人。1741年他在乌普萨拉大学获得一个医学教授职位，但他很快就将这个职位换成了一个植物学教授职位。他继续他对分类学的研究，并将它扩展到动物界和矿物上。林耐在乌普萨拉大学其间，发现花的花粉囊和雌蕊可以被作为植物分类的基础。他将此发现写成一篇短论文。1732年乌普萨拉科学院资助他去瑞典北部的拉普兰考察。到那个时候为止，欧洲人对拉普兰还一无所知，在这4600英里的土地上，林耐发现100多种新种植物，1737年林耐将他对拉普兰植物世界的考察写成一本书发表，在这本书中，林耐首次发表了以植物生殖器官进行分类的方法。1753年林耐发表《植物种志》，采用双名法，以拉丁文来为生物命名，其中第一个名字是属的名字，第二个是种的名字，属名为名词，种名为形容词，形容些物种的特性，或可加上发现者的名字，以纪念这位发现者，也有负责的意思。林耐用这种方法帮植物命名，后来他也用同样的方法为动物命名，此种命名法也一直延用至今。1741年瑞典国王颁布：林耐为全世界第一位专教植物学的教授。林耐发现人类与类人猿有相同之处，他把人类与类人猿归为一类，称为灵长类。就是头等聪明的意思。受林耐影响的法国科学家布封提出人猿共祖的假说，但遭到宗教团体的围攻。在法国大革命的影响下，思想解放，他的学生拉马克提出了进化论，他于1809发表动物学哲学一书，他认为一切生物都应自然的作用才产生，应环境的变化而变化，开始简单，慢慢变的复杂。他给出了第一个进化的理论。这个理论主要有两点：第一，生物体本身有着越变越复杂、向更高级形态进化的内在欲望；第二，生活环境能够改变生物体的形态结构，而后天获得的性状能够遗传，简言之，“用进废退”。在著名的长颈鹿例子中，拉马克是这么解释长颈鹿的长颈由来的：长颈鹿的祖先经常伸长了脖子去吃树高处的叶子，脖子受到了锻炼，变长了，而这一点可以遗传，因此其后代就要比父母的脖子长一些，一代又一代，脖子就越来越长。拉马克的这套理论，并不能说服当时的科学家接受进化论。这固然有宗教的原因，但也有科学上的怀疑。比如，拉马克的进化论认为非生物能自然产生微生物，但是当时虽然巴斯德还未做否定自然发生论的著名实验，科学界却已普遍认为有足够的证据表明自然发生论是不正确的。因此拉马克虽然影响很大，却是往往被当做反面教材来嘲笑和批驳。生物学界迫切需要有一个象牛顿一样的科学巨人，能够无可置疑地证明生物进化的事实，并且给出合理的解释。这个巨人，就是达尔文。
准确的来讲，生物进化论是由两个人分别单独完成的，其一是达尔文，另一个则是阿尔弗雷德&；#8226；鲁塞尔&；#8226；*。达尔文是爱丁堡大学医学院的学生，但他却对医学没有什么兴趣，他的父亲有一次指责他说：“你除了打猎、玩狗、抓老鼠，别的什么都不管，你将会是你自己和整个家庭的耻辱。”这时候他很热衷于收集矿石和昆虫标本，这不是达尔文的特殊爱好，当时的英国上流社会的年轻人中间很流行这些。学医两年后，他的父亲将他送入剑桥学习神学，以期望他会成为一名牧师。但他对神学也没有什么兴趣，花在打猎和收集甲虫标本上的时间恐怕比花在学业上的要多得多，达尔文在晚年回顾他的一生时，认为他的所有这些所谓高等教育完全是一种浪费。他觉得正式的课程枯燥无味，也没能从课堂上学到什么。不过这也很正常，我在工业革命的扩散（六）中谈到了当时的大学教育固守古典主义传统，忽视实用科学和职业训练。学校与外界隔绝，对变革时代新的国家需求不能做出应有的反应，对于一个有科学精神的人来讲，神学更没有什么意思。
1831；英国海军部正好要派一艘船到南美洲去进行测绘；要求推荐一名年轻的博物学家参加贝格尔号的环球航行；植物学家亨斯楼推荐了达尔文。当达尔文踏上贝格尔号的时候，他是个言必称《圣经》的神学毕业生、正统的基督教徒，他的虔诚常常被海员们取笑。但是当他返回英格兰时，在他看来《旧约》不过是一部“很显然是虚假的世界史”，其可靠性并不比印度教的圣书高。他完全抛弃了基督教信仰，并逐渐成为不相信上帝存在的怀疑论者或理性主义者，而其出发点，就是对“一切生物都是由上帝创造”的信条的怀疑。在环球航行时，有三组事实使得达尔文无法接受神创论的说教：第一，生物种类的连续性。他在南美洲挖到了一些已灭绝的犰狳的化石，与当地仍存活的犰狳的骨架几乎一样，但是要大得多。在他看来，这可以认为现今的犰狳就是由这种已灭绝的大犰狳进化来的。第二，地方特有物种的存在。当他穿越南美大草原时，他注意到某种鸵鸟逐渐被另一种不同的、然而很相似的鸵鸟所取代。每个地区有着既不同又相似的特有物种，与其说这是上帝分别创造的结果，不如说是相同的祖先在处于地理隔绝状态分别进化的结果。第三，是来自海洋岛屿的证据。他比较了非洲佛得角群岛和南美加拉帕格斯群岛上的生物类群。这两个群岛的地理环境相似，如果生物是上帝创造出来的，在相似的地理环境下应该创造出相似的生物类群才是合理的，但是这两个群岛的生物类群却差别很大。事实上，佛得角群岛的生物类群更接近它附近的非洲大陆，显然，应该认为岛上的生物来自非洲大陆并逐渐发生了变化。这个进化过程在加拉帕格斯群岛上更加明显。达尔文发现，组成这个群岛的各个小岛虽然环境相似，却各有自己独特的海龟、蜥蜴和雀类。没有任何理由认为上帝故意在一个小岛上创造这些独特的物种，更合理地，应该认为这些特有物种都是同一祖先在地理隔绝条件下进化形成的。
1837年，在贝格尔号之行结束一年后，达尔文开始秘密地研究进化论。他的第一堆笔记，是家养和自然环境下动植物的变异。他研究了所有可能到手的资料：个人观察和实验、别人的论文、与国内外生物学家的通讯、与园丁和饲养员的对话等等，很快得出结论，家养动植物的变异是人工精心选择造成的。但是自然环境下的变异又是怎么来的呢？他仍然不清楚。一年之后，他在休闲时读了马尔萨斯的《人口论》。马尔萨斯认为人口的增长必然快于生活资料的增长，因此必然导致贫困和对生活资料的争夺。达尔文突然意识到，马尔萨斯的理论也可以应用于生物界。所有的生物的繁殖速度都是以指数增长的，后代数目相当惊人，但是一个生物群的数目却相对稳定，这说明生物的后代只有少数能够存活，必然存在着争夺资源的生存竞争。达尔文进一步推导：任何物种的个体都各不相同，都存在着变异，这些变异可能是中性的，也可能会影响生存能力，导致个体的生存能力有强有弱。在生存竞争中，生存能力强的个体能产生较多的后代，种族得以繁衍，其遗传性状在数量上逐渐取得了优势，而生存能力弱的个体则逐渐被淘汰，即所谓“适者生存”，其结果，是使生物物种因适应环境而逐渐发生了变化。达尔文把这个过程称为自然选择。过了四年，在收集了大量的资料之后，他开始把这个理论记录下来，并把手稿送给一些朋友征求意见。他太清楚一旦自己的理论发表将会对社会产生怎样的震撼了，而做为一个天性平和的人，这是他想要尽力避免的，因此他留下了一份遗嘱，他有关进化论的手稿只能在他死后发表。
与此同时，阿尔弗雷德&；#8226；鲁塞尔&；#8226；*也在海外做着类似的工作，他比达尔文小14岁，没有受过高等教育，*早年做过土地丈量工作，在工作中他结识了亨利&；#8226；贝茨，亨利受过高等教育，与达尔文一样，他也受到当时社会上博物学流行的影响，他把*带入生物学的殿堂，他告诉*：“他在兰开斯特的乡下收集了数百种不同的甲壳虫，并鼓动*说还有更多的品种没有被发现。”1840年*接受雇佣勘察一条通往南威尔士的铁路的可能性，在威尔士，*开始了他的博物学家生涯，博物学是只当时对自然界研究的学问，由于科学分科没有出现，这些人什么都研究。1848年，*和亨利&；#8226；贝茨去南美洲考察，正式开始了职业博物学家生涯，他们到了亚马逊雨林，*写到：“进入亚马逊这样的几乎没有人知道的丛林中观察自然，并通过收藏而谋生。”与达尔文一样，常年的海外野生动植物考察改变了他对自然界的看法，四年后，*带着他的收藏品回到英国，然后又到马来亚丛林中继续从事他的职业博物学家生涯，前后共8年。在此期间，*形成了他的进化论思想并撰写了相关论文寄回国内，1858年6月18日，达尔文看到了*的手稿，他写到：“我从来没有见过如此惊人的巧合。”*手稿的出现促使达尔文加快编写并出版了他的著作，这就是《物种起源》。物种起源发表后引起轰动，它解释了生命进化的规律，将生物学从神学的阴影中拉了出来，成为一门科学。
在达尔文和*研究生物进化的同时，在微生物领域也取得极大进展，1590年，荷兰光学家詹森，发明了显微镜，显微镜的发明使科学家们手中又多了一个利器，1650年，荷兰科学家文虎克对显微镜进行改造，把放大倍数提高到270倍，从此，人类进入了微生物和细胞的世界。（见欧洲的文艺复兴和大航海时代（六））到了工业革命时期，巴斯德取得了巨大进展，路易斯&；#8226；巴斯德，法国微生物学家、化学家，近代微生物学的奠基人。像牛顿开辟出经典力学一样，巴斯德开辟了微生物领域，巴斯德一生进行了多项探索性的研究，取得了重大成果，是19世纪最有成就的科学家之一。他用一生的精力证明了三个科学问题：（1）每一种发酵作用都是由于一种微菌的发展，这位法国化学家发现用加热的方法可以杀灭那些让啤酒变苦的恼人的微生物。很快，“巴氏杀菌法”便应用在各种食�
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