东条：当然不会有这种事例。据我所知，没有。不仅如此，日本国的臣民，违反陛下的意思干这干那是不可能的。更不要说，日本的高官了。
东条的失口破坏了裕仁对开战决定不承担责任的论点，法庭审判长韦布立即向检察方指出了这一点。这是无法忽视的问题。裕仁的一个亲信侍从立即向巢鸭监狱的木户传话，让东条更正他的错误。在首席检察官基南的帮助下，东条在1948年1月6日的下一次作证时就此做了订正。尽管如此，还是带来了负面影响：检察方的证据和东条的证言再一次将没有出现在法庭上的天皇牵扯了进去。
第四部分：东京审判三类罪行
在战犯审判之前、之间和之后很长时间，退位的威胁一直沉重地笼罩着裕仁。危险来自那些希望参与政治事务的身边的皇族，和所有认为应该用特别的道德标准要求国家领导人的人。
高松亲王就是几位希望裕仁退位的皇族之一。日本正式投降约1年后，1946年9月20日，他在日记中吐露，仅仅因为裕仁积累了多年为君的经验，或者因为他的退位会给麦克阿瑟带来麻烦，所以就让天皇保留皇位是不明智的。期望摄政但又不能言明，因此高松亲王支持推举秩父亲王为摄政的意见。早在1945年9月30日，他就在日记中写道，经过长期休养的秩父亲王返回首都，他“已经能见人，一旦需要的时候，也能做摄政”。高松显然认为裕仁不会永远呆在皇位上，所以一直保持着对裕仁的批判倾向。其他的皇族成员，如三笠亲王和东久迩亲王也支持早期退位。
很快，一些著名的知识分子，如自由主义哲学家田边元，就公开呼吁裕仁 “要敢于表现出更切实的责任感”。东京帝国大学校长南原繁也规劝裕仁退位。著名诗人三好达治从战场上为天皇牺牲性命的士兵的立场出发，最早对天皇的道义责任提出指责。除非天皇“在形势的允许下尽快”退位，否则“世上就没有道理了”。三好在1946年春到初夏发表的一系列获得反响的随笔中说：
陛下作为一国元首，必须作为第一责任者为这次战败承担责任陛下允许了军阀之流横行，多年来没有施应施之策，疏忽怠慢之责甚大。在陛下的赤子的名目下，他们朴素地信赖陛下如慈父。他们相信陛下真正是陛下军队的大元帅。他们在陛下的名义下服从军规，高呼着陛下万岁倒毙在军阵上。对如此忠良的臣民，却发出“陆军真是个麻烦”的陛下对忠良的士兵们，陛下是有背信责任的。
副侍从长木下道雄准确地认识到了这种威胁的长期性。他的日记中，有一张用宫内省的信纸写的、没有署名也没有日期，但有可能写于1946年初春的便条。木下（或和他有同样想法的某人）写道，即使美国和麦克阿瑟决定保留君主制，随着战争犯罪人审判的进行，将出现是保留现帝，还是拥立新帝的问题。
（美国和麦克阿瑟）可能预想，日本国民对废除天皇制会彻底反抗吧。他们大概没有预想过现帝退位新帝即位也会引起日本国民的彻底反抗。根据情况，他们也许会提出后者。吾人必须有所准备。
不让他们提出退位问题的策略，至关紧要的，是要让他们感到，无论是统治日本还是国际关系特别是在东洋，现帝都是引导国际关系向有利于美国发展的，最合适的、最值得信赖的人物。
到了1946年7月，就连ＧＨＱ中裕仁最热心的保卫者费勒斯准将都开始催促他，为了防止对君主制的长期危害，希望他向国民做出忏悔。与此同时，被拘禁在巢鸭监狱的木户也对裕仁的战争责任问题进行了思考，但是将劝说退位的打算推到了他自己的严酷考验和占领结束之后。
在毛泽东的共产党军队占领了沈阳，斯大林以封锁柏林的举动向“杜鲁门主义”发起挑战的前后，1948年11月4日，东京审判在经过了6个月的休庭后开始进入收尾阶段。
审判长韦布在公审法庭内朗读了多数派的判决，他首先回顾了法庭宪章的法律条款——由麦克阿瑟颁布并修订——定义的三大类罪行。第一类罪行是：“策划、准备、开始、从事侵略战争、或者违反国际法、条约、协定的战争或者参与了为实现任何上述行为而进行的共同计划或谋议。”依照纽伦堡审判的先例，从事这种战争被称为“反和平罪”。审判中，它主要是指对这几个条约的违反：国际联盟盟约、关于中国的主权独立和领土完整的九国公约以及放弃作为国家政策实现手段的侵略战争的凯洛格…白里安协定。与常规的战争犯罪不同，“反和平罪”的犯罪主体是政策的制定者。检察方并非主张，侵略战争本身是非法的，而是日本被指控的侵略战争中的每种行为都违反了日本加盟的条约。为了进行这项指控，检察官们不得不对亚洲太平洋战争的起因进行调查，为此，特别是不允许辩护方在证据文件中引用与亚洲的共产主义有关的内容之后，悬而未决的历史论争的马蜂窝又被捅开了。而另一方面，纽伦堡和东京都没有仅以“反和平罪”为依据作出死刑判决。
第二类罪行是“违反战争法规或惯例罪”（一般战争犯罪），相对来说对这类罪行的争论较少。这种犯罪是根据关于陆地战争的海牙公约，和关于战俘待遇的日内瓦公约来界定的。这两个公约都是公认的惯例法规，体现了人道行为的最低标准，适用于卷入国际武装冲突的所有国家。试图反驳“违反战争法规和惯例罪”指控的辩护方，面对检察方汇集整理的证明日本在战争中所犯罪行的庞大证据，全部以失败告终。
“反人道罪”是第三类罪行。这个术语（因第一次世界大战中土耳其人对亚美尼亚人的暴行而产生）的定义与纽伦堡国际军事法庭所参照的四国伦敦宪章中的定义完全相同。其内涵是“战前或战时犯下杀人、灭绝、奴役、流放和其他非人道行为，或者以政治或人种为由的迫害行为”这些主要针对平民的犯罪，只要与战争罪行有关联，“在国际法的范围内就可以惩罚。”在东京审判中，检察官根据由55件诉因构成的诉状，强调了各种类型的杀人罪，“当日本向有和平关系的国家发动攻击时，作为限定于侵略性攻击或违反条约的非法战争的结果”而被广泛接受。“杀人罪”成了一把巨大的伞，日本对珍珠港攻击和“南京暴行”都能被罩在伞下。
第四部分：东京审判东条的死讯
韦布审判长还论述了法庭运营和各个案件的事实确认。尽管法庭查明日本陆军以胁迫和暗杀篡权有罪，但是免除了日本国民对陆军行为应负的责任。法庭还大幅减少了案件数量，在原来的起诉中这些案件都被认为得到了证实。韦布在概括多数派法官的观点时总结道：“共同谋划发动了（一系列）侵略战争的行为，属于最高等级的犯罪。”
接下来，他对全部25名主要被告下达了有罪判决。东条被判死刑，与他一起被判处死刑的还有其他5位将官和一名文官：板垣征四郎、木村兵太郎、土肥原贤二、松井石根、武藤章和前外交官及总理大臣广田弘毅。在麦克阿瑟拒绝接受所有暂缓执行死刑的请愿后，7位辩护律师向美国联邦最高法院提起了上诉。他们的依据是美国宪法：东京法庭实质上是美国的法庭，但它的设立却没有经过国会的同意。它源自于杜鲁门总统的行政权，而且也一直是以此为基础运营的。在最高法院的法官们听取律师团的“上诉”前不久，恼怒的麦克阿瑟告诉英国代表阿尔瓦里·加斯科因，即使最高法院下达了人身保护权的书面命令，他也会“无视”它而“把这件事委托给远东委员会处理”。12月15日，在最高法院审理此案的前一天，远东委员会赶在前面匆忙地宣布东京法庭“是依国际权威任命的国际法庭，并依国际权威行事的国际法庭”。5天后，最高法院裁定自己没有权力或权限宣告判决无效。
辩护律师们努力强调东京审判的政治性。但他们只是在揭露东京审判的复杂性，并强调麦克阿瑟权限的双重、暧昧的特性上小有斩获。现在，最高司令官进而下令执行对7名死刑犯的绞刑判决。之后他们的尸体被火化，骨灰的大部分被撒到了海里，法庭错误地认为这样就可以阻止某一天他们被当做烈士祀奉在寺庙里。一位侍从称，听到了东条的死讯，裕仁走进他的办公室哭了起来。
包括前内大臣木户和前首相平沼在内的16名被告被判处终生监禁。前外相东乡被判处20年监禁。外交官重光葵，没有被认定为决定开战的主要负责者，但因为他担任小矶内阁的外相，并且没有尽力阻止虐待俘虏而被判处7年徒刑。
韦布在他自己单独提出的意见书中，在基本上同意多数派裁决的同时，认为在处理日本被告时，应该比处理犯有“令人发指、形式多样、涉及广泛的” 罪行的德国被告多一些考虑。韦布尖锐地批判了赋予天皇的完全豁免权。韦布明确否定了关于天皇被胁迫的辩护，指出：“没有任何统治者可以在犯下了发动侵略战争罪之后，称不这样做的话他的生命就有危险，然后正当地要求赦免他的责任。”
法国法官亨利·伯纳德写下的反对意见也提到了天皇。他在结论中说，日本的宣战“有一名主要的始作俑者，由于他逃避了所有的追诉，现在的被告怎么说也只能看做是他的帮凶而已。”
荷兰法官Ｂ·Ｖ·Ａ·洛林则对裕仁的免责没有什么异议，因为他认为裕仁是一个十足的傀儡领袖。洛林的反对意见主要针对的是法庭宪章的不足之处，他从一开始就对宪章的合法性抱有疑问。他拒绝承认“侵略”属于国际法上的犯罪的观点，认为被告中的5个人——木户、畑、广田、重光、东乡——应该被宣告无罪。
帕尔法官在8月上旬就写好了他的反对意见，并要求韦布根据印度惯例在法庭上全文朗读。而多数法官投票表决的结果是，只要宣布这份反对意见书的存在即可，韦布在11月12日宣判的当天执行了这个表决意见。
对所有被告的所有指控均宣布无罪的帕尔裁决是独一无二的，不能代表印度或任何其他亚洲政府的立场。从法律理论的观点出发，他否认（洛林的观点与帕尔相近）作为国家主权发动和进行战争是犯罪行为。他认为，不能发展或扩展19世纪就存在的国际法秩序，“侵略”的概念在法律上仍没有定义。纽伦堡和东京法庭超越了第一次世界大战前就存在的国际法框架，是非法的。因此，被告们没有违犯法律。
严重的事实认证错误破坏了帕尔对日本行为的历史分析——这是他的反对意见的第二要素。例如，他断言张作霖不是被日本军人暗杀的，主张“赫尔照会”是美国的最后通牒。他写道：“即使是当代的历史学家也可以想到。‘关于这次战争，如果收到了美国国务院在珍珠港袭击前夜送给日本政府的这种通牒，就连摩纳哥王国和卢森堡大公国这样的国家都有可能拿起武器与美国作战。’”帕尔批判了审判的政治目的，和占领的主要教育目标之一：即，让日本人民了解战争的犯罪性。毫不顾及自己宣誓的意义，帕尔在结尾时主张日本无罪，坚决支持了日本关于战时历史的官方观点。
尽管ＣＩＥ（民间情报教育局——译者注）的“战争有罪计划”禁止全文刊登东京审判中的个别反对意见，韦布审判长仍在法庭上提到接近半数的法官对法庭提出了个别意见。外国法官的独立性和少数判决意见的存在给日本公众留下了深刻的印象，并对审判结果的被接受作出了贡献。
第四部分：东京审判最终判决
东京审判，尽管有程序上的不完善和复杂的政治性问题，仍对日本国民和他们对战败的看法产生了多方面的影响。一些右派对审判持高度批判的态度、充满愤恨和恼怒，决不肯对日本的侵略进行反省。岸信介在巢鸭监狱写下的日记中，将战犯审判描述成“闹剧”，并将他此后的政治生命都倾注到了清除审判的影响中。其他的右派分子对日本在世界面前被剥得精光感到非常耻辱，努力无视审判的存在，忘记这场审判，拒绝接受任何正面的政治和文化上的教训。前保守派总理大臣芦田均预言审判不会在国内激起巨大的反响。
共产党实际上是惟一积极要求追究战争责任并严惩被判定有罪的罪犯的。但是在学术界，信奉马克思主义的知识分子则倾向于不接受东京审判，因为它失去了一次加深日本民主化的机会，缺乏历史意义。他们指出，为了让国家首脑