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南京陷落的第2天，12月14日，近卫在新闻发布会上示意，政府对和平谈判的态度有所变化：
接到南京陷落的捷报，在我们为这必然的胜利欢欣鼓舞之前，站在同文同种的5亿民众的立场，我们不能不为他们不可救药的迷妄而悲哀。国民党政府无论是外交上还是实际行动上都走到了反日的极限。而他们却没有对其后果承担责任。放弃首都，政府分裂。很显然，就在其正沦落为一地方军阀的今天，仍丝毫无反省迹象。因此，我们不得不重新考虑我们的方针。
近卫和他的内阁现在提出了严苛的条件。中国必须正式承认“满洲国”，与日满携手抗击共产党，允许日本部队无限期驻扎，向日本支付战争赔款。参谋本部中的不扩大派仍希望早日结束在中国的消耗战，因此希望11月开始的特劳特曼的和平调停能继续下去。他们现实地指出，日本拒绝承认国民党政权将会“驱使（蒋）集中所有力量反抗日本这必然与苏联、英国和美国的策动相呼应为了这场持久的战争，帝国在长久的未来将不得不耗费巨大的国力。”
1938年1月9日，新设立的大本营政府联络会议决定了对中国战争政策。为了取得内阁形式上的承认，题为“支那事变处理根本方针”的文件被送交内阁之后，近卫向裕仁做了汇报。第2天，近卫要求天皇召集一次御前会议但不要发言，“希望陛下只是亲临便可，不必表态。”裕仁和近卫考虑的不光是要牵制参谋本部中不扩大派的意见，还希望阻止德国对日本事务的过度影响。1月11日，御前会议终于在皇宫举行，会议开始前30分钟，为回答枢密院议长平沼骐一郎对“支那事变处理根本方针”的提问，出席者们先开了一个特别会议。
阁僚们对平沼的顾虑给予了圆满的解答后，会议于下午2点在天皇“郑重出席”下召开，听取了外务大臣广田的见解。广田认为特劳特曼调停没有成功的希望，因此“我们必须强化战争，以此来达到结束与支那战争的目的。”代表参谋本部讲话的闲院亲王说：“将国民党政府视为完全失败的政权，并依此制定政策，希望慎之又慎。现在我还有一点保留。”尽管如此，他还是服从了会议的一致意见。然后，御前会议正式通过了一份文件，明确说明如果国民党政府完全拒绝接受日本提出的和平条件，日本将不承认国民党政府，将向其他比较顺从的政权提出和平方案。自25年前，大正天皇批准日本参加第一次世界大战以来，这是第一次御前会议，身着军制服的裕仁主持会议并批准了会议决定。近70分钟的会议上，裕仁一言没发。通过这种方式，他看起来好像对事态保持了天皇的中立立场。事实上，较之参谋本部的提案，他强烈支持的是对中国强硬的军事方针。
1938年1月：随着军部在政治决策中发言权的不断增强，裕仁的政治权力也在增大。首次出席大本营政府联络会议时，他一言未发，支持对中国采取比陆军参谋总部提议的更为强硬的军事政策，对继续推动战争的主张予以赞同。当中国没有按时答应东京苛刻的条件时，近卫内阁突然中止了协商。1938年1月16日，近卫发表了预先准备的声明，称日本从此不再“以国民党政府为对手。”两天后，他又发表一个补充声明，明确表示撤销承认国民党政府的真正目的是为了“抹杀”蒋介石政权。这个目标尤其得到了海军大臣米内的强烈支持。最重要的是，此后无论是大本营政府联络会议还是御前会议上，就继续和平谈判这个重要问题，昭和天皇没有支持过参谋本部。相反，他倾向于支持更为强硬的海军路线。
反对在中国进行全面“歼灭战争”的陆军中的反对者们仍试图使他们的观点受到关注。就在近卫发表著名的“今后，不以国民政府为对手”声明的前夜，闲院亲王试图在近卫首相上奏之前直接向天皇上奏一次但没有成功。1月15日晚9∶30，当裕仁终于听取闲院的汇报时，他已经打定主意继续战争而不是进行谈判。“南方还残存一股中国的抗日军队，日本军对此有什么考虑吗？”他询问亲王。裕仁的其他问题是“尽量不出面，以顾问的形式”间接地支持华北的傀儡政权是否更明智，陆军对付“游击战”有什么计划，对“中国的回答”有什么准备等等。裕仁的质询主要都是涉及作战行动方面，但他最后的问题可以理解为是对参谋本部不扩大派的间接而又冷淡的批评，因为他们把已经在大本营政府联络会议上决定的事情又作为问题重新提了出来。由此，不扩大派再一次受到抑制。在对中国战争的问题上，裕仁与近卫和海军省中强硬的扩大派的观点相同，推动了以武力促使事变早日解决。
第三部分：圣战进攻武汉
1938年3月，在第一届近卫内阁的领导下，日本对中国的战争陷入了长期的消耗战阶段。中间是近卫首相，左侧是海军大臣米内光政，右侧为陆军大臣衫山元。最后一排左侧是近卫的朋友木户幸一。如今，近卫内阁开始了对中国战争的第二个激烈阶段，本阶段持续到1938年12月。从卢沟桥战役开始到这第二阶段为止，日本官兵的伤亡情况：战死62007万人，负伤159712万人；在中国和“满洲国”死于疾病者总数为12605万人。在随后的2年中，日本战争伤亡人数大幅减少，但仍保持着很高的数字。1939年，战死30081万人，负伤55979万人，到1940年，死亡人数下降了几乎一半，战死15827万人，负伤72653万人。死于疾病的人数仍然相对稳定，平均每年超过115万人。重要的是，无论是军事上或是政治上，日本都丧失了能够控制中国战争的希望。
1938年间，中国华北、华中及华南的主要城市和铁路都被日本陆军占领，辽阔的内陆村庄和山区则成为中国游击队的根据地。在对中国战争将他们视为“土匪”，实际上几乎所有的主力攻击都指向了蒋介石的“国民党”部队。陆军的航空部队也是同样，在此期间他们向中国华北和华中的内陆地区发动了5次长距离轰炸作战。而对共产党根据地延安的军事设施，只是在1939年10月进行过2次轰炸。主要的空袭目标一直都是重庆。直到1941年，陆军才开始大规模轰炸延安。同时，随着1938年10月对武汉和广东的占领，日本军的地面进攻达到了顶点，之后转入了战略防御状态。
在陷入一场僵持战而且看不到胜利前景的情况下，日本领导人坚持进行战争，与其说他们不愿意改变最终目标，毋宁说是似乎已无法改变。在国家总动员、严格的新闻审查和前所未有的高军费背景下，他们开始实施许多和平花招。这些花招的重心在于利用中国国民党与其国内敌人的对立上面。1938年11月，近卫首相著名的建设“东亚新秩序”的声明便是其中最值得注意的一节。近卫表达了他希望通过蒋介石的敌人与中国达成和平的愿望，他所说的敌人就是国民党内部的一派领导人——汪精卫。这种以政治谋略补充军事行动的特别尝试，最终以1940年3月末南京汪政权的建立和1940年11月《日华基本条约》的签署达到了顶点。但是，近卫政府从未真正信任过汪，或者是相信他有结束战争的能力，故而推迟了对汪政权的承认。后来又以条约的形式强迫他将大量的军事、经济和政治特权转让给日本，将他的政府变成了一个傀儡政权，然而在大多数中国人眼里，它们没有任何合法性。
但不管是将重点放在与重庆的蒋介石直接交涉上，还是在南京设置新的傀儡政府，日本为结束战争所作的努力的最终目的在于扩大、巩固战争成果并使其合法化。它的“和平试探”从未明示将为日本军队从华北撤军设定期限，更不要说放弃对满洲傀儡政权的控制了。
1938年7月，日本军计划夏季开始进攻武汉，陆军参谋本部很担心苏联的态度。1938年7月11日，围绕“满洲国”边境上一座山的所有问题，第十九师团长突然与苏联发生了大规模冲突。这次冲突被称为张鼓峰事件，其结果是日本遭到了彻底、损失惨重的失败。当时原田熊雄在日记中记录了裕仁对陆军大臣板垣的批评：“今后，没有我的命令不许调动一兵一卒。”换言之，天皇告诉陆军大臣，这里应该是他负责，可是之后对引发事件的军官根本就没有采取任何惩罚措施。事后不久，当判明苏联军队不会越境反击时，他批准了预定的在中国的进攻战。这是在运用权威进行干涉过程中，他具有选择能力的又一个例证。
日本再一次地寄希望能迅速击败中国军队。1938年后期，依仗地上、海上和空中的压倒优势，日本差不多在每一场进攻中都取得了胜利。但是中国的抵抗也很顽强，迫使日军逐渐要依靠化学武器。（这方面西方也有先例：最著名的是德国在第一次世界大战中第一次使用了毒气。1935年，意大利法西斯在埃塞俄比亚使用了毒瓦斯。）至11月，日本军队占领了中国中部长江边上的“武汉三镇”，武昌、汉口和汉阳以及华南的广东。日本军控制了中国主要的铁路，在中国最富裕、最发达的沿海省份建立了日军控制下的飞地。蒋介石一边宣称要继续战斗，一边与他的整个政府一起远远地撤退到内陆的有城墙环绕的山城重庆，跳出日本军的追击范围。
对于日本来说，武汉之战确实是战争的一个制高点，是它当时进攻能力的极限。当胜利的消息传回国内时，日本举国欢庆，就像报纸第一次报道南京陷落时（过早报道了）一样：鸣汽笛，出号外，而天皇亦如满洲事变时一样，全套军服，骑着白马在群众面前亮相。
近卫马上于1938年11月3日发布了关于战争的第二次声明。他宣称日本坚持以建设“东亚新秩序”为目标，同时将不会拒绝中国国民党政府的参加。8个星期后，12月22日，近卫发表了重要的第三次声明，宣布了此后成为日本官方的战争目标的“近卫三原则”。第一，中国必须正式承认“满洲国”，并与其建立“善邻友好”关系。这个原则意味着中国要停止所有的反日活动。第二，中国必须同日本一道与共产党战斗。这暗示了日本有权在中国驻扎军队。第三，两政府间必须进行广泛的经济合作，这包括承认日本开发和利用中国华北和内蒙古自然资源的权利。
日本所谓的建设 “东亚新秩序”，是建立在这三原则的基础上。近卫的声明意在国民党政府前总理汪精卫和蒋介石之间造成派系分裂。最终，将产生一个新的合作者政权，在日本占领的南京对日本控制的各省实施统治。
第三部分：圣战互不侵犯条约
1939年1月4日，近卫辞职。因为他既无法结束在中国的战争，也无法在与纳粹德国的军事同盟问题上统一内阁的意见。他的离去为三代后任内阁将“圣战”继续推向前进开辟了道路，这三位继任者是前枢密院议长平沼，阿部信行将军和米内大将。日本帮助汪精卫在南京建立一个与蒋介石对抗政权的协调工作即将开始，可是它还没有打垮蒋介石。相反，肆无忌惮、惨无人道的日本军队无论走到哪里，都会激起强烈的民族抵抗精神。日本军无法维持对广大农村的有效控制，前线被迫扩大，补给和交通线也都延伸至极限。很快，在中国的日本军无论是军事上，还是政治上都产生了无望的挫败感。就在此时，第二次世界大战在欧洲展开，日本的统治集团开始想像德国军事力量的抬头将为他们走出困境开辟道路。
接受辞职的近卫首相的推荐，1939年初，天皇任命平沼为近卫的继任者。平沼是陆军强有力的支持者，曾被裕仁认为是一个彻底的法西斯主义者。然而，1936年的陆军叛乱事件以来，他与激进的右翼有些疏远，并解散了“国本社”，在西园寺亲王的竭力主张下与宫廷内臣建立了关系。如今，在财政大臣池田成彬和宫廷派的指导下，平沼进一步重新检讨了自己，表示保证不会匆忙地与纳粹德国结成军事同盟与英美为敌。在与德国结盟问题上，平沼部分改变了态度，这足以使他得到裕仁的欢心。
之后的9个月中，平沼要着手解决的不光是陷入僵局的中国战争所引起的军事及外交上的问题，还有与苏联的问题。5月，关东军在“满洲国”西北部和外蒙古（蒙古人民共和国）边界上的诺门坎附近与苏联蒙古军发生冲突。战斗很快发展成