作最后挣扎的基地，也是新疆主战派策划反对和平起义的基地。陶峙岳对此也特别作了工作。
1949年5 月和8 月，陶峙岳两次到焉耋，约会驻在喀什的警备副总司令赵锡光，密谈部署和平起义工作。
身为新疆警备副总司令兼南疆警备司令的赵锡光，深知国民党已是日薄西山，心情极为苦闷。直到同陶峙岳于“焉耋会议”上商定了和平起义的计划后才得以解脱，并着手按同陶商定的起义方案开展准备工作。由于赵锡光治军颇有魄力，且与几个旅长相处融洽，因而起义准备工作进行得还比较顺利。
南疆起义的重心是喀什地区。喀什位于世界屋脊帕米尔高原之东，是古代丝绸之路的重镇。自古以来，这里一直是南疆政治、经济。文化、宗教、商贸、军事的中心，且与苏联、巴基斯坦、印度等国接壤，战略地位十分重要。因此，南疆起义能否成功，将直接关系到新疆全省起义的成功与否。
国民党在喀什驻有整编第42师，计师部和直属部队及独立步兵团、骑兵团各一个；整编骑兵第9 旅；骑第14团；在边境有独立边卡大队和边卡中队各一个。南疆警备司令部设于整编第42师师部内，喀什警备区司令部设于整编第9 旅旅部内。当时，这些部队由于防区辽阔，部队驻地分散，加之交通不便，消息传递较慢，因此部队内部还是比较稳定的。这为起义的准备工作减去了不少的麻烦。一南疆能否和平解放，骑兵第9 旅的态度至为关键。陶、赵商谈后，赵锡光即将整编骑兵第9 旅旅长马平林找去，通过分析时局，以期消除和平解放的一块障碍。
“现在时局已是十分恶化，我们应该立即想出妥善的办法。”赵开门见山地说。接着他详细地介绍了傅作义在北平的义举。最后暗示马，到万不得已时，为了新疆地方不致遭受破坏和军民避免遭殃，也只有走傅作义的道路了。
马平林当即表示：“军人以服从命令为天职，今后一切行动绝对服从命令！”
摸清了马的态度，赵锡光心里便有了底。
到了4 月底，随着南京的解放，全国形势又发生了重大的变化。赵锡光便召集喀什驻军团以上军官举行座谈会。会上，他提出，当前局势急趋恶化，而且还将继续恶化下去，我们的部队应该怎么办？他要大家发表意见。与会军官们各抒己见。部分人认为国民党已无反攻力量，对新疆问题已是鞭长莫及，因此可以宣布独立，脱离国民党。也有人认为，时机尚不成熟，需等待一个时期再研究不迟。大家各执一词，最后未取得一致意见。
过了几天，赵锡光又召集上述人员开会，主题仍是讨论时局问题以及新疆部队的对策。他说：国民党政府已经瓦解，我们要立即研究决定怎么办的问题。会上，大多数人认为国民党大势已去，今后的行动当听从正副总司令的指示，坚决服从命令。情况比上次会议有了很大进展。
1949年9 月中旬，赵锡光于“焉耋密议”后再度将马平林找去，借口与其探讨时局问题，进一步试探其对和平起义的态度。
赵先对马谈了内地的军事形势，然后说道：“如今时局将作何发展，尚难预料。因此，我们必须凡事谨慎为妙。”因为时机尚未成熟，赵没有向马平林透露同陶峙岳会晤的情况。
接着，赵试探地问道：“你看时局将如何发展呢？”
马平林小心地回答道：“现在外面议论较多。有人认为西北还有很多部队，新疆部队也不少，必要时还可请美国派飞机运送部队和装备来支援，总可以固守若干时日。万一同国民党断绝了联络，还可以像云南唐继尧一样，宣布独立。”
听了马的这番话，赵心中颇感不安，但又不便否定他，所以没有明确表态，只含糊地说道：“现在各方面的困难很多，将来情况变化莫测，还是要慎重考虑。”
末了，赵特别交待了一句：“我们这次谈话的内容一定要保密！”
正当新疆军政当局内部主战派和主和派的斗争愈演愈烈的时候，突然爆发了“莎车事件”。这次事件，对主战派是一个打击，而对主和派的起义则起到了一定的催化作用。
事件的经过大致是：驻莎车的国民党骑兵第4 旅旅长唐井然长期克扣军饷，虚报冒领，中饱私囊，弄得军无粮饷被服、马元草料马具。而且，其为人奸诈，性情暴烈，刚愎自用，激起了官兵的强烈不满。该旅第7 团团长洪亚东愤而率兵造反，包围了旅部，要唐井然吐出赃物。唐急电赵锡光求救，声称：“洪亚东叛党叛国，如不军法从事，上行下效，必然酿成大祸。”
同时，赵也收到陶峙岳命其前往莎车处理事件的急电。于是，赵迅速组织了一个加强营，派副团长岳奉恩、副营长周有仁率领，开赴莎车应变。
洪亚东获悉赵派兵来莎车的消息后，急电赵慷慨陈词：“唐旅长屡扣军饷中饱私囊，官兵食不果腹，衣不遮体，弱不禁风，奄奄待毙。职集兵围唐，绝无背叛军人武德之意，仅促其吐赃物为目的。吾虽反唐，坚决拥赵。”
赵在约见洪并视察其所部后，知洪亚东所言不假，作了一番抚慰，并以银元千块、纸币万元分发官兵。接着命唐井然火速离开莎车，以免事态扩大。
“莎车事件”得已平息。
9 月24日晚上，赵锡光连夜召开少校以上军官会议，介绍了“莎车事件”的经过，说明“莎车”式的部队是不堪一击的，暗示驻疆国民党军队的战斗力是很低的，让那些以新疆尚有10万部队而欲同共产党分庭抗礼的人放弃幻想，走和平起义的道路；并严厉地驳斥了主战派破坏和平起义的种种谬论，以震慑军中的主战分子。
“莎车事件”，在客观上打击了主战派，鼓励了主和派，对南疆和平起义的顺利实现，起到了重要的促进作用。
为了进一步壮大和巩固主和派阵营，帮助和指导主和派更好地与主战派开展斗争，促使新疆和平解放的早日到来。1949年9 月上旬，也就是主和派同主战派斗争最为紧张激烈的时候，中共中央派出特使邓力群辗转来到新疆，具体指导主和派的斗争。
邓力群由苏联进入新疆伊宁，立即同三区临时政府领导人阿合买提江、阿巴索夫等多方接触，一方面了解新疆情况，一方面计划新疆和平解放事宜。同时，开设了“力群”电台，以便随时向党中央报告新疆的有关情况和向新疆主和派传达中央的方针政策。
9 月15日，邓力群从伊宁秘密飞抵迪化，包尔汉、刘孟纯、刘泽荣和屈武亲往机场迎接。为了安全和保密起见，也为了便于做好少数民族人士支持和平起义的工作，包尔汉、刘孟纯、屈武等人将邓力群的住处干脆安排到了包尔汉的家中。邓力群首先会见了包尔汉、陶峙岳、刘孟纯、屈武、刘泽荣、梁客浔等军政方面主和派的代表人物；并代表党中央、毛主席向他们表示慰问，同时详细传达了中共中央对和平解放新疆的热诚态度、宽厚政策以及起义的具体办法；然后向陶峙岳、包尔汉转交了张治中9 月10日给他们二人的电报和9 月11日单独给陶峙岳的电报。
陶峙岳、包尔汉等当即表示接受中共中央提出的八项和平条件，走和平起义的道路。接着，陶峙岳向邓力群面陈了和平解放新疆的具体意见，并报告了军方和平起义的准备情况，包尔汉也向邓力群报告了省政府方面关于和平起义准备工作的进展情况。邓力群对他们的工作给予了充分肯定，并给他们以鼓励。此后，其他从事和平起义秘密工作的各界人士也陆续来到包尔汉家，向邓力群汇报情况。邓力群也对他们分别作了工作。
邓力群到达迪化，对新疆主和派是一个很大的鼓舞。同时，新疆和平起义的各工作，因为可以通过邓力群得到中共中央的直接指示，从而更加有序地开展。陶峙岳、包尔汉等入关于和平起义工作的一些计划都直接向邓力群汇报，并通过他同中共中央联系，得到党中央的指示。从此，中共中央一方面进一步做暂住北平的张治中的工作，并通过他做好国民党新疆军政首脑的工作，另一方面通过邓力群直接领导新疆的和平解放工作。
与此同时，西北人民解放军在对西北国民党军进行军事打击的同时，也加强了和平解放新疆的准备工作。
8 月29日，也就是兰州解放的第三天，戎马半生的彭德怀，专门拜访、邀请在兰州的新疆各族各界人士，如蒙古王的儿子侯瑞昌、儿媳师瑞兰，大商人艾买提。瓦吉地，兰州维吾尔族宗教领袖乌斯玛依，以及一些在兰州休假的陶峙岳部校以上军官等，请他们介绍新疆情况，帮助他们了解共产党的政策，向他们讲明新疆只能走和平解放的道路。这些人随即组织成立了新疆问题研究会，在彭德怀的支持下，为新疆和平解放做了不少工作。
9 月19日，也就是在邓力群到达迪化的第四天，包尔汉通过邓力群给毛泽东发报，表示了自己坚决执行中共中央和平解放新疆的正确决策。电文称：“此间对新民主主义及尊重少数民族利益之号召，早具坚强之信心及拥护之赤诚，并为之克服困难。已经决意与国民党反动政府脱离关系。”同时表示，他“已准备一切力量消灭反动势力，接受领导。俾每一角落共庆新生，以完成贵党所领导的整个中国之解放”。
四天之后，毛泽东即给包尔汉回电子以嘉勉。电文中称：“新疆局面的转变及各族人民的团结，有赖于贵主席鼎力促成。尚望联络各方爱国民主分子，配合人民解放军人新疆之行动，为解放全新疆而奋斗！”
毛泽东的回电，给包尔汉以更大的鼓舞。接电后，包即按毛泽东电报上的指示精神，更加努力地开展和平解放新疆的工作，为挫败叶、罗、马的暴乱阴谋，赢得新疆的最终和平解放做出了积极的贡献。
邓力群人疆后，既全面了解和掌握了新疆军政各界的情况以及起义的准备工作情况，也密切了同新疆军政方面主和派的关系，为中共中央及时作出关于解决新疆问题的正确决策，促进新疆和平解放的早日实现起了很大的作用。
经过长时间的酝酿活动，主和派在和主战派的斗争中逐渐取得主动权，占据优势，军政等多方面主和势力从暗中各自分散进行到逐渐明确表态，从默契到日益密切配合，和平起义众流齐汇，统一到中共中央和毛泽东的和平解放新疆的领导和部署上来。
陶峙岳由于处境艰险，是主战派矛头指向的焦点。他虽名为统率全疆军队的警备总司令，但实际只能掌握副总司令兼南疆警备司令赵锡光的一个师及警卫团等，大约只占四分之一的部队。因此他在开始进行和平起义的工作时是十分慎重，藏而不露的，甚至对他最亲信的兄弟——力主和平的警备司令部参谋长陶晋初也不明确表态。对主战派则一直是从整个新疆和新疆各族人民的发展以及新疆10万驻军的前途和出路的大局着眼，针对形势的发展及其演变，反复陈明利害关系，进行劝导说服。
在内、外因素的共同作用下，主战派核心人物罗、马、叶终于答应交出部队。9 月24、25日，三个“光杆司令”先后离开新疆。
1949年9 月24日，随着叶、马、罗的“和平撤退”，新疆和平解放的最后一块障碍被清除，陶峙岳、包尔汉便及时发出了起义通电。9 月25日，国民党驻新疆部队由陶峙岳领衔宣布起义，同时致电中共中央、毛主席，宣布脱离国民党政府的统治，“竭诚接受毛主席之八项和平声明与国内和平协定”，在共产党毛主席的领导下，归人人民的行列。
起义的消息一传开，迪化全城顿时鼎沸起来。全市各界用各种民族文字书写的标语贴满全市，庆祝队伍也自动组织起来。第二天，省政府召集庆祝和平解放大会，并向全疆各地发了通电。大会开得热烈欢快，充满了翻身解放的喜悦！
为了防止起义后发生不必要的变故，9 月27日，陶峙岳。包尔汉又联合署名，向全疆发布了（新疆省警备总司令部、新疆省临时人民政府布告），要求全省军民在这一伟大变革时期同心协力，努力做到：不侵害他人的生命财产；不扰乱地方秩序；不破坏民族团结；不对他人报复过去的嫌怨；不抬高物价；不挑拨军民感情；不侵害外国侨民；不侵损公家财物。
9 月28日，毛泽东和朱德给陶峙岳和包尔汉，以及新疆军政起义人员发来电报，对他们的和平起义表示嘉勉：“你们在9 月25日及26日的通电收到了，我们认为你们的立场是正确的。你们声明脱离广州反动残余政府，归向人民民主阵营，接受中国人民政治协商会议的领导，听候中