甲板和机库，然后爆炸，在第四层装甲板上引起一场大火。
这样击中了三次，各自报销了一艘日本航空姆舰；但是，“约克城号”的弹药库迅速被水淹没，为防油管着火而使用二氧化碳，以及救火队迅速的行动，使这场大火不到一个小时就被制止。一时四十分，轮机员重新烧着了锅炉，飞行甲板上的缺口用木板补上了。巴克迈斯特舰长能够让他的航空母舰以每小时二十海里的速度行进，并且调头迎风，使剩下的俯冲轰炸机在油耗完之前在舰上降落。由于掉进大烟囱的那颗炸弹摧毁了雷达，随后发生的火灾烧掉了通讯中心，弗莱彻海军少将被迫将他的旗舰旗转移到“阿斯托里亚号”巡洋舰上，将作战指挥权交给“企业号”上的斯普鲁恩斯。
巴克迈斯特舰长的水兵的英勇行动博得了欢呼，他们使第十七特遣舰队完全恢复了空袭能力。南云不可能知道他的失败有多么惨重：现在，他在“约克城号”西南二百英里的海而上，把三艘着火的航空母舰丢给驱逐舰看管之后，正在率领一个遭到打击的攻击舰队向北行驶。他在损失了三艘航空母舰之后，“飞龙号”报告他们的第一次袭击成功了，肯定击沉了一艘美国航空母舰，因此，他相信美国只剩下一艘航空母舰。他仍然看到免遭惨败的希望。这个希望在下午一时后破灭了，在美国飞机第一次袭击之前，派去全面侦察中途岛附近海面上敌人部队的那架飞机飞回来了，由于无线电已坏，这架飞机没有完成侦察任务，不幸的飞行员返回时发现他的航空母舰一团大火，迫使他带着不幸的消息降落在“飞龙号”上：他至少肯定看到了两艘美国航空母舰。正在庆幸自己解脱了敌人的威胁的山口多闻海军少将，听到这个消息后大吃一惊。它证实了南云的最可怕的担忧：南云意识到他现在面临着至少一比二的劣势。
“约克城号”被放弃
在第一次袭击的飞机返回加油之前，山口多闻只剩下十架鱼雷轰炸机。它们在一时三十分出动去袭击敌舰，由六架战斗机护航。“飞龙号”老资格的飞行员友永海军上尉认为这项任务非常重要，他坚持要带队飞行，尽管他自己的飞机的油箱坏了，飞去就回不来。
一小时后，友永的自杀使命即将结束，在离第十七特遣舰队不到五十英里的地方，一艘巡洋舰发现了从西南方低空飞来的日本飞机，巡洋舰马上向“约克城号”发出警报，使后者来得及出动另外四架“野猫式”战斗机，它们和已在空中护航的八架一起前往截击。它们和“零式”战斗机发生了混战，击落了一架敌机。同时，“九七式”鱼雷飞机分头进攻，在桅顶的高度上，从四面八方向“约克城号”扑去。替这艘航空母舰护航的四艘重型巡洋舰采用了新战术：用重炮向前方海域发射炮弹，掀起一堵水墙。可是这个办法阻挡不住四个下定了决心的日奉飞行员，他们冲过水墙，在离“约克城号”舰首不到五百码的地方投下“长矛式”鱼雷，飞机掠过舰只时靠得很近，甲板上的炮手可以看见飞行员摇晃着拳头，以示蔑视。
巴克迈斯特舰长的受了伤的航空母舰，速度不够快，不能迅速躲避所有的鱼雷。两颗击中左舷，在油箱附近的舰壳上掀开两个大洞，并把舰舵轧住了。大量海水从洞口涌入，“约克城号”发生今人担忧的倾斜。不一会儿，抢险队报告：他们解决不了海水滔滔不绝流进来的问题，因为临时修补远远不能把水堵住。巴克迈斯特估计母舰很快就要倾覆，在下午三时前不久下令放弃。驱逐舰迅速靠近这艘行将倾覆的航空母舰，分秒必争地抢救幸存者，没有漏掉一位水手。许多跳进水里的水手客气地喊道：“出租汽车、出租汽车，”小船在平静的海面上搭救他们。
后来证明巴克迈斯特作出放弃舰只的决定为时过早，就在他作出这个决定的时候，一小时之前起飞的十架“无畏式”飞机侦察小分队，在下午二时四十五分左右到达南云舰队剩下的那艘航空母舰的上空。领飞的华莱士·肖特海军上尉发现底下有一艘呈方形的航空母舰，这就是“飞龙号”，在第十七特遣舰队西北约一百一十英里的海面上发现这艘舰，意味着美国人终于找到了情很机关在战斗前估计存在的第四艘日本航空母舰。
第十六特遣舰队收到这个消息后，斯普鲁恩斯在三时三十分将“企业号”调头迎风，出动另一批空袭力量，共二十四架俯冲轰炸机，包括“约克城号”上的十架“无畏式”飞机（“约克城号”遭到轰炸的时候，这十架飞机只好逃到“企业号”上）。没有“野猫式”飞机进行战斗护航，因为它们要留着用来替特遣舰队作战斗巡逻飞行。威尔默。加拉格尔海军上尉当然着急，他迫切要求在成功地袭击了“加贺号”之后仅仅七个小时，利用这个机会再消灭一艘敌人的航空母舰。
倒数第二个回合
下午五时前不久，这批新的美国轰炸机群到达“飞龙号”上空，在此之前半小时，这艘航空母舰幸存的五架鱼雷飞机和三架战斗机在舰上降落，证实了友永海军上尉牺牲前所谓击沉“约克城号”的巨大胜利。山口多闻并不知道他们袭击的这艘航空母舰，正是早些时候第一批日本轰炸机群声称已经击沉的那一艘，因此计算出有待击沉的美国航空母舰只剩下一艘了。五架鱼雷轰炸机、五架鱼雷飞机和六架战斗机留给他转败为胜。但是他决定先让精疲力尽的飞行员吃饭，同时给飞机加油和重新装弹，以待黄昏时出击。
下午五时零三分，一架快速侦察机奉命起飞找出这艘美国航空母舰，“飞龙号”上其他饥饿的飞行员则在吃着甜米团子。不一会儿，舰桥上的了望员喊了起来：“敌人的俯冲轰炸机来了。”司号员来不及吹起警号，加拉格尔的“无畏式”轰炸机就从晚霞中直扑过来。舵手熟练地躲开了头三颗炸弹，但是后四颗象开罐头刀一样炸开了甲板，把前升降机掀到舰桥上去了，底下的机库也起了火。几分钟后，袭击停止了。除了三架以外，所有的“无畏式”轰炸机在黄昏时平安返回“企业号”，报告他们取得了辉煌的战绩，在一天之内击沉了两艘航空母舰。
“飞龙号”还在奋力前进，速度约每小时三十海里。除了枪炮手以外，所有的人都转过来救火。大部分救火设备被炸毁，为了装备晚间出动的轰炸帆群而搬到机库的炸弹和鱼雷爆炸了，一排排的灭火水桶是无法阻止它们爆炸的。大火从上面的甲板烧到底下的甲板，轮机舱的水手就象被困在一座火焰的坟墓里。“飞龙号”仍在行进，好象一把漂浮的火炬，拖着一股浓浓的黑烟。下午刚过六时，它被从中途岛起飞去进行另一次袭击的B—17“飞行堡垒”轰炸机发现。这是那天的第二次，陆军航空队的炸弹没有击中敌舰。随着夜幕的降临，中途岛剩下的海军陆战队的轰炸机和鱼雷飞机起飞进行夜间袭击——但是它们没有发现这艘正在燃烧的航空母舰，它在涡轮机停止前，比预料的要走得远得多。
午夜一时后，山口多闻海军少将开始准备下令放弃舰只前的正式仪式，同时，这艘燃烧着的航空母舰发生了一系列爆炸。在缭绕的黑烟中，加来止男舰长郑重地将天皇的朋片转移到一艘驱逐舰上，矮个子山口多闻海军少将站在一个饼干铁盒上，发表慷慨激昂的告别演说。他同他的旗舰舰长对饮了一杯水之后，两人领着唱了“君之代”国歌。幸存者被送到驱逐舰上，山口多闻和加来却停下来欣赏月色，然后退到各自的舱房切腹自杀。最后命令一艘驱逐舰发射鱼雷击沉“飞龙号”，但在黎明时分，它还在漂浮，舰上的七十名水兵仍然活着，他们在这艘烧坏了的航空母舰于正午最后沉没之前被救走了。
连续的打击击沉了南云的攻击舰队的最后一艘航空母舰，标志着他的惨败。“这一仗完了，”这是山本海军大将的文书军士在那天下午五时三十分，将“长良号”巡洋舰刚刚发来的不幸的电报递给总司令官时的反应。电报说：“‘飞龙号’遭炸弹袭击起火。”参谋部的成员紧闭着嘴巴，围着海图磋商了一个多小时，核查剩下的海军部队的部署。角田觉治海军少将率领的两艘航空母舰和一批重型巡洋舰，对荷兰港进行了第二次空袭后，正从北太平洋火速南下。近藤海军中将率领的一艘轻型航空母舰，两艘战列舰和四艘重型巡洋舰正从西面驶向中途岛；栗田海军中将率领的四艘重型巡洋舰和三艘水上飞机供应船从西北面全速驶往该岛，断后的是主力部队——巨型战列舰“大和号”、两艘较小的战列舰和一艘轻型航空母舰。如果这几支可怕的力量能够同南云剩下的两艘战列舰和三艘巡洋舰会合，山本就会看到仍然有希望赢得一场“海上决战”。为了集合他的分散的舰队，山本总司令官当晚发出乐观的信号：“敌人舰队几乎被消灭，正往东撒退。”山本下令按计划在第二天占领中途岛。
最后一个回合
南云接到山本下午七时发出的命令：所有部队“立即接触敌人并将它们歼灭”，对他来说，这道命令是很不切合实际的，在遭到最后袭击之前离开“飞龙号”的那架飞机发回的最后情报表明，敌人在海上还有更多的航空母舰。
“敌人的全部实力是五艘航空母舰、六艘重型巡洋舰和十五艘驱逐舰。它们正向西行驶。我们保护着‘飞龙号’向西北撤退，速度每小时十八海里。”山本的参谋长宇垣海军少将认为，南云这样断然违抗山本的命令，说明他“不想进行夜间战斗”。宇垣知道，美国人不论在太平洋的什么地方都不可能有五艘航空母舰：他估计最多只能有两艘在活动。山本希望将埋伏在中途岛北面的所有舰队投入夜战，届时他将拥有足够的战列舰和巡洋舰来赢得一次胜利，弥补帝国海军在白天遭到的失败。因此，他命令近藤海军中将接管作战指挥权，部署他的战列舰和巡洋舰。南云的舰队奉命立即改变航向，“参加夜间战斗。”
山本的计划又一次寄希望于敌人将会就范。但是，只有当美国舰队继续东进，才有可能在中途岛附近发生夜战。实际上，斯普鲁恩斯非常清楚继续带领第十六特遣舰队西进是危险的。对日本无线电情报所作的分析提供了明显的迹象：另一支大舰队正从西北方向驶来，曾经袭击荷兰港的航空母舰显然正从北面压过来，以便切断他同夏威夷之间的联系。此外，在黄昏时袭击过“飞龙号”的B—17轰炸机报告它们正在受到“零式”战斗机的攻击。这些战斗机可能来自那艘燃烧的航空母舰，也可能来自附近的另一艘航空母舰。即使雷达使他的舰船占有战术优势，斯普鲁恩斯还是断定：在夜间追逐南云的遭到打击的舰队，有可能使他和弗莱彻在白天赢得的胜利前功尽弃。“我认为冒险同可能占优势的敌人进行夜战是不应当的，”这是他谨慎小心的理由。“但在另一方面，我不想在明天上午离中途岛太远。我想占有这么一个位置，从这个位置上，既可追击溃逃的敌人，也可瓦解敌人在中途岛登陆的企图。”当他的最后一批轰炸机返回航空母舰的时候，这支美国特遣舰队就往东撤退，直至午夜方才改变航向，在黎明时回到面临威胁的中途岛的攻击距离之内。
虽然斯普鲁恩斯由于放弃追击又在后来受到批评，但他作出的战术判断是绝对正确的。假如他继续西进，他肯定会陷入山本设置的圈套，由于他的航空母舰不能在夜间出动飞机，很容易成为近藤的战列舰和栗田的重型巡洋舰炮火的牺牲品。
山本焦急地等候同敌人接触的消息，一直等到午夜，他的引诱美国人进行夜战的计划有破产的危险。他和他的参谋部现在不得不担心，如果黎明时他们离中途岛的岸基飞机，或者离返回的敌人航空母舰的舰载机太近，他们就会遭到屠杀。参谋部有人建议轰炸并占领中途岛，以便保全面子；但宇垣海军少将拒绝了这个方案。“我们的战列舰，尽管火力很强，将会在靠近中途岛使用我们的大炮之前就被敌人的空中和潜艇的袭击所消灭。”占领中途岛不得不推迟。“但是，即使不可能占领中途岛，即使我们不得不承认这次战斗的失败，我们还没有输掉战争。我们的舰队还有八艘航空母舰，包括即将沉没的几艘在内。打仗如同下棋，傻爪才让自己不顾一切地鲁莽行事。”
并不是所有的参谋部成员都准备接受宇垣的严肃的分析的。有人问：“我们如何就这次失败向天皇陛下谢罪？”一直沉默不语的总司令现在表明他将吞下最苦的药丸——“交给我，”山本插话。“我是唯一应当向陛下清