对于新征服的领土上落入日本人手中的五十万欧洲平民——其中有许多是妇女和儿童——来说，尔后的三年是被野蛮监禁和横遭剥夺的三年。许多人还没有到达人满为患的监狱和拘禁营地就断送了性命，幸存者常常沿着丛林小道跋涉数百英里，然后象牲口一样地被关在这些监狱和拘禁营地里。巴厘巴板的所有白人都被杀死，以示对他们破坏石油设施的惩罚。英国外交大臣抗议香港居民遭受的残酷暴行，日本人肆无忌惮地奸污和屠杀年轻姑娘乃至尼姑，使香港的国际观察家毛骨谏然。爪哇和苏门答腊的荷兰人受到惨重的迫害；在菲律宾，三千多名美国平民被关在马尼拉郊区圣托马斯大学校园的有刺铁丝网里，又挤又脏地住了三年，既缺食物，又缺医疗。
日本人无视俘虏的生命，对战俘极不人道。帝国军人是用武士道——中世纪武士阶级遵守的道德规范，集严格的禁欲主义和大乘佛教的人我否定于一体——的严格纪律训练出来的，练就了要为天皇死战的性格。万一战死，就会为他的家属带来荣誉，本人的灵魂也得到自我拯救。军人训导手册明确规定：“记住这样一条：当俘虏不仅意味着自己身败名裂，而且意味着父母妻小永世不能抬头。最后一颗子弹无论如何要为自己保留着。”对于一个日本军人来说，当俘虏远不如死去的好。谁当俘虏，他实际上就不复存在——他的名字从他的乡村或城镇的花名册中除去。日本人就是这样地变成了宁死不降的盲信武士。这样的条件作用使普通的军人丝毫不理解西方的道德观念，他把所有的战俘视作只能蔑视并象奴隶一样地对待的下贱货。
在一九四二年头几个月里投降的十五万盟军战俘，经历了奴役、饥饿、疾病和死亡的漫长岁月。日本外相东乡茂德曾经保证他的国家将遵守一九二九年日内瓦公约，这个公约提出了国际公认的俘虏待遇条件。然而，日本国会从未批准这个条约。由于东京政府没有制订任何行动准则，处理俘虏只由当地军事指挥官酌情决定，他们是严格根据武士道而不是根据日内瓦公约来处理战俘的。日军自己的士兵经常缺乏食物，三百个战俘营里的俘虏只好挨饿了。日本公然违反西方国家公认的准则，强迫多数战俘从事异常沉重的体力劳动。许多人彼秘密送往满洲的煤矿和硫黄矿；另外一些人在疟疾流行的浓密丛林里修筑公路和铁路，还有少数人被送进特殊医疗试验营，供作动物试验之用。被日本人俘虏的人，绝大部分未能活下来，不是死于饥饿、流行病，就是死于看守指挥官的残酷虐待——许多看守指挥宫在一九四五年以后作为战犯接受审判和被处决。
日本政府对所谓共荣圈的赤裸裸的经济剥削，同日本军方的残酷暴行不相上下。“我们没有任何限制。他们是敌方的人。我们可以抓捕他们，为所欲为，”这就是三月十四日日本军方和企业家在东京举行的联络会议制订的基本政策。贪婪地掠夺东南亚的资源和原料，是为了满足日本制造商尤其是强大的“财阀”的利益，这些”财阀”现在派出代理人掠夺新的领土，授予他们这种特许权的是给工业界下达的指示：“目前南部地区将是原料来源地和我们的制造品市场。必须采取措施阻止这个地区的工业发展。工资必须尽可能压低。”为了榨取所有的外国资产并监督不用新货币，成立了南部地区开发银行，新货币表面上是日元，但是根据东京作出的秘密决定，日元得不到日本储备的支持。新钞票象雪片一样地印了出来，加剧了由于日军征用了所有的食品供应而造成的恶性通货膨胀。
在几个月的时间里，整个东南亚就象“满洲国”和朝鲜那样，沦为日本的经济殖民地。根据东京的命令，工资削减了一半；传统的农业方式被推翻，日本给每个地区强制规定定额，削减稻米生产，以便种植更多的棉花，满足战争的需要。日本人急不可待地掠夺东南亚的石油和原料储备，破坏了整个地区的交通网。他们强征庞大的商业船队为军方服务，由于缺乏有效的组织，贸易变成了只图日本致富的单行线交通。
远东的正常贸易往来被迅速破坏。仰光码头上的稻术发霉腐烂，马来亚人却在挨饿。“你们是在东京街头悬起人头吗？”新加坡的一位女招待就那些盗窃皇军粮仓的人被抓住后受到野蛮惩罚的问题质问一名日本记者。“高傲自负的英国人走了，粗鄙卑劣的日本人来了，”这就是同一个日本记者在走进拉弗尔斯饭店时的悲哀想法，这个饭店已经改名为昭南饭店，只接待日本同胞。日本人的殖民统治更加今人不堪忍受，因为这是亚洲人对亚洲人的统治。由于实行了严格的配给制，食品供应减少了，本来总是被营养不良和流行性疾病所折磨的国家，营养更加不良，疾病更加流行，对新的统治者的憎恨迅速传播开来。东南亚被日本占领后的六个月中，经济普遍衰败，在东京“新秩序”的严厉统治下的各国人民，仇恨满腔地咒骂“共荣圈”是“共穷圈”。
正如短视的日本官僚和冥顽的日本军队不能胜任有效管理东南亚的任务一样，日本军事领导人也未能解决如何防守新帝国的漫长的太平洋环形防线的战略难题。
对立的战略
自从一月初以来，帝国参谋本部在“第二作战阶段”应该采取什么战略这个问题上展开了激烈的辩论。陆军参谋本部希望停止进一步扩张。海军计划人员受到一连串胜利的鼓舞，强烈主张维持进攻势头，直至敌人讨饶求和。这两个方针都将使日本走入战略死胡同，而且不可能找到长久的军事解决办法。转而采取陆军的防守政策，必将给予美国时间和机会动员它的强大的工业力量，发动横渡太平洋的大规模强攻。海军仍然希望在美国人能够重建他们的舰队之前谋求进行一场决战，因此，以海军将领为一方，以陆军将领为另一方，进行了一场充满分歧的激烈的战略大辩论。
由于受到“胜利病”的严重侵染，南云海军中将的帝国海军参谋本部最初为第二作战阶段提出了一项野心勃勃的计划，这项计划要求占领新几内亚，作为最终入侵澳大利亚的跳板。陆军参谋本部在甚至还没有赢得对华战争的胜利之前，对于这样一项拿破仑一世似的作战规模当然表示惊讶。他们拒绝了这个计划，理由是他们没有现成的一百个师，也没有海上交通工具支援这样大规模的登陆作战。到了一九四二年一月底，海军参谋本部修改了他们的雄心勃勃的计划，足以使陆军支持他们的宏伟战略的第一阶段计划——占领新几内亚和戍守所罗门群岛。他们争辩说，这对于确保日本帝国南部环形防线的防御、阻止盟军从澳大利亚发动反攻是必不可少的。
海军参谋本部刚刚赢得帝国参谋本部对向南发动有限进攻的支持，就面临着山本海军大将和他的联合舰队参谋部要求在太平洋中部采取更加咄咄逼人的战略的越来越大的压力。山本五十六的观点在东京的作战会议上占有相当重的份量，因为他在珍珠港取得的胜利使他成为民族英雄。联合舰队参谋长字垣缠海军少将的想法反映了山本的战略观点，字垣认为：“时间将对日本不利，因为美国的资源占有巨大的优势。因此，除非日本迅速恢复进攻——越快越好——否则它最终将一事无成，只有坐待美国军队发动反攻。”
因此，字垣奉命在一月初提出“夺取夏威夷和摧毁美国太平洋舰队力量”的作战计划。经过仔细研究，证明日本海军的人力物力不能胜任之后，联合舰队参谋部另外制订了一项计划：对锡兰的英军发动两栖作战，掌握对印度洋的制空权，作为陆军入侵印度的序幕。若同通过中东和高加索发动大规模强攻的德国军队会师，英国人将被逐出亚洲，但是希特勒拒绝了这个由轴心国发动联合进攻的设想。陆军参谋本部于是力主保存陆军兵力，用于对华战争井对付夙敌俄国可能发动的进攻。缅甸是西进的终点，海军参谋本部将它的印度洋战略修改为“C 行动计划”，即派航空母舰进击队袭击锡兰科伦坡的英国海军基地，同时派遣巡洋舰攻击盂加湾的商船。山本意识到这个行动计划不能提供赢取战争胜利的机会，于是继续制订在太平洋中部发动进攻、引诱美国太平洋舰队陷入圈套的后续作战计划。
美国太平洋舰队航空母舰特遣舰队的袭击越来越大胆，到了一九四二年二月，日本陆、海军将领一致认为，最要紧的是巩固侮岛环形防线——尤其是最薄弱的南部。然而，二月二十日“列克星敦号”航空母舰特遣舰队对拉包尔的袭击，打断了日本向新几内亚的第一阶段进军。
良港拉包尔是在一月底被日本占领的，它位于新不列颠岛西端，正在变成日军南进的主要前进基地。美国的袭击差不多摧毁了十八架日本轰炸机中的三架，日军需要这批轰炸机为正在集结的入侵部队提供掩护。两个星期以后，当推迟的行动计划恢复进行，护航运乒船队起航横渡伸斯麦海峡，到新几内亚莱城和萨拉莫阿建立沿海空军基地的时候，情报机关向同盟国发出了警告。“列克星敦号”奉命加入巴布亚湾的“约克城号”航空母舰特遣舰队，舰载飞机准备越过欧文·斯坦利山脉对日军的滩头堡进行远程空袭。虽然井上成美海军中将的十八艘运兵船中只有两艘彼击沉，但有十三艘被击伤，迫使它们返回拉包尔进行修理。许多飞机的突然出现，使东京的海军参谋本部担心盟军正在珊瑚海集结一支强大的海军力量。他们决定推迟下一阶段对新几内亚的攻势，即“MO 行动计划”（入侵莫尔斯比港），直到南云的航空母舰在印度洋完成“C 行动计划”后于四月底返回时为止。此外，海军将领们更加下定了决心，要结束盟军在珊瑚海的行动自由，切断美国至澳大利亚的供应线。反过来，海军必须扩大第二作战阶段的计划，把攻占新喀里多尼亚；斐济和萨摩亚群岛也包括进去。
东京已经完成了这项扩大的南进计划的制订工作，南进势心需要联合舰队的全部人力物力，这同山本海军大将正在制订的战略发生了冲突。他现在希望进军太平洋中部，攻占中途岛，估计这样将把美国的太平洋舰队引诱出来进行决战。这两种对立战略的冲突在一九四二年四月的第一个星期摊牌了，双方在东京帝园海军军令部发生了激烈的口头交锋。
三代海军中佐认为，“联合舰队所持的观点——夺取中途岛，威胁夏威夷，将有助瓦解美国的斗志，并因此为和平谈判铺平道路——过分乐观了，”他向海军参谋本部陈述了自己的看法。他“几乎眼泪汪汪地”争辩说，印度洋行动计划和需要对航空母舰进击队进行补充，将使山本最晚要在六月执行中途岛行动计划的要求无法实现。他深信自己的计划也会导致同美国人“决战”，因为美国太平洋舰队将南下太平洋，解除斐济和萨摩亚面临的威胁。
山本的心腹渡边海军中佐以同样有力的陈述为进攻中途岛的战略作了辩护。“我们相信，我们通过实施所提议的进攻中途岛的行动计划，可以成功地把敌人的航空母舰力量引出来，然后在一次决战中将它歼灭，”他的语气十分坚决。“另一方面，假如敌人回避我们的挑战，我们将把我们的环形防线扩大到中途岛和阿留申群岛西部，因而仍然会有重要的收获。”为了把山本海军大将本人卷进辩论中来，渡边耍了聪明的一招，他给联合舰队旗舰打电话。他回答了参谋们认为只有向南发动进攻才能切断美国与澳大利亚的联系的论点。他重申了山本的对立的论点，即在太平洋中部摊牌的计划也会“摧毁敌人的航空毋舰力量，没有这个力量，供应线无论如何不可能维持。”渡边的活使南云确信：山本期待着他的战略被接受，否则南云必须辞职。
陆军参谋本部支持进攻太平洋中部的战略，因为这只需要他们提供少数驻守部队，海军参谋本部却在一年中第二次向联合舰队总司令投降了。尽管如此，他们仍然坚持继续执行进攻太平洋南部的战略，但速度可以放慢。最后结果是第二作战阶段过分分散了帝国海军的力量。海军战略要求集中兵力，他们胃着无视这一根本原则的危险，决定分散舰队力量，分头执行三项重大行动计划。这是日本战略中的致命弱点，美国很快就发现并利用了这个弱点。
太平洋第一
正当东京的军事领导人就下一步的行动进行辩论的时候，人西洋两岸同盟国的参谋长们也在重新制订他们自己的战略，日本在第一作战阶段的胜利使这一战略失去平衡。丘古尔意�