边界侦察队已经对其防御态势进行过详细研究，标定了雷区和火力点。执行这次任务的是第1/2廓尔喀营A连，由威尔劳比少校指挥。“深紫”的初次行动很成功，印尼部队的指挥官和5名士兵被打死，其营地被摧毁，而英军方面有4名廓尔喀士兵受伤。
1965年11月30日，在代号“詹姆士·邦”的行动中，第2/2廓尔喀步枪营的130名士兵在印尼境内击退了敌人的四次连级规模进攻。这场丛林恶战是在极近距离内展开的，双方士兵的距离有时只有不到5米，许多人事后能很清晰地描述对方的细节。印尼士兵都戴着丛林帽，袖子上有暗绿色的发光标志。由于识别无误，英军指挥官图洛奇上尉确信他的手下打死了24名敌军，并打伤10人。
马来亚没有成为越南
1965年，雅加达发出了一些模糊的政治信号，不过可以让人感觉到希望缓解边界地区紧张局势的政治意愿。国内经济情况不佳的英国方面对此做出了积极回应。在北婆罗洲地区，英军对印尼军队的一些调动也不再进行袭扰。
到1965年下半年，印尼武装部队意识到他们在这场丛林秘密战争中已处于下风。不利的战况以及战争给经济带来的沉重负担在印尼国内引发了政治纷争。1965年9月30日，印度尼西亚发生未遂军事政变，以苏哈托为首的陆军领导人随后逐步掌握了国家政权。1966年3月11日，3名将领来到苏加诺的茂物行宫，迫使苏加诺签署“三一一命令”，把行政权力移交给了苏哈托。
随着印尼国内局势的剧变，印尼与英国的秘密丛林战争也很快走到了尽头。1965年底，驻婆罗洲的英军人数已从高峰时的17000人下降到14000人。1966年3月13日，英军第42陆战队“哥曼德”大队L连和M连约200人在沙捞越第一师区域内比亚越以南穿越边界，对加里曼丹西部塞德杰干的一处印尼军队营地进行了袭击。这是英军进行的最后一次“深紫”行动，也是出动兵力规模较大的一次。
6月1日，马来西亚和印度尼西亚在曼谷签署了临时协议。雅加达于8月11日批准了该协议。随后，印尼向吉隆坡派出了一个军事使团。在这场丛林秘密战争中，英国和英联邦成员国参战的部队以及为其提供支援的平民中，共有150人被打死，234人受伤，4人被俘。其中英国陆军阵亡16人，伤51人；陆战队阵亡16人，伤20人；廓尔喀士兵有43人阵亡，87人受伤。印尼方面则有590人被打死，222人受伤，771人被俘。
对英国来说，印尼…马来亚战争只能算作是一次大规模（上万英正规军投入）、低烈度行动。没有常规部队间的大规模交战，更没有公开宣战，有的只是丛林深处的小规模交火，甚至是无声的搏斗。但对那些身处其间的士兵来说，他们同样得承受不期而至的死亡恐惧，以及身边战友猝然倒下带来的痛苦。不过，和相距不远身处越南丛林的美国大兵相比，他们仍是幸运的。美军在越南人口稠密的地区滥用自身的优势火力，造成大量平民伤亡，也给自己带来了可怕的后果。
相形之下，马来亚和北婆罗洲丛林里的较量基本上是士兵之间的事。英军和当地平民的关系还是比较平和的。这在很大程度上要归功于英国人在当地长时间殖民统治积累下的丰富经验，以及所采取的“亲民”举动。在实施“深紫”行动时，英军严格控制作战规模和越境深度，没有让战争升级，从而避免了陷入大规模交战的泥潭。因此对不少英国士兵来说，在这场丛林战争中也有不少愉快的回忆，诸如清爽的“虎”牌啤酒，漂亮的当地女孩，以及那些节奏短促的土着民歌。而他们在哼唱这些歌曲时，心情和经历过越战的美国大兵相比，也肯定大不相同……