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正是由于首善书院的讲习者与东林书院之间的特殊关系，以及书院在京城日益扩大的影响，使朝中的阉党寝食不安。
朱童蒙首先发难，他上疏天启皇帝，说如今广宁失陷，人心浮动，京城之地不宜聚众讲学，以免招朋引类，开门户之渐，将来势必难以控制，应该安心本分，以东林为戒。冯从吾反驳说：“正因为国家处于危难之时，才应该以讲学提醒人心，激发忠义。” 御史倪文焕上疏诬蔑首善书院所讲为伪学，说邹元标等人“聚不三不四之人，说不痛不痒之话，作不深不浅之揖，噉不冷不热之饼”。邹元标也上《陈共学之原以定众志疏》，指出：早在隆庆初年，内阁首辅徐阶就曾集诸臣千余人讲学于京城，手书“识仁、定性”二书，与诸人讨论。万历十三、十四年，臣邹元标在京城也每月讲学于演象所，当时的执政大臣也尝过而相问。天下治乱，系于人心，人心邪正，系于学术。如今陛下有经筵日讲在先，却不许京师讲会，臣甘愿罢官归田。这时魏忠贤刚刚开始窃权，也屡传中旨，说宋室之所以亡国，在于讲学，皇上将严禁此事。叶向高为首善书院力辨，并要求与邹元标共同辞官，天启帝的态度稍有缓和。但阉党郭兴治和郭允厚却攻讦不已，甚至将首善书院比作山东的“贼妖”。
邹元标归意已决，于是加太子太保，准乘驿归乡。临行前又上《老臣去国情深疏》，字字情真意切，一时间奏疏天下传诵。天启四年（1624年）六月书院被罢讲。天启五年（1625年）正月，在阉党“十孩”之一李鲁生的建议下，撤去书院的匾额和对联，改书院为“忠臣祠”。同年七月，在四川道御史倪文焕的催促下，阉党矫旨下，砸碎书院石碑并抛出门外，拽倒先圣牌位，焚烧经史典籍，拆毁厅堂建筑。八月阉党毁天下书院。
邹元标归乡后不久便与世长辞，终年七十三岁。魏忠贤矫旨削夺了邹元标的官职。为了让喜宗看起来有趣味，阉党王绍徽将东林党人比作《水浒传》中的一百单八将，编成《东林点将录》，所列第三十八名，即是“天伤星武行者左都御史邹元标”。
崇祯帝即位后，铲除了阉党，东林党人恢复了名誉，重又赠邹元标太子太保、吏部尚书，谥忠介。
崇祯时首善书院还在，当时大科学家徐光启与耶稣会士汤若望等奉旨修正历法，书院经过一番修缮，暂作历局之用。也有人建议应恢复书院，重立被砸碎的石碑，继续讲学。但时过境迁，经天启朝一场浩劫，此时东林党人半数零落，这一愿望已没有实现的可能。 （张宪博）
公元2005年，在北京西郊的香山碧云寺金刚宝座塔前院，一位施工工人与往常一样，挥锹铲土，但铲子却碰到了一个硬硬的东西。待他好奇地扒开土层，眼前的景象令他惊呆了。一尊栩栩如生的白玉武士石像，呈现在他的面前。
石像高约3米，底座宽约1。2米，由一整块汉白玉巨石雕琢而成。石像的装束是武将打扮，头戴翅盔，身穿战甲，胸前有护心镜，手臂上戴着护肘，脚蹬战靴。脸部雕刻尤其细致，眉头紧锁，怒目圆睁，甚至连眉心痣与抬头纹都刻画得活灵活现。石像的花纹是以对称的形式雕刻而成。但在战甲下边，两边的雕刻花纹并不完全一样，一边是牡丹，另一边则是菊花。
专家闻讯很快赶来，经过鉴定，确认这是1623年制作的一尊武翁仲。石翁仲是中国古代皇室与上层官员陵墓前的一种装饰，有文武之分，武将称武翁仲。那么，这尊武翁仲守卫的是谁呢？他又为何与主人一起，被长埋地下了呢？
在香山的重峦叠障中，在碧云寺的朝钟暮鼓中，这尊石像沉睡了三百年，这个秘密也尘封了三百年。随着石像的出土，这个历史之谜是否也会随之而水落石出呢？
“这个武翁仲是明朝大太监魏忠贤的陵墓装饰。”专家的结论石破天惊，也让我们的思绪回到了遥远的明朝，依稀望见那个壮硕的身影。
魏忠贤，明朝天启年间任司礼秉笔兼东厂太监，一个出身乞丐、权倾天下的“权阉”，一个为祸乱朝纲，为明朝灭亡埋下伏笔的“罪人”，一个声名狼藉，背负万世骂名的“恶人”。
魏忠贤生于隆庆二年（1568年），北直隶河间府肃宁县人。若论外貌，魏忠贤可以算是一表人材，身材魁梧，面貌英俊。若论智谋，他也十分机警。如果他能如常人那样耕田经商，养家糊口应该还是没有问题的。但他从小喜游乐，尽管已经娶妻生女，却仍然声色犬马，流连于赌厂乐坊。在一次豪赌之后，输了个白茫茫一片大地好干净。为了偿还赌债，只能改嫁妻子，卖掉女儿。而他也从此流落街头，乞讨为生。走上绝路的魏忠贤想到了自阉入宫。这个想法在我们看来，似乎有些悲壮，但在那个时代，却可能还是一个不错的谋生途径。直隶地区经济条件并不太好，许多青年子弟为了谋生，都近水楼台先得月，通过自行阉割的方式，为进宫以糊口做好准备。甚至阉割之后，也不一定能获得入宫的机会。这样就出现了明人笔记中记载的自阉而又无法入宫的“准太监”们拦截路人，乞讨抢劫的悲惨场面。魏忠贤可能也受了自阉风气的影响，动了这个自绝于祖先的念头。很快便自行阉割了。
最初，上天也并没有垂青这个轻浮浪子，他阉割后甚至昏迷了很长时间，是一位僧人在寺庙里收留、挽救了他。这可能也是他以后将自己的墓葬选在了寺庙之后的一个心理因素。在伤口愈合后，魏忠贤仍然在很长时间内，得不到入宫的机会，只能在街头继续做乞丐太监。也许这个时候，他曾经看到过那些年岁已大，却仍然无法入宫的“准太监”们的惨状，也许，他可能心生悔意，但他已经别无选择。
机会终于来了。可能是他身材高大的缘故，他得到了为司礼秉笔太监孙暹当佣工的机会。时间长了，孙暹觉得魏忠贤很机灵，就把他推荐到宫里作小火者。魏忠贤终于从纯粹的生理太监成为一个身份太监了。在他进入宫门的那一刻，他终于得偿所愿了。那一年是万历十七年（1588年），魏忠贤21岁。也许，他的愿望只是从此不必再讨饭了。但事情的发展，却远远超越了他的预料，也超越了一般常理的解释力。他成为主宰明朝命运的风云人物。关于这段历程，明朝人编造出了一个传说，说魏忠贤是前世的黑龙，由于惨遭屠杀，在今世要进行报复。这个传说反映了在明人那里，魏忠贤迅速飞黄腾达的历程，尤如一个神话。
但魏忠贤进宫后的相当长的一段时间内，却并不如此神奇。进入宫廷之后，魏忠贤与其他普通的宦官一样，并没有显示出迅速爬升的痕迹，似乎他也要如同大多数宦官一样，终身淹滞在这浩浩宫廷。但秉性机警的他，还是在十年后开始崭露头角。万历二十七年（1598年），他获得了掌管甲字库的差使，手中掌握了大量钱财，获得了结交上司的资本。他首先与掌管兵杖局的魏朝结为兄弟，通过魏朝的引荐，获得了司礼监太监王安的好感。
万历四十八年（1619年），他人生中一个重要的转折点终于来了。这一年，明神宗去世，长子朱常洛即位，是为明光宗。魏忠贤也从甲字库被调到东宫典膳局任职。通过这个机会，魏忠贤获得了接近皇长子朱由校，及其乳母客氏的机会。
明光宗即位不足一月，便暴病身亡，年仅十五岁的朱由校即位称帝，改元天启，史称明熹宗。由于明神宗不喜欢宫女所生的朱常洛，所以在很长一段时间内，拒绝立朱常洛为太子，对于朱常洛与朱由校也缺乏关心。朱由校父子便长期生活在冷漠与排挤之中，宫廷对于他们，只是一张偌大的黑幕。朱由校自幼便对四周充满了恐惧。冷漠的爷爷也从未提供给他作为皇孙应有的教育。在黑暗的小屋中，朱由校养成了孤僻与封闭的性格，他把对生活所有的幻想都沉浸在制作一些小桌子与小板凳上。在这些小木匠活的敲打声中，朱由校逃离了沉重的宫廷斗争，飞向了无拘无束的快乐童年。也许，在他的梦想中，他是十分愿意成为一位出色的木匠，建造属于他的没有冷漠与斗争的天地。
但他的梦想，由于他的父亲的突然去世，而嘎然而止。他成了皇帝，主宰千万生灵命运的主人。对于这个突然的变化，他显得十分惊慌，也非常不适应。直到作皇帝的第三个年头，他还没有脱离对于乳母客氏的依恋。他还是个孩子，他所喜爱的，依然是他所创造的木制世界，而不是这个现实的天下。
所以，尽管他是皇帝，但他却是一个对他人充满依赖的没有长大的孩子。而在他的皇帝生涯中，乳母客氏扮演了母亲的角色，照顾他的饮食起居，而魏忠贤则扮演了父亲的角色，负责为他处理朝政，应对群臣。
客氏名叫客印月，是保定府兴县人。在十八岁的那年，便被召入宫内，成为朱由校的乳母。客氏美貌的外表与母性的温柔，让幼年的朱由校找到了温暖的怀抱。他对客氏的依恋，是十分强烈的。所以，当客氏在他十七岁时，按照规定应该离开宫廷时，朱由校连续几夜无法入睡。尽管他已经贵为皇帝，但幼年的恐惧却仍然延续下来，只有客氏能够给他提供温暖。无奈之下，朝臣只有仍然让客氏继续留下来。
而魏忠贤也终于在客氏身上发现了一步登天的方法。他的相貌与机智，都吸引了客氏，二人结成了“对食”的关系。明代宦官与宫女尽管不能像民间那样谈婚论嫁，但却十分向往，所以结成了类似夫妻的“对食”关系，也即“对面而食”的意思。结成“对食”的宦官与宫女要彼此忠于对方，不得再与其他异性发生亲密关系，否则将会被视为不忠。
而魏忠贤通过与客氏结成“对食”关系，利用客氏对于熹宗的独特作用，先后扳倒魏朝和王安，任司礼监秉笔太监，获得了在奏疏上批红的权力。按照明制规定，奏疏上达中央后，内阁先用墨笔在奏疏上写上供皇帝参考的初步意见，称为“票拟”。然后皇帝在票拟的基础上，用红笔写上最终处理意见，称为“批红”。但许多皇帝懒于批红，便交由司礼监秉笔太监代理。但秉笔太监一般不敢对票拟有太大改动。而魏忠贤每当熹宗忙于木匠活时，就把奏疏拿去，请熹宗批红。熹宗就非常生气，让魏忠贤自己办理。时间长了，魏忠贤便径自把奏疏拿去批红，任意窜改。而内阁也都是他的私人。魏忠贤从而掌握了朝廷决策。此外，魏忠贤还兼任东厂太监，掌握了明朝的特务机构，利用这一权力，魏忠贤可以肆意逮捕与镇压政敌。
看到魏忠贤如此专制朝纲，东林人士纷纷上疏弹劾。魏忠贤诬蔑辽东经略熊廷弼通过中书舍人汪文言，向东林人人士贿赂，于是大兴“汪文言狱”，并借此将东林人士一网打尽。从此魏忠贤便专制朝政，内外大权一并收揽，人称“九千岁”，官员们为魏忠贤在全国范围内遍立生祠，甚至监生陆永龄请求将魏忠贤配祀孔庙。一时对于魏忠贤的歌颂，盛嚣全国。
至此，魏忠贤当世的荣华富贵，已无以复加。但生理上的缺陷，使他对于身后事充满忧虑。太监由于脱离了正常人的生活轨道，无法在死后得到后代的香火祭祀，他们对于这一点，都是充满了遗憾的。由于这个缘故，他们对宗教，尤其佛教具有一种亲和感。佛教对于传宗接代的不同观念，使太监们找到了自己人生方式的理论支持。所以，明朝太监往往在生前十分积极地参与佛教事业，比如修筑寺庙等。而对于死后葬地的安排，也往往倾向于选择寺庙附近。因为这样的地方不仅风景清幽，符合风水的观念，而且在他们看来，能够沾到寺院香火旺盛的光，也能够得到佛祖的保佑，来世得到好的报应。引荐魏忠贤进宫的本管太监孙暹，与御马监太监，魏忠贤的照管老叔刘吉祥，死后都选择在京师西郊香山碧云寺附近埋葬。
香山地处北京西郊，山峦起伏，风景清幽，由于山顶有石，状似香炉，故有此名，是一处名胜之地。据明朝内阁大学士商荨凇断闵接腊菜录恰分械募窃兀腊菜略谔瞥北阋丫⒘恕＠稹⒃酱闵降牡匚桓又匾唤龌适矣朊骶＠创耍矣腊菜乱蚕慊鹜ⅰ６淘扑碌那吧肀淘柒郑闶怯稍艘砂⒗彰炙āＯ闵街鸾コ晌本└浇桓龇鸾堂健�
到了正德九年（1514年），明朝御马监太监于经在碧云庵的基础上，修缮而成碧云寺。碧云寺的地位逐渐超过了永安寺，成为明朝皇帝、太监们拜谒佛祖、求香还愿的重要寺