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贡院作为选拔士人的场所，常会有科场舞弊案件发生。如弘治四年直隶巡按史王鉴之曾上疏谈到南京贡院作弊的情形。当时南京贡院规模窄狭，四面都是居民楼房围绕。容易发生的作弊，如佈彩庸僭蔽刺岱朗钡求｛投掷；又因内帘上只隔一板壁，声息相闻，方便试者通消息。万历十六年（1588年）应天府尹张槚也上疏提到，他在八月廿七日往贡院封锁什物时，见千余人混入。询问之后，知道乃是附近居民拾取木片柴草，到天明才验出。对于此事可能涉及试卷被偷换等可能，他建议进行追查。北京的贡院虽然巡查监管较外地严格，但在万历以前，因贡院场地狭隘，建筑简陋，类似的事情也会有发生。
北京贡院建筑在万历以前还是草席木板结构，且又实行“锁院贡试”制度，故最怕着火，而着火的事件却经常发生，因此院内有很多大缸盛水以备救火。但杯水车薪，实是虚设。贡院着火的事件很多。据《琐缀录》记载，正统三年（1438年）翰林侍讲学士曾鹤龄主考顺天乡试时，初试前夜。场屋起火烧残试卷和场屋。后在曾鹤龄建议下，最终另改考试日期。最严重的一次，是明天顺七年（1463年） 二月会试贡院的大火。贡院起火后，监察御史焦显反而锁上贡院之门，不容人员出入。被烧死的举人有九十多名。因为这次火灾，国子监丞阎禹锡上奏为这批死难的举子请求赐予进士名色，以表其门。但礼科给事中何琮反而弹劾他，说他调弄巧言，夸大事实。一度令阎禹锡下锦衣卫狱鞫讯。不过，英宗最终怜惜死难士子，将烧死的九十余人均赐予进士，给每位死者一口棺材，埋葬在朝阳门外的空地，立碑“天下英才之墓”，人们称之为举人冢。因为这场大火，礼部建议选择城中宽阔之地另建贡院。此事经过工部讨论，工部左侍郎霍瑄、右侍郎薛远选择户部的安仁坊草场，请改为试院，将原来的草席竹苇改造为板房。但英宗不同意。令沿袭旧址。只在天顺七年五月将原贡院修复。而将这一年的会试改在第二年举行。。
除了这两场火灾，正德十五年（1520年），贡院的明远楼也被烧毁，第二年，御史汪嗣等主持修复，并对原贡院狭隘道路有所扩建，不过这次维修规模很小。嘉靖初年名臣林俊撰写《文场修建记》记述了此事。在嘉靖朝，又有官员提出贡院场地狭窄的问题，讨论另建或者扩建。有人建议将贡院改在京城西北空地。又有人说东方是人文荟萃的场所，原址是一个合适的地点，应该在原址上扩充。但这次讨论没有最终结果。
到了万历朝，担任首辅大学士的张居正决意对贡院进行改建扩修。他认为原贡院修于永乐时，当时秋试不过数十人，春试也只有百余人。故贡院规模虽然不大，但在当时已足敷使用。到了后来，人文渐开，在北京贡院参与考试的人员，最高可达四千余人，但贡院逼隘如故。而且又与当地居民房舍混杂在一起，非常有必要进行改建。
重建工作在万历二年（1574年）三月展开，至三年（1575年）九月告竣。张居正《京师重建贡院记》及赵用贤《重修贡院记》均记载了此事。这次重建主要有两个方面，一是增加了面积，方圆达一百六十丈；二是将房舍改为砖瓦结构。修成后的贡院，外面围有荆棘墙。门朝南向，门前立有三个门坊，左边的门坊称“虞门”，右边的称“周俊”，中间的称“天下文明坊”。内有两道重门，左右各一，以备稽查。再进去又有一道龙门，实寓“鲤鱼跳龙门”之意。穿过龙门直甬道，则是明远楼。在贡院的四角各有楼相望，作为瞭望监察之用。自东向西共有号舍七十区，每区有七十间。将号舍原来的木板屋改为瓦甓，可以避风雨，防火烛。再往北走，中间为至公堂。堂分七楹。至公堂以东有一间供监察之用，再往东有三间供弥封试卷以及供给的场所。至公堂西面为对读誊録场所，共两间。至公堂后面为燕喜堂，有三楹。自东向西，有室凡十六楹，供诸书吏、工匠居住。其后为会经堂。堂东西有二十三间经房相连，供同考官居住。
万历的这次贡院重修，基本上满足了京师的春试和秋试，直至明亡，贡院都未再大修过。清人入关，沿袭了明代的科举制度。京师的科举考试仍然在明代贡院原址上进行。只是明代建的三个门坊分别改名：中门改为“天开文运”，东门改为“明经取士”，西门改为“为国求贤”。到了雍正时期，贡院有所修补。乾隆年间，又把贡院修葺一新，竣工时乾隆还亲自去视察，并留有：“从今不薄读书人”的诗句。清末废除科举，贡院改作他用。近几十年，随着北京城的发展，现在的贡院只剩下被改造过的两个四合院，均已破旧不堪，与四围的中国社科院以及供富豪居住的“贡院六号”等高楼大厦形成鲜明对比。 （胡吉勋）
在北京城周围，明人的陵墓众多，但明代思想家的墓，北京可能就只有一座，那就是通州的李贽墓。三百年来，沧海桑田，李贽墓也历经风雨，几经迁移，但终于在通州西海子公园内保存下来了。
李贽不是北京人，他出生在福建晋江，而他最后选择北京通州作为人生的归宿，说到底，与他的思想有关。作为思想家，李贽在明代后期独树一帜。明代以孔孟儒家思想及程朱理学为官方正统思想，李贽却对孔孟之学及后世道学家，进行了无情的批判，其激烈程度，在整个封建时代，可谓空前绝后；同时，李贽还对许多历史问题，作出了与传统截然不同的新评价。由于被统治者和道学家们视为异端，李贽四处不得安身，不得已于万历二十九年（1601年）来到北京。此时他已75岁。
李贽这次是从河南商城的黄蘖山而来，奉同他前来的是通州人马经纶。1600年他不顾朋友的劝阻，回到了他生活过的麻城龙湖，准备在那里以终天年。而麻城的反对者对他的归来，非常恼火，害怕他的叛逆思想在此漫延，于是他们纠集人众，以维护风化为名，捣毁了李贽的芝佛院。李贽只好逃往黄蘖山的朋友处。此后不久，曾任御史的通州人马经纶来到黄蘖山访问李贽。马经纶本想在武昌为李贽建一安身之所，但后来考虑到武昌也是恶人聚集的地方，就放弃了这个念头。
到通州时，李贽已是病魔缠身。连年的东奔西走，风波险阻，严重地损害了这位老人的健康，本就瘦弱的身躯，就更显老态。但他神清志明，并充满乐观。面对病魔，李贽还是李贽，还是那个具有非凡斗志的人，他不会轻易倒下。马经纶的家在通州城里，李贽在马家一边养病，一边仍旧读书不辍。在这里，他完成了《九正易因》这一易学著作的最后修订，这是他一生无数著作中，唯一在北京完成的书。
通州，原不是李贽心目中的终老之所，他有家不回投奔朋友耿定理，把黄安作为归宿；黄安不成，改为龙湖；龙湖不成，不得已来到通州。但他很快就认定了通州，他对自己的学生说：“我的百年之计，就在盘山了！”事实上，哪里有志同道合的朋友，哪里就是他的归宿，这就是李贽。1601年冬至1602年春，病魔再次肆虐，李贽自感来日无多，便写下了《李卓吾遗言》，对自己的后事进行了安排。
也许，命运之神不允许一位斗士就这样平淡地走完人生的里程；也许，上天希望斗士最后敲击一次醒世的警钟。于是，一个悲壮的结局，在1602年春天拉开了帷幕。
万历三十年（1602年）闰二月，在恶势力的支持下，礼科都给事中张问达上奏弹劾李贽，诬蔑李贽有三大罪状，一是惑乱人心；二是行为不端；三是败坏风习，他说，李贽现在移居通州，他一旦进入京城，就会像在麻城一样蛊惑人心。请求惩治李贽，并焚毁其书籍。明神宗令五城兵马司严拿治罪。于是兵士马不停蹄直奔通州。
这时的李贽已重病在床数月，对外界的这一切毫不知晓。当听见门外的喧哗人声时，他便问匆匆进门的马经纶，马经纶回答：“兵马司来人了。”李贽一下就明白了，他迅速下床，只迈了几步就走不动了，便大声说：“他们是为我而来，快给我取门板来！”于是他躺卧在门板上，高声说道：“快走，我是罪人，不能停留。”于是他被人抬着，向外走去。
此刻，马经纶显示出了燕赵之士的侠肝义胆，坚决要与李贽同行。李贽阻止道：“被革职者不许入京，这是制度，而且你还有老父在。”马经纶说：“朝廷把您当作妖人，那我就是窝藏妖人者，要死我们就一同死，绝不能让您去坐牢我却留在家里。”于是他们一同离开通州城。就这样，李贽在这个迟到的春天里，被抬进了北京城，投进了监牢。
第二天，兵马司的一个指挥审问李贽，李贽被架着胳膊拖进大堂，由于无力，他躺卧在冰冷的石阶上。指挥问：“你为什么写坏书？”李贽答：“我著书甚多，白纸黑字，它们对圣教有益无害！”指挥对李贽的倔强也无可奈何，只好不了了之。
按照李贽的情况，顶多是发回原籍，不会治其他的罪，但却迟迟没有处理结果。对李贽来说，被自己的敌人投进监狱却无力反击，这本身就是耻辱和遗憾，而重病使反击的可能变得更加渺茫，这是他所无法容忍的。实际上，就他的性格而言，不论最后的处理结果是什么，他都会以死作为最后的抗争。1602年的三月十五日，李贽在狱中以剃刀自刎，次日逝世，终年76岁。一代奇人，用壮烈的死，为自己的人生画上了一个大大的惊叹号，也向后世控诉了封建专制的黑暗。
李贽死后，马经纶将李贽葬在通州城北三里的迎福寺西，其葬式完全依照李贽在《李卓吾遗言》的吩咐。墓高一丈，树碑二通，周围种满白杨
李贽一生四次到北京，通州之行是最后一次。
李贽第一次来京是在嘉靖四十年（1561年），目的是求官。但他只是举人出身，求官十分不易。李贽后来追述首次来京的情景：“在京师住了十个月，得不到位置，钱快用光了，只好到塾馆中教学生来养家，又教了十多个月的书，才得到一个空位置”，也就是说，在失业近2年后，到了1563年他才重新有了工作，这个工作就是北京国子监博士，仍是教书。此前李贽做过河南共城教谕、南京国子监博士，都是教官。
嘉靖四十五年（1566年），已经40岁的李贽来到北京，担任了礼部司务，这是他第二次来京，也是他在京生活时间最长的一次。礼部司务是一个隶属于礼部司务厅的九品小官，相当于干事或文书，负责办理一些具体的事务。在这个职务上，李贽一直做了四年，直到隆庆四年（1570年）他升任南京刑部员外郎为止。礼部司务是一个穷官，经济上所得极为有限，但李贽却不以为意，他把求“道”（关于人生的真学问），作为来京的目的。这是他此前多年的追求。
俗话说，近朱者赤，近墨者黑。在同僚李逢阳、徐用俭的影响下，李贽终于认识和接受了流行的阳明心学。在接受心学之前，李贽所信奉的是传统的儒学思想，在这样的思想范围里，他不可能创造不朽；因此可以说，心学的接受，是李贽叛逆思想的发端。而这，又与北京是分不开的；当然，他人生旅途中的更大坎坷也是从这开始的。
万历二十五年（1597年）八月，71岁的李贽第三次来到北京。
李贽这一次是路过，他要等待他的另一个朋友焦竑一同前往南京，商讨他的著作《藏书》的出版事宜。《藏书》是他在山西改定的一部历史著作。
李贽寓居京西极乐寺，此时正是深秋时节，他不以诗词见长，但面对久别重逢的京师秋景，还是吟出了“时