20年后，隆庆元年（1567年）底，已经是抗倭名将的戚继光被任命为蓟镇总兵。40岁的他又来到北京。调任前，戚继光怀着一片忠心报国赤子之情，写下了“感恩怀尺疏，直欲捣祁连”的诗句，进京上疏直抒胸怀，提出用3年时间练精兵10万，积极加强北边防卫。然而入京后，他仅被任为神机营副将，神机营是京军三大营之一，那里是勋戚豪贵寄生的地方，军纪松懈，懒惰成风，这样的队伍使他根本无法实现抱负。直到他的老上司谭纶担任了蓟、辽、保定总督以后，事情才有了转机，他任命戚继光总理蓟、昌、保定练兵事务。此后，自隆庆二年至万历十一年（1568~1583年），戚继光镇守北京西北蓟州达16年之久，并且施展了他的抱负。蓟州，是明朝设立的九边、也就是九个军事重镇之一的蓟镇，蓟镇负有拱卫京师，守护陵寝的重要任务，有九镇之首之称。昌就是今天北京的昌平，它成为重镇之一，是在“庚戌之变”之后，明朝特别从蓟镇里分离出昌平镇，专门护卫皇陵。保定就是今天的河北保定。虽然后来戚继光只是蓟镇总兵，但是密云和顺义在他的辖区之内。在任期间，他修筑长城，建立敌台，训练精兵，保卫京城，使蒙古骑兵16年不敢进犯。
长城是中国乃至世界古代建筑史上的奇迹。现存的北京长城是由宣府镇长城和蓟镇长城共同组成的，蓟镇长城是明代长城的精华部分，而蓟镇长城的修筑与戚继光分不开，凝聚了他的智慧和汗水。
自永乐年间迁都北京后，从山海关到居庸关的蓟镇长城，就担负着拱卫京师的重任。戚继光在任主持军务16年，成为明朝大规模修造长城的时期，建起了完整的长城军事防御体系，成为明代帝都的坚固屏障。他不能忘记，当年“庚戌之变”蒙古骑兵就是从蓟镇古北口突破，沿潮白河直打到通州。所以他特别注重边防设施建设，亲自考察边事、地形和军情，对蓟昌镇所辖原有长城普遍进行了改建和重建，还别出心裁建造空心敌台，将长城建筑艺术推进到最高峰。这种在长城沿线新修的高大坚固的敌台，作为边防军驻守的堡垒，既免于守城士卒日夜暴露于风雨中，又大大提高了长城的防御能力。北京长城敌台以古北口、金山岭、司马台最为典型。司马台的敌台，甚至建到了高耸入云的悬崖峭壁上，被誉为中国长城之最。
戚继光修筑长城的空心敌台，首先是在今天北京密云西北开始修筑的，他亲到石塘岭（今密云水库西北边）主持。据记载，蓟昌二镇东起山海关，西至镇边城（今昌平西北），延长2400里，犬牙交错地修筑墩台共计3000座。以敌台来说，在隆庆三年（1569年）这一年，就修筑了472座，到五年（1571年），蓟镇从山海关到石塘岭增修818座，昌镇从黄花镇到镇边城建199座，后来万历初年，戚继光又在居庸关以西增建，先后共建1337座敌台。此外还有关城、城堡、哨墙、铺房、烽墩等一系列配套的军事建筑工程。例如古北口、金山岭一带山坡平缓处，敌骑易于突破。除了设置密集的敌台外，他还在敌台两侧随山势设置了道道哨墙和层层阶梯，护卫着敌台。建筑奇特，配套设施巧妙。蓟镇东西二千里之间，但见城台耸立，蔚为大观。当年戚继光就是以它们守卫了京师北京，给百姓带来了和平与安定。至今历经近500年沧桑，这些军事防御设施仍然大多保存完好，作为建筑艺术的精品供人们欣赏。
位于燕山长城脚下的密云白龙潭，传说潭中住有一条白龙，广播雨露，为百姓耕耘造福，有求必应，极为灵验。这里山清水秀，林深幽静。〃白龙昼饮潭，修尾挂石壁〃，是北宋著名文学家苏辙的诗句。作为军事家的戚继光也在那里留下了著名诗刻：
紫极龙飞翼北春，石潭犹自守鲛人。
风云气薄河山迥，阊阖情开日月新。
三辅看天常五色，万年卜世属中宸。
同游不少攀鳞志，独有波臣愧此身。
石刻上苍劲豪迈的笔迹，是戚继光于万历三年十月十六日亲自书写。此诗前有序，讲到蓟镇石匣营南十里就是龙潭，这年冬天戚继光驻防在石匣，集结练兵。他在闲暇之时与将士同游龙潭，写下诗句。戚继光一向重视练兵。他不仅于帅府止止堂向所部将校讲授韬略和治军练兵之道，写成了军事名著《练兵实纪》，还提出“练兵先练将”，倡办武庠（军校），主张从实践中锻炼、造就精通韬略的良将；而且找出蓟镇守军的七大弊端，针对弊端采取措施，加强练兵，注重战术训练，全面提高战斗力。这首诗是48岁的戚继光在练兵之余到白龙潭所作，至今保存完好。可惜他所驻防的石匣营早已隐没于今天的密云水库之下，无处寻踪了。
在蓟州16年，戚继光给百姓带来和平与安定，也赢得了百姓的爱戴。在密云县城东门外路北原八蜡庙院内，有戚继光镇边功绩碑，又名十面碑。十面碑共有两座，为亭式结构，分立在南北甬路的两侧，原称〃燕山勒功碑〃。碑高约5米，碑顶、碑身、碑座均为青石雕刻而成。碑身共分l0个平面，碑上镌刻着名将领戚继光、谭纶调任北方练兵驻防的事迹。碑文是万历元年（1573年）兵部侍郎，也是文学家汪道昆所撰写的。
今天，在中国国家博物馆里，收藏有一柄明代军刀，上面刻着“万历十年 登州戚氏”，是戚继光在蓟州任上所铸。也就是在这一年，万历十年（1582年），内阁首辅张居正去世后，曾得到张氏赞赏和倚重的戚继光也被牵连，次年被调往广东，远离京师重地。蓟镇百姓舍不得他走，依依送别，这种感人情景被诗人陈第写入了诗篇：“辕门遗爱满江燕，不见胡尘十六年。谁把旌旗移岭表，黄童白叟哭天边”。
直至抗日战争时期，蓟县关公、岳飞旁仍配有戚继光的牌位，受到人们春秋两次祭祀。
明代长城中，居庸关雄伟壮丽，山海关气势磅礴，金山岭险峻挺拔，司马台高耸入云，它们依托着群山，如波涛起伏，气象万千，成为世界文明史上的瑰宝。与之相联系的，是一个不朽的名字戚继光。 （万明）
北京人知道赵家楼，是因为它是东城区的一条胡同；外地人知道赵家楼，有相当一部分是因为它与五四运动联在一起。当年，五四运动的爱国学生，因北洋政府卖国，愤怒之下烧毁了位于这条胡同里的外交次长曹汝霖的住宅。爱国学生的举动，使这条不长的小胡同，成了北京一个有名的地方。
相传，这条胡同所以称为赵家楼，是由于隆庆时期文渊阁大学士赵贞吉曾经在此居住。虽然这个说法缺少进一步的佐证，但以赵贞吉为此胡同的居民，是不辱没这胡同的，因为赵贞吉在明后期也是一个响当当的人物。
赵贞吉是四川内江人，字孟静，号大洲。他能在青史上留名，首先在于敢言，这既是性格的作用，也是责任感所使然。嘉靖二十九年（1550年）八月，蒙古一部从古北口南下，抢掠通州后进逼北京城，京师宣布戒严，因这一年的干支是庚戌，故史称此事为“庚戌之变”。在城下，蒙古致书明朝廷，要求进行通贡贸易。明世宗令礼部尚书大学士徐阶召集百官商讨对策，当时赵贞吉官为右春坊右中允管国子司业事，参加了这次商讨。
从早晨到中午，百官面面相觑，没有一个人发言。这主要是百官摸不准朝廷是主战还是主和，怕说错了于前程不利，所以任可对不起国家，也不能耽误自己。徐阶见状，无奈之下，要取两个签名簿，准备将众人名字写上，以此上奏。赵贞吉终于耐不住性子，出班高声说：“城下之盟，孔子作《春秋》时以之为耻，况且如果此次允许通贡，蒙古就会入城索要不已，万一出现内外夹攻的情况，如何防御？”明确提出了主战的观点。徐阶听罢，问道：“足下一定有奇谋了？”赵贞吉说：“为今之计，请皇上出御正殿，下诏检讨自己过错，激励将帅，广开言路。少下损害士气的命令，加大赏功的力度；动员文武百官，共同守城；派官告谕诸将并监督力战。除此以外，别的都没用。”
一直等待商讨结果的世宗，很快就从旁听的宦官那里知道了赵贞吉的发言，他亲自给首辅严嵩写了手诏，说赵某人说的对，只是有的事不该涉及，并让严嵩拟诏褒奖赵贞吉。于是赵贞吉被升为左春坊左谕德兼河南道监察御史，并给赏功银5万两，令其到军前随宜处置。但在敕命里却没有给赵贞吉督战之权，也没说他可以统带军将前往军前。这个细节，给赵贞吉带来很大麻烦，而这是严嵩等人使的阴招，故意要出赵贞吉的难题。
本来，赵贞吉与严嵩的关系至少在表面上还可以，二人时有往来，为诗词文字之交。但由于赵贞吉言直口利，引起严嵩不满。据说，赵贞吉在会议发言之后，就到西苑严嵩办公的地方，意在征求严嵩对此事的意见，但门房不让其进入，赵贞吉怒斥守门人。恰在此时，严嵩的干儿赵文华也去见严嵩，赵文华对赵贞吉说：“你这下完了，天下大事应该慢慢商议。”正在气愤中的赵贞吉闻言更加愤怒，他骂赵文华道：“你不过是权门的走狗，哪里知道天下大事！”史书说“嵩闻大恨，欲败其事”，赵文华更是要搞掉赵贞吉，于是在敕书中做了手脚。
由于没有旨意，赵贞吉得不到运送银子的官车，连一个护兵也没人给他派，他只好到街上雇佣民间的车子，单骑出城去犒赏军兵。当时，敌人的骑兵在城外来来往往，一旦遭遇，后果不堪设想。但赵贞吉凭着勇气，硬是把银两送到总兵仇鸾的大营。他遍历各军营，传达皇上的抗战旨意，发散赏军银两，“一时将卒感奋”，士气高涨。
次日清晨，赵贞吉回城复命。随后，他把应敌方案和增加他督战之权的请求写成奏疏，但仇鸾赵文华等人找借口压下他的奏疏，致使他复命时只能以颁旨发赏之事上奏。世宗十分不悦，认为，银子让你发下去了，可应敌的措施一项也没有，这就是诓骗朝廷，为自己买好。于是，命锦衣卫逮捕赵贞吉，杖责后降为广西荔波县典史，将赵贞吉赶出了京城。
从赵贞吉在“庚戌之变”中的表现，可以看出他倔强刚毅的个性，和为国家奋不顾身的无畏精神。因此他虽遭贬责，但赢得了海内人士的一片赞誉，人们赞扬他“主张国是，大义凛然，令边衅不开，国势日尊”；还赞扬他“立朝正色，侃侃然排大议攘大患”，有功于国家。与赵贞吉形成鲜明对照的，是百官的庸懦自私，奸臣的卑劣阴毒。他们无视国家民族利益，苟且目前，因私害国，为己害人，他们受到后世的谴责是应该的。
因为有严嵩的阻挠，赵贞吉直到嘉靖四十年（1561年）秋，才返京任户部右侍郎，但仅一个月后即被勒令退休，原因是一个叫霍冀的人看中了户部右侍郎的位置，向严嵩行重贿，于是严嵩将赵贞吉再次赶走。
赵贞吉另一为人们称道的原因，是他有很好的学问，和出色的口才。
赵贞吉是阳明后学泰州学派的著名学者，他的学问得自于徐樾（波石），而徐樾先后学习于王阳明和王艮，所以，赵贞吉可谓是泰州学派的嫡传，再加上他肯于独立思考，多有心得，因此他在嘉靖隆庆两朝的学者中极有名望。而他也乐于讲学，积极奖掖后进，言其桃李满天下并不为过，明代著名思想家李贽就受到过他的影响。
赵贞吉对学术的论述颇多，思想十分丰富，但我们无法讲得太多，在这里只谈一点。他认为，要获得真正的学问，必须要“通”，要吸收各方面的精华，否则就会陷于“陋”，譬如禅学，很多人对其反感认为对学问有害，但实际上它是无害的，关键是怎样学和怎样用。不能明白这个道理，就不能博通，其学问必定支离破碎，而其人也会“滞窒昏愚”，无用于世。赵贞吉是很讲究学以致用，以事证学的，他在朝为官的种种行为，与他这个思想观念有密切的关系。
隆庆元年（1567年）八月初一日，即位不久的穆宗按旧例到国子监视察，当时称“幸学”。此时赵贞吉已被从四川召回，担任了吏部侍郎兼翰林院学士，同时还兼任了国子监祭酒（国学院院长）。皇帝幸学，照传统要由国子祭酒讲一次课，皇帝及众人聆听。赵贞吉这天讲的是《尚书·大禹谟》中的“后克艰”章，他的讲稿幸而保存至今，他开头是这样写的（原文）：“这是《虞书·大禹谟》篇，史臣记禹敬承于帝，而献其谋谟如此。后是君，克是能，艰是难”他的讲稿写的很细，条分缕析，浅显明白。通过这个讲稿，我们可以推想他当时讲课的情形。需要说的是，�