迅速辑凶犯，穷究主名，务得确情，按法严办，以维国纪，而慰英魂。”
总统电令表达了人民的心声，大家都期待着能尽快捉拿凶手，以谢教仁在天之灵，维护社会的安定。
似乎是天随众人愿，破案进展迅速。宋教仁逝世的第二天，古董商王阿发向捕房告称：“十天前，因售字画至桂馨处，应向我出示一人照片物，是特殊物质——人脑的机能。哲学的物质范畴是对自然、，要我在某时某地杀死此人，他愿许酬千元。我仅是一商人，从未杀过任何人，因而拒绝。今晨从报上看到了与照片相同的人。”根据这条线索，警察在上海的一家妓院逮捕了应桂馨。第二天从其室搜出一支左轮手枪，3张内阁使用密码，几张用这种密码的电文，其中有内阁总理赵秉钧、内务部秘书洪达祖和一名叫武士英的人之间的电报。据此，次日又抓获凶手武士英。
应、武二犯落网后，大总统不但不高兴，反而失去了往日的沉着稳重之风度，而变得有点烦躁不安起来了，并于3月29日密电程德全说：“连接南方私人来电，宋案牵涉洪述祖，是否确实？究何情节！宜速查复，以凭核力。”接着，又电催程报告“证据”，以谋对付办法。他的机要秘书张一廖也多次密电程，要他把“牵涉中央的证据向英厅索取，”然后派人送京，并特别叮咛说：“可不作正式报告。”但是孙中山和黄兴坚决反对移送中央，强烈要求公布缴获的证据。4月25日，程德全、应德闳不得不将查获的函电证据公诸于世。其中重要的电文有以下各件：
1913年1月9日赵秉钧致洪达祖函，内称：“应君领款，不甚接头，仍请一手经理，与总理说定才行。”
1913年1月14日赵秉钧致应桂馨函：“密码送请检收，以后有电直寄国务院赵可也。”
2月1日洪述祖致应犯函：“大题目，总以做一篇激烈文章，方有价值也。”
2月8日洪致应函：“日内宋辈有无觅处，中央对此颇注意也。”
3月11日洪致应函：“一、来函已面呈总统、总理问过。一、以后匆通电国务院，因智老（赵别号智庵）已将应密电本交来。
3月13日洪致应电：“毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理。”
3月21日应致洪电：匪魁已灭，我军一无伤亡，堪慰，望转呈。”
这些函电在报上一披露，即引起舆论哗然，其震动程度比十二级的地震还强烈，堂堂的中华民国大总统和国务总理竟是暗杀的谋划者。一时间群情激愤。
面对如此尴尬的情势，袁世凯又气又恼。为了挽回面子，他极力掩饰。4月23日他以国务院的名义通电各省：据应桂馨二十三日函称，沪上发现一种监督政府政党之裁判机关，并附有简明宣告文，杂列宋教仁、梁启超、孙中山、袁世凯、黎元洪、赵秉钧、黄兴、汪荣宝、李烈钧、宋瑞等之罪状，谓俱宜加以惩创，特先判决宋教仁之死刑，即日执行。电文把毫不引人注目的汪荣宝、朱瑞一并列入了黑名单，明眼人一望而知个骗人的把戏。
3月26日国民党提出组织特别法庭处理宋案。袁世凯激烈反对。29日国民党不顾袁世凯、许世英的阻挠，迳行组织特别法庭，叫上海地方检察厅票传赵秉钧到案受审。赵以特别法庭未经司法总长许士英许可，拒绝到庭，并致函受上海地方检察厅委托票传赵的北京地方检察厅，说洪述祖通电已承认假托中央名义，足以证明自己与宋案无关，无到厅候质之理。
五月十一日，事情又添波澜。一个叫周予做的女学生到军法处去自首，宣称现有暗杀团在京、津组织血光党，专门从事炸毙要人、颠覆政府、引起暴动的活动，并说参议院议员谢持是血光党的财政部长。军法处据此逮捕了谢持，同时称黄兴是血光团的团长。北京检察厅根据周的供词，将该案移交上海检察厅，票传黄兴，但因缺乏证据，无法开审，黄兴于是离去。
袁世凯的又一掩饰企图又破产了。白纸黑字，铁证如山，岂容抵赖。黄兴为宋教仁所写的一副挽联一针见血地说出宋案的主犯：“前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁，你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯”。
袁世凯要杀宋教仁是预谋已久的。宋教仁在各地作竞选演说时屡有抨击袁政府的言论，说：“自民国成立，迄今二载，纵观国事，几无一善状可述。”他强烈主张内阁制而反对总统制。有时还点明批评袁世凯。在一次演讲时他说；“现在接得各地的报告，我们选举运动，是极其顺利的，袁世凯看此情形，一定忌克得很，一定要勾心斗角，设法来破坏我们，陷害我们。”1913年2月上旬在参众两议院的大选中国民党获得大胜利。宋教仁很高兴以为很快就可以成为纯粹政党责任内阁的实权总理了。在此之前他曾说过只有选举“最为愚呆脆弱之黎元洪为总统，才能“组织同志内阁”，充分发挥内阁的作用，并亲自对黎元洪说：“我们不能使袁世凯做我们听话的工具，我要我党党员选你当总统。”这些消息在社会上都广泛流传。所以当袁世凯知道国民党选举大获得全胜，感到很惊惶。袁世凯不怕孙中山、黄兴，就怕宋教仁，为了拉拢宋归顺自己，曾送一套价值三千元的西服和一张五十万元的交通银行支票，宋教仁不客气地把支票退回了。袁世凯由此知道宋教仁不是金钱可以收买的。而现在国民党选举获胜，宋教仁出任内阁总理无疑，这将对自己非常不利，不除掉宋教仁，看来难有安宁之日。于是密令赵秉钧进行谋杀。赵怕宋抢去自己的总理职务，对刺宋也很卖力。
从此，袁世凯派出的喽啰对宋教仁进行了严密的监视，宋的一举一动都逃不过他的眼睛。1913年3月ZO日，袁世凯终于下达刺杀令，一面又公开致电宋教仁速赴京商讨国事，为刺杀制造机会。宋教仁不知是计，便决定于当日晚上乘车北上，哪料到在车站竟遇刺乃至于死在呢？
袁世凯看到难以掩饰自己的罪责，于是恼羞成怒索性把消灭国民党的意图公开化。开始调兵遣将，秘密下达战争动员令和进行大借款，对国民党的议员则进行威逼、利诱、打击，促使其分化、瓦解，把国会完全控制在自己手里。然后下令免去属于国民党的黄兴的陆军上将衔、和江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督伯文蔚等人的职务，夺去了国民党在南方几省的军事大权。孙中山从日本回到上海，组织国民党进行反击，发动了“二月革命”，但不到二个月袁世凯就把它镇压下去了，孙中山、黄兴等国民党要员逃亡海外。这样再没有人敢提宋案的事了，袁世凯总算获得了安宁。
对于自己的同谋，袁世凯也不放心。应桂馨被侦探杀死于火车上。赵秉钧被毒，七窍流血而死。袁世凯还鳄鱼流泪，送去了挽联、祭障，一副兔死狐悲的可掬之态
做梦都想当皇帝的袁世凯
隆裕以皇帝名义于1912年2月13日颁布的清帝退位的诏书，标志着在中国延续了二千多年的封建帝制的寿终正寝。
可是，万万想不到的是历史竟和人们开了一个大大的玩笑。就在人们欢庆共和政体代替君主专制政体不过三年多一点的时间里，已死了的“皇帝”的幽灵又忽然在人们的面前现形了。具有讽刺意义的是使这一幽灵复现的竟是宣称“永不使君主政体再行干中国”的袁世凯。
其本领的高妙，由不得你不信服。
袁世凯在1913年10月6日由临时大总统转为正式大总统时，听到那一声声“大总统万岁”的口号声，心里也确实曾陶醉过。可是，不久他就觉得不过瘾了。《中华民国临时约法》规定：国家统治权属于参议院、临时大总统、国务员和法院，总统所提出的法律案、公布法律及发布命令时机器》、《伊壁鸠鲁的体系》等。，须得国务员署名才获通过；政体制实行内阁制，总统要经过国会选举才能产生。
袁世凯当了一阵大总统后，觉得这些规定有如紧箍咒，念起来勒得他浑身不舒服。为此他常对人发牢骚说：“国会专制，固不适宜，内阁集权，亦多窒碍”。从那时起他就开始盘算着怎样扔掉这一累赘的东西了。
他瞅准了一个机会。1913年10月14日《天坛宪法草案》拟出，通过后准备用来代替《临时约法》。但该《草案》的基本精神仍然是资产阶级的政治原则。袁世凯对它也不满意，于是他就想在通过之前对它进行大的修改。他先是向众议院提出一个增修的《约法》草案，要求扩大总统权力，并在众议院上慷慨陈辞：“第四章关于大总统职权的各种规定，适用于临时大总统，多则其困难将益甚。苟有此种种之困难，其痛苦仅及于本大总统之一人一身，本大总统一人一身之受束缚于《约法》，直不啻胥吾四万万同胞之身命财产之重，同受束缚于《约法》！本大总统无状，尸位以至今日，万万不敢再博维持《约法》之实祸”。
可是，国会并不领他的情，尤其是其中的国民党议员，他们的人数在国会中占多数，没有他们的支持索绪尔（FerdinanddeSaussure，1857—1913）瑞士语言学，什么法令都难以通过。袁世凯由此对国民党恨之人骨，决心除掉它。于是他利用自己的权力向各方面施加压力和影响，乃至最后强行解散国民党，取消国民党的议员资格，然后通过控制约法会议公布了他修订的《中华民国约法》。新《约法》规定；大总统为国家之元首，总揽统治权，实行总统制。
袁世凯总算舒了一口气，感觉也好得多了。随后，他又运用大总统的权力，对有点碍手碍脚的官僚体制进行大刀阔斧的改革，安插大量的亲信到关键的职务上，以保证整个国家机器按自己的意志运转。
政治方面的整治基本就绪后，袁世凯开始考虑恢复帝制的问题了，他知道道历史潮流而行是不得人心的，但在中国这一深受封建制浸染的国度里，只要办法良好，计划周到，还是有可能的。也许是受“得民心者，得天下”这一古训的启发，袁世凯首先想起从影响民心的事情做起：即从精神文化方面做起。这方面的核心是孔孟之道，中国封建王朝大都是建立这一基础之上的。为此袁世凯策划了一系列的事情。
1913年6月22日，他正式发布尊孔令，称孔子“为万世师表”，其学说“放之四海而皆准”。
1914年1月29日，根据他的建议，政治会议作出决定以夏时春秋两丁为祀孔日，其礼节、服制、祭品与祭天的一样。他还亲自带着文武百官，穿着离奇古怪的祭服，到北京孔庙行三跪九叩之礼，以示榜样。
1915年指示初等小学应将《孟子》列入科目，高等小学应将《论语》列入科目。同时还恢复封建时代的考试制度，结果学习新知识的年轻人纷纷落榜，对新学产生了很大的冲击。
1914年7月，他又正式公布文官官秩，分九等，完全是封建时代的官制，分卿、大夫、士三大等级，与旧官制不同的就只差一个皇帝的称号了。袁世凯本人最讨厌“先生”的称谓，他首先在军队里禁用。还公布了《觐见条例》，恢复前清的“陛见”制度，旧官场的一切全都恢复了。
袁世凯的这一切努力没有白费，由于人们学习、日常的行为方式都是在旧式的氛围里进行的，受到耳儒墨染，久而久之就不太容易感受到共和的气氛了。以致许多人都以为他要恢复帝制了，但又不见他自己提过要当皇帝，以致一些遗老遗少们误认为他是为宣统复辟作准备呢。
1913年12月光绪皇帝与皇后隆裕安葬崇陵的时候，袁世凯又亲派代表前去致祭，并宣读他的祭文。同日国务院通告各省一律下半旗，学校放假一日，以示哀悼。遗老遗少们更是兴奋异常，公开叫喊：“还政于清”。一时间谣言四起，传遍全国。开始袁世凯置若罔闻，听之任之，后来看到这种言论愈演愈烈，怕会引起民愤，袁世凯才令内务部去处理，喧闹一时的清室复辟问题才告一段落。
但这并没有表明他的称帝野心有所收敛，他曾对人说：“立统满族，业已让位，果要皇帝，自属汉族”。言外之意是他本人也是够条件的。
此外，袁世凯也不忘记通过合法的程序来为自己恢复帝制创造条件。1914年8月，他授意梁士治在参政院会议上提出《大总统选举法》修正案，12月28日获得通过。修订后的《大总统选举法》。规定：总统任期十年，得连选连任；选举之年，参政院参政认为政治上有必要时，得以三分之二以上之同意，议决现任大总统留任；选举之前，大总统有权推荐具有资格者三人为候选人；大总统由大总统选举会选举。选举之日，�