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然而没几天，一份由蒋介石亲自主持的中央政治会议决议，又送到蔡元培的案头。这份决议措词严厉，毫无通融的余地，看来姓蒋的也确实生了气。杨杏佛一看脸就白了，连嘴角也哆嗦起来。
中央研究院在上海各研究所，应移至南京。所有在沪一切建筑，即日
停止。其所有已着手之各项设备，限本年四月以前一律移至南京。
“这可怎么好下最后通牒了！”
平时号称智多星的杨杏佛，也怔住
蔡元培毕竟见过大世面，他那种在关键时刻的沉雄之态，使杨杏佛一下就镇静了下来。
“不予理睬，我倒要看看姓蒋的如何善待老朽？再说南京的血腥气也太重，蒋介石上台没几年，就在党内排斥异己，先是对付汪精卫、胡汉民、邓演达，现在又和冯玉祥、阎锡山翻了脸，中原大战眼见就要爆发”
这件事后来虽经杨杏佛多方疏通，总算摆平但蔡与南京诸位大员的过节，却由此种下了祸根。当时杨杏佛找了个很好的理由，说日本在上海搞对支文化事业局，内设自然科学研究所。为了对付日本的文化侵略，他们必须留在上海发展。
中央研究院就这样发展起来了，虽然经费奇缺，内战不断，但历史语言研究所先在安阳小宅村成功地发掘了殷墟。当时兵匪横行，为了保护发掘现场，蔡元培不知给当地军政长官写了多少信。这是中国人运用现代考古学方法第一次大规模的地下发掘，结果发现了大量殷代青铜器和甲骨卜辞，使中国的古代史向前推进了上千年。安阳发掘很快成为三十年代中国和世界考古学的一大奇迹，它标志着中国近代考古科学的诞生。在确定考古组主任和殷墟发掘主持人时，蔡元培慧眼识珠，一下就指定了李济。当时历史语言所的提名，是北京大学著名的金石学教授马衡。但蔡元培凭直觉更倾向这位三十出头，曾在哈佛大学学习人类学的哲学博士。因为李济在1924年就和美国的考古学家一起，成功地在山西发掘过著名的仰韶文化遗址。这一发现造就了李济，也造就了中国的科学事业。古老的我们终于摆脱了靠单纯介绍西方过日子的尴尬，有了自己向世界炫耀的话题。
紧接着地质学家李四光，又在长江下游庐山等地找到了第四纪冰川流行的证据。这位曾任北大地质系主任的湖北人，在任教期间就发表了著名的《中国北部之蜒科》，获伯明翰大学科学博士学位。蔡元培任大学院院长后，又请他到了南京，对筹备中央研究院出力甚多，是地质研究所的创始人。他不久又发表了划时代的《冰期的庐山》，在国内外获得很高的评价。
而竺可桢这位绍兴小同乡，也很快创建了位于南京北极阁的气象研究所，并提醒蔡元培致函交通部，要求取缔外国人设在上海的无线电台。还建议交通部在各处电台内附设气象测候所，将预测资料直接报中央气象台汇总发布。
翻开中国的历史，随处可见帝国主义和外来势力掠夺中国资源，盗窃珍贵文物的记录。而蔡元培一主长中央研究院，就以中华文明的守护神自居，竭力维护起国家的主权。1929年9月，日本派遣东京帝大教授岸上镰吉一行五人来华调查长江一带水产资源。蔡元培发现他们未经政府许可就深入四川探查，忙致函外交部，要他们电令沿江各省政府，先扣留护照，再制止调查。而在1930年的春天和秋天里，他又一直盯住一位叫斯坦因的英国人不放。这是位典型的英国流氓，以前曾数次周游西北，盗窃敦煌石窟藏书，割裂各地壁画，发掘各地古迹。还受英国情报部门委托，调查自印度入新疆、甘肃、陕西的军事路线，测绘沿路兵险要地。由于出卖情报有功，曾被英国政府赐以爵士称号。蔡元培见他这次又想故伎重施，携带百万元巨款，率领大队人马，仅凭普通的游历护照，就开始在新疆自由活动，不禁勃然大怒。他其实早就让外交部通知斯坦国，要他必须将这次考古旅行的目的、范围、计划抄送中央研究院审核。他一直想建立一个法规，所有这类考察必须先报他这里和教育部审核，再由外交部发给护照。可是这位英国人对外交部的通知，根本没放在眼里。蔡元培终于亮出了杀手锏，以中央研究院名义具呈国民政府，电令新疆当局将此人强行驱逐出境。
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当我们凝视着蔡先生那慈祥恺悌的目光，不得不敬佩他晚年那种温而厉的性格，那种文弱而刚勇的气度，那种重集于民主旗帜之下，以组织民权保障同盟，营救政治犯的过激行动，与蒋介石彻底决裂的胆魄。真可谓是真虎，乃有风呵！
这是一段鲜为人知的历史。1930年的春天，一直在国外流浪的邓演达秘密回到了上海。他先单独拜访了宋庆龄，决定策动黄埔系军人共同反蒋，正式揭起反蒋的旗帜。这位国民党的左派领袖，自1927年宁汉合流后，就联合宋庆龄愤而与汪精卫决裂。他自己亡命海外，而宋庆龄还故意去了苏联访问。他很快在夏天成立了中国国民党临时行动委员会，亦称第三党，并通过杨杏佛，将该党的《政治主张》等文件信任地送给蔡元培。蔡元培的脸上又开始溢出了血色，在1931年一个繁星满天的夏夜，他们秘密集会于亚尔培路，商定了一个倒蒋的行动计划。参加那天会议的还有国民党左派陈铭枢，邓演达先分析了局势。他说去年的中原大战刚结束，蒋介石又在年初软禁了胡汉民，一下激起了两广派军阀政客的反蒋浪潮，宁粤对立已成定局，蒋介石处境十分不利。我打算利用老蒋调动十九路军进攻广东之际，迅速占领东江和闽南一带，然后由蔡公和我、陈铭枢领衔发表声明，用武装调停宁粤为借口，建立起反蒋的第三势力和第三政党。这真是个大胆的计划，邓演达一气说完后，就不无担忧地盯着蔡元培问：
“蔡公，我是军人，你可以犹豫，也可以退出，这可是要杀头的呀！”
蔡元培异常冷峻地沉默不语，眼前恍惚闪现当年参加暗杀团，胆气冲天地歃血盟誓的情景。他什么也没说，只是站起身幽默地拍拍杨杏佛的肩膀：
“既然要做掉脑袋的买卖了，总得找个去处喝杯夜老酒”
邓演达迅速地在十四个省市建立了第三党的基层组织，还成立了“黄埔革命同学会”与蒋的嫡系“黄埔同学会”相抗衡。蒋介石深为忌恨，不惜悬赏三十万元捉拿邓演达。就在8月17日这天，当他在愚园路出席干部训练班结业仪式时，因叛徒出卖突然被捕。邓演达很快被秘密押往南京，蒋介石起初觉得杀之可惜，纵之可畏。但不久就发生了“九·一八”事变，汪精卫和孙科以逼蒋下野作为共赴国难的条件。同时，黄埔历届毕业生又联名要求保释他们这位教育长。蒋介石终于在下野前动了杀机，于11月29日夜晚派他的卫队长，诡称要将邓转移到汤山，在半路上杀害了这位年仅36岁的忠勇之士。
宋庆龄是从何应钦处得知噩耗的，起初还将信将疑，她立马赶往南京质问蒋介石，并要求眼邓演达见面。她这次来有意不住官邸，而住在中山陵当年奉安大典筹备处的简陋房屋里，还拒绝乘坐当局预备的轿车，坐一辆用灵车改成的小交通车。蒋介石见实在无法掩盖，才被迫吐露了真情。宋庆龄愤怒至极，一下子就把茶桌掀翻了，吓得蒋介石慌忙躲上楼去。
刚从南京返沪的宋庆龄连夜奋笔疾书，用英文撰写了抗议杀害邓演达的著名宣言，并请杨杏佛等人译成中文发表。她悲愤地向天下宣告：“中国国民党早已丧失其革命集团之地位，至今已成为不可掩藏之事实。亡国民党者，非党外之敌人，而为其党内之领袖。自十六年宁汉分立，因蒋介石个人之独裁与军阀官僚之争长，党与民众日益背道而驰，借反共之名，行反动之实，阴狠险毒，贪污欺骗，无所不用其极。投机残余军阀，可一跃而为党国中坚，忠实革命人材，必设法置于死地。最近如艰苦卓绝之勇士邓演达残遭杀害，即其一例。”
三十年代的中国内外交困，蔡元培的心境也恶劣到了极点。令他失望和生气的事实在太多，老人变得越来越容易激动和发怒。1932年的1月29日，日本驻上海的侵略军向十九路军发起进攻。四十多架飞机从停泊在黄浦江中的航空母舰上呼啸而起，炸毁了上万家商店和工厂，也炸毁了矗立在闸口宝山路的商务印书馆。这是张元济集毕生精力建造的中国最大的出版企业，其设备不但在中国，就是在远东也无与匹敌。而五层楼的东方图书馆里，还收藏着几十万册珍贵图书和各种善本古籍以及古画。
在商务印书馆被焚烧的日子里，老人强忍悲痛，不时仰望天空。只见无以数计的纸张、油墨燃烧时形成的强大气流，把灰烬和纸片卷上天空。黑沉沉的纸灰形成了一层厚幕，冬天的阳光竟难以透过。纸灰随风飘落，飘落到城郊四处，飘落到静安寺一带，也飘落到两位老人的寓所。
面对随风回旋的纸灰，张元济和蔡元培几乎抱头痛哭，呜咽得说不出话。蔡元培立即与国立大学校长王世杰等人致电国际联盟抗议，强烈要求迅速制止日本焚毁上海文化机关的暴行。
他虽然是一介书生，却也知势单力薄。在这法西斯新军阀一党专制的白色恐怖下，在这攘外必先安内的卖国政府面前，难道真有何主权和尊严可言但是，也许正因为他是书生，才敢凭一腔热血势单力薄地拼死呼号。既然生命已来日不多，为何不长歌当哭敢恨敢爱一回
他终于迈出了生命中最勇敢的步伐，为了在没有民主和人权的中国，捍卫最起码的做人的权力，他义无反顾地和宋庆龄、杨杏佛、林语堂等人一起，发起组建了中国民权保障同盟。这已是1932年的年底了，当同盟在上海华安大楼宣告成立时，杨杏佛向中外记者说过一段很沉重的话，令在场的蔡元培和林语堂神情黯然失色。杨杏佛说：
“争取民权的保障在西方是十八世纪的事情，不幸我们中国人活在二十世纪里，还是不能不做这种十八世纪的工作”
而当《申报》上刊登了那份同盟的宣言时，南京政府和上海蓝衣社、复兴社的特务一片惊慌。因为同盟明确地把营救政治犯作为主要任务，他们提出的三大目标，在当局眼里简直是大逆不道的反叛宣言。
一、为国内政治犯之释放与非法的拘禁，酷刑及杀戮之废除而奋斗；
二、予国内政治犯以法律及其他之援助，并调查监狱状况，刊布关于国内
压迫民权之事实，以唤起社会之公意；三、协助为结社集会自由、言论自
由。出版自由诸民权努力之一切奋斗。
蔡元培毕竟是位教育家，又开始上台演讲，为成立民权保障同盟上海分会四处奔波，为拯救蒙受冤屈的政治犯奔走呼号。其实早在同盟成立之前，他就开始了营救进步人士的活动。都知道他的身边总是带着八行笺，只要一有人伸冤，他几乎有求必应。“四·一二”政变那年他救出了史良，30年秋天杨开慧被捕，毛泽东的岳母带着两个孩子，哭哭啼啼地赶来上海求救。他二话没说就致电何键放人。何键真是歹毒之徒，竟以接电晚了为由，抢先杀害了杨开慧。他还先后救出了进步人士罗隆基，革命作家胡也频等人。
1932年的春天，蒋汪再次合流，行政院长汪精卫又一次发出邀请。他却果断地复函，拒绝在联合政府中任职。他似乎走得太远了，又开始了营救牛兰夫妇的活动。牛兰是共产国际驻中国的工作人员，被捕后在监狱备受虐待。一些国际著名人士如蔡特金、罗曼·罗兰等纷纷致电宋庆龄请求设法营救。他马上致电汪精卫，要求无论牛兰政治主张如何，政府也应该让法庭公开审判，并准许他自聘律师辩护。以后，当牛兰夫妇不服法庭判决，连续绝食达十四天之久，牛兰目渐失明，生命垂危之时，又是蔡元培与宋庆龄、杨杏佛具状担保，将他们接来上海就医，牛兰这才开始进食。最后当国民党政府不顾中外人士反对，以“危害民国罪”判处牛兰夫妇无期徒刑后，他们又向国民党中央请求给予特赦。
他真是走得太远了，一边还在为牛兰伸冤，一边又接到了北大文学院院长胡适的电报：
“请就近营救陈独秀！”
刚因托派活动被中共开除的陈独秀，又在上海家中被捕。蔡元培想起这位一生多难的老友，心里深为同情。两人虽同在上海，却一直未能谋面。�