子在黎巴嫩制造的爆炸，另一起是入侵格林纳达。死于爆炸的２３７名海军陆战队员的生命，和在格林纳达出现的联络和控制方面的问题，使国会不得不正视不断增加的低度冲突所带来的威胁，和进行地区控制时对特种部队的使用问题。
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美国特种部队历史悠久（2）
１９８４年１月１日，在国会的关注下，国防部正式成立了特种作战机构联席会，但是，它对各兵种的特种部队既无使用权，也没有领导权，因此，它没能起到更大的作用，无法系统全面地解决特种部队的问题。在国防部，几个人是特种部队坚定的支持者。比如，国际安全事务的助理国务卿诺尔·考其，和他的助理莱纳·瑞兰德，都是特种部队改革的积极倡导者。与此同时，国会的几位“空想家”决心“大修”特种部队，这些人包括参议员山姆·努和威廉·考安，两人都是众议院军事委员会的成员，还有众议院军事委员会的附属委员会主席丹·丹尼尔等。国会议员丹尼尔确信，现有的组织和结构不利于特种部队的发展，应该有专业部门来指挥和控制特种部队。参议员努和考安也强烈地感到，对未来可能出现的威胁，国防部没有充分的准备。努对特种部队有限的军费预算越来越不满。考安认为，为应对低度冲突，有必要成立一个职能清晰的组织来负责指挥特别行动。
１９８５年１０月，参议院军事委员会正式出版了报告《国防组织：改革势在必行》，内容是关于长达两年的对美军结构的研究观点。该书的主要作者詹姆斯·洛科分析了过去的特别行动，详尽地提出未来有可能出现的各种威胁。这个报告产生了很大的影响，直接导致了１９８６年出台的《高华德－尼可斯重组法案》。
１９８６年春天，一个有关特别行动部队的议案出现在参、众两院。５月１５日，参议员考安介绍了参议院的议案，它由参议员努及其他人共同发起，主张在国防部为特种部队成立一个联合军事组织，在资金和政策上给予适当的保障，以指挥特别行动，应对低度冲突。丹尼尔的方案走得更远，他主张成立一个由文职人员领导的国家特别代理机构，其文职领导不隶属于首长联席会议，而直接归国防部长领导，这样，特种部队的军费预算就可以不经过首长联席会，而直接由国防部长批准。
１９８６年夏天，国会听取了这两个议案。以参谋首长联席会议主席安德迈·威廉·Ｊ·考文为代表的五角大楼反对这两个议案，他们提出了一个折中意见：成立一个由三星上将领导的特别行动司令部。国会没有接受这个建议，为了尽快推动新机构的建立，国会希望由一名四星上将作为领导。一些退休的将军和军官也认为，改革势在必行。
已退休的陆军少将理查德·史考兹的理由最具说服力。史考兹曾任美军在格林纳达的联合特别行动司令，他回忆在格林纳达的行动中，因为传统的部队领导不能正确使用特别行动部队，不允许他们使用特别手段，造成了特种部队较高的伤亡。他正式提交了一份报告，还私下里与几个参议员进行了会谈，向他们仔细讲述了在格林纳达出现的问题。
参、众两院各通过了改革特种部队的议案，组成了专门委员会对两个议案进行协调。与会的参议员和众议员达成了一个折中的方案：要求建立一个统一的特别作战司令部，由一名四星上将任司令；设一名特别行动和低度冲突国防部长助理，在国家安全委员会中设同级别的低度冲突部；并制定一个专门针对特种部队的财政计划（ＭＦＰ－１１，被称为“特种部队支票簿”）。关于由文职人员领导的代理机构方案，众议院勉强作了让步，但坚持ＭＥＰ－１１财政方案，以保障特种部队的军费开支。最后的议案，作为１９８７年国防授权法案的附本，以《高华德－尼可斯重组法案》的修正案写进了法律。
在美国历史上，这是第一次国会要求总统成立一个联合作战司令部。国会的意图很明显，就是要迫使国防部和内阁正视过去失败的事实和新的威胁，迫使国防部和内阁执行新的法律，国会随后又通过了两个附加法案，以确保新的法律能正确实施。
新的立法确保在几个方面加强特种部队。一经实施，ＭＦＰ－１１财政计划保证，在进行现代化的过程中，特种部队具有较充分的财政自决权。此外，由一个司令指挥各兵种的特种部队，将极大地增强特种部队间的相互协作性。最终，一名四星上将和一名特别行动与低度冲突国防部长助理，使特种部队在国防部最高级别的首长联席会议上有了一席之地。
美国特种部队历史悠久（3）
特别行动部队司令部的组建颇具传奇性。为了尽快解决人员和场地问题，国防部决定撤消一个当时的司令部。美国作战准备司令部在早期是一个常常被误解的部门，根据《高华德－尼可斯重组法案》，它原有的任务已不复存在，而且它的总司令詹姆斯·林德塞有一些指挥特别行动的经验。１９８７年１月２３日，参谋首长联席会议正式向国防部提议，将作战准备司令部改建为特别行动部队司令部。
１９８７年４月１３日，罗纳德·里根总统批准成立新司令部。４月１６日，国防部宣布特别行动部队司令部成立，并向参议院提名林塞德将军为第一任总司令，参议员对这一提名没有任何异议。
１９８７年６月１日，特别行动部队司令部举行了庆祝成立大会。国防部长助理威廉·塔夫特和安德迈·威廉·Ｊ·考文在庆祝大会上发表了讲话，这两个人当初对《努·考安修正案》的态度截然相反。在讲话中，安德迈·威廉建议林德塞将军的新司令部，与军队的主流保持一致，他说：“在特种部队和其他部队之间，多多少少存在着一些隔阂，有些人希望这些隔阂变得更深，现在，我们首先是要打破它们，其次，要教育所有官兵，要使他们认识并理解到做什么、为什么要这样做和这样做的重要性。每一支部队都要竭尽全力，以提高美军的作战能力。”林德塞将军知道，鉴于国防部此前对建立特别行动部队司令部的态度，采纳这一建议将会是一个挑战。
特别行动部队司令部历任总司令，从１９８７年，从首任总司令林德塞将军开始，迄今已有７任总司令。后６任为：
詹姆斯·Ｊ·林德塞（１９８７年４月１６日－１９９０年６月２７日）
卡尔·Ｗ·史延纳（１９９０年６月２７日－１９９３年５月２０日）
华纳·Ａ·唐宁（１９９３年５月２０日－１９９６年２月２９日）
亨利·Ｈ·萨通（１９９６年２月２９日－１９９７年９月２５日）
彼德·Ｊ·斯古梅克（１９９７年１１月５日－２０００年１０月２０日）
查尔斯·霍兰德（２０００年１１月至今）
每一任总司令在任期内都面临着不同的挑战和机遇。特别行动部队司令部自成立以来，国际局势发生了许多重大变化，前苏联解体、美军缩编、出现新的敌对国家、地区不稳定因素、大规模杀伤性武器数量增加等等，特种部队担负着越来越艰巨的任务，常规部队、美国驻各国大使和其它国家部门越来越多地使用特种部队。
按１９８７年《参谋首长联席会议手册》第７１～８１页所描述的，特别行动部队司令部的职责，是完成所担负的常规任务，在总统和国防部长的直接授权下，计划和领导特别行动。主要任务是：最后两项任务，“根据ＭＦＰ－１１财政计划，提出、落实预算计划”和“发展、实现特殊行动所需装备、材料、供给和服务保障”，使特别行动部队司令部比其他任何一个联合司令部都特殊，在承担责任的同时，它拥有相应的权力。国会赋予特种部队司令部异乎寻常的权威，它能够独立控制特种部队的结构、装备和资源。
特别行动部队司令部的结构，是首任总司令林德塞将军建立的，它沿用了典型的“联合首长”制。１９８８年６月，他对这一结构做了两处调整：Ｊ８（资源）首长负责执行ＭＥＰ－１１财政计划，增设Ｊ９首长，负责心理战和民间事务。
对司令部任务的陈述，涉及地理政治学的变化。随着前苏联的解体和地区不稳定因素的增加，对特种部队的能力提出了新的要求。为适应形势的发展，反映出特种部队大量参加维和与人道主义援助的新特点，１９９３年，唐宁将军修订了特种部队司令部的行动纲领：“在和平时期和战时，随时有效地在世界范围内领导特别行动、民间事务和心理战行动，服务于地区作战司令、美国大使及所在国家军队和其他政府机构。”
美国特种部队历史悠久（4）
特种部队的行动纲领中，还增加了反大规模杀伤性武器、信息战和控制冲突，加强了防御措施，增加了反恐怖主义的任务。为了更有效地使用特种部队，萨通将军继续对司令部的任务、目标和前景进行了修订。１９９６年１０月，他对特种部队的行动纲领作了较小的变动：“在和平时期和战时，为国家总指挥权、地区作战司令、美国驻各国大使，及所在国家军队提供特别行动部队，在世界范围内有效地领导特别行动、民间事务和心理战行动。”
１９９７年１０月１日，萨通将军荣升参谋首长联席会议主席，新当选的总司令斯古梅克将军继续了对行动纲领的修订，他为特别行动部队提出了新目标：“要成为世界上现存的最有能力、适应性最强的特别行动部队，立志拥有最卓越的官兵和最高的专业水准。”
尽管不断修订，行动纲领的本质是保持不变的。但对于司令部总部的结构，斯古梅克将军要大刀阔斧地进行改革。他的前任在机构改革方面已经作了一些尝试，如合并职能相似的部门、实现流线型办事程序和重组人力资源等。作为一个前下属部队的司令，斯古梅克将军认识到，司令部总部没有把工作的重心放在关键的部门，而那些被忽视的部门才是特种部队的核心所在。他大胆撤消了传统的“Ｊ－首长联席制”，将作战与后勤部门合并为５个“完美中心”，每个中心各由一名一般军官、高级军官或高级文职执行官负责。重组保证了司令部总部的工作以战略作战为中心。Ｊ３和Ｊ５处合并为行动、计划和政策中心（ＳＯＯＰ）；作战模拟和准备处（Ｊ７）与计划和审计处合并为军事结构、准备、资源和战略评估中心；情报和信息行动中心（ＳＯＩＯ）包括命令、控制、通讯、计算机和资讯系统处（Ｊ６）、情报处（Ｊ２）和信息行动处（Ｊ３）；准备中心和后勤处组成了特别行动后勤采购中心（ＳＯＡＬ）；指挥服务中心包括人事处（Ｊ１）和特别参谋办公室。重组后的司令部总部确保各种资源的合理应用，使它能更好地为特种部队、地区总司令和美国驻各国大使服务。
要使特别行动部队司令部真正发挥作用，它下面要有所属部队，这是无可争议的。组建司令部的有关法律这样规定：“除国防部长的指令外，所有驻扎在美国的现役和预备役特种部队，都接受特别行动部队司令部的领导。”当时的国防部长肯斯帕·温伯格签署了命令，确定了他下属的三个司令部和大部分部队：驻扎在佛罗里达赫尔伯特的第２３航空军，总部设在加利福尼亚圣地亚哥的海军特别作战司令部，和驻扎在北卡罗来纳布拉格基地的陆军第一军。１９８７年８月１４日，特别行动部队司令部成立之后，温伯格又签署命令成立了联合特别行动司令部，此后，它变成了特别行动部队司令部下属的一个部门。
划归到特别行动部队司令部时，第一军是负责美国陆军所有特别行动的部队。它的任务是准备、提供、支持陆军的特种部队，领导对外协助防御、非常规作战、特别情报、心理战、突击行动以及其他相关的特别行动。它的下属部队包括第一、第七和第十特别行动队，第四心理战队，第９６民间事务部队，第７５游骑兵团，第１６０特别行动航空大队，预备役部队的国防军部队以及约翰·肯尼迪特别作战中心。
但是，这些单位并非全部归属到特别行动部队司令部。温伯格部长保留了心理战和民间事务部队。１９８７年年初，国防部长办公室建议成立一个独立、级别低于特别行动部队司令部的联合司令部，专门负责心理战和民间事务。和其他特种部队的遭遇一样，在２０世纪７０年代和８０年代，心理战和民间事务特种部队被大大削弱，因此，一些支持者担心�