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这一战，李定国不仅打败了孙可望，而且壮大了队伍。他们原来进入云南的人马，除孙可望一部以外，其他各部，包括白文选、马进忠、冯双礼等都归了他，近十万人，一时军威大振，浩浩荡荡凯旋而归。
永历闻报，大喜过望，带上随员出城迎接。
其实，永历帝也并非如大清的御用文人笔下所描述的那样，是个昏庸无能的残国小君，苟且偷安的懦弱之辈。尽管他也像前几位南明帝王一样是被故明势力拥戴上来的残国之君，而不是夺兵而出号令天下的有为之王，他的一切都得由拥戴他上来的人来做主，来安排，凡事由不得他。在安隆的几年时间里，他名义上是个帝王，实际上只是孙可望手中的一张牌，一张对残明的其他势力“挟天子以令诸侯”的王牌。为此，孙可望生怕他被人劫走，或被杀，或逃亡而失去这张王牌，对他採取了严格的“保护”措施。特别是孙可望发觉永历欲摆脱他曾下密旨召李定国而被他镇压后，对他的控制就更加严密也更加苛刻了，包括膳食钱每月给多少，其中皇帝多少，皇后多少，太后多少，太子多少，其他人员多少等等，都有严格的规定，事无巨细都得由孙可望来作安排。由此可见孙可望等对永历的控制到了何等到地步？对于永历来说，其实就是软禁，与囚犯无异，他不仅没有半点的自由，更说不上自主，连生活也难于保障，孙可望给他的膳食钱本来就少得可怜，往往还被拖欠，被克扣，有时还拿不到，经常吃了上顿没下顿，有时只能喝点稀粥，过得十分的艰难。在这种情况下，纵使他有一些抱负和才能又如何得以发挥呢？
到了云南，环境有了一些改善。李定国等尊他为正统之君，闽南的郑成功也派人来到云南奉表尊他为帝，使他得到了尊重，恢复了一些帝王的尊荣，成为抗清复明的一面旗帜。在此基础上，也有了一些自主的权力，可以按照自己的想法做一些自己能做的事情。
永历稍事安定便着手治理朝政，重建他的已被反复破坏的王朝体制。除了在梧州封李自成大顺军余部李过为邓国公、高一功为勋国公等等，在安隆封李定国为晋王、刘文秀为蜀王外，又封白文选为巩昌王、冯双礼为庆阳王，其余人员皆有所封。原大明朝的一些旧臣也闻讯投奔而来，如沐天波、杨畏知等，或袭旧职，或另有所封。是时，张煌言淅东兵败，他所拥戴的鲁王朱以海也被清军所杀，他便和郑成功联手共同抗清，尊永历帝为正统。永历又派出使臣从海路（陆路已被清军占领）绕道去传旨，封郑成功为延平郡王招讨大将军、张煌言为兵部尚书兼东阁大学士。从封爵上也可看出，永历对沿海的抗清复明是寄予很大希望的。
与此同时，他极尽努力做了一些安抚民众，稳定社会，鼓励生产，恢复教育的工作，使百废待兴的滇中民众在饱受长期的战乱之苦后得以休养生息。
孙可望入滇做的第一件事情就是毁掉滇中文化中心的文庙，大兴土木兴建专门用来供奉张献忠巨型塑像的“世庙”，极力宣扬张献忠，美化张献忠，把张献忠加以神化，奉为神明，不时的率领他的部众行大礼，表忠心，顶礼膜拜，还强迫民众瞻仰朝奉，山呼万岁，以此来继承和发扬张献忠大西政权的路线方针和各项政策，妄图借助张献忠的阴魂来稳固自己的统治。永历命人毁掉供奉张献忠塑像的“世庙”，不使其继续遗祸人间，标榜后世。
随之，又命人将孙可望毁掉的文庙按原来的规模进行重新修复，以恢复和弘扬儒学圣教，恢复礼制，教化乡里，重振文明。永历修复的文庙在清朝年间又加以修葺完善，便是后来人们看到的昆明文庙。
本来，明朝是一个尊礼义，重教育的朝代，她的教育体制比较完备，学校教育比较发达，民间有遍布城乡的“私塾”，各地有乡里自办的“义学”，地方政府有官办的“书院”，京城有最高学府“太学”等等。这些发达的各级各类教育机构，在“传道、授业、解惑”，普及文化，培养人才中发挥了极其重要的作用，培养和造就了一大批众所周知的跨越时空的优秀人才，有力地促进了经济的繁荣和社会的进步，使大明王朝出现了近三百年的辉煌，成为当时的东方，也是世界上综合实力最为强盛，影响力最大的一个国家，对人类的文明进步作出了不可磨灭的贡献。明代的教育，即便是在远离中土的滇中，也是十分兴盛，人才辈出。但随着王朝的衰落，孙可望等的禍乱，闹得滇中生灵涂炭，民众离散，整个社会受到严重的摧残，教育也早已不复存在。在此情况下，永历命人加以修复，聘请教师，招收学子，想尽一切办法恢复教学，延续滇中教育。
当年还以教场为贡院，按明制开科举，先开云南乡试，第二年又开会试，先后取了一些考生，吸收了一些举子充实他的政权机构。
废除并销毁孙可望时期铸造和流通的“大顺通宝”“新朝通宝”等钱币，恢复使用大明制币，包括曾经短期发行过的“弘光通宝”“隆武通宝”，还加铸了“永历通宝”。这“永历通宝”流传到郑成功控制的沿海一带（郑成功到台湾后也铸造“永历通宝”，流通了很长一段时期）。
接着，永历又在五华山把毁坏的府院拆除，重新修建宫殿。
连年的祸乱，滇中已经闹得山穷水尽，官民人等连衣食都难以为继，再也拿不出经费来修筑宫殿。于是，永历便採纳臣僚们的建议，命人到附近的昆阳、呈贡拆衙署、豪宅上的建筑材料，运到昆明建盖宫殿。是时，由于沙定洲作乱，孙可望之流的大屠杀，有的地方甚至遭到反复屠杀，滇中官民或被杀，或逃离家园流落他乡，其中不少流向滇西、滇南偏僻之地，有的甚至远走交趾等东南亚国家，许多的城镇如昆阳、呈贡城中的房屋多已人去楼空，荒芜败落，成了虎豹出没之地，雉兔往来之乡。这样，便可以哪里无人拆哪里，哪间完好拆哪间，到也方便顺手。
这样，就在李定国大败孙可望凯旋归来不久，永历的宫殿也拆建完毕，御驾入内。他的后宫也得到了一些充实。本来，永历的眷属宫人在逃离肇庆时大多为清军所杀，逃至广西桂林的又被孙可望所杀，跟随他从安隆来的就只有他的母亲太妃王氏和皇后、太子、一个伺候他饮食起居的次妃，还有少数的宫女、太监。迁入五华山宫殿后，他的近臣马吉翔、李国泰等商议给他选淑女，充实三宫六院，像像样样的做皇帝。他拒绝了，说：“山河破碎，强敌当前，我一个逃亡之君，能像现在这样就知足了，哪还敢有更高的奢望。再说这滇中也是久经战乱，民穷财尽。算了吧！”
马吉翔等说：“皇上，这是前朝之制，不可废。再则，有晋王等护驾，可得太平。”
“不要烦我！”永历这次腰杆硬了许多，不想再让他等摆布，头也不回的走开，说：“要做的事还多着呢。”
这事最后由永历的母亲太妃王氏出面解决，补充了几个宫女。
如此一来，永历帝在昆明五华山的住所俨然又是一个皇宫的样子，一个王朝的皇宫。不过，永历帝的昆明皇宫，跟本无法和崇祯帝的北京皇宫相比，也不能和弘光帝的南京皇宫相比，甚至还不如隆武帝的福州皇宫，虽然同为皇宫，却有天壤之别。他的皇宫，不但规模极小，宫殿极简陋，后宫佳丽不多，而且朝臣也没几个，显得十分的寒碜可怜。似乎在映照着大明王朝的江河日下，气数日衰！
即便这样，永历帝也得到了不少的满足，不仅生活安稳，而且也有了一些帝王的尊荣，就这样苟安下来。这终究还是一个王朝，一个飘浮十年之久才得以落定下来的王朝，一个领土面积像火中燃烧的纸片一样行将灰飞烟灭的王朝的象征。
但，就是这样的一个王朝也好景不长。就在永历的宫殿草草建成，朝政体制尚不具规模，滇中民众还没有从连年战乱中喘过气来的时候，来自北方的铁蹄又风卷残云般席卷而来——永历王朝的厄运也降临了。
三
本来，清廷还无心南下，欲暂且放弃地处边僻的云贵一隅，让永历帝偏安一时。这其中的原因，并不是清廷不想要这些遥远偏僻的“不毛之地”，也不是一个气势如虹的胜利者对一个仅存一息的失败者的仁慈和怜悯，相反，它正巴不得一鼓作气将失败的敌人置之死地，斩草除根，完成大一统的最后基业，就像历史上那些气吞山河的开国王者一样。而是其中另有隐情。
这些隐情，一是大清朝廷刚刚取得军事上的重大胜利，夺取了大明朝的绝大部分江山，入主中原，需要尽快收拾残局，从政治上经济上来巩固胜利成果。满洲的统治者很清楚，对于他，治理江山比夺取江山更难。他从一个游牧为主的异族小邦转而来治理一个文明程度高得多，经济繁荣得多的泱泱大国，一下子领土增加了若于倍，民众也增加了若干倍，面临的社会矛盾和社会问题很多，例如社会的稳定、民族关系的协调、民众的安抚，生产的恢复等等。他虽有治满洲的经验，而且治理得很好，但却无治大国的经验，治大国虽说如“烹小鲜”，但要“烹”这样的“小鲜”却是一个极其复杂的系统工程，需要大学问，大智慧，大才能，才能“烹”好或勉强“烹”好，否则便会弄出问题，甚至还有翻船的可能。所以他需要足够的时间和精力来逐一加以解决。二是，郑成功、张煌言在沿海一带势力日大，十分活跃，屡败清军，连连夺取镇江等一些地方，是当下残明尚存的最强大的抗清力量。这股力量甚至比李定国在云贵的力量更强大，而且更接近清王朝的首都北京，因而更具威胁性，更不容忽视。三是李自成和张献忠虽然败亡，但还有一些残部流散在各地，尤其是李自成大顺军的余部，如李来亨、郭摇旗、袁宗第、贺珍等还有很强的战斗力，还在不断地袭击清军，和清军作战。尽管他们大多都处于分散状态，各自为阵，形不成一个强有力的大拳头，难于扭转大局，但出于民族感情，他们会抗争到底，况且他们的号召力极强，战斗力极强，要彻底消灭他们绝不是件容易的事情，稍不注意，他们便有可能形成气侯，成为新的“大顺军”、“大西军”，就像他们对付大明王朝一样来对付大清王朝。四是，一些降清将领，如在江西的金声桓和在广东的李成栋等又叛清归明，配合云贵的明军在湖广一线大败清军，夺回一些城市，使战局一度急转直下，要不是永历君臣优柔寡断，贻误战机，使清军得以伺机反扑，卷土重来，其后果将是难于逆料的。本来，降清明将在清军中起到了极其重要的作用，他们和八旗兵一起东征西讨南征北战，夺下无数的城镇乡村，他们攻下的地方、消灭的明军甚至超过八旗兵，成为消灭南明王朝的一支重要力量，可谓功不可没。但清廷对他们其实并不信任，更不放心，对他们的政策一直是“利用，限制、改造”，利用，就是尽可能的用他们来对付原来的主子，消灭他们的故国，为清廷争江山夺社稷，“鞠躬尽瘁，死而后已”。限制，就是他们都得在清人的统领、指挥、监督、防范之下进行，不得越雷池一步，更不许实力膨胀，自己坐大，稍有二志便加以除之。改造，就是尽可能使他们满化，而且是先于百姓做到满化，例如剃阴阳头，留长辫子，甩马蹄袖，能说几句夹生的满话，至少能大声地说“喳！”，开口闭口“我大清！”，把自己也认作半个满人。此外，对这些变节者，清廷其实非但不尊重，而是极为鄙薄的，这在清廷后来命人编写的《贰臣传》中，把在亡明中功不可没的洪承畴排在第一位就是最好的说明。这是后话。但总的说来，清廷对布防在各地的数量庞大的降清兵将疑惧很大，从未放心过。
凡此种种，都成为清廷，尤其是摄政王多乐衮的心腹之患，成为摆在他面前的十分棘手的问题，他要加以慎重考虑，妥善处置，一一加以解决。至于永历帝，他倒不在意，因为那已是被赶到边僻一隅，小鱼翻不起大浪，构不成任何的威胁，不过苟且偷安而已。出于这种种的原困，他还忙不得，也还不打算立即剿灭永历。
但改变清廷主意和残明命运的一个关键人物出来了——就是故明崇祯皇帝的股肱重臣洪承畴。
他，曾经作为大明朝的重臣，也作为大清新朝的新臣，他对明、清两方的情况自然是了如