1943年7月，他奉命去国民党的党政高级班受训，得当时任军需署署长的陈良（字初如）的赏识，于结业后调任少将粮秣司长，从此被纳入军需财务系统，由于此而经历了黄金运台等惊天动地的历史巨变。1943年8月刚上任时，他就遇到一个惊险经历：蒋介石在重庆黄山召集最高军事会议，带了一位高炮士兵，报告说，每日吃的主食，军米仅20两（照规定为25两）。委员长遥指着坐最后一排的粮秣司长作答，先父哪见过这样大的阵仗，刚上任，不知怎样作答。幸亏何应钦（军政部长）、陈良、俞飞鹏（后方勤务部长）说碾制、运输、储藏、洗濯都有损耗，替他解围，但蒋要他在山上多待几天，当时王惕吾（后为台湾《联合报》创办人）任蒋卫队团第二营营长，王逸芬（后任财务署台北收支处处长）任团军需主任，父亲就与他们住在一起，并请他们协助调查。
这种“粮耗”，是历史上最伤脑筋的事，他甫任斯职就须为此“耗损”说明清楚，实在是个难题。但他精力过人，脚踏实地，到部队去调查，由各种数据说明军粮之领发、碾制、运储等损耗难免，绝不能达到25两全数，这种用科学数据的统计方法，与我每日在实验室中作动物或人体研究论文，其复杂度不遑多让。他的结论是，需要管理一元化，建立全国仓库网，集中管理，以减少损耗。
通过了这次测验，他于一年后晋升为军需署副署长，1944年11月又奉命兼任兵役部经理处长，身兼两职当然是位“能吏”。另一方面，作为前西北军“军阀”的鹿钟麟是兵役部部长，而兵役是抗战时期中国最大的弊端所在，蒋介石曾枪毙了负责兵役的署长（原属军政部），才设立兵役部，找了一个“党外”的西北军将领来做部长，自有平息众怒的目的。鹿部长也非傻瓜，特别找了位与蒋关系甚深又有清誉能吏的人来兼任经理处长，可以有如昔日的“钦差大臣”，来纠正风气。
服务国民党政府与蒋介石夫妇建立的渊源（4）
父亲的一项任务就是调查新兵及师管区医务实况。他揭露贵州各师管区的医院直如“催死所”，途中二连新兵直如乞丐群，旅舍不许入内，夜卧檐下石板上，以致一夜即添病兵23人。碰到先父这样有血性的“钦差”：
……立即将病兵送入医院，嗣严经交涉，始得入室居住。夜闻咳嗽声呼应不绝，声声刺耳，不能入眠，因起而秉烛草此报告。钧长读之，当亦可闻新兵在寒夜所发呻吟咳嗽声，而共掬同情之泪也。谁无父母，孰无子弟，使其流连颠沛至于此极，未握枪受训杀敌前，已成饿者、病者、死亡者，害民而不能福国，尚有逾于此？……钧长当指兵役部长鹿钟麟。此外他也调查了新兵的伙食：……在贵阳则常领不到米。……在此军粮困难中，又有干部克扣之事。据兵站运输大队所接新兵面告，由安顺来筑（按：即贵阳）途中，连长曾售去米一斗；是否仅此数，尚不得而知。每日仅吃稀饭二餐，每人饿得目不能视云云。……至副食更谈不到，规定固少，而一般干部尚多克扣。调查兵站运输大队新兵，据云，每天仅吃稀饭，并无副食，并须为连长每人挑菜若干来筑图利。在晴隆查安兴师区四团六连及十连时，据云，副食每兵每天以十元计算，余作灯油等费。见其所吃之菜，亦不过菜汤一钵，每人分食少许而已。已嘱应照规定发十三元，此等事不一而足，实不胜追究，惟谆戒要爱新兵而已。……
这些就是他替兵役部实地调查的冰山一角，抗战那时已近尾声，不到一年日本就无条件投降了。他揭露了兵役的虐政，国民党的*，但是日寇的侵略这笔账也不能不算！先父就是如此秉持自己一点读书人的良知，在官场这个大染缸里特立独行。
兵役的虐政，到抗战胜利后，显然并没有改善。1945年8月盟军中国战区的参谋长魏德迈（Albert C。 Wedmeyer， 1897—1989）向蒋委员长呈上一份措辞强硬的报告称：
……中国的征兵方式是如厉疾……新兵都骨瘦如豺，身体软弱无力；军医院都成病兵的葬身之地……（《改变中国》）
其实，在日寇侵略下的民族抗战洪流中，人命如草芥，牺牲的岂止平民新兵？几乎每个家庭的亲族里都有病死之人，笔者家也不例外。
先父这样一心为公办事，不是没有代价的，家人子女就为他付出了健康甚至生命的代价。由于营养不良，在成都我那不到3岁的妹妹兴静一天早上起来腹泻发烧，晚上请来医生诊断为痢疾，次日帮工抱去医院途中就死了。据年长的亲友说，妹妹得病前一日，笔者先拉痢，但挺过来了，才能活到今日。父亲当时担任航空委员会的经理处长，相当于中将级主管，如果借部车，当晚送医院，一定还有得救的。笔者5岁时，住在重庆，全家六口挤在一间房内，卫生、营养都很差。每餐都吃发霉、含稗石的配给米，能够有一两块甜饼干下饭，已算是不错了。笔者生疥疮，身上溃烂得很厉害，记忆里似乎没有去医院请医生治疗过，都是母亲与姊姊在屋外烂泥地上，替我用硫磺水洗疮。能活下来，看看自己身上的疮疤，现在年已古稀，也算幸运了。当时先父担任军政部粮粖司司长，主管全国军粮（家里配粮也是霉的），忙得很，很少见得着他，全家衣食住行，都是先母一手打理的。
1945年他被陈诚系的王东原（湖北省主席）请去当财政厅长，先父对在湖北任职两件事常悬念在心头不敢忘。第一，我去湖北服务是由王主席东公推荐。当东公携着名单向蒋先生报告时，委员长指着我的名字说：“他是办军需的，不能去！”东公说：“他本人已同意。”委座才予核准。其实，王东公曾请我们高级班同学刘公武兄事先征求我意见，我说：“现在我们工作没有个人自由，如果委员长一定要派我去，我自乐意去追随东公。”我知道委员长选拔干部，有他一贯的方针，违反他意志的事情，实非我所愿，每念及此，心中仍是悒悒（按：王有些自作主张，像是先父在攒营，使他不快）。第二，当王东公调任湖南主席，万武樵（耀煌）先生接任湖北，我提出辞呈，并面报武公表示坚决。武公向委员长报告时，委座说：“此人我知道很好，可留任，其余各厅处可随便更换。”当武公归来告诉我经过时，使我对委座成全支持的德意，又增一层不可磨灭的感戴！他除当财政厅长外，也兼任省银行董事与总经理。他与湖北人相处得很好，在近三年的任职中，“与议会也相处得不错。第一月初到差时，曾遭若干位围攻炮轰，以后他们知道了我的工作与生活情形，从不曾再对我有不礼貌言词，有时且替我辩护”。［按：先父由重庆去湖北任职时，途中被匪抢掠，可能是民国史上被土匪打劫的最高现任官员，在“土匪史”上亦留有记录：“湖北省新任财政厅长吴嵩庆等的专车行至川东武隆白马山，被贵州道真王怀瑾匪伙拦劫，并绑走数人为质，吆吓官方……”（《中国土匪》，2008）］
先父当了近三年的湖北财政厅长，笔者曾记下：他依然是两袖清风，家庭经济上并没有什么改善，武昌的大雪天里，我们这些小孩还是穿着母亲亲手纳底的棉鞋，雪地里一走，都湿透了，一个冬天，双脚一定生冻疮。念小学三年级时我与当时一位主席的公子同校，记得那时他是学校的明星，周围都围着捧月的众星。有一个镜头印在我脑海中，至今如在眼前，就是他小手腕上那只圆形的大表！到笔者有一只表时，已是十余年以后了。多年后读到一则新闻，说是某夫人因为儿子在美国并不是太得意，只好一人返回台湾养老，大叹美国居不易。不知她的那位公子是否就是在武昌校园里曾见到过的少年同学，真是人生如梦呀！
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出任财务署长管内战军费（信任而不“亲”）
到1947年底，父亲又被召回军中，担任国民党军队财务署长，这是美国顾问建议的，将国防部改组，实施新编制，将联勤总部的财务署划归主计系统。那时的行政院主计长徐堪（字可亭，属张群的政学系，1949年1月出任财政部长）向国防部长白崇禧推荐先父出任。白说：“他是我北伐时的老部下，当然欢迎。”先父是蒋和桂系都能接受的人。是福是祸尤未可知，就赶上国共内战，将蒋托付央行的大部分资金带到台湾。从此工作更忙，他的家庭生活更少，尤其是1949年得到蒋总统的“托金”重任之后，更是忙得全国到处飞。曾计算过，在这年5月里，不到四个星期，他就乘坐了14次飞机。要知道，这些飞机都是“二战”的剩余物资，战乱中飞机保养更是不足，为了赶时间，只要加满了油就飞。在这之前两年，1946年12月24日一天就在上海摔下来三架民航机，不到一个月后在上海与重庆又掉下来三架，多半是天气与保养的问题。那时节飞机出意外的机会真是不低，他是虔诚的基督徒，上了飞机就可呼呼大睡的，为了“公”就顾不了自己的安全了。
5月15日，他奉命飞上海，安排第四批黄金运台，次日碰到老上司周至柔（空军总司令）与蒋经国，在办这件公事时：周嘱速送眷赴台，因川沙（在上海市南面15里海边）已陷也，回告妻儿（作者是幼子，也在里面），均愿赴台，因托仲谋洽机，余赴央行洽事，一时半回，则室已空。因赶往机场送行，俟三时起飞后回。显然先父这次来沪跟提出央行最后这第四批金银作军费有关，也因为这一偶然的机会碰到了周总司令，使包括当时在上海念小学的笔者在内的部分家属才得以“脱离虎口”。先父“公尔忘私，国尔忘家”（王东原将军评父亲的话）也未免太过分了。以他当时总管军费、掌握实权的“通天”人物，安排家属“早离危地”，应该是轻而易举的事。然而他竟然要周至柔去提醒，去催促他送家眷赴台，似乎有点不可思议。上海是5月27日解放的。事后，父亲也觉得“……事之缘，信有之，如非此次偶然公差赴沪，则此次上海失守，眷必陷于彼矣！”（这是他5月28日于国民党政府所在地广州记下的，同时也提到两周来他体重掉了11磅，并于前一日昏倒过。）
1949年12月7日是先父在国共内战期间在大陆的最后一日，以后他工作的重点就只在金马台澎了。
在台湾的工作（1）
1949年底，先父乘载台北运成都5万两黄金的回程机，带领几位共危难的同事，包括董德成、叶良光等，飞到台湾。这些人，从另一立场看，都是国民党最反动的顽固派了。事实上，他们都是奉公守法、勤勤恳恳的公务员。到了台湾，在两蒋的领导下，与台湾百姓齐心把台湾建设成令人称羡的“亚洲四小龙”之首。
1950年1月8日蒋介石日记：“朝课毕，见吴嵩庆研讨对军费总预算数目及筹备……”蒋总结大陆的失败，军人数目不核实、军需*是重要因素，改革军中财务任务就落在先父肩上。
1月21日先父日记：“上午随关部长（吉玉）、徐（董事长）柏园、严厅长（家淦）、任厅长（显群）及陈次长（良）于11时进谒总裁：1．一月份军费照给；2．军额减为80万人；3．军饷应直接发到官兵身上。”蒋又提核实部队人数，撤退来台湾的军人应在百万以上。
从1949年直到1962年，来台湾最初的13年，他还一直是担任财务署长。中间（1950年4月）出任军需署署长兼管经理署，总的还是管军费。蒋介石实在换不出别的可靠的人，而且知道他忠于职守，即使不升官也无怨言。笔者出国的那年（1964年），他届龄从军中退休，去当年台湾最大的钢铁公司之一（唐荣）担任董事长。
刚到台湾，财务署实行补给到团，即点名发饷，立刻把大陆吃空缺的陋习从军中扫空。但先父同时发现：
各部队自大陆撤退以来，多多少少总有些亏空（垫付款），过去可寅吃卯粮；现在军费不再经过军师部，对过去亏空无法交代。我已向各部队查明，是项亏空共有104万元（新台币）。当时任君立刻起来报告：“吴署长所说的必是实情，为使部队长安心工作，此事必须予以解决，我负责筹款。”蒋“总统”（介石）即席指示照办。各部队长觉得这样痛快解决问题，非过去所能想象得到，大家欢声雷动，无不竭力拥护补给到团的核实政策，使国民党军队整顿收到预期的效果。
这位任君就是任显群，是位有担当的台湾省财政厅长，后来为追求京戏名旦顾正秋得罪了蒋经国，吃了不白的官司。1950年6月19日先父记下颇有意思的有关两颗台湾政坛新星的评语：“晨访任（显