太平军从起义到攻克南京建立根据地之前，也是类似情况。长沙之战就是典型：而之前太平军一直转战各地，为了给南王、西王报仇，在湖南停留了太多时间，如果被清军集中兵力包围，形势必然大为不利。所以洪杨等人做出撤围长沙，继续转战的策略是非常英明的。而从清军方面来说，却是犯了很大的错误，没能抓住太平军滞留长沙的机会集中优势兵力围而歼之。究其原因，还是因为军队腐败、官场倾轧等等造成的不能戮力同心，协同作战。当时在长沙城中的湖南巡抚骆秉章追述这一役的时候说：“河西原有官兵万馀，向军门亦在焉，不能堵贼北窜，不知何故。……是役也，在长沙办贼，城内及城外，东河西河，兵勇共六、七万人。住城一中堂，三巡抚，三提督，总兵十一、二员，在城外者两总督，不能灭贼，以致北窜，亦一恨事。”清朝总督、巡抚、提督、总兵等等文武大臣的勾心斗角，绿营军队的腐朽无能，在骆秉章这段短短的回忆中，已经暴露无遗。
而在长沙清廷也丧失了最后一次扼杀太平军的机会，太平军从此一帆风顺，出洞庭，入长江，下江南，清军再没有阻挡的能力；等到了太平军定都南京之后，双方展开的就是旗鼓相当的对抗，而不是清廷围剿太平军了。太平军既渡湘水，十一月十日，克岳州。在岳州居然发现了当年吴三桂作乱时候留下的大批刀枪军械，虽然已经事隔百余年，但是这批军械仍然给太平军带来了巨大帮助。吴三桂当年作乱虽然不成，可是竟然还能资助百余年后的太平军反抗清廷，若其在泉下有知，想必也会暗暗窃喜，感到一种复仇的快感吧？太平军得到这笔意外之财后，声势大振。二十日，克汉阳。十二月九日，克武昌。
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转战江南（4）
武昌之战，清军将领向荣一路追击至此，约守城的湖北巡抚常大淳内外夹攻太平军，不料常大淳害怕开启城门会有危险，竟然不答应向荣的请求，结果城墙被太平军地雷炸塌，武昌城破。此时太平军已经发展到五十万人。在武昌度过新年之后，一八五三年正月初七，大军分水陆两路下江南。二月初二，围攻南京；十四日，就攻克南京。随后分军攻克镇江、扬州。随后太平军改南京为天京，定都于此，正式建立政权。计自金田起义到此时，太平军只用了两年三个月，就席卷长江，截断了清朝的漕运，控制了中国的经济中心地带。
至此，太平军前期发展形势一片大好，进入鼎盛时期。
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战略抉择（1）
诸葛亮之所以厉害，是因为他高卧隆中，未出茅庐，就已经预知三分天下。这个战略眼光比他后来所获得的多个具体战役的胜利都有价值得多。三足鼎立五十多年的格局，由此开创。
所以说整体战略是个大问题。
太平军在发展壮大之后，在发展战略问题上也遭遇了瓶颈，他们内部的争论和最终的选择，决定了整个太平天国运动的结局。
在太平军不断发展壮大的过程中，对于太平军内部对于前途问题有过很多争论。早在攻打桂林不克之时，就有人不愿意离开老家广西，想继续在广西境内转战。但是当时广西境内战略态势实在过于恶劣，幸亏杨秀清有远见卓识，决定全军进入湖南。后来攻克武昌后，关于前途问题曾经有一场大讨论。武昌地处九省通衢，是战略要地，本来可以在此稳定政权，但当时有欲北上襄樊至河南进取中原者；有欲西进入川者；有欲沿江而下取金陵者，众人议论纷纷。
后来是杨秀清使出“天父下凡”绝招，才力排众议，决定进取金陵。
洪秀全本人是打算北上河南进取中原的，其实一直到攻克南京的时候，洪秀全仍然有这个打算，而且支持这种战略的大有人在，将领罗大纲就曾说：“欲图北必先定河南。大驾驻河南，军乃渡河，至皖、豫一出。”不过洪秀全最终被杨秀清说服，入主南京，正式定都。据说促成杨秀清下终极决心的，是一个湘籍老水手的言论，此人力谏东王：河南河水小而无粮，敌困不能救解。今得江南，有长江天险，又有船只万千，又何必往河南！”定都天京之后，杨秀清又派兵北伐西征，巩固政权。其中石达开的西征获得巨大胜利，而北伐则由于过于孤军深入，被清军全歼。太平天国究竟是不是应该定都天京，以及定都天京后的战略抉择，一直是后人争论的话题。
从当时的情形来看，太平军当有两种选择：一是乘胜追击，一鼓作气，效法明末的李自成，直逼北京；二是在南京建都，在江南一带建立自己的根据地，军事上要抵御清军的进攻，经济上要发展生产积蓄力量，政治上则要建立自己的政权，与清廷划江而治。然后等力量积攒到足以彻底推翻清朝统治的时候再攻打北京，平定天下。这两个方案仔细分析其实是各有利弊：若全力北伐，就仍然只能采用流寇战术。而清廷肯定不惜一切代价保护北京，太平军当时虽然声势极为浩大，但是能不能击破清廷倾国之力所做的防御和围追堵截，尤其是面对以僧格林沁为代表的蒙古骑兵之时，胜负很难预知。毕竟当时的清廷虽然国势衰退，但与黑暗透顶的大明朝相比，还是具备很强实力的，因此李自成式的孤注一掷能不能成功是个问题。
如果留守南京发展根据地，走的就是朱元璋的道路，所谓“高筑墙、广积粮、缓称王”是也。但是太平天国的斗争形势和朱元璋当时所面对的形势不可同日而语：朱元璋那时天下大乱，陈友谅、张士诚等群雄并起，元朝顾此失彼，焦头烂额，所以朱元璋采取这种卞庄刺虎的策略可以说是十分明智；然而太平军所面临的形势却几乎是自己孤军奋战，虽然北方有捻军等起义友军，但是都不成气候，对清廷的牵制力并不是很大，清廷能够集中全部力量来对付太平军。这样一来，究竟能不能建立稳固的根据地，也是个大问题。
当时的太平军中洪秀全是教主、精神领袖，而实际主理军政大事的是杨秀清。从杨秀清最终的选择来看，他选择的策略是：留守南京，派北伐军进攻北京，又派西征军开拓疆土，建立根据地。后人对此多有诟病，认为孤军北伐是军事上的冒险和赌博，留守南京是小富即安、不思进取等等，这些说法当然都有道理，但是并没有说出问题的关键。
北伐的决定应该说是没有错的，关键是杨秀清把北伐的目的给定位错了。根据当时的形势，如果北伐从总的战略上来说是采取一个对清廷以攻为守的态势，威胁北京而不真的一定要攻打北京，然后北伐军争取在豫、皖一带站住脚，建立根据地，逐步向陕、晋、冀、鲁发展，则完全可以起到牵制清军力量的作用，为江南主要根据地的开拓争取时间和空间，还可以和天京方面互为犄角之势，相互呼应。以北伐将领林凤祥、李开芳的军事才能，如果能辅以善于开辟根据地，做政权建设和经济发展工作的文臣，上述想法并非没有可能。
战略抉择（2）
然而实际上杨秀清却把北伐真正当成了一次赌博，如果北伐军能打下北京，就赌赢了这一把；万一不行，就得遭遇孤军深入、弹尽粮绝的后果。北伐军最后的结局的确如上分析，攻打北京的想法没有实现，陷入了清军的重重包围，最后战至最后一人，悲壮惨烈；而其军事上的意义也在于为巩固天京的政权赢得了喘息之机，为西征牵制了清军力量，而不在于对北京造成了多大的具体伤害。所以说杨秀清如果说在北伐问题上出错，那也是北伐目的定位之错，而不是北伐本身错了。
林凤祥和李开芳都是能征惯战的大将，林凤祥尤其是条硬汉，被俘后押往北京凌迟处死，林凤祥受刑之时“刀锋所及之处目光直视之，至死未发一声”。这样的猛将却在军事冒险中丧命，真是可惜。再说说定都问题。定都天京之后，太平军西征获得了重大胜利，开辟了长江流域根据地，同时天京城内的政权建设也蒸蒸日上，太平军其实形势一片大好。
如果能在此时继续巩固政权，积蓄力量，然后乘胜追击，夺取浙、闽、湘、粤等地，牢牢占据半壁河山，与清廷划江而治，凭借富庶的江南地区的经济实力，苦心经营之后夺取全国胜利也是大有希望。但是此时太平军作风出现问题，高级领导人生活腐化、争权夺势，最终酿成天京事变，在内斗中大伤元气，并就此失去了夺取江南诸省划江而治的能力，这才一蹶不振。所谓“堡垒总是从内部被攻破”，就是这个道理。因此说太平军不思进取，小富即安的确是事实，但是定都天京本身并不证明太平军不思进取、小富即安，而是随后的腐化和内斗证明了这一点。所以总体说来，虽然不排除有其他选择的可能性，但是太平军定都南京，随后西征北伐的战略大方向上可以说是合理的。北伐虽然惨痛，损失了林凤祥、李开芳两员大将，但毕竟那只是一支偏师，没有伤及太平军的主力，而且也起到了牵制清军的作用。而太平天国最终的失败，则是败于定都之后不思进取腐化堕落，随后又自相残杀祸起萧墙，以至于无法建立牢固的根据地。
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祸起萧墙（1）
鲁迅先生说：悲剧就是把有价值的东西撕毁给人看。真是至理名言。
太平天国的悲剧就在于，大好局面，一夜之间，付于流水。而且还怨不得别人，都是自己葬送的。这也是中国历史上所有农民起义的悲剧。
当李自成大军攻破北京后，他和他的军队志得意满起来。于是军纪不整，民心大失，李自成本人也为了贪图美色而失去了招降吴三桂的机会。而且起义军内部互相猜忌，致使李岩被杀，军心涣散。正所谓“为山九仞，功亏一篑”，李自成已经坐上了龙庭，最终还是被赶了下来。事隔二百余年后，同样是农民起义军的太平天国，却犯了和李自成一样的错误，甚至尤有过之。北京还没攻下，清朝还没灭亡，太平天国就开始了自我毁灭。
定都天京后，石达开奉命率军西征。西征历时三年，太平军连克安庆、庐州、武昌，与曾国藩新组建的湘军几次大战，打得曾国藩大败，曾国藩两次兵败自杀，均是被部属救起才免于一死，太平军占据了绝对上风；随后西征军又回师击破了老对手向荣所设的江南大营，解除了清军对天京的威胁，向荣和曾国藩一样也兵败自杀，却无人相救。
至此，长江千里，上自武汉，下至镇江，都归太平天国版图。新克州县，人民争先归附。“东王佐政事，事事严整，立法安民”。曾国藩的湘军所到地方“无土人为之向道，无米盐可供买办”。三年西征的结果，太平军已取得了东南大局澄清在望的局面。
然而就在这时，在天京坐镇江山的天王和东王却生了事端。天王洪秀全是拜上帝教教主，是全军的精神领袖，但由于洪秀全本人精神气质和才能的限制，他自己不适合也没有能力对军政大事进行管理。
所以太平天国长期以来实行军师负责制，即天王洪秀全临朝不理政，一切军政大事都由军师负责，上报天王即可。当初策划起义之时，洪秀全以天父耶和华为真神，耶稣为天兄，自己为天次子，冯云山为天父第三子，杨秀清为第四子，韦昌辉为第五子，洪宣娇为第六女，洪宣娇丈夫萧朝贵为“天婿”，石达开为第七子。由此看来，冯云山的地位是仅次于洪秀全的，冯本人也是才能卓著，军师之位本该由他来做。不过后来杨秀清和萧朝贵分别获得了天父、天兄的代言权，地位就高过了冯云山，所以不仅永安封王之时杨、萧二人排在冯云山之前，军师一职也一直被杨秀清占据。
不过杨秀清也是一个不可多得的人才，他做军师执掌大权，带领太平军也是蒸蒸日上，发展很快。后来冯云山阵亡，其他人就更没资格和实力来动摇杨秀清的军师地位。一直到了定都天京，杨秀清都是太平天国的实际掌权者。然而定都天京之后，随着军事斗争形势的逐步好转，原来被掩盖的洪、杨之间个人权威混乱颠倒的弊病终于开始逐渐显露：杨秀清一直执掌军国大权，但是在洪秀全面前他毕竟还是臣子，要跪拜天王，口中称臣，自己做出的决定还必须要求得洪秀全的允可才能得以实行，这对于杨秀清来说实在是非常不舒服的事情。
尤其是在洪秀全躲进天王府享福，对外事不闻不问的时候，杨秀清又隐约看到了自己篡夺天王宝座的希望。积怨、权力欲和个人性情的独断专横加在一起，使得杨秀清走上了滥用天父代言权打压洪秀全和其他高层领导人的道路，洪秀全本人甚至被他以天父的