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在血流和淋巴流动都没有受阻和正常的情况下，疾病会自然地消失。两种类型的问题——循环及淋巴的——可以通过一系列对肝的清洗和遵循平衡的饮食及生活方式成功地消除。
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呼吸系统功能障碍
精神上及身体上的健康取决于机体细胞的活性与效率。机体细胞的能量大部分源自有氧化学反应。由此产生的其中一种废物是二氧化碳。呼吸系统提供路径让机体吸收氧气及排出二氧化碳。血液供应是肺脏与细胞之间进行气体的交换的交通系统。
肝胆结石能够损害呼吸功能和引起过敏反应、鼻子和鼻腔功能障碍、支气管和肺脏疾病。当胆结石扭曲或者损伤肝小叶，肝、小肠、淋巴系统和免疫系统净化血的能力降低。废物及毒性物质，正常来说对器官和系统不会产生伤害，而由此开始进入心脏、肺脏、支气管及其他呼吸通道。持续的暴露在这些刺激源里会使呼吸系统的对其抵抗力下降。在腹部的淋巴受阻，特别是发生在乳糜池和胸导管中的，妨碍呼吸器官中淋巴液的正常流动。大多数的呼吸疾病都是因为这样的淋巴受阻而发生。
肺炎的产生是发生在肺脏的防御功能不足以阻挡血液里吸收及运载的微生物到达肺脏并在其内繁殖。胆结石包含有害的微生物，还有高毒性物质，这些刺激源可经由肝脏内持续被胆结石损害的区域进入血液内。胆结石是机体产生免疫抵制的持续性来源， 使机体，特别是上呼吸道，容易受到内部和外部致病因素的影响。这些因素包括血液运载和气体运载的微生物（相信是会引起肺炎的微生物、香烟烟雾、酒精、X光、皮质类固醇激素、过敏原、抗原、常见的污染物质、消化道产生的废物及其他类似的物质）。
当顽固性的胆结石在肝胆管里累积使肝脏增大，将出现更多的呼吸系统并发症。肝脏，位于上腹腔内，几乎横跨整个身体的宽度。它的上面、前面表面光滑且刚好嵌在横膈表面下。当肝脏体积增大时，会妨碍横膈活动并阻碍肺脏扩张到吸气时的正常容量。相反地，一个动作正常的、健康的肝脏可使肺脏容易在腹腔内扩张，产生腹压压迫淋巴管和血管将淋巴液及血液挤进心脏。这种呼吸机制通常被叫“腹式呼吸”，尤其经常能在健康的婴儿身上看到。一个扩大的肝脏阻碍横膈和肺脏的完全伸展，导致肺里的气体交换减少、淋巴流动受阻、肺部堆积过多的二氧化碳。氧的摄入功能受限会对整个机体细胞功能产生消极的影响。
在工业化社会里，大多数人特别是那些超重或肥胖的人们都会有肝脏扩大的现象。医生们通常认为的正常体积的肝脏实际上是过大的。一旦胆结石经过一系列的肝清洗术移除以后，肝脏会逐渐地恢复到它原来的大小。
几乎所有的肺脏、支气管上呼吸道疾病，无论是肝胆结石引起或是由于它的存在而恶化的，在通过肝清洗术将这些结石移除以后，疾病会得以改进或消除。
排尿系统功能障碍
泌尿系统是机体中极为重要的排泄系统。它由以下部分组成：两个肾脏、形成和排泄尿液；两条输尿管、把尿液从肾脏运输到膀胱；膀胱、收集并暂时储存尿液；还有尿道，尿液经过这里从膀胱排出到体外。（如图11示）
平稳运作的泌尿系统是对于通过调节排泄到尿液中的水量来维持体内适当的液体量是必不可少的。它其他方面的功能包括调节体液的电解质浓度和维持血液正常的酸碱值（酸—碱平衡）。这个系统也参与清除体内废物，例如，来自于肝细胞的蛋白质解离（分解代谢）产物。
泌尿系统的肾脏和其他部分中发生的多数疾病都与肾脏中的简单过滤系统功能失调有关。每天大约有26…40加仑的稀释滤液在两个肾脏里形成。其中，只有34…52盎司作为尿液的一部分排泄（其余的被重吸收及再循环）。除了血细胞、血小板和血蛋白质，所有其他的血液成份一定会通过肾脏。当消化系统、尤其肝功能贫乏时这个过滤的进程会被打乱且受到削弱。
肝和胆囊的胆结石减少肝能够分泌的胆色素量。因此，食物得不到适当地消化。许多没有被消化的食物开始发酵、腐败，在血和淋巴液中留下毒性废物。机体的正常排泄，如排尿、出汗、排气和排便，通常都不含有致病性废物的；当然，只有在排泄通道畅通无阻的情况下。
血液和淋巴液中的致病源由极小的分子构成。它们只有在很精密的电子显微镜下才能被看见。这些分子对血液有强酸化的效果。为了避免威胁生命的疾病或昏迷的发生，血液一定要将这些微小毒素清除出体外。因此，它将这些多余的入侵物质倾倒在器官的结缔组织之内。结缔组织里含有像凝胶一样包绕着所有细胞的液体（淋巴液）。细胞“沭浴”在结缔组织里。在正常情况下，机体知道该如何处理那些进入结缔组织之内的酸性废物。它释放一种叫作碳酸氢钠（NaHCO3）的碱性产物，进入那血液里找到那些酸性毒素并中和它们，然后通过排泄器官将之清除。然而当毒素储存速度比获取及清除速度要快的时候，这个应急系统便开始不起作用了。结果，结缔组织可能变成像果冻一样的浓稠。营养物质、水份和氧不能自由地通过，并且器官细胞开始变得营养不良、脱水和缺氧。
其中一些酸性最强的化合物是来自于动物源蛋白食物。胆结石阻断了肝脏分解这些蛋白质的能力。这些过量的蛋白质“暂时”地被储存在结缔组织中然后被转入胶原纤维之内。胶原纤维是毛细血管壁基底膜的组成部分。基底膜可以变为原来厚度的十倍之多。与发生在动脉中的情况类似。当血管壁受到越来越多的阻塞，更少的蛋白质能够脱离血流。这会导致血液增厚，使它在肾脏里的过滤越来越困难。同时，供应肾脏的血管的基底膜也会受到阻碍，让它们变得更硬。随着血管变硬的发展，血压开始上升及肾脏的总体功能下降。越来越多正常是由静脉血管和淋巴管排泄的、分泌进肾脏的新陈代谢废物，现在滞留并更进一步地对肾功能产生反作用。
经过所有这些以后，肾脏变得负担过重且再也不能维持机体的正常体液量和电解质平衡了。另外，尿液的成分可能沉淀并形成结晶物及不同类型和尺寸的结石（如图12a所示）。例如，尿酸结石，是当尿酸浓度在每百分比的尿液中含量超过 2…4 毫克时形成的。直到20世纪60年代中期，当这个数字向上调整时，都被认为是处于肾耐受的范围内。尿酸是肝脏里蛋白质分解的副产物。因为自那时起十年里人们对肉类的摄取量急速地上升，这个尿酸的“正常上限值”水平调整到毫克每百分比，然而，这个调整并没有阻止尿酸对机体的伤害。 毫克每百分比或更高的尿酸浓度（如图12b所示”膀胱结石”）所产生的结石，可引起尿路梗阻、肾脏感染，最后变成肾脏衰竭。
当肾脏细胞里包括氧份的营养物质逐渐被剥夺，可能会发生恶性肿瘤。此外，没有被肾脏清除的尿酸结晶会沉积在关节里并引起风湿病、痛风及水潴留。
随之发生的肾脏障碍的症状之轻微时常掩饰了相较之下潜在的严重的肾脏疾病。最常可被观察出来的代表肾脏问题的常见症状是，尿量反常、排尿频率和尿液颜色的改变。通常会伴有眼、面、踝部肿胀，还有上、下背痛。如果疾病更进一步发展，可能导致视力下降、疲劳、衰退和恶心。
下列症状也可能着暗示肾脏发生了故障：
高血压、低血压
从上向下部转移的腹痛
深色尿液
腰以上的背痛
烦渴
排尿频率增加（尤其在夜晚）
每天尿量少于500毫升
膀胱饱胀、排尿疼痛
皮肤干燥、皮肤颜色暗沉
踝及眼部分别在晚上和早晨变得肿胀
无故的瘀伤和出血
泌尿系统的所有重要疾病由毒性血引起的；换句话说，是由充满在血液里的废物的极小分子和过量的蛋白质引起的。肝胆结石损害消化功能，引起血液和淋巴受阻，并阻碍了整个循环系统的运作，包括泌尿系统。
当胆结石被移除，泌尿系统就有机会恢复，排出堆积的毒素和结石，维持液体平衡和正常的血压。对于机体里所有生理过程平稳且有效率地进行这是必不可少的。清洗肾脏也是非常必要的，除此之外，肝和胆囊也是。
神经系统功能障碍
我们的整个生命都是由感觉主导的。我们的人格相貌、自我实现的方式、与其他人的互动、情绪、强烈的愿望、耐性和容忍的程度及我们对生命中一系列事件的反应－所有这些都受到我们的神经系统强烈地影响。生活在今天快步调的世界里，我们的身体要遇到各种具有巨大破坏力的情况。大脑是机体的控制中心，而且除非它接收到到适当的营养，不然你所有的物理的、情绪活动都很容易变得一片混乱。
正常情况下，脑细胞能轻易地制造出大量的化学物质以完成复杂的功能，日复一日，年复一年。然而，它们的生命维持依赖于持续供应的必要的营养物质来制造这些化学物。现代的密集农业几乎都减少使用富含所有基础营养物质的泥土。虽然在工业化社会里这无疑增加了人口普遍的营养不良，多数的营养不良实际上消化系统、特别地肝脏功能失调的结果。缺少这些营养物质能够阻止我们的大脑制造化学物质来支持其有效运作的功能。在营养物质低于标准量时，大脑还能运作相当一段时间，但是必须付出代价，包括健康状态不佳、疲劳、缺乏能量、心情起伏不定、忧郁症、疾病、周身疼痛和全身不适。一些缺陷还表现为精神疾病，例如早发性痴呆及老年痴呆症。
神经系统的健康，包括大脑、脊髓、脊柱、脑神经和自主神经功能，主要地取决于血液的质量。血液由血浆（淡黄色的透明液体）和血细胞组成。血浆的成份是水、血浆蛋白质、矿物盐、激素、维生素、营养物质、有机废物、抗体和气体组成。血细胞有三种，分别是：白细胞（白血球）、红细胞（红血球）和血小板（凝血细胞）。任何的血液的反常改变都会影响神经系统及身体的其它部分。
三种血细胞都是在红骨髓中形成的，而红骨骼的营养物质是由消化系统供应维持的。肝胆结石妨碍食物的正常消化和吸收，使血浆充满过量的废物并使红骨髓的营养供应减少。随之引起血细胞成份的平衡被打乱、激素路径受阻和神经系统的不正常反应。多数影响神经系统的疾病都是来源于形成不当的血液，正是由功能失调的肝脏和随之产生并堆积在肠道的废物造成的。
肝脏的每一个功能都对神经系统有直接的影响，特别中对于大脑来说。肝细胞把肝醣（肝复糖）转化为葡萄糖、氧和水份，这些对神经系统来说是最重要的营养物质。葡萄糖满足了系统大部分的能源需求。
虽然脑组织的重量只占体重的五分之一，含有全身大约五分之一的血量。但它使用了大量的葡萄糖。肝胆结石让脑组织及神经系统其余部分的葡萄糖供应大幅减少。随之，影响器官功能、感觉和记忆。在神经功能失调早期，人可能会产生对食物的渴望，尤其是甜的或淀粉食物，以及经历频繁的心情起伏不定或情绪压力。
肝胆结石还会引起其他更严重的问题。肝脏合成血浆蛋白质和来自于氨基酸库的绝大多数凝血因子。肝胆管结石的出现逐渐地妨碍这个重要功能。当凝结因子的产量下降，血小板数量也随之降低，机体可能会发生自发性的毛细血管出血或出血性疾病。如果在脑中发生出血，它可能会引起脑组织的破坏、瘫痪或死亡。出血的严重性可能由各种不同的触发因素决定，如高血压、酗酒。当新细胞的生成速度赶不上对被破坏或衰弱细胞的破坏速度，血小板计数也会随之下降；这发生在当胆结石切断肝细胞的血液供应时。
维生素K是合成重要的凝结因子另外一个不可缺少的元素。它是一种在储存在肝脏中的脂溶性维生素。机体需要随胆汁分泌的胆盐来吸收肠中的脂肪。肝结石和胆囊结石阻碍了正常的胆汁流动，使脂肪吸收量不充分，随之造成维生素K的缺乏。
如先前讨论过的，肝胆结石能导致血管系统的功能下降。当血液经受改变并变得过于浓稠，血管会开始硬化并受到破坏。如果在受伤的动脉中形成�