重地削弱汤姆对科学教的信心。不管怎么说，一定不能让汤姆对科学教的信仰发生动摇。万无一失的办法就是让他上课澄清“可能的麻烦源/压迫者（PTS/SP）”。它可以让发生动摇的科学教徒重新坚定信仰，同时对身边的非教徒人士保持戒备。
一般来说，上过了这些课，科学教徒会自觉自愿地写信，与非教徒的亲人“断绝关系”。比如，彼得·亚历山大17岁的儿子在上完PTS/SP课以后，默默地坐下来，给爸爸写了一封信，说自己今生今世再也不想见他。教徒写这样的绝交信完全是自发的，这意味着一旦受到置疑，科学教的官员可以申辩说，教徒只是在以维护自己的最大利益，并没有受到胁迫。
卡伦·普雷斯利早就看出妮可对科学教的热情日渐减退。她看到了《新闻周刊》刊载的文章后，马上就意识到，妮可的婚姻要解体了。“到90年代末，妮可就一直没什么明显的进步。汤姆比她更积极，级别提升得也快。我知道她通不过了，我真为她感到难过。”当初卡伦想退出科学教时，她知道，要是自己退了教，丈夫彼得希望留下来，那么，他将别无选择，只能跟她离婚。后来的结局果然是这样。现在，卡伦担心妮可会重蹈自己的覆辙，在讨价还价中失去孩子的监护权。
1999年初，汤姆顺从地接受了严格的听析，由科学教的总检察长马蒂·拉思本（Marty Rathbun）做他的听析员。到了某个时刻，训练的内容包括他必须向陌生人发问：“我身上最明显的特点是什么？”汤姆兴致勃勃地接受这项训练，他不光问别的科学教徒，居然还跑到大街上，逮着萍水相逢的陌生人问这个问题。一个过路人被他吓了一跳，说：“嗯，你看起来像汤姆·克鲁斯……稍微有点像。”
他决定上课解答这些难题的时候，碰巧也是他在生活中遭遇“重大损失而悲痛万分”的时候。1999年3月2日，妮可演完《蓝房间》没过几天，她和汤姆在曼哈顿的一家私人放映厅第一次看了《大开眼界》。在场的除了华纳兄弟公司的两名管理人员，只有他们俩。他们把电影看了两遍。汤姆给伦敦的斯坦利·库布里克打了电话，说他非常喜欢这部电影。4天后，库布里克就急性心脏病发作去世了。
“我听了这个消息一下子就懵了，”汤姆谈到这则消息时说，“我惊呆了，怎么也不能相信这是真的。我们在一起朝夕相处了两年。”葬礼在赫尔福德郡的圣奥尔本斯教堂举行，汤姆是抬棺人之一。应华纳兄弟公司的总裁、他的朋友特里·塞梅尔的请求，受到意外打击的汤姆负责处理与该片相关的一切事务，以此来化解他的悲痛之情。
库布里克的控制欲强是人们公认的，他再也找不到比汤姆更合适的执行人了：汤姆监督影片的发行、营销和宣传的各个环节。编剧弗雷德里克·拉斐尔未经他的允许，写了一本薄薄的小书描述自己与库布里克合作的经过，让汤姆大为光火。而拉斐尔的出版商“企鹅”则对汤姆的反应之激烈感到震惊（汤姆认为拉斐尔写书是对库布里克的背叛）。拉斐尔回忆说：“企鹅说，他们从来没碰到过这种事情……汤姆想阻止他们出版那本书。不过，当时很多人都想大权独揽，他只是其中的一个。”
汤姆总想一手遮天的名声进一步面临挑战：他看到，电影评论家罗杰·埃伯特（Roger Ebert）在为人们期待已久的《大开眼界》采访自己时，拒绝签署两页纸的保密合同。合同主张汤姆享有编辑控制权，强调采访不得对汤姆进行“负面或者贬低”的描述，汤姆有权随意删除他不喜欢的内容。埃伯特拒绝签字。这一回，汤姆让步了。埃伯特这才坐下来，与好莱坞大明星汤姆就《大开眼界》展开了“坦率而友好”的交谈。
媒体是一只桀骜不驯的猛兽，虽然汤姆总想制服它，却始终不能真正控制它。库布里克的葬礼过后没多久，两家美国小报称，库布里克曾经雇了两名专家，专门教汤姆和妮可怎么*。夫妻俩不高兴了。华纳兄弟公司发表声明，说这个故事纯属杜撰，汤姆的律师则提起了诉讼。汤姆的火气一触即发，再没有比提到他还是科学教徒更让他火冒三丈的了。在拍摄《大开眼界》期间，《我们》周刊写道，汤姆认为，演员约翰·特拉沃尔塔参与《地球战场》（Battlefield Earth）的拍摄（该片根据L·罗恩·哈伯德的小说改编）是个“错误”。不到一个星期，这家杂志就被迫在显著位置刊登了致歉启示，称汤姆是“活跃而执著的科学教徒”，他从没发表过与《地球战场》有关的任何负面评论，哪怕“暗示”也没有。可惜这并不能阻止该片被评为有史以来最差劲的电影。
“我不喜欢打官司，”汤姆对《时尚芭莎》说，“我从中得不到快乐。可是有时候，事情做得太过分，它不再只是胡说八道；它给我们造成了破坏。那我就要打官司。只要能阻止谣传，我就要打官司。他们罢休，我才会罢休。”
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32 妮可的婚外情
经过了接二连三的争议，《大开眼界》终于在1999年7月正式上映了，引起的效果却和预期大相径庭。虽然它是库布里克在美国的票房成绩最好的一部影片，影评家却不知道该怎么评价它。有人觉得影片沉闷而空洞，但也有人形容这部长达159分钟的电影是库布里克最后的杰作，不愧为他的收山之作。自然，许多人的注意力放在片中的*镜头上，妮可在跟加里·戈巴*时显得激情勃发、妩媚动人，而跟自己的丈夫在一起却显得很冷淡，心不在焉。今后，这部影片将被看做库布里克导演生涯的句号，同时也是他们正在解体的婚姻的一个注脚。
妮可在悉尼排演《红磨坊》时，接受了作家汤姆·朱诺德（Tom Junod）的采访（他是专程飞去悉尼的）；同一个月，汤姆也在澳大利亚拍摄《谍中谍2》。飞短流长又多了起来。她显然很喜欢朱诺德的陪伴，经常带他去当地的酒吧、领他参观悉尼港口大桥（她爷爷参与了建设）。最后她去了朱诺德的宾馆房间，坐在床沿上，他挨着她，两个人都没*服。就在这个时候，电话铃响了，是汤姆打来的。他问妻子在哪里，说他和孩子们正在一家中餐馆等着她呢。朱诺德对他说，她在我这儿。汤姆回答说：“你在做梦吧，伙计。”于是，妮可走过去对着话筒说了一句：“他恐怕是在做梦，亲爱的。这会儿我恐怕确实是在他床上。”
朱诺德坚持说，他只是在跟妮可“调*”。这也许表明了朱诺德的心安理得。妮可在舞台上跟汤姆不怎么喜欢的男人（伊恩·格伦）*，演*连续6天跟纯粹的陌生人*，汤姆都见怪不怪，很是泰然，那他对朱诺德的*自然也不会介意了。事实是，在好莱坞的金球奖颁奖典礼上，汤姆由于《木兰花》中的表演获得了最佳男配角奖，他特意称赞了妮可：“她的慷慨、支持、牺牲和才华……鼓舞了我。”他对观众说。
汤姆是在妮可的姐姐安东尼娅的陪伴下走上红地毯的，因为妮可正忙着拍摄《红磨坊》，抽不出时间。在漫长的拍摄过程中，风言风语又不可避免地传开了。人们说，妮可与新的男主角伊万·麦格雷戈（Ewan McGregor）发生了婚外情。麦格雷戈也是苏格兰人。其实，妮可和麦格雷戈的妻子伊芙也打得火热，尽快抽空去片场看望妻子和孩子们的汤姆，在忙乱中反倒被忽略了。是的，康纳和伊莎贝拉见惯了妈妈穿着高跟鞋、网眼袜和紧身胸衣，在唱歌跳舞的间隙在活动住房里给他们煮晚饭的样子。值得注意的是，虽然汤姆为了离妻子近一点，坚持主张在澳大利亚拍摄《谍中谍2》，但没有人记得她曾经去片场看望过他。妮可始终是他高攀不上的*女郎，她在电影里演这种角色，在生活中可能也在演这种角色，就像导演巴兹·吕尔曼评论她饰演的角色一样：“她是个正处于黄金年华的**。”
饰演这个角色是要付出代价的。漫长而紧张的排演损害了妮可的身体：她在排一场跳舞的戏时两次摔断了肋骨；接着，2000年4月，她的膝盖软骨又被严重挫伤。她飞到洛杉矶，请著名外科专家尼尔·伊拉塔奇（Neal ElAttrache），希尔韦斯特·史泰龙（Sylvester Stallone）相貌英俊的妹夫为她做了手术。妮可后来常去看伊拉塔奇，询问自己的伤势，两个人交上了朋友。
这段日子，这家人似乎都特别容易出事。《谍中谍2》杀青后，汤姆带孩子们坐着一艘12米长的船出去钓鱼。这次出门注定要倒霉。他们的船触了礁，发动机被撞坏了，一个喷气式滑雪板撞到了船舷上。放在船上的野餐烤盘又着了火，火焰串得老高，汤姆把它扔到了水里……有人说笑道：汤姆成了澳大利亚历史上第一个用野餐烤盘喂虾的演员。看到一位几乎无所不能的动作明星（他参加赛车、骑着摩托车疾驰、戴着水肺潜水、跳伞、表演特技飞行、还梦想爬上喜马拉雅山）巅和芸芸众生一样，也是有缺点的，似乎让人们的精神为之一振。不过，他像大山一般安泰、强悍、不可征服，几乎什么也难不倒他，所以当他们一行想从茫茫一片的海面上返回时，有三架直升机去接他们。一个跟着汤姆一块儿去划船的人害怕乘坐直升机，他安慰自己说：“上帝不会要汤姆的命（自然也不会要我的命）。”
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33 他是电影王国的主人
导演吴宇森在《谍中谍2》中把汤姆几乎刀枪不入的超级英雄形象发挥得淋漓尽致。吴宇森是以拍摄有大量武打动作的暴力影片成名的，可谓久经沙场。当他望着汤姆表演开场一幕的惊险动作时，就连他也禁不住捏了一把汗：汤姆单手抓着一根绳子，下面就是万丈深渊（犹他州的沙漠）。汤姆的妈妈站在旁边焦急地注视；一架直升机在头顶上盘旋，忙着拍摄她儿子攀登悬崖的镜头。这让吴宇森的心情更紧张了。“我比她还害怕，”吴宇森回忆说，“我握着她的手，转身对她说：‘妈妈，他会没事的。’其实，最提心吊胆的人是我。”摄影师拍了7次才拍到合适的镜头。吴宇森虽然想把汤姆打造成“岩石般岿然不动的明星”，他却没想到汤姆把自己的话按字面意思理解了。
汤姆后来对导演卡梅伦·克罗说，拍那个场面壮观的镜头时，他在悠闲地观赏美景呢。这个时刻象征着，他正处于事业巅峰，他是电影王国的主人。他36岁了，身体还没有发福，还能表演让人屏息静气的惊险动作。面对危险时坚决果断、不动声色是他的标记。他严格控制着这部预算庞大的电影的制作，并取得了成功，该片在美国本土上映一周的票房就高达7 000万美元。
不管是作为演员还是制片人，汤姆从来不满足于躺在桂冠上睡大觉，他总在发掘新的人才、剧本，接受新的挑战。现在，年轻的西班牙导演亚利桑德罗·阿曼巴（Alejandro Amenabar）的作品又把他吸引住了。他和阿曼巴在纽约见了面，跟他签了约，打算把他新写的剧本拍成电影。这是个鬼故事，片名叫《小岛惊魂》（The Others）。
虽然妮可和汤姆的夫妻感情日渐淡漠，他们的工作关系却更加紧密地交织在一起。妮可签署了6部影片的片约，其中一部是保罗·弗霍文（Paul Verhoeven）的片子，她要在片中演一名主张妇女参政的活动家，该片将由“克鲁斯/瓦格纳制片公司”出品。不过，公司最早决定拍摄的却是《小岛惊魂》。身为执行制片人的汤姆让妻子在自己的新片中担任女主角，虽然妮可（拍完了《红磨坊》，还拄着拐杖）不愿意饰演片中那个神经质的妈妈，她的两个孩子怕光，他们只好整天待在屋子里，把所有的窗帘拉上，把百叶窗关得严实。那是一个与世隔绝的黑暗世界，终日神经兮兮的妈妈又遇到了一群奇怪的仆人，她在战场上死去的丈夫的鬼魂也回来了。
妮可还沉浸在《红磨坊》的愉快回忆中，而这部影片则让人毛骨悚然、心神不安，所以她发出了抗议。但丈夫坚持让她抛开疑虑。他的这个决定很是精明，妮可在该片中发挥了最佳的演技，她演的那个神神叨叨、终日心烦意乱的妈妈也很说明问题。传记作者詹姆斯·迪肯森敏锐地观察道：“汤姆给妮可选择这个故事多奇怪啊。因为故事本身似乎真切地反映了他们的婚姻状态，连最细微的地方都一样。”汤姆也同意迪肯森的说法。
他望着她表演片中那个冷漠、僵硬、神经质的妈妈，她虐待孩子们，让他们感到窒息。他对圈内人议论说，她演这个角色太合适不过了。他说这句话时有点恶狠狠的。
34 离婚：10年感情的消逝
故事戛然而止：一夜之间�