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在事实真相逐步明朗的情况下，刑部尚书皂保上奏请将余杭知县刘锡彤及门丁沈彩泉递解到京，同时请求将葛品连的尸棺也押解到京，准备重新勘验。
为确保勘验的准确真实，刑部要求各沿途州县必须严密配合，派出兵丁押送，并给尸棺贴上封条，以防尸棺被调包。同时，命进京的证人滞留在京，以便由亲属确认所验是否葛品连的尸体，并抽调北京最有名望的仵作参与勘验。
光绪二年（1876年）十二月初九日，以刑部尚书皂保为首的刑部官员，偕同五城兵马指挥等地方官，在朝阳门外神会路海会寺前，对千里迢迢从余杭押运抵京的葛品连尸棺，进行当众开验。前来围观者人山人海，包括两个要犯、全部证人、余杭知县刘锡彤、原仵作沈祥、门丁沈彩泉等都排在前排。
打开棺材，尸体皮肉已经腐化殆尽，只剩骨殖。刑部选调的老练仵作荀义、连顺，由上至下仔细详验，发现死者卤门骨并无红晕浮出，胸部龟子骨、牙齿、牙龈、手指、足趾骨尖及周身大小骨殖均呈黄白色，并无砒霜中毒骨殖应呈青黑色的迹象，尸骨经过蒸煮也没见异常，与《洗冤录》所载正常病死符合。最后得出权威结论：葛品连确系因病而亡，并非中砒毒而死。刑部官员又当众询问刘锡彤、仵作沈祥当时勘验情况。两人均承认当时勘验存在不符合规定的勘验程序，辨验未真，误将口鼻出血、身上青黑起泡认作服砒毒致死。至此，案情已经基本清晰。
刑部尚书皂保又令案犯证人环跪一圈，当面对质。在众目睽睽之下，没有人敢再胡编乱造。全案的来龙去脉，始末经过，至此全部水落石出。历时三年，经过七审七次误判的疑案，屡经曲折，柳暗花明，至此终于大白于天下。时为光绪二年十二月十六日。
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余下的就是根据情况给各人犯、证人量刑。尽管没有了杀人犯，但审判期间的一些诬告、作弊、诬攀、假证等等都应该给予惩罚，尤其是各承审官员是否存在徇私舞弊、贪赃枉法、故入人罪的行为，更要详细查究，以惩戒后人，服信民众。
正在朝廷开始审查各承审官员责任时，在中央官员中却开始了一场争论。按清制，如果承审官员确实借案件索贿枉法、舞弊作奸、草菅人命，则将视情节轻重被判入狱甚至处死，而如果仅系疏心大意、自以为是或才疏学浅而导致冤案发生，则处罚要轻得多，顶多是撤职流放之类。县令刘锡彤的罪责比较明显，他先入为主，自以为是，致生冤抑，罪不可赎。刑部在该案刚刚审明后，即上奏皇上，请革去刘锡彤知县之职。而对于杨昌浚、胡瑞澜这样的一品大员，是否要进行查办则不是一件简单的事，竟由此扯出了朝中政治派系的争斗。
杨乃武与小白菜案 五（3）
朝中官员按其立场分成了鲜明的两派。一派以大学士翁同龢、翰林院编修夏同善、张家骧为首，曾经上奏请求刑部复审此狱的边宝泉也属于此派。因他们都是浙江、江苏人，附和者也以江浙人为多，被称为江浙派，又以他们多系文臣谏官，常上疏论辩是非，又称朝议派。他们主张对承审官员严惩不贷。另一派则以四川总督丁宝桢为首，成员以湖南、湖北为多的两湖派，因该派多是封疆大吏，掌握一方大权，也称实力派。
四川总督丁宝桢曾设计杀死过慈禧太后宠爱的太监安德海，在朝中威信甚高。他从一开始就关注此案，到刑部审问水落石出时，他跑到刑部大发雷霆，当面指责刑部尚书桑春荣老耄糊涂，说人埋入土中三年，毒气早已消失，毒消则骨白，认为刑部审验不足为凭。桑春荣见他气势汹汹，怕引起朝廷政治不安，就敷衍答应其慎重研究，并与头品顶戴尚书皂保商量后，先压下参革各承审大员的疏奏，以待变故。
江浙派的呼声也日渐高涨，御史王昕语气尖锐地呈递奏折，弹劾杨昌浚、胡瑞澜等承审官员，“罗织无故，锻炼成狱”，尤其是杨昌浚公然斥言刑部奉旨行提人证是“纷纷提解，徒滋拖累”，欺罔蔑视朝廷，瞻徇刚愎，应即以革职重办。
两派之间的争斗此消彼长，朝廷两派都不敢太过得罪，直至拖延两个多月后，直到光绪三年（1877年）二月十六日，刑部的疏奏才最终递交上去。这篇疏奏中，皂保将杨乃武、葛毕氏一案真实经过及历次审讯过程如实详细报告，没有丝毫编造，案件方大白天下。但因牵涉到对承审官员的判罚，这篇疏奏的陈述语气和字里行间时见轻描淡写之语，以开脱承审官员罪责。如称杨乃武与葛毕氏“刑伤均已平复，确无损伤筋骨等事”，又称“历次审办不实，皆由轻信刘锡彤验报服毒酿成冤狱，先后承审各员尚非故勘故入，原验官、仵作亦无有心捏报情事”等等。最终以“沈喻氏怀疑请验，刘锡彤误验中毒，葛毕氏受刑屈招，杨乃武被刑伪供，钱坦被逼伪证，杭州府草率定案，浙江省依报照结，胡瑞澜回护属官”总括案件真相。
刑部就此作出给各犯的判罚报告，拟处：余杭知县刘锡彤革职，从重发往黑龙江效力赎罪，年逾七十不准收赎；生员陈竹山已在监狱病死，不论；仵作沈祥杖八十，徒二年；门丁沈彩泉杖一百，流放二千里；杭州知府陈鲁、宁波知府边葆城、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚世潼、郑锡滜均革职；按察使蒯贺荪已病故，不论；训导章浚即章抡香革职；沈喻氏杖一百，徒四年；王心培杖八十；钱宝生业已病故，不论；姜位隆、刘殿臣笞四十。对于浙江巡抚杨昌浚、学政胡瑞澜因属一品官员，其判刑“恭候钦定”，同一天，朝廷下旨，将二人即行革职。
对于本案的两个主要人物杨乃武与葛毕氏，葛毕氏因与杨乃武同桌共食、诵经读诗，不守妇道，致招物议，杖八十；杨乃武与葛毕氏虽无通奸，但同食教经，不知避嫌，且诬陷何春芳等人，以脱己罪，杖一百，被革举人身份不予恢复。
至此，全案审结。
杨乃武出狱后，时年41岁，回到余杭老家。家产荡然，生活窘迫，靠友人协助，以养蚕种桑为生，凄苦度日，心灰意冷，很少与外人交往，于民国三年（1914年）病故，终年74岁，葬于余杭镇西北舟枕乡安山村附近。
葛毕氏出狱后，时年22岁，因丈夫已死，亲友无靠，衣食无着，万念俱灰，到余杭南门外石门塘准提庵出家为尼，法名慧定。因庵里香客寥落，以养鸡鸭为生，在青灯古佛、晨钟暮鼓中了却残生。至民国十九年（1930年）圆寂，终年75岁。墓龛建于余杭东门文昌阁，60年代墓塔被毁，1985年代按原形重建于安乐山东麓。墓碑上刻“传临济正宗第四十三世准提堂上圆寂先师慧定之墓”。
杨乃武与小白菜一案按伤亡人数来看并不起眼，但却成为中国历史上最为曲折复杂的案件之一，所引起的关注和社会效应也堪称历史之最。通过此案，我们不仅可以看到清末民间生存画卷，清代司法程序。更宝贵的是，我们从此案中看到的导致冤案形成的原因，不少司法人员在品质上无可非议，不贪赃枉法、不徇私舞弊，也不以权谋私，绝非有意制造冤案，但却以粗心大意、先入为主，刚愎怙终造成了不少失误，其后为了掩盖这些失误，往往不惜更大的错误来弥缝周圆，最终难以收拾。从此出发，杨乃武与小白菜案的鉴戒意义颇为深远，甚至有专家把此案作为国家级非物质文化遗产进行申报，它应该成为我国乃至世界法制史上的一座里程碑。清末秀才董季麟的诗表明了人们对这一冤案的普遍态度：
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杨乃武与小白菜案 五（4）
顶礼空皇了此身，哓哓悔作不平鸣。
奇冤几许终昭雪，积恨全消免覆盆。
泾渭从来原有别，是非谁谓竟无凭。
老尼自此真离脱，白水汤汤永结盟。