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大杨詹氏去世三个月后，十一月初三日，在岳母的同意下，杨乃武与大杨詹氏的胞妹詹彩凤结了婚，是为小杨詹氏。
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此时，葛品连与葛毕氏之间的吵闹也开始增多。葛品连经常借故打骂妻子，但又无钱另租房子，只得依然住在杨乃武家。如此磕磕碰碰，到第二年六月，杨乃武以行情见涨提出要把房租提高到每月1000文，葛品连听从母亲的劝告，决定趁此机会迁居以避嫌疑。这年闰六月，葛品连夫妇向杨乃武说明，不再租住其房屋，搬到位于太平巷附近的岳父喻敬天的表弟王心培家隔壁居住。
王心培也早已风闻杨乃武与葛毕氏之间的风言风语，自葛品连搬来隔壁居住后，就留心观察，看杨、毕之间到底有无传闻的风流韵事。可观察数日，并没见杨乃武过来幽会葛毕氏，也没有见到葛毕氏出去。
但葛品连的疑虑并未因此消解，依旧对葛毕氏耿耿于怀，认为毕秀姑对自己不忠，常借故打骂。这年八月二十四日，葛品连嫌葛毕氏腌菜晚了时日，又将妻子痛打一顿。葛毕氏忍无可忍，寻死觅活，剪掉自己几缕头发，发誓要出家做尼姑。闹腾了许久，直到双方父母赶来调解，房东王心培也赶来劝解，才算平息风波，夫妻两人重归于好。而在街坊邻居看来，这实是葛品连借腌菜出妻子与杨乃武同吃诵经甚至通奸的恶气。
同年八月，杨乃武赴杭州参加癸酉科乡试，中了浙江省第一百零四名举人，是余杭县惟一一名中举的才子。按照惯例，中举者必须在张榜后的两三个月内办理确认和报到手续，否则将视为弃权处理。杨乃武的岳父詹耀昌病故后，虽然早已落葬，却还未曾除灵。因为詹家的两个儿子都已病故，没有子嗣，詹家就商量把其兄的儿子詹善政过继给他为嗣。早就定好十月初三日除灵，初五日举行詹善政过继礼。于是，十月初二日，杨乃武就到杭州办理中举事宜，初三办理完毕，就从杭州直接赶往南乡岳母家中。当时同去祭奠的有詹耀昌的干兄弟、监生吴玉琨，还有沈兆行、孙殿宽等人，杨乃武初三下午赶到祭奠，晚上住在岳母家。初五日举行詹善政过继礼，诸人都在过继书中画押作证。一切手续办完后，杨乃武于初六日返回家中。
十月初七日这天，葛品连忽然感到身体不适，全身疲乏无力，忽冷忽热，像犯了疟疾，两腿像灌了铅，走路沉重。葛毕氏知道丈夫本来就患有流火症，劝他找人替工，回家休养。葛品连认为无甚大碍，执意不肯，支撑病体勉强上工。这样硬捱了两天，病情日趋加重。初九日早晨，葛品连实在支撑不住，只好请假回家，途中屡次呕吐。其继父沈体仁正在路边大桥店内吃早茶，见葛品连浑身哆嗦，走路艰难，心知他流火病复发，就没有叫住他，让他回家早些休息。葛品连路过一家点心店时，还买了一个粉团作早点，但刚吃了几口，走到学宫化字炉前就呕吐出来。好不容易磨蹭到家门口，王心培妻子见他两手抱肩，瑟瑟发抖，问候了几句，就喊葛毕氏出来扶丈夫上楼歇息。
杨乃武与小白菜案 一（3）
葛毕氏将丈夫扶到楼上，帮他脱衣躺下，盖上两床被子，见丈夫依然呕吐，大叫发冷。询问他病情，他说自己连日来体弱气虚，大概是流火病复发，嘱咐妻子拿1000文钱托岳父喻敬天代购东洋参、桂圆煮汤以补元气。喻敬天派人买回东洋参和桂圆，葛毕氏煎成汤药让丈夫服下，并请王心培的妻子叫来母亲喻王氏帮助照料。喻王氏来了半日，见女婿依旧卧床发抖，时欲呕吐，既无好转也没恶化，安慰开导一番，就回去了。
傍晚时分，葛毕氏听到丈夫喉中痰响，急忙上前照料，却见丈夫口吐白沫，已经不能说话，葛毕氏高声叫喊，王心培夫妇闻声赶来，派人叫来双方母亲沈喻氏及喻王氏。二人匆匆赶到，见葛品连两手在胸口乱抓，目光直视，急忙请大夫前来。大夫来到，望闻问切后，诊断为痧症，用土办法灌万年青汁、萝卜籽汤也未见效。王心培还跑出城外，把正在履行公务的喻敬天叫回家中，又另请医生延治，也无效果，葛品连捱到十日下午申时，气绝身亡。
葛氏家人悲痛欲绝，哭声震天。哭过之后，家人商量发丧出殡事宜。沈喻氏给儿子擦洗身子，换上干净衣服，准备停灵两日后入殓埋葬。当时尸体并无任何异常，所有人都认为是痧症致死，没有怀疑。
当时时令虽已是十月深秋天气，可南方天气闷热潮湿，屋内又通风不畅，加上死者身体肥胖，到了第二天即十一日晚上，尸体就开始发变，口鼻中有少量淡血水流出。死者义母冯许氏见后，认为尸体怪异，死得蹊跷，提出疑问。沈喻氏平时就对儿媳举止轻浮不满，认为因她不守妇道曾闹得满城风雨，见冯许氏提出，也不觉起了疑问。她又仔细查看了儿子尸体，见脸部发青，口鼻流血，面目狰狞，回想起儿子死前双手乱抓，口吐白沫，也觉得甚是奇怪，疑窦顿生，认为儿子是中毒死亡，就当场再三盘问起儿媳葛毕氏。可无论她怎样盘问，葛毕氏一口断定丈夫是因病致死，绝无其他缘故。沈喻氏见问不出眉目，自己的疑惑难以消除，便与家人商量告官，由官府勘验儿子是否中毒而死，如果的确不是中毒而死就入殓出殡，如果确系中毒死亡，就追究凶手，为儿申冤报仇。当下，说做就做，家人请来地保王林前来察看尸身，王林也认为是中毒模样，同意告官。当晚便请人写好呈词。次日一早，在王林的陪伴下，沈喻氏向余杭县衙递交了请求验尸的呈词。
杨乃武与小白菜案 二（1）
余杭知县刘锡彤（1806～1877），字翰臣，天津盐山人氏，道光十七年顺天乡试举人，先任山东邹平代理知县，后任浙江丽水知县，同治初又任余杭县知县，加知州衔。此时，他已经年近七十，先前在余杭任过两年知县，这已经是他第二次担任余杭知县。他于十月十二日一大早接到诉状，见一向平静的余杭竟然出了命案，即刻准备，叫来仵作沈祥和门丁沈彩泉及一班衙役前往葛家勘验，探访案情。
一伙人收拾完毕，正待出发，余杭秀才陈竹山来到县衙给刘锡彤看病。刘锡彤年迈多病，就聘请陈竹山定期前来给他检视身体。两人关系密切，常来常往，已经成为无所不谈的朋友。望闻问切之余，刘锡彤向陈竹山谈起正要前去勘验的一起谋杀案，断明葛毕氏之夫是否确为中毒而死。陈竹山就把他在街头巷尾听到的关于杨乃武与葛毕氏的风流传闻告诉了刘知县，并说其后葛品连为避嫌疑搬家，夫妻失和，一次夫妻吵架，葛毕氏哭闹着要剪发做尼姑等等，还说现在葛品连年青暴死，邻居都认为是杨乃武与葛毕氏合谋毒死。
陈竹山和刘锡彤聊到近中午时分才分别。陈竹山离开后，刘锡彤即带领仵作沈祥、门丁沈彩泉及衙役前去勘验。正午时分，一行人来到葛家，此时尸体腐烂加剧，肚腹膨胀，上身变青，腹部有几个水泡，一按即破。仵作沈祥勘验发现：尸身仰面，淡青色，尚未僵硬，口鼻内有淡血水流入眼耳，腹部有大泡十余个，用银针刺探咽喉，银针呈青黑色，擦之不去。在报告结论时，按照以往经验，沈祥却犯了难：这个症状与《洗冤录》所载服砒霜而死的特征“牙根青黑、七窍流血、嘴唇翻裂、遍身小泡”的情形不同，但与服砒霜死者“用银针刺喉，银针变暗擦之不去”的特征却又一致。
《洗冤录》是中国古代第一位法医、宋代提刑官宋慈的经验著作，宋慈一生断案如神，尤其擅长验尸，能从尸体中找出疑案的蛛丝马迹，所著《洗冤录》已成为此后历代仵作断案的根据和标准，具有不可置疑的可信度和准确性。
沈祥想起自己曾勘验的一个名叫陈观发的死者尸体，尸体特征与此相似，陈观发是自服生烟土致死。沈祥思虑再三，就上报结论说，死者可能是服生烟土中毒而死。门丁沈彩泉在县衙时，也听到陈竹山的议论，先入为主，认为烟毒都是自己吞服，与被人毒死不同，葛品连肯定是砒霜毒死。沈祥不服气，与沈彩泉争执起来，试毒的银针本来应用皂角水多次擦洗的程序也被忘得一干二净。两人争执的结果是谁也说服不了谁，只好含糊地向陈锡彤报告称死者系“服毒身亡”。
刘锡彤一听“服毒”，立刻想起陈竹山的话，认为葛品连肯定是被人毒死。当即询问告状的沈喻氏，葛品连死前情况，死前吃了什么东西，谁做饭喂服。沈喻氏把大致情形诉说一遍，特别说明死时只有其儿媳在身边服侍。刘知县当即叫来葛毕氏质问，逼她说出实情。葛毕氏极力否认，并对天发誓。刘锡彤见在葛家问不出头绪，就让衙役把葛毕氏带回县衙严审。
刘锡彤胸有成竹地将葛毕氏带回县衙，认为很快就能破案，查出凶手。他吃过午饭，稍事休息，下午立即升堂审问。刘锡彤因有成见在先，先问葛毕氏丈夫因何中毒身亡，威逼葛毕氏说出毒死丈夫实情。葛毕氏连呼冤枉，坚称自己毫不知情。用了一下午时间，审问依然毫无进展。
刘锡彤见问不出头绪，就直奔主题，打算突破葛毕氏的心理防线，逼问其是否认识杨乃武，与其什么关系。葛毕氏仍表示毫不知情，刘锡彤忍无可忍，认为她目无王法，诡辩抵赖，下令用刑。开始先用拶刑，见葛毕氏虽疼得冷汗直冒，却咬紧牙关极口否认，审讯没有效果，又用开水浇淋其背，用烧红铁丝刺穿｜乳头。葛毕氏疼痛难忍，撕声裂肺，几次昏死。刘锡彤从下午一直审到半夜，葛毕氏最终难耐酷刑，便招认了与杨乃武因日久生奸，进而谋害亲夫葛品连的“实情”。其大致供状如下：
杨乃武与小白菜案 二（2）
杨乃武第二任妻子大杨詹氏因难产去世后，多次调戏自己。同治十二年（1873年）九月二十八日傍晚，丈夫去了店里，杨乃武又来调戏自己，自己素念杨乃武风流儒雅，把持不住，同意其要求。此后，两人一有时机，遇便行奸，不计次数。次年，搬离杨家后，两人仍有来往，被丈夫察觉。八月二十四日，丈夫以自己腌制咸菜迟误生气殴打，自己剪落头发哭闹。杨乃武寻机过来劝慰，说要娶自己为妻，自己以有夫拒绝，杨就劝自己毒死丈夫，并说过门后与原妻地位身份一样，不分妻妾、大小，自己也就应承下来。十月初五日傍晚，杨乃武交给一包砒末，嘱咐自己方便时下手。十月初九日上午，丈夫因流火疾返家，要我买东洋参何桂圆煎汤服用，自己就将砒霜倒入汤中，毒死丈夫。
葛毕氏做完口供，已是半夜三更。刘锡彤得到供词，一刻也不耽搁，派一王姓书办带领民壮阮德指路，前往澄清巷抓捕杨乃武。杨乃武此时早已入睡，阮德带书办敲开家门，不由分说，将杨乃武捆绑结实，带到县衙。
杨乃武脾性刚硬，半夜三更平白无故被强行带到县衙，火气十足。刘锡彤连夜鞫问，杨乃武不但极口否认与葛毕氏因奸谋毒之事，还埋怨、顶撞刘知县，态度粗暴，使得刘锡彤大为光火。但因杨乃武是新科举人，系天子门生，按照清朝规定，对有功名的人不得施加刑罚。刘锡彤一时也拿杨乃武毫无办法，束手无策，无法取得口供，只得暂时宣布退堂，将杨乃武押入大牢。
次日一早，刘锡彤便呈报杭州知府，因杨乃武涉嫌通奸谋毒，请求革去其举人身份。按清制，革去举人身份需由巡抚上报朝廷具题。杭州知府陈鲁见事关重大，即刻呈报浙江巡抚，由浙江巡抚报告朝廷。吏部接受具题后，研究是否批准革去杨乃武举人身份。
在批文尚未到达之前，杨乃武家人从各种渠道探听消息，得知杨乃武是被葛毕氏诬攀，且在供词中有十月初五日杨乃武亲自交给她砒霜云云。家人就托人赶到杨乃武岳母家，求十月初五日在场的本家亲友为杨乃武作证，证明他初五日在南乡为岳父除灵，举办立继仪式，初六日才回余杭城内，以击破葛毕氏供认的初五日交砒霜的谎言。在岳母家人的努力下，那天参与除灵的监生吴玉琨、过继的詹善政、杨乃武的堂兄增生杨恭治及孙兆行、冯殿贵等人即向余杭知县递交了公禀，联合证明杨乃武初五日