马寅初不投降，就叫他灭亡”的口号。
开始，马寅初认为大字报是对他善意的批评，便让秘书王克宥到校园各处抄录大字报，送给他看。但大字报越来越多，抄不胜抄，王也就不再抄录。接着，大大小小的批判会一场接一场，马寅初不出席的批判会，他们便专门从会场接了一条电话线到马家，让他洗耳恭听。马寅初出席时，他们则让人轮番上台发言，指着他的鼻子批判。在经济系的一场批判大会上，有人竟指着他大声吼道：“对你这种人就是要带着‘食其肉而寝其皮’的阶级仇恨批判！”
1960年1月，马寅初被迫辞去北大校长一职，很快他又被免去全国人大常委的职务，并且他的申辩权被剥夺，规定他不得发表文章，不得公开讲话，不得接受新闻记者访问，不得会见外国人士和海外亲友。至此，近8年的人口论争画上了句号。
【执着】
马寅初常说：“总要有人肯站出来讲话才行。”“言人之所言，那很容易，言人之所欲言，就不太容易，言人之所不敢言，就更难。我就言人之所欲言，言人之所不敢言。”
北大开大会批判马寅初，会议开始很久，马还未到。于是主持人派人把他“请”了过来，他到场之后，搬了张椅子坐在台前，泰然自若。此时，台下有人开始喊口号，马寅初却坦然道：“泼冷水是不好的，但对我倒是很有好处。我最不怕的是冷水，因为我洗惯了冷水澡，已经洗了五十年了，天天洗，夜夜洗，一天洗两次，冬夏不论，对我泼冷水，我最欢迎。”
1958年，在一次全校的批判大会上，马寅初高喊：“我没有在课堂里上课，但我要用自己的文章来教育北大学生坚持真理。”此后，马寅初又在一次声明中说：“我平日不教书，与学生没有直接的接触，总想以行动来教育学生，我总希望北大的一万零四百名学生在他们求学的时候和将来在实际工作中要知难而进，不要一遇困难便低头。”马校长的这番话，鼓舞了许多北大学生，在往后的艰难岁月中，他们一想起老校长，便有了继续前行的力量。
同年5月4日，北京大学60周年校庆，陈伯达出席庆典发言时，对坐在主席台上的马寅初，厉声说：“马寅初要对他的《新人口论》做出检讨！”马闻听此言，微微仰着脸，望着陈伯达的头顶，一言不发，视若无物。
7月，康生亲自披挂上阵批判马寅初，他在北大的批判大会上指责马寅初的马“是马尔萨斯的马”。马寅初毫不示弱，当众反驳道：“我是马克思的马！谁说我是马尔萨斯主义，我就认他为教条主义者，反列宁主义者。”一时间会场哗然。
1959夏天，周恩来代表毛泽东、党中央找马寅初谈话，要求他进行检讨，但马寅初却坚持自己是对的，拒绝检讨。最后，周恩来近乎用一种哀求的口吻说：“马老啊，你比我年长16岁，你的道德学问，我是一向尊为师长的。1938年你我在重庆相识，成了忘年之交，整整有20年了啊。人生能有几个20年呢。这次，你就应我一个请求，写一份深刻的检讨，检讨了，你好，我好，大家好，也算是过了社会主义这一关，如何？”马寅初说：“吾爱吾友，吾更爱真理。为了国家和真理，应该检讨的不是我马寅初！”
马寅初的堂侄女婿陈立受众人之托前去劝说马寅初进行检讨，马问：“这个检讨怎么写啊？”陈说：“你随便写几句，敷衍敷衍就可以了。”但马坚决不写。
面对批判的声浪，马寅初发表声明说：“我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单枪匹马，出来应战，直到战死为止，决不向专以力压服不以理说服的那种批判者所投降！”
1959年12月到1960年1月，对马寅初的批判愈加剧烈，对此，马寅初一再声明：“我认为这不是一个政治问题，而是一个纯粹的学术问题。”他在一次批判会上对北大学生说：“同学们，我希望你们能够战胜我，但是要用科学，而不是大棒。”
马寅初坦然面对批判，拒不检讨，照常笑眯眯地出入北大燕南园住所，“圆圆一张脸像弥陀”。北大学生回忆：“马校长这块硬骨头实在难啃，让他屈服，没门；逼他自杀，妄想！”
被迫辞去北大校长后，马寅初说：“在北大政治上我是不能领导，可是，在学术上我是可以领导的吧！我的人口理论是纯粹的学术问题。可是有人硬把它扯成政治问题，我当然不服，现在北大的空气太沉闷了，学生谁也不敢发表意见，没有学术空气。”
马寅初并不因自己受到批判而颓唐，在孙子马思泽的记忆中，祖父每天都在精神饱满地读书看报、运动锻炼，晚上仍写作到很晚，每到周末便带着孩子们上公园或去郊区爬山，始终保持乐观的心态。
【昭明】
人口论争结束后，马寅初在沉默中度过了20年半隐居的生活。然而时间却告诉人们真理何在，1974年12月29日，毛泽东在审阅《关于1975年国民经济计划的报告》时批示：“人口非控制不行。”这句话，与十七年前马寅初《新人口论》中小标题完全一致。1979年，《光明日报》登载文章称：“错批一人，误增三亿！”
1979年7月中旬，中共中央统战部副部长李贵来到清净了20年的北京东总布胡同32号马寅初家中，对已经98岁的马寅初说：“今天我受党的委托通知马老：1958年以前和1959年年底以后这两次对您的批判是错误的。实践证明，您的节制生育的新人口论是正确的，组织上要为你彻底平反，恢复名誉。希望马老能精神愉快地度过晚年，还希望马老健康长寿。”马寅初高兴地回答说：“我很高兴。”“20多年前中国人口并不多，现在太多了。要尽快发展生产才行啊！”
1979年8月5日，《光明日报》发表《为马寅初先生的新人口论翻案》一文，率先为马寅初翻案。正文前面加了大段的《编者按》，对《光明日报》当年错误批判马寅初一事做了深刻检查。马寅初感慨道：“当年我曾说过《光明日报》不光明，《光明日报》发动那场突然袭击不光明磊落，今天《光明日报》带头呼吁为我和《新人口论》平反，把颠倒过去的理论再扳正过来，我还是很感激你们的。希望你们向广大读者转达我的谢意。”
1980年，98岁高龄的马寅初在病榻前接到了北大党委书记周林送来的“北大名誉校长”的聘书，周同时告诉马，北大将重新出版其《新人口论》。
马寅初的女婿徐汤莘写信告诉潘序伦，马寅初的《新人口论》最初由北大印1万册，顷刻售罄。之后人民出版社续印10万册，亦几天就销售一空。潘委托徐代购5册，但徐只寄来4册，并复信说，四处搜索，只得这四册，想来书店加印的10万册，也已售罄。
【农书】
早在民国年间，马寅初就致力于农村建设。马曾与好友朱孔阳商讨筹建“农村公社”类型的“新村”，以实现二人共同的“大同社会”理想。按他们设想，在“新村”里，农民自耕自给，无地主，无老板，自己推举管理人员，专司组织生产及内外交换商品之职，但又不脱离生产。二人经过一番努力，筹集到一批款项，在玉皇山下购得山地百余亩。筹备工作如火如荼进行之际，却因战争日迫及资金难以为继，不得不放弃此计划。
当时农村民众任意建坟，“死人占了活人田”，有碍农业，又乏人管理，常有饿狗扒食尸首，既碍卫生，传染疾病，又不人道。马寅初、朱孔阳商议后，经多方努力，以集股的方式，募得资金，在杭州郊区留下镇附近购得不能耕种的“僵土地”（又称“漏水地”）二百余亩，于1932年，正式开办了“杭州泉唐公墓”，由马寅初先生任董事长，马一浮、项兰生等为赞助人，朱孔阳任总经理。公墓专门辟了一地块做“义地”，埋葬乱坟堆被抛撒的尸骨以及死后无力安葬的穷人。“泉唐公墓”的建立，对杭州地区改革丧葬旧俗、保护耕地及保护环境，做出了重要贡献，为杭州市民所认同，得到舆论的支持和赞扬。
辞去北大校长之职后，年已八十的马寅初决心要写出一部分量不亚于历史上的《齐民要术》和《农政全书》的农业大书。他在日记中写道：“大江东流去，永远不回头！往事如烟云，奋力写新书。”1962年，他借着到浙江农村视察的机会，对农业问题进行专门的调查研究。
马寅初用墨笔将文章写在宣纸上，每写完一章，马寅初便把宣纸铺在地板上，等晾干后，将宣纸按顺序黏接起来，卷成一个纸卷，注明内容，放入一个藤箱里。藤箱放在干燥通风的地方，以便防潮防蛀。写累了，他便会沿着院中的水泥小径散步。
1965年，耗费三年光阴的《农书》初稿完成，全文共100多万字（一说150多万字）。完成后，马寅初又认真地从头到尾做了一次修改，修改一般用蓝笔，特别重要的用红笔。到1965年年底，他完成了第一次修改。
有一次，马寅初以前的秘书陈玉龙前去看望马，进屋时，马正在写《农书》，地上铺满了稿纸。马寅初见他进来，有些愤怒地说：“他们不给我发表，我自己看！”
1966年春节后的一天，马寅初召集全家人说：“请你们抽时间帮我把《农书》原稿照抄一遍。这部书现在虽然不能出版，但不等于永远不能出版。它是我十几年的心血啊！”
“文革”爆发后，虽受到周恩来的特殊保护，马寅初免于抄家之祸。但马家并不能置身于“文革”之外。马寅初的孙子马思泽回忆，“文革”开始后，马寅初被指为“反动学术权威”，8月，从浙江寄来厚厚的一封信，全是浙江各大学的批马传单，随后，同住总部胡同的张治中家被红卫兵冲击，李烛尘家中被查抄。在这样的气氛中，一日，马本初在客厅环视一周后，轻轻地对马寅初说：“爹，咱们家也收拾一下吧。”家中无人反对，大家便开始动手除下客厅墙上的条幅、字画（其中包括何香凝送给马寅初的一幅“下山虎”国画），拿出书房的马寅初与友人的来往信函、中外书籍、各种文献资料、手稿，包括两藤箱的农书手稿，投入炉火中。马寅初则静静地躺在竹躺椅上，看着他们收拾。
当时12岁的马思泽承担了焚烧工作，他自作主张保留了两件东西，一件是马寅初六十大寿时，周恩来、董必武、邓颖超联名送的寿联，他并不明白寿联的内容，更不清楚它的来历，只是因为知道署名的三个人都是没有被打倒的国家重要领导人，所以留下了，而同时被留下的还有同为马寅初六十寿辰时新华社所送的对联。
马寅初撰写《农书》时，往往写完后便将书稿卷好收起，没有向人谈及书稿之事，以至于无人知道《农书》的详细内容，给世人留下了永远的遗憾。
【公案】
鲁迅与马寅初是绍兴同乡，但二人交恶。不知何缘由，鲁迅对于比自己年轻一岁的绍兴同乡马寅初少有好感。1926年秋，马寅初应邀到厦门大学演讲，厦大全校“列队欢迎，大摆宴席”。因马是“北大人”，校长林文庆特地函邀“北大同人”鲁迅及沈兼士作陪。鲁迅收函后，拒绝前往，在公函上写了个“知”字，并说：“道不同不相与谋。”
《关于鲁迅的辩护词》的作者房向东分析，林文庆之所以对马寅初如此殷勤，主要是学校资金短缺，希望能从兼任浙江兴业银行顾问、中国银行总司券的马寅初这位财神爷身上捞到一点油水。而鲁迅正是看到了这一点，才拒绝与马接触。加上马寅初是当时中国财经界的名流，是个“红人”，而鲁迅向来不喜欢趋炎附势，因此对他不仅冷漠，而且热讽。
1928年1月28日，鲁迅以“楮冠”的笔名在《语丝》发表《拟豫言——一九二九年出现的琐事》一文中讽刺马寅初道：“有博士讲‘经济学精义’只用两句，云：‘铜板换角子，角子换大洋。’全世界敬服。”
另据宋运郊在《回忆我们的老校长——马寅初先生》一文中回忆，1956年秋天，北大文科同学为了纪念鲁迅逝世20周年，建议邀请许广平到北大介绍鲁迅事迹。时任北大校长的马寅初虽然同意了这件事情，却“碍于情感方面的因素”没有出面接待许广平。
【情谊】
1939年5月，马寅初在重庆首次与周恩来、王若飞见面，周对马十分尊敬，表达了对马主张抗战时期征收临时财产税的支持。这次会面改变了马寅初对共产党的看法，他后来多次说：“以前是不与共产党一起的，1939年以后逐渐靠拢中国共产党，走向革命了。”
马寅初被蒋介石幽禁后，周恩来一直积极营救。马被释放后，住在重庆歌乐山，蒋介石不许他教书、发表文章，断了他的经济来源。周恩来得知后，指示《新华日报》说：“马�