居龙泉寺。
据说，章太炎被移往龙泉寺关押，杀人如麻、被人称做“陆屠夫”的陆建章亲自骑马在前开道以示恭敬，人们都感到奇怪，从没见过对一名囚徒如此礼遇的情况。问陆，陆回答说：他日太炎若能为我草一檄文，则我可少用十万兵马，安得不尊重。
章太炎被捕的消息一经传开，便有当日同盟会的故旧前往总统府为他缓颊：“袁总统有精兵十万，何必畏惧一介书生，不恢复其自由呢？”袁世凯回答道：“太炎的文笔，可横扫千军，亦是可怕的东西！”袁世凯为向舆论交代，但又不好给章太炎派罪名，就定了个“疯子病发违禁”的滑稽名目，将章太炎幽禁。
移居龙泉寺的翌日，袁世凯次子袁克文亲自前来送锦缎被褥，但未敢面见章太炎，只是让人转交。章太炎觉得窗缝外有人窥探，牵帷一看，乃是袁克文，便立即入室点燃香烟，将被褥上烧出许多洞穴，累累如贯珠，遥掷户外，曰：“拿去！”
章太炎被袁世凯软禁在龙泉寺，由陆建章负责执行。陆说袁曾手示八条保护太炎：饮食起居，用款多少不计；说经讲学文字，不禁传抄；毁物骂人听之，物毁再购；早晚派人巡视，恐生意外，等等。陆对人说：“太炎先生是今之郑康成。黄巾过郑公乡，尚且避之。我奉极峰命，无论先生性情如何乖僻，必敬护之；否则并黄巾之不如了。”
章太炎被软禁后，袁世凯曾要接章的家属来京与章同住，章以为是“诡术”，汤国梨也怀疑袁有什么阴谋，都谢绝了。袁世凯长子袁克定曾来看望章太炎，让章住到他的家中，章太炎默不作声，最后作罢。
章太炎开始并不知道他被软禁之事。一日，他乘车外出赴宴时，宪兵也跳上车，呈前后夹卫状，宴后归时，夹卫如故。章颇觉奇怪，问吴宗慈，吴没有如实告知。第二天，他去拜访胡培德，胡对他说：“此为袁世凯派来保护者。”章闻言大怒，抄起手杖把宪兵打得抱头鼠窜。章这才心情大好，对吴宗慈说：“袁狗被我赶走了！”吴宗慈只能唯唯以对。宪兵被章太炎驱赶后，便着便服而来，和吴宗慈、张亚农谈判，说他们是奉上边的命令来保护章先生的，虽然触怒了章先生，但仍不敢怠慢，所以易服而来。吴、张二人不便拒绝，只能同意，不让章太炎知道此事。
袁世凯为了收买章太炎，曾派陆建章的秘书秦某（曾为前清翰林）去给章送钱。秦某刚把怀里的五百元钱掏出来放到桌上，章太炎站起身来，将钱扔到了秦某的脸上，并瞪着眼晴斥责道：“袁奴速去！”秦某吓得落荒而逃。
章太炎曾致书袁世凯，要求袁释放自己，但袁并不理会。后黎元洪进京，章致信黎。黎接信后，乃夜叩袁的卧室求见，值袁已入睡，不获接见。第二天，黎再见袁，为章求情。袁于是打算给章一个虚职，准备命章负责考文苑，但章要求袁拨开办费20余万元，并让其聘请海内外名宿担任教授，袁世凯只愿意给15万，最后双方未谈妥，遂作罢。
后来，章太炎的得意弟子黄侃到北大教书，前来陪侍，章太炎便口授《中国文学史》讲义，由黄侃悉心整理，师徒二人常夤夜不辍，章才不觉寂寞。
据许寿裳回忆，章太炎被软禁后，“每日写‘袁贼、袁贼’以泄愤，又喜欢花生米下酒，吃的时候把花生的蒂去掉，说：‘杀了袁皇帝的头’。以此为乐。”他还从后花园里挖树根，修理成人形，上面写着“袁世凯”三个字，烧了之后挖个坑埋掉，然后他高兴得满院子里跑，边跑边喊：“袁贼烧死啦！袁贼烧死啦！”再到后来，骂人之余百无聊赖，章太炎就在寺里讲课，宣扬革命道理。袁世凯的便衣混在学生中去侦察。章太炎辩才尤佳，几个便衣竟被章慷慨激昂的风度精神所感染，笔记记得不亦乐乎，还频频提问。
在钱粮胡同的居所，章太炎可读书写作，亲友和弟子也可前来探望，但就是不给他出门的自由。章只能设法泄愤，以各种方式咒骂袁世凯解气。他先是在八尺见方的宣纸上大书“速死”二字，悬挂于厅堂正中；然后满屋子遍贴“袁世凯”字样，以杖痛击，谓之“鞭尸”。吃汤圆时，他戏称道：“汤圆又称元宵，元宵者，袁消也。”一口将汤圆吃下，引得大家大笑。他在室内写满了“杀、杀、杀、杀、杀、杀、杀，疯、疯、疯、疯、疯、疯、疯”的对联。
章太炎的长女到北京陪伴父亲，为了不给父亲增加负担，自缢于钱粮胡同。章太炎的夫人汤国梨回忆章长女的死：“女儿章于1915年4月去京省视老父，后悉此举恰恰无意中落入袁之圈套，非但将致老父于死地，即自身亦陷入绝境，遂于9月间自缢身死。”
章太炎被囚禁后，袁世凯在生活上对章太炎极为照顾。章夫人汤国梨也说，章太炎在被囚期间，每月的费用是500元（当时一个警察每月薪水4元左右，大学里工资最高的教授，每月不过400元）。但章太炎并不因此就感激袁世凯，骂袁之余，他就拿看押的警察开涮。章太炎向来简朴，但在被软禁期间，居然一口气雇了十几个厨子和仆人（其中不少人为警察改扮），而且，并颁示规定：仆役对主人须称呼“大人”，对来宾亦须称呼“大人”或“老爷”，均不许以“先生”相称；每次见到主人，必须抬头挺胸，双臂下垂；逢阴历初一、十五，还要向他磕头，以贺朔望。如敢违例，轻则罚跪，重则罚钱。他甚至强迫这些仆人照条约跟他具结，签字画押。
有人问章为何要订立此规？章答：“我弄这个名堂，没别的缘故，只因‘大人’与‘老爷’都是前清的称谓，至于‘先生’，是我辈革命党人拼死获得的替代品。如今北京仍是帝制余孽盘踞的地方，岂配有‘先生’的称谓？这里仍是‘大人’、‘老爷’的世界，让他们叩头，不是合情合理吗？”
被囚禁期间，章太炎坚持用银制餐具吃饭，说是为了防止袁世凯下毒。到冬天，他不让人在屋内生火，说怕袁世凯用煤气毒死他。为了御寒，他在身上穿了几层厚厚的衣服。
章太炎被囚后，以为今生还乡无望，曾发电报给汤国梨云：“义不受辱，决志趋死。不必衔悲，亦无须设法。为告蛰仙，于青田刘文成墓旁求一圹地足矣。”他每与人书，必署名“待死人章某”。
章太炎曾两度绝食，以死相抗，他将在日本时穿过的一件旧衣服寄给夫人汤国梨，并在给夫人的信中说：“幽居数日，隐忧少寐。……知君存念，今寄故衣，以为记志，观之亦如对我耳。斯衣制于日本，昔始与同人提倡大义，召日本缝人为之。日本衣皆有圆规标章，遂标汉字，今十年矣。念其与我共更患难，常藏之箧笥，以为纪念。吾虽陨毙，魂魄当在斯衣也。亡后尚有书籍遗稿，留在京师，君幸能北来一抚，庶不至与云烟俱散。自度平生，志愿未遂，惟薄宦两年，未尝妄取非分，犹可无疚神明耳。不死于清廷购捕之时，而死于民国告成之后，又何言哉！吾死以后，中夏文化亦亡矣。言尽于斯，临颖悲愤。”
汤国梨接到章太炎的来信后，深为担忧。一月后，她再次接到章太炎的来信，信中所言让她忍俊不禁：“汤夫人左右，槁饿半月，仅食四餐，而竟不能就毙，盖情丝未断，绝食亦无死法。”
章太炎绝食后，众人束手无策。众弟子均前去规劝，朱希祖对章太炎说：“袁欲杀先生只须命其爪牙一举手之劳，其所以不敢贸然下此毒手者，正因畏于先生声望，如先生绝食而死，正投其所好。”章认为他的话在理，但仍未进食。
弟子吴承仕前来探望，问他：“先生，您比弥衡如何？”章答：“弥衡岂能比我？”吴接着说：“刘表要杀弥衡，自己不愿戴杀士之名，故假黄祖之手。如今袁世凯比刘表高明，他不必劳驾什么黄祖，而让先生自己杀自己！”章太炎听罢，大惊，马上停止绝食。
据汤国梨回忆，劝章太炎进食的是马叙伦：“马夷初（叙伦）先生去探望太炎，两人对时局越谈越起劲，到黄昏时分意犹未尽，好像还有许多话要说，马却起身告辞，说过几天再来看望。太炎说：‘时间尚不太晚，可以再谈谈。’马说：‘因为没有吃晚饭，肚子饿了，要回去吃晚饭。’太炎便说：‘这个问题容易解决，我这里也有厨房，比回家去吃还可以快点。’马说：‘知道你这里有厨房，但想到面对一个绝食的人，自己据案大嚼，试问情何以堪？何况你是为了民国的存亡绝续而绝食斗争的，我今面对一个舍命为国的好友，自己饱餐，岂仅自私，简直太残忍了。君如绝食而死，予今晚在此吃这餐饭，能不给天下人鄙视？’太炎听后略一思索，便说：‘那我就同你一起进食如何？’马夷初非常高兴，与太炎一起吃了两个水煮鸡蛋。”
许多年后，有一次汤国梨问章太炎：“你在北京绝食近半月几死，当时有何感觉？”章太炎答：“头晕得很呵！”
章太炎被袁世凯软禁期间，袁让章拥护他称帝，章挥笔写下《劝进书》，云：“某忆元年四月八日之誓词，言犹在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，非惟民国之叛逆，亦且清室之罪人。某困处京师，生不如死！但冀公见我书，予以极刑，较当日死于满清恶官僚之手，尤有荣耀！”据说，袁世凯看后，气得七窍生烟，但又转而又自嘲道：“彼一疯子，我何必与之认真也！”时人称章太炎为“民国之祢衡”。
1915年，章太炎书“明年祖龙死”，第二年，袁世凯果然死去。袁死后，章太炎才重获自由。
【狂傲】
清末研究儒家经典有两大学派：今文经学和古文经学，前者注重的是探求经书中的所谓微言大义，后者则注重经籍的文字训诂和历史考证。当时在诂经精舍读书的章太炎，曾写下50万字的巨著驳斥今文经学的代表人物刘逢禄。
章太炎赞同维新思想，但他并不认同康有为的治学态度和治学目的。在诂经精舍学习时，章太炎撰文批判康有为的《新学伪经考》。康有为在《孔子改制考》一文中，提出希望通过重构儒学体系，为变法提供理论支持。章太炎认为康有为牵强附会，偏离了治学的本道。
章太炎曾由梁启超推荐入《时务报》馆工作，时章对梁等康门弟子尊康有为为圣人的做法很是鄙夷，说：“这群康门弟子好比一群屎克螂在推滚粪球！”章言传到康党门徒耳中后，“康党衔次骨矣！”这日，时务报馆内，“康党囷（集），攘臂大哄”，终于和章太炎等人短兵相接，其中有个叫梁作霖的康门弟子狠狠放言，以前在广东，也有个秀才诋毁康圣人，我们大庭广众之下痛揍了他一顿，今天再揍你们一顿！章太炎也不甘示弱，据说出手狠狠扇了梁启超一耳光。事发后，章太炎愤然离开《时务报》。章太炎在给友人的信中犹不忘讥讽康有为：“噫嘻！长素有是数子，其果如仲尼得由，恶言不入于耳邪？遂与仲华先后归杭州，避蛊毒也。”据说，子路身强力壮，如果有人说孔夫子不是，就对其报以老拳，于是，至此，孔子“恶言不入于耳”。
自此，章太炎和康梁的梁子算是结下了。康梁亡命海外，和革命派论争，章太炎积攒多年的一腔怒火倾泄而出，与保皇党展开论战，占尽上风，最后保皇党的《新民丛报》不得不停刊。
只要有机会，章太炎就会对康有为嘲弄一番。章太炎曾作一联嘲讽康有为曰：“国之将亡必有；老而不死是为。”上下联分别集《左传》中“国之将亡必有妖孽”和《论语》中“老而不死是为贼”两句。上联句尾隐去“妖孽”二字，下联句尾隐去“贼”字。联面尾处现出“有为”二字，意指康有为乃“妖孽”、“贼”。
康有为自称“教主”，号称“不出十年，必有符命”。章太炎对此嗤之以鼻：“康有为什么东西！配做少正卯、吕惠卿吗？狂言呓语，不过李卓吾那一类货色！”
章太炎在张之洞帐下时，梁鼎芬曾问章太炎：“听说康祖诒（康有为）欲作皇帝，真的吗？”章答说：“我只听说他想做教主，没听说想做皇帝。其实人有帝王思想，也是常事；只是想做教主，未免想入非非！”梁为之大骇，慌忙报告张。
章太炎被杖出武汉后，对张之洞心存怨气，于是改唐诗讽刺张道：“汉阳铁厂锁烟霞，欲取鹦洲作督衙。玉玺不缘归载沣，布包应是到天涯。而今梁上无君子，中古文昌唤卖茶。地下若逢曾太傅，岂宜重问纺棉纱。”
“布包应是到天涯”句是讽刺张之洞开办汉阳铁厂和纱麻丝布四局，纱麻产品用布包捆，销行各处，当时讶为初见。这本是德政，但张过于标榜曾文正（曾国藩），云文正治家有方，日课妇女纺棉四两，故张云：“予设四局�