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黄侃与其师章太炎的相识还有一种版本，一次黄侃随众人往章太炎住所拜谒，看到章在墙上用大字写着东汉戴良的四句话：“我若仲尼出东鲁，大禹长西羌，独步天下，谁与为偶？”黄觉得章为人太狂，恐难接近，萌生退意。后章在报上看到黄的文章，惊为奇才，投书约见，二人遂得以相识。
黄侃跟章太炎在东京住了三年多，一直埋头苦读，不时向章请教。可笑的是，他跟章甚久，始终没有“拜师”的形式，章很以为奇。到黄侃决定回国，向章求临别赠言，太炎先生说：“你要拜一个好老师常常指教你才好。”他问什么人好，太炎说：“北京找刘申叔（刘师培）吧。”他答：“暂时不想去北京。”太炎说：“只讲孙诒让也好。”他答：“不想到浙江。”太炎说：“陈伯韬在南京，你可去找他。”答：“南京恐怕去不了。”太炎说：“那怎么办？万不得已，就是我勉强点吧！”这时黄侃才认真地磕头，算是拜了师。从此黄侃位列章太炎门墙，章太炎对黄的学识也十分激赏，曾夸道：“恒言学问进益之速，如日行千里，今汝殆一日万里也。”
章太炎曾对几位高足一一封号：蕲春黄侃（季刚）为天王，吴县汪东（旭初）为东王，海盐朱希祖（逖先）为西王，归安钱夏（中季）（即钱玄同）为南王，歙县吴承仕（检斋）为北王，合称“五大天王”。世人又称黄侃、汪东为“章门二妙”。几大天王中黄侃最得章氏青睐，章称其“清通之学、安雅之词，举世罕与其匹……”
章太炎《新方言》出版时，不请同辈，却请黄侃为他写《后序》，也足见其对黄的看重。
黄侃虽自视甚高，目中无人，但对老师章太炎却执礼甚恭。这一对师生惺惺相惜，留下许多趣闻。“前中大教授黄季刚先生，为章氏最得意弟子，季刚先生事章氏恭谨又倍于他人，黄有弟子陈君，亦能传其衣钵，主章家为西席，章氏以西席礼待之。每逢新年，季刚先生必诣章宅叩贺，至必行跪拜礼，黄叩章，陈又叩黄，章又向陈行礼。坐定，陈举茶敬黄，黄敬章，章又敬其西席，如此循环不绝，家人传为笑谈。”
黄侃对恩师章太炎执礼甚恭，汪辟疆说他“二十余年间执弟子礼始终甚谨”。“‘于并世老宿多讥弹’，惟于太炎先生，则始终服膺无间。有议及章先生者，先生心盛气争之，犹古道也。”章太炎也称他“性虽俶异，其为学一依师法，不敢失尺寸”。黄侃平时爱写诗，经常请章审阅，黄侃对章的字纸都特别珍视，每获得章信，便裱起来珍藏。章知道黄有此爱好，有时还特地为黄写几幅字，写几首诗，黄每有所获便如获至宝。一九二九年一月十二日，章太炎六十大寿。当时章住上海，为祝贺老师生日，黄侃特地提前几天赶往上海做准备，可见其至诚之心。
黄侃常将其老师章太炎比作苏格拉底，将自己比作柏拉图，因为他认为老师的学问博大而散漫，惟自己能整理之；且认为章太炎正象苏格拉底一样根本蔑视美，而自己却风流能事，正如柏拉图般关心物美。后来有一次，章太炎问黄侃：“妇人身上何处最美？”黄侃说：“老师您以为呢？”章太炎说：“以我观之，妇人之美，实在双目。”黄侃笑道：“都说先生痴，据此来看，先生哪里痴呢！”从此，黄侃对章太炎的看法才有所改变。
黄侃英年病逝，章太炎不胜悲痛，亲为弟子撰写墓志铭，称其“尤精治古韵。始从余问，后自为家法，然不肯轻著书。余数趣之曰：‘看轻著书，妄也。子重著书，吝也。妄不智，吝不仁。’答曰：‘年五十当著纸笔矣。’”
黄侃在北大几乎骂遍同列，连师弟钱玄同也不放过，惟有一人，他以礼相待，这人就是与章太炎齐名的国学大师刘师培。别人问黄侃何故对刘师培特殊优待？他回答道：“因为他与本师太炎先生交情很深。”
章太炎、刘师培、黄侃三人常在一起切磋学问，然而每次谈到经学，只要黄侃在场，刘师培就三缄其口，黄侃很快就猜透了对方的心思。有一次，刘师培感叹自己生平没有资质优秀的弟子堪当传人，黄侃即朗声问道：“我来做你的关门弟子如何？”刘师培以为黄侃只是开玩笑，便说：“你自有名师，岂能相屈？”黄侃正色相告：“只要你不认为我有辱门墙，我就执弟子礼。”第二天，黄侃果然用红纸封了十块大洋，前往刘家磕头拜师，刘师培当仁不让，欣然受礼，他说：“我今天就不再谦让了。”有人认为黄的学问在刘之上，黄不必自轻身份，黄说：“《三礼》为刘氏家学，非如此不能继承绝学，此所谓道之所存，师之所存。”
一九一六年刘师培与黄侃在北京见面时，刘将其关于《左传》的研究著作出示给黄侃，黄读后十分佩服，认为刘乃“旷代奇才”，对其过目成诵的才能尤为推崇。一次侄子黄焯问黄侃，刘师培与章太炎哪一个读书较多，黄侃不悦道：“汝何知？刘先生之博，当世殆无其匹。其强记复过绝人。”
有一段时间刘师培失业在家，黄侃向蔡元培推荐他到北大任教，蔡以他曾经依附过袁世凯不肯聘任，黄侃则坚持说：“学校聘其讲学，非聘其论政。何嫌何疑？”最终蔡接受了黄的意见，聘请了刘。
刘师培去世前对黄侃说：“我一生应当论学而不问政，只因早年一念之差，误了先人清德，而今悔之已晚。”刘师培去世次年，黄侃在武昌写了一篇悼文《先师刘君小祥奠文》，中有“悲哉小子，得不面墙，手翻继简，涕泪浪浪”之句。
当时黄刘二人名气相差无几，且刘仅年长二岁，黄拜刘为师令许多人不解。连章太炎也不以为然：“季刚小学文辞，殆过申叔（即刘师培），何遽改从北面？”黄答：“予于经术，得之刘先生者为多。”这也足见黄侃的好学精神。
【治学】
1912年1月8日，南京临时参议院成立，黄侃当选为参议员。同年，黄侃出任上海《民声日报》总编辑，边办报边研究小学、经史等。旅居上海时，黄侃对辛亥革命后袁世凯的篡权进行了深刻反思，认为“……革命功成，实由民气。民气发扬，端赖数千载姬汉学术典柯不绝，历代圣哲贤豪精神流注，俾人心不死，种性不亡。是以国祚屡斩而不殊，民族屡危而复振。且以已承父师之业，将欲继绝学，存国故，植邦本，固种性。故自光复后，不欲与政事。平生兴国爱族之心，一寄于文辞。欲持此为报国自请之具。”从此弃政从文，埋头国学。这是黄侃一生的转折点。
黄侃论学问之道曰：“学问之道有五：一曰不欺人；二曰不知者不道；三曰不背所本；四曰为后世负责；五曰不窃。”又云：“治学第一当恪守师承，第二当博学多闻，第三当谨于言语。”
黄侃论学术云：“学术二字应解为‘术由师授，学自己成’。”又云，“凡古今名人学术之成，皆由辛苦，鲜由天才；其成就早者，不走错路而已。”“学问最高者，语言最简。”
黄侃言初学之病有四：一曰急于求解，一曰急于著书，一曰不能阙疑，一曰不能服善。故黄侃有一句经典名言：五十之前不著书。这句话半个世纪后还在武汉大学校园内广为流传，成为他治学严谨的证明。黄侃生前，章太炎曾多次劝他著书立说，但黄终不为所动。后因早逝，故留传于世的著作不多。章太炎在黄侃的墓志铭中写道：“（黄）尤精治古韵，始从余问，后自为家法，然不肯轻著书。余数趣之，曰：‘看轻著书，妄也；子重著书，吝也。妄不智，吝不仁。’答曰：‘年五十当著纸笔矣。’今正五十，而遂以中酒死。”
黄侃论成才云：“通一经一史，文成一体，亦可以为成人矣。”
黄侃曾言，读书前“要如一字不识人”，方能读书。黄侃读书，喜欢随手圈点。他圈点时非常认真，许多书都不止圈点了一遍。如《文选》圈点数十遍，《汉书》、《新唐书》等书三遍。《清史稿》全书一百册，七百卷，他从头到尾，一卷一卷地详加圈点，绝不跳脱。因此，他把读书时只随便翻翻，点读数篇辄止者称作“杀书头”，很不以为然。关于黄侃读书之苦，许多学者津津乐道，但他并不以为苦事。有一次，黄侃与学生陆宗达闲聊，黄问陆：“一个人什么时候最高兴？”陆不知道老师此问何意，就乱猜一通，说这个最高兴，又说那个最高兴。黄侃听后，都只是摇摇头。最后，陆问老师答案是什么，黄侃笑着说：“是一本书圈点到最后一卷还剩末一篇儿的时候最高兴。”这次谈话让陆宗达终生铭记于心。
黄侃在北京大学主讲国学之际，终日潜心“国故”，常废寝忘食。一次，友人登门拜访。进门见黄一手持馒头欲吃又止，一手捧书，知其正沉溺书中，不便打扰，即静坐恭候。忽然，“啪”的一声，友人大吃一惊，原来黄读到开心处，先在桌上猛击一掌，再将馒头蘸进朱砂和墨汁盒后放入嘴里，脸上被弄成了一个大花脸。
黄侃常对人说：“学问须从困苦中来，徒恃智慧无益也。”他以为“治学如临战阵、迎敌奋攻，岂有休时！所谓扎硬寨、打死仗，乃其正途”。每读，必正襟危坐，一丝不苟，白天不管如何劳累，晚上照常坚持鸡鸣始就寝，从不因人事、贫困或疾病而改变。有时朋友来访，与之纵谈至深夜，客人走后，他仍要坐在灯下校读，读毕才就寝。民国二年（1913年），他旅居上海时，穷困特甚。除夕之夜，街里爆竹喧喧，通宵达旦，而他却兀坐室内，一灯荧然，精心研读，不知困倦，直到晚年临终前，一面吐血，一面坚持将《唐文粹补遗》圈点批校完。
黄侃临终之际，所读《唐文粹续编》尚有一卷没有批点完，他吐着血，叹息道：“我平生骂人杀书头，毋令人骂我也。”
黄侃临终前，不断吐血，医生注射安眠止血药剂，“乃稍稍入睡，昏卧喃喃若梦呓，多涉学术语”。
【传道】
黄侃在北大授课时，他讲《文选》和《文心雕龙》十分传神，吸引了大批其他系的学生。黄善于咏诵诗章，阴阳顿挫，给人一种身临其境的美感。所以，学生们情不自禁地唱和，成为北大校园一种流行的调子，被师生们戏称为“黄调”。
黄侃有次与学生讲《说文》，说了“荠”字之字形、音韵、训诂，最后忽然说：“你们记着，荠菜馅的饺子最好吃！”全班大笑，于是对这个“荠”字印象深刻。
学生都称黄侃是一个“特别教授”，在堂上对《说文解字》一个字一个字地讲，一不带原书，二不带讲稿，引经据典，旁征博引，口若悬河，头头是道。学生对引用的经典论据，下课以后去查书，一字不漏，一字不错，引起了全班同学啧啧称羡。有一天，黄的学生为他拿皮包时发现内有许慎的《说文解字》，打开一看，那书上画得太特别了：书头蝇头小字，密密麻麻，有墨笔写的，有朱笔写的，还有各种各样的符号，全书9300字，每个字都有自己的讲法；别人的讲法，有的他肯定，有的他否定，也都记在了上面。
据说，他对《说文解字》读了五次，每一次都有新的收获，新的体会。他去讲授的时候，也每一次有新的内容，同学们说：听黄先生的课，百听不厌，常听常新。一个学生看了黄侃所读的那本《说文解字》后，对他说：“黄先生，你这批在书头上、书边上的东西，颜色各异，字又那么小，谁还认得呢？”黄侃半开玩笑说：“我要人认得干什么呢？别人要知道了上面的内容，我就不是第一了。”大家都哄地笑了。
姜亮夫惊叹于陈寅恪的语言广博，他对老师黄侃说：“我自己的根底太差了，跟寅恪先生无法比！”黄侃说：“这话你也不必这样讲，我们过去的古人，谁又能够懂八九国的语言呢？他们难道没有成绩吗？王念孙虽然一样外文不懂，难道他不是一个大学者吗？难道他没有成绩吗？所以学问的问题，只问你钻研不钻研，钻研总是有路子，你不钻研就什么路子都没有。个人要根据个人情况来钻研。”听了这番话，姜的心才渐渐地平静下来。
著名的古典文学学者程千帆回忆老师讲课：“老师晚年讲课，常常没有一定的教学方案，兴之所至，随意发挥，初学的人，往往苦于摸不着头脑。但我当时已是四年级的学生，倒觉得所讲胜义纷纭，深受教益……”程千帆还说：“老师不是迂夫子，而是思想活泼、富于生活情趣的人。他喜欢游山玩水，喝酒打牌，吟诗作字，但是有一条，无论怎样玩，他对自己规定每�