。我坚不敢移步，总统屡命辍。旁侍者告我，委员长之意，不可坚辞。余遂换至背室门之座。侍者见我移座，即将桌上预放两碗筷互易，我乃确知此座乃预定为总统座位，心滋不安，但已无可奈何。”
钱穆创办新亚书院后，蒋介石不但亲自邀请钱穆来台一叙，由宋美龄、蒋经国招待，同时指示台湾行政当局每月拨给港币三千元，供新亚纾解资金困境，前后长达四年，直到耶鲁大学提供新亚书院补助为止。
1950年之后，钱穆大约每年受邀到台湾演说或与蒋介石小叙，蒋经国多会作陪，与钱穆建立一定交情。钱穆曾考虑在台兴办新亚分校，但因未获国民党支持，不了了之。
1966年文化大革命，让身在海岛一隅的蒋介石兴起对抗的念头，发动“中华文化复兴运动”。为将台湾建设成国际汉学的中心，蒋介石礼贤下士，力邀散居海外的大师级人物返台，钱穆称许此举是“自辛亥以来最大的一件事”，自己也成为蒋介石极力敦请的对象。除钱穆之外，在美国的林语堂，侨居巴西的张大千，也是指针性人物。
因有蒋介石的盛情邀请，加上香港情势丕变，形成新一波难民潮，左派抗争不断，政局不稳，刚发表《四书道贯》，被视为一代儒宗的钱穆先于1967年5月应中大新亚书院学生之请，返港演讲“五四运动”，8月决定赴台定居，10月，七十三岁的钱穆偕夫人胡美琦迁居台北，终老于此。
移居台湾之初，钱穆先住进台北市区的“自由之家”，继租居于台北金山街，在蒋介石的高度礼遇下，国民政府拨出位于台北外双溪东吴大学旁的土地，并拨公款建屋，供钱穆夫妇居住。这栋雅致的别墅式两层楼房，正是大名鼎鼎的“素书楼”。故宫博物院特聘他为研究员，不仅让钱穆免于为生活发愁，亦得以遍览四库全书等重要典籍，安心创作。
蒋介石死后，钱穆自称“内心震悼，不知所措。日常阅览写作，无可持续，惟坐电视机前，看各方吊祭情况，稍遣哀思”。
1986年，在蒋经国的邀请下，九十二高龄的钱穆受聘为总统府资政。为表达对钱穆的敬重，蒋经国特委由总统府秘书长沈昌焕，亲到素书楼致送聘书，一时传为美谈，显示两蒋对一代儒宗的高度尊重。钱穆则说，在他之前从无学者出任资政的前例，他是为知识分子开这个先例。
李敖看不惯钱穆为蒋介石歌功颂德的态度，他说：“试看钱穆写的《总统蒋公八秩华诞祝寿文》，歌颂蒋介石是‘诚吾国历史人物中最具贞德之一人。禀贞德而蹈贞运，斯以见天心之所属，而吾国家民族此一时代贞下起元之大任，所以必由公胜之也’。肉麻兮兮，已是全然无耻，知识分子反动到这步田地，真大令人失望矣！回想钱穆当年给我写信，标榜‘学问’与‘德性’的关系，如今‘学问’竟不能阻止‘德性’的沦落，我真忍不住为他悲哀！”并且说：“历史上，真正的‘一代儒宗’是不会倒在统治阶级的怀里的！”
【异见】
钱穆的《师友杂忆》一书虽记述钱穆与陈寅恪交往诸多片断，但多为日常生活中之一般人情往来，如双方结交缘由、北大任教时双方任课情况、抗战中之相遇相交，以及建国前夕钱就何去何从问题访陈未果等，但真正语及陈寅恪学术的文字却很少。究其原因，大概是因为二人对于史学的研究方法的分歧导致。
1931年，钱穆到北京大学历史系任教。次年，国民政府通令中国通史为大学必修课，北大遂分聘北平史学界“治史有专精者，分门别类，于各时代中分别讲授”，钱穆也分占一席。他在课堂上明告诸生，通史有数人分讲不能“有一条线通贯而下”。“乃有人谓，通史一课固不当分别由多人担任，但求一人独任，事也非易。或由钱某任其前半部，陈寅恪任其后半部，由彼两人合任，乃庶有当。余谓，余自问一人可独任全部，不待与别人分任”。钱穆拒绝与陈寅恪分讲通史就可以看出二者对于当日研治通史问题显有很大的思想分歧。
1933年暑假，蒙文通自河南大学来北大历史系任教。不久，文学院院长胡适访钱穆，谈蒙文通上课，“学生有不懂其语者”，因而将不续聘。钱曰，“文通所任，乃魏晋南北朝及隋唐两时期之断代史。余敢言，以余所知，果文通离职，至少在三年内，当物色不到一继任人选。其他余无可言”。此番话显然表明了钱穆对陈寅恪某种引而未发的评断。因为当时研治晋至唐史的人选，陈寅恪应是首屈一指的。所以，钱穆对胡适说若蒙文通离任则聘不到继任教员，说明钱穆并不认同陈寅恪在此领域的工作。
1960年，钱穆致函时在美国求学的高足余英时，谈对其文章的意见，信的后一半论及近代学者之文章，他对章太炎、王国维、梁启超、胡适、陈垣，均是褒多于贬，但论及陈寅恪时，钱穆说：又如陈寅恪，则文不如王（王国维），冗沓而多枝节，每一篇若能删去其十之三四方可成诵，且多临深为高，故作摇曳，此大非论学文字所宜。
【不谐】
1927年，33岁的钱穆在苏州省立中学任教。胡适应邀到苏州女子师范、苏州中学作演讲，他来苏州的目的之一就是想见钱穆，因有人介绍“莫望一见苏州中学之钱某”。当时的钱穆正致力于《先秦诸子系年》一书的写作，并发表一部分于南京某杂志，但是有两书讨论《史记·六国年表》，始终找不到。钱穆“骤见一天下名学人”，故“不觉即出口询之。适之无以对。”尴尬的胡适不作答，以“忘带刮胡子刀”“积习非此常用刀不可”为借口，欲返沪。胡适临行前，给钱穆留一上海地址，“曰，来上海，可到此相晤。若通讯，亦照此地址。”这是两人初次见面，胡适正式与钱穆说的仅有的一句话。这也是日后钱穆与胡适不谐的原因之一。钱穆在晚年对这件事亦做了自己的反思，但更多的仍是对胡适的不理解。
钱穆反对“新文化运动”，他评“新文化运动”：“凡中国固有必遭排斥”，“厚诬古人，武断已甚”，“谴责古人往事过偏过激”。对胡适本人，钱也连带批判：“当时中病实在一辈高级知识分子身上。而犹如新文化运动诸巨子，乃群据大学中当教授，即以大学为根据地大本营”，“胡适之在北京大学明白昌言，中国之有大学必确然自北京大学始。‘二十五史’所载历代国立太学皆摈不得列于大学之林。此诚无法解说者。”对自己，则庆幸：“时余已逐月看《新青年》，新思想新潮流至涌来。而余已决心重温旧书，乃不为时代潮流挟卷而去。及今思之，亦余当年一大幸运也。”“至于当时国人群慕西化，则自惭谫陋，未敢妄议。”
钱穆与胡适二人在老子生年、《说儒》等学术问题上观点迥异，时有争辩。胡适虽对钱穆的《刘向歆父子年谱》的考据谨严，十分佩服，常常对学生们做义务的宣传；但在课堂上，他对钱穆等人的关于老子和《老子》一书的时代论争，却也慷慨陈辞，奋力抨击。钱穆在讲课中，也随时联系批评胡适的一些论点，常说：“这一点胡先生又考证错了。”
一次，商务想请胡适编一本中学国文教材，胡适认为钱穆有多年中学教书经验，希望他与自己合作主编。能与胡适一起编书，是许多人梦寐以求的事，钱穆却婉言谢绝了，认为两人对中国文学观点大相径庭，一起编不合适，最好各人编一本，让读者比较阅读。胡适没想到他会拒绝，气得拂袖而去，从此两人渐行渐远。
钱穆早年对于胡适赞誉有加，认为他“介绍西洋新史学家之方法来治国故，其影响于学术前途者甚大”。但对胡适亦有批评的。他提到胡在写作时，由于匆忙而对一些问题的处理显得潦草。但他马上又说：“要之其书（胡适《中国哲学史大纲》）足以指示学者以一种明确新鲜之方法，则其功亦非细矣”。甚至在将胡适与梁启超比较时，钱穆仍然偏好胡适。他说虽然梁的著作“精美详备”，“惟其指陈途径，开辟新蹊，则似较胡氏为逊”。钱穆对东南大学柳诒征对章太炎、梁启超、胡适的批评，不以为然，认为梁、胡等的作法，有扭转风气之功。
钱穆认为胡适“世俗之名既大，世俗之事亦扰困之无穷，不愿增其困扰者，则亦远避为事”，因此两人的再见面，已是在钱穆赴北平燕大任教时。钱穆与顾颉刚为讨论老子年代问题，赴胡适家。胡适沿袭清人的一种说法，认为老子年代早到春秋晚年，略早于孔子，并在《中国哲学史大纲》中，把那个神仙化的“老子”还原为哲学化的老子。钱穆旧作《关于老子成书年代之一种考察》，认为老子晚到战国，晚于孔子，略早于韩非。胡适坚持己说，首先受到梁启超的反对，与冯友兰、顾颉刚、钱穆的意见也都相左。钱穆似乎认为胡适的观点不值一驳。
坊间有很多关于钱穆、胡适两人争论老子问题的趣闻，于幽默之中反映了两者的尖锐分歧。据说胡适在北大讲课对于老子的年代问题和钱穆的意见不和，有一次他愤然地说道：“老子又不是我的老子，我哪会有什么成见呢？”不过他的态度还是很客观的，当一位同学问他钱先生的说法和他不同，究竟哪一个对时，胡适答道：“在大学里，各位教授将各种学说介绍给大家，同学应当自己去选择，看哪一个合乎真理。”
张中行在《红楼点滴》一文也有类似的记载：“胡书早出，自然按兵不动，于是钱起兵而攻之，胡不举白旗，钱很气愤，一次相遇于教授会，钱说：‘胡先生，老子年代晚，证据确凿，你不要再坚持了。’胡答：‘钱先生，你举的证据还不能使我心服，如果能使我心服，我连我的老子也不要了。’”这次激烈的争执以一笑结束。
胡适患病住院，有人责问钱穆：“适之尊君有加。今病，访者盈户，君宁可不去？”钱穆答，“此显属两事，君并合言之，将教余何以为人。”
钱穆深感“余自入北大，即如入了一是非场中。”当时钱穆和胡适分别讲授的课程吸引了众多的学生，原因之一是他们的观点对立，钱称“大凡余在当时北大上课，几如登辩论场”。
钱穆在北平七八年，胡适仅来访过一次。而且胡适来，仅为告诉蒙文通解聘之事。当时钱穆据理反驳，胡适自知理屈，两次“语终不已”，“两人终不欢而散”。钱穆亦从中感到了一丝凉意，似亦隐含落聘之忧，他在北平购书五万余册，尝笑语友人：一旦学校解聘，可摆一书摊，不愁生活。当然他与胡适失和，也并没有影响胡适聘他任北大教授。但是一涉及到实际问题，胡适的态度就很分明。任继愈曾回忆，有一年历史系系主任陈受颐休假，有人提议系主任是否由钱先生接替。当时胡适任文学院长，说：“钱先生刚来北大时是副教授，现在已是教授了。”没有往下说，这个建议就搁浅了。到了台湾以后，胡适任中央研究院院长，在他有生之年，钱穆一直也没能评上院士。李敖曾为此抱不平：“他（指钱穆）在古典方面的朴学成就，却更该先入选成院士。”
1958年4月，胡适赴台接任中研院长，不少钱穆的学生质疑中研院院士独缺钱穆，欠缺代表性，不过双方歧见已深，门户之争的结果，钱穆还是无缘被提名。钱穆一度动意气，1966年，虽有多名资深院士主张提名钱穆，但他断然拒绝，钱穆反问，早在1948年，中研院就提名八十多名院士，他难道不该入列？虽然弟子们反复劝说，直到两年后钱穆才愿意接受提名，并随即获得全票通过。
【主张】
钱穆说：“当我幼年，在前清时代，就听有人说，‘中国不亡，是无天理。’在我幼小的心灵里，不禁起了一番反抗之心。”这种反抗之心便成了他后来治学的动力，“莫非因国难之鼓励，爱国之指导。”
钱穆是靠自学名世的，通过十年乡教苦读，他探索出一套独特的治学方法和治学门径。他认为中国传统文化的精髓就在儒学。
钱穆主张多读书勤思考，触类旁通，认为中国治学与西方不同，西方学问分门别类，互不相关，中国学问分门不别类。经史子集四部，是治学的四个门径，入门后，触类旁通，最后融而为一。
钱穆主张现代中国人必读九本传统经典——《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》、《老子》、《庄子》、《六祖坛经》、朱熹《静思录》，以及王阳明《传习录》——才能领略故人先贤的文化抱负。
钱穆在晚年多次强调，国民必需认识自己国家的历史，否则不是合格的国民。
抗战时期，钱穆在西南联大撰写《国史大纲》，他特地提出应把“我国家民族、已往文化演进之真相，明�