蔡对陈说，中央委员乘车是不用花钱的，所以这次一个钱也没有花，心里觉得颇为不安，请陈让他支付餐车的费用。陈见蔡说得诚恳委婉，便不再推辞。结果第二天陈才得知，蔡不仅支付了饭费，连茶房的小费都支付了。车到站后，蔡又让迎接之人将陈的行李也一并运走。陈深为蔡待人接物和蔼体贴的风度所折服。
瞿秋白之妻杨之华回忆，1935年，瞿秋白被捕，国民党中央高层开会讨论是否要处决瞿。蔡元培说：“像秋白这样有天才的人，在中国不可多得，主张不要杀他。”
蔡元培一生为人写推荐信无数，他的八行书推荐信极为有名，多则一日三四十封，少则也有十余封，有人认为有泛滥之嫌，甚至有人求他介绍门房或工役，他也欣然同意。曹建回忆：“（蔡）先生对于北大毕业同学确实能做到来者不拒有求必应的地步。……先生的介绍信有两个地方是不写的：真正无把握的不写，绝对有把握的也不写，最愿意写的是在‘有’‘无’之间。写信的方式也有二种：一种是亲笔的，一种是签名盖章的。亲笔的信在他的主观上是冀其必成的，签盖的信虽负介绍之责，但引用与否，在客观上还请受信的予以权衡。”
起初，各机关接到蔡元培的介绍信，都颇为重视，尽力纳之。蔡的介绍信日益增多，各机关不堪应付，旋与蔡协商，如为力荐之人，须另用一种特殊印章；而仅敷衍了事者，则仍用其普通印章，蔡从之。讵料未几，挟特殊印章之求荐者，又纷集于各机关。各机关苦于无法应付，再与蔡相商，嗣后函荐无效，必面告方可，此后求蔡介绍者，遂渐寥落。
许寿裳回忆，蔡元培的访客每日络绎不绝，他只要有闲暇，无论是早餐前还是深夜，总不厌其烦地接待。蔡任大学院院长时，甚至有素不相识的商店伙计拿着书本前来请教，蔡也详细地为他讲解，毫无倦容。
杨亮功回忆，他担任安徽大学校长时，蔡元培写信介绍一人到安大教书。当时正是学期中间，杨复函蔡说：“等到暑假，再行设法。”之后，杨将此事抛诸脑后，不想蔡对此事还颇为上心，暑假期间，杨回上海，蔡便提醒杨此事。杨遂聘此人为国文教师。到校后，杨发现此人根本不能教书，只好将其调至图书馆工作。后来杨问此人方得知，此人与蔡素昧平生，一日在火车上偶遇了蔡，蔡对其作品很是赏识，他便请蔡将他介绍到安大教书。
蔡元培任中研院院长时，比他小四十岁、与他素昧平生的赵家璧曾多次上门请求蔡为其编辑的书题名，或写简短的前言，或写万余字的总序，蔡从不拒绝。
留学欧洲时，蔡元培听李石曾谈及食肉有害，后又读列夫·托尔斯泰作品中关于打猎的惨状描写，决定不再食肉。他写信给友人寿孝天说：“蔬食有三义：一卫生，二戒杀，三节用。然我之蔬食，实偏重戒杀一义。”也有说法称，蔡元培在德国参观罐头公司，见一群牛进入机器后，支解块分，最后推出，制成牛肉罐头，乃以残忍，自是不再食牛肉。
冯友兰回忆，蔡元培晚年，常见他替人写书签，作书序，任名誉董事，写介绍信，仿佛有求必应，“而这些书，事，或人，往往是不值得他这样做的”，蔡元培有求必应，正因他“不逆诈，不亿不信”。
余天民谈及，蔡元培避居香港时，廖平子一家也在香港。廖生性恬淡，不屑钻营，家无隔夜之粮，仅靠妻女织屦维持生计。廖经常手写诗稿，送给蔡元培，蔡虽亦困窘，但每次必赠其法币十元，每月皆如此。蔡元培去世后，平日的随从与家中女佣，均悲痛不已，同声称蔡仁慈，全无架子，只让他们称呼先生，而不许叫老爷，与别家不同；逢年过节，无论他自己生活如何困难，必尽量节省家中用度，设法加送他们一些钱。蔡出殡之日，附近居民都焚纸钱冥锭，齐声说送蔡先生归天成神。
【介直】
蔡元培用人，坚持唯才是举。他任教育总长时，曾出任南京临时政府专使，到北京迎接袁世凯南下就任大总统。蔡北上的一个月间，教育部由次长景耀月代管，结果景安排了数十名同盟会员到教育部任职，并报总统府正式委任。蔡回南京后，断然要求总统府将已经发的委任状退还给教育部。据说，当时的总统府秘书长胡汉民责怪蔡“对于本党老同志不肯特别提拔”。后有人请胡介绍入教育部供职，胡抱怨道：“别部则可，教育部不能。”
任教育总长后，蔡元培曾两度亲自邀请共和党人、教育专家范源濓出任次长，他说：“现在是国家教育创制的开始，要撇开个人的偏见，党派的立场，给教育立一个统一的智慧的百年大计。”范被蔡的诚意感动，欣然就任。
蔡元培入主北大前，北大的校务会议多用英语。蔡上任后，提议校务会议一律改用中文。此举引起了外国教授的反对，纷纷表示：“我们不懂中国话。”蔡反问：“假如我在贵国大学教书，是不是因为我是中国人，开会时你们说的是中国话？”洋教授们哑口无言。从此，北大大小会议一律使用中文，不再讲英语。
北大有两名英国教授品行不端，带领学生逛八大胡同。蔡元培对此极为不满，聘约期满时，蔡坚决不再续聘。英国驻华公使朱尔典找蔡求情，遭到拒绝后，怒而扬言道：“我看你蔡鹤卿还能做几天校长？！”但蔡依旧坚持原则。英国教授将北大告上法庭，蔡请王宠惠任代理人，最终北大胜诉。
“五四”前后，北洋军阀及旧派文人指责新士风为“洪水猛兽”。蔡元培在《新青年》发表《洪水与猛兽》一文道：“今日之士风，可以算是洪水；而今日之军阀，正是猛兽，非用洪水淹此猛兽不可。”胡適在此文的“附记”中说，这是“很重要的文字，很可以代表许多人要说而不能说的意思”。罗家伦将此文称为“光芒万丈的短文”。20多年后，傅斯年仍感慨不已：“这话在当年是何等勇敢，何等切实！”
巴黎和谈期间，北京各大学教员在清华开会，大家慷慨激昂，纷纷表示要给巴黎和会的中国代表团发通电，蔡元培雍容静穆地起立，声音低微地说：“我们这样抗议，有什么用处？应该全体总辞职。”五四运动爆发后，蔡果然辞职。
1921年，蔡元培到美国考察教育，刚到纽约州五指湖区的伊萨卡镇，便有一位美国驻华公使准备设宴款待，让他帮忙介绍北京的权贵。蔡断然拒绝，刚下车就离开此地。
20年代初，因北洋政府久欠大学教育经费，北大为维持校务，施行新的经费开支措施，要求学生支付讲义费。此条规定引起学生的强烈抵制，引发了“讲义风潮”。某日下午，学生代表到总务处找规定收费的沈士远算账，并以罢课相威胁，要求取消讲义费。蔡元培说，此事由他个人负责，与沈无关。双方发生争执，蔡怒不可遏，喊道：“我要跟你们决斗！”“我是从手枪炸弹中历练出来的，你们如有手枪炸弹尽不妨拿出来对付我，我在维持校规的大前提下，绝对不会畏缩退步！”
曹建回忆，1927年春，蔡元培对北伐及国民党内部的分歧深为担忧，他在杭州城内召开市民大会，以浙江政治分会委员身份进行演说。当时几名年轻的国民党左派指着蔡说：“这个投机分子来了！”蔡勃然大怒，厉声斥道：“我开始革命时你们全没有出世呢！”接着历数军阀专横，痛陈人民疾苦，全场民众无不动容。
曹建又谈到，蔡元培总认为“学生都是人才，亲戚都是庸才”（蔡夫人语）。他一生为无数人写推荐信，却不肯为自己的亲戚介绍一份好工作。30年代，蔡出任国府委员，按规定可以配一名秘书。其亲戚、北大俄文系毕业的马某正失业，便向蔡自荐，蔡断然拒绝。夫人知道后，对他说：“总计绍兴、苏州及江西的亲戚们经常来此谋事而又无法拒绝的充其量不过十几个人，在这十几个人中，也不乏可以造就的。何勿择其中最优秀的替他谋一独当一面的事，其余的由他负责去安顿就好了。免得他们不时来麻烦你，而你也可以免了拿老面子向人家面前碰撞。”说时还钩指敲击桌面以助语势。蔡却木坐倾听，不作一词。
1929年，蔡元培的学生何思源在山东主持教育工作，当时曲阜师范师生公演讽刺孔子的话剧《子见南子》，引发轩然大波。何不知如何应对，便请蔡元培、马寅初到青岛协商。蔡对他说：“反动势力很难消灭，处处都能遇到，你应该下决心坚持抵抗，决不让步！”在蔡的帮助下，何终于渡过难关。几年后，何到上海看望老师，正好遇上蒋介石派王世杰、蒋梦麟请蔡回南京。蔡听罢王、蒋的话后拍着桌子道：“我们就是不跟这些军阀官僚合作！”
1930年，国民党某省政府改组，一名北大学生请蔡元培帮忙向蒋介石推荐，并托老同学联名致电蔡促成此事。郑天挺回忆，蔡很快给了回电答复：“我不长‘朕即国家’者之焰。”
1935年，蔡元培对阮毅成说，他准备在报纸上登载启事，声明：一、辞去兼职；二、停止接受写件；三、停止介绍职业。他解释道：“我是比较还可研究学问的人，我的兴趣也完全在这一方面。自从任了半官式的国立大学校长，每天不知要见多少不愿见的人，说多少不愿说的话，看多少不愿看的信。想腾出一两点钟看看书，竟做不到，实在痛苦极了。”之后，他一共辞去了23个兼职。
李济回忆，蔡元培任中研院院长后，应酬多，开销亦大。部属怕他仅靠工资入不敷出，便每月多给他200元。蔡领到薪水后，发现多了200元，便去询问到底是怎么回事。知道原因后，他当场就把多出的钱如数退回，并对部属说：“一切要按照规定办理，生活清苦些不要紧，但守法必须要严格做到！”
刘海粟回忆，1939年，他到香港时去看望蔡元培，问道：“老先生不打算到重庆吗？”蔡回答：“杨杏佛不是死在那些人手中吗？我不会去的。”
许钦文记载，司法界人士宋孟年在蔡元培的追悼会上说，蔡元培曾提出过这样的问题：“日本是个不知道道德的国家，为什么要抄用他的法律？”
【治学】
蔡元培11岁丧父，此后家境每况愈下，家中无钱给他购书，幸而叔叔铭恩相助，将自己的藏书提供给蔡元培，并指导他研究经史之学。
13岁时，蔡元培拜经学名宿王子庄为师。王先生以精研八股文闻名，他让蔡作八股文，并不直接为蔡改正文章中的谬误，而是当面指出错误，让蔡自行修改。由于王先生要求严格，所以蔡元培晚饭后，常在灯下构思文章。蔡回忆：“有一次，母亲觉得夜太深了，人太倦了，思路不能开展了，叫我索性睡了。黎明即促我起，我尔时竟一挥而就。我终身觉得熬夜不如起早，是被母亲养成的。”
少时，蔡元培在楼上读书，一天家中失火，举家惊惶，家人大呼蔡下楼，但蔡充耳不闻，读书自若。
蔡元培爱吃炒豆，读书时，桌上放一罐豆，一边看书，一边嚼豆。他曾说，炒豆味香，愈嚼则读书兴趣愈浓。但豆吃完了，却不知道向家人再索取。
读书每遇疑难之处，蔡元培总要翻阅大量参考书，但过后又不加收拾，因此书桌上书场堆积如山，每次总是六叔便帮他将书放回原位。
蔡元培曾提议与一群志同道合的朋友编一套大部头的书，大家纷纷赞成，遂回去各自准备。两个月后，再聚会时，蔡说他有了一个更好的想法，大家觉得他的提议确实好，便放下已有的准备工作，重头再来。过了几个月再聚会，蔡又有了新的想法……如此几次，大家再也提不起编书的兴趣了。
少时，蔡元培由叔父介绍，进入绍兴首富徐树兰家“古越藏书楼”校勘《绍兴先生遗书》，他一边校书，一边读书，在四年中遍读了楼中的万余卷藏书，并对重要书籍进行了批注。蔡元培的女婿林文铮曾见过经蔡批注的一部《管子》和一部《墨子》，批注或用红笔，或用墨笔，蝇头小槽，遍布书页上下，密密麻麻，没有一点空隙。据徐家的人说，像这样批注过的书不止这两部。
蔡元培33岁开始学日语。在南洋公学时，他提倡学生学习外语应从与汉语比较接近的日语学起，并以自己不会读日文照样能看懂日文书籍的经验，教学生如何看懂和翻译日文。结果，“不数日，人人能读日文，且有译书者”。之后，蔡还和学生们一起向马相伯学习拉丁语。蔡每天一早就步行十里到马的住处学习，有时清晨五点便到马家门口敲门，马推窗见是蔡元培，只好无奈地说：“太早了，太早了，八九点钟再来吧。”
1906年，年近四十的蔡元培准备出国留学。他得知北京翰林院有“公派”出国