定是阿元（马的小名）搞的！一定是阿元搞的！”大家更是乐了，而马寅初早不知躲哪里去了。
夏日午后，马寅初时常溜进自家的酒坊中，拿小草梗在睡得迷糊的师傅们脸上或鼻尖轻轻挠动。师傅们常以为是小虫子，便伸手去拂，马寅初见他拂左脸，便去挠他的右脸，于是他又去拂右脸。马寅初知道时间长了师傅必然会醒，于是又去捉弄另一个。有时也有睡得浅的，觉得痒便睁开眼睛，马寅初笑着一溜烟就跑了，但过一会儿又跑到酒坊里玩耍。师傅们逮住他问中午是不是他玩的把戏，他便爽快地承认，从不抵赖。大家就轻轻地打他的屁股几下，算是惩罚了。
马寅初带着全家和两位家庭教师到西湖畔的北高峰避暑，一次，大家在院子里乘凉聊天，马风趣地说道：“我姓马，这位老师姓杨，另一位姓牛，我们的亲戚姓朱，这里真是马、牛、杨（羊）、朱（猪）齐全，原来我们是在开‘牲口大会’。”一席话，把大家都逗笑了。
新中国成立前，马寅初爱喝可口可乐，一次讲演时，他对学生们说：“我讲话，其他什么都不要（指不要讲稿、不要喇叭），如果你们给我两瓶汽水，我可以讲三个小时！”
1948年，杭州高级中学学生陈纲、陈一鹗去请马寅初到该校演讲。到马家后，马直接带着二人到二楼他的卧室，卧室早已拉上窗帘，他对二人说：“我家对门的那爿杂货店和墙角的皮匠摊是特务机关派遣的。杂货店楼上窗户直对我家客厅，可以监视、拍照。所以我把你俩带上楼，让他们以为是走亲戚的。我一出门，他们就要忙碌一阵，马上派人盯梢。你们不要来接我，到时候我自己回来的。我还要和他们兜圈子、捉迷藏哩！”一席话，把二人逗得哈哈大笑。
在香港的千家驹给在上海的马寅初去信，邀请他到香港，目的是让马取道香港，去解放区。马回信说：“决不离开上海。”谁知一个月后，马化装成一个西餐厨师离开上海，到达香港，千很是惊喜，问道：“你不是说决不离开上海的吗，怎么又来了呢？”马答道：“这是我放的烟幕弹呵，因为国民党检查我的信件，我说绝不离开上海，可以使他们放心，其实我早已准备好要走了。”
新中国成立初期，北大中文系老师郭良夫举行婚礼，马寅初抽空前去道贺。郭良夫当时只是一名普通教师，见校长亲自前来祝贺，心情非常激动，便同新娘一起向马敬酒。马寅初对新娘说：“我想你这个新娘应该放心了，因为根据新郎大名，他一定是位好丈夫。”于是满堂哄笑。
马寅初请人民银行总行长南汉宸到北大演讲，他诙谐地对学生们说：“这位是财神爷，他口袋里有的是钞票，我们北大务必要请他高抬贵手。”南忙笑着说：“马老是我老师，北大是我母校，我胳膊怎敢往外弯呢！”
诸天寅回忆，新年晚会上，马寅初走上台去，双手抱拳，连连作揖，又连声向大家祝贺“恭喜发财”，闻此祝词，大家笑得前仰后合。
【和谐】
马寅初有一妻一妾。1901年，二十岁的马寅初由父母做主，与张团妹（后改名张桂君）结婚。张团妹虽目不识丁，但生性忠厚、善良，会做一手好菜。她为自己能嫁给会读书的丈夫而心满意足。婚后，张团妹孝敬公婆，善待马家兄妹，马寅初见妻子贤惠体贴，颇觉满意，夫妻二人很是和谐。婚后一年，张团妹生下一子，此时，马寅初也以优异成绩考上了天津北洋大学，可谓双喜临门。
1903年，马寅初不满周岁的儿子因意外不幸夭折。次年，马寅初的妻子又生一女，他景仰东汉史学家班昭，故为女儿取名马仰班。
1907年，马寅初到美国耶鲁大学官费留学。出国留学前，马寅初特意赶回家乡与父母妻儿告别。此时张团妹已经怀孕，马寅初很高兴，嘱咐妻子多多保重。妻子对他说：“孩子出生时，你又不在家，你给孩子取个名吧？”马寅初略思片刻答道：“若生女孩，就叫马仰曹，若生男孩就叫马仰峰。”马寅初这次话别，一去竟是十年。第二年，张团妹生下一女孩，于是取名马仰曹。
十年后，留学归国的马寅初在嵊县老家迎娶了与女儿马仰班同岁的王仲贞为妾。王仲贞比马寅初小22岁，当时年仅13岁，有小学文化程度。此后，马寅初将王仲贞、张团妹先后接到北平。从此，马寅初的家里就有两个妻子。
马寅初对两位妻子都很好，他外出度假总是让两位妻子同往，在家闲暇时，也常是由两位妻子陪他在庭院小路花丛中散步。张团妹和王仲贞之间也相处得非常融洽，彼此互相关心、体贴照顾，这在当时类似家庭中，实属罕见。
胡適也曾记载马寅初的一妻一妾。1922年8月10日，胡適在日记中写道：“饭后与马寅初同到公园……寅初身体很强，每夜必洗一个冷水浴。每夜必近女色，故一个妇人不够用，今有一妻一妾。”
马寅初一生有八个子女。除了夭折的大儿子，张团妹与马寅初共有三个女儿。王仲贞和马寅初婚后，生有两个女儿、两个儿子。可谓妻妾子女成群。
马寅初1882年出生，1982年去世，享年正好百岁，而马夫人张桂君与马寅初同岁，1987年去世，享年105岁。夫妻二人百年后，子女遵其生前遗愿，将二人合葬于杭州南山公墓。
【逸事】
马寅初出生时，有位算命先生对其父母说：“此子贵不可言——五马俱全；（马年马月马日马时出生，姓马）”。
北洋大学的教职员都是外国人，上课休假都按阳历执行。每到除夕春节，家家团圆，但该校的学生都必须在校上课，马寅初等人对此异常气愤。一年除夕，他们自费聚餐，正在欢庆时，训育长来查房，众人只好迅速收拾，熄灯就寝。次日英国训育长再次来查房，一推门便被墨水溅了一身，狼狈而去。原来马寅初等人昨日气愤，遂商议在门上悬一墨水壶，门开时，壶便坠落。此后，训育长便甚少再管学生的闲事了。
民国时期嵊县绑匪较多，所以嵊县人到上海住宿，旅馆都很警惕。据马寅初的学生沈松林回忆，马寅初到上海国际饭店开房间，账房得知他是嵊县人，马上就说没有空房间了。马对他说：“我借打个电话。”打完电话，他便坐在会客室里看书。不到20分钟，门外汽车喇叭响，账房赶紧出门迎接。门外人大声问：“马博士住在几楼？”账房说没有马博士，来人怒道：“胡说，他刚才给我打电话了。”账房这才知道原来刚才的嵊县人就是马博士。原来，来人便是国际饭店的创办人钱永铭。钱痛斥账房：“你只知道嵊县人有当绑匪的，却不知道嵊县有位举世闻名的马寅初博士，真是有眼不识泰山！”
1916年，马寅初到北大任教，当时的北大教授大都乘人力车到校授课，唯有马寅初乘坐的是中国银行的大马车。
1919年年初，北大决定取消文、理科学长，设立教务长，统管文、理、法三科。教务长的权力在校长之下、教授之上，因此各科竞相争夺，而教授力量最强的文、理二科更是志在必得。当时各科推出一名候选人，文科的是陈大齐，理科为俞同奎，法科为马寅初。为避免文、理科无谓的争端，校长蔡元培投了马寅初一票，因此，当时回乡奔丧的马寅初成为了北大历史上第一任教务长。
马寅初最初不明上海咸水妹何意，后闻熟悉上海掌故之某外国人云：“当外人初至上海时，目睹此辈妓女，誉之曰‘Handsome’（美炫），积久，遂译音为‘咸水’云。”
从美国留学回来后，马寅初看到农村的公厕只有半截墙，从外面能看到上厕所人的脸，觉得不文明，便建议将墙加高或改成封闭式。农民对他说：“你是美国博士，但你不懂得，我上厕所时要看住我放在外面的扁担，以免被人偷走。”马寅初这才恍然大悟。
蔡元培、吴稚晖、邵元冲、张默君夫妇及马寅初游雁荡山，来到梯云谷云潭瀑，马寅初走得热了，看潭水清凉，便跃身入潭畅游起来，蔡元培笑道：“此潭可有名称？”吴稚晖戏谑道：“洗马潭。”
马寅初很是孝顺。曾为马家管理墓地的王雪芬回忆，马寅初每次回乡都要去给父母扫墓，年近八十亦如是。到墓前，他先是三鞠躬，然后默哀、哭泣，子女随从也随之默哀，大约半个多小时，他才擦干眼泪，查看墓地周围的环境后下山，有几次到了王家中还抽泣不断。
原嵊县副县长余国柱回忆，1962年，马寅初到嵊县考察，余陪同他回浦口老家，走进其母卧室后，马寅初突然紧张起来，四处寻找，见到身后的侄儿马本讷后，连声问道：“我母亲的那张床呢？床哪里去了？”马本讷支支吾吾说不清楚。马寅初又转身问余国柱，余赶紧让人去打听，才知已被马本讷卖掉，于是搪塞说床被人借去了。马寅初不再追究，拿出200元钱让马本讷去把床抬了回来。后来，据说马寅初将这张床运到了北京。
马寅初父亲的前妻早死，马父去世后，马的长兄为父亲觅得一块墓地，但墓地太窄，只能安放二穴，长兄因父亲的前妻没有子女，便决定让她与父亲合葬，子孙后代才不会忘记她。马母听到百年后不能与丈夫同穴，极为不悦，马寅初便对母亲说：“妈！大哥说得有道理，你日后的墓地，大哥会找一个好的地方，至于你觉得孤单，我阿元日后一定来陪伴你娘亲。你放心好了，我阿元说到做到。”数十年后，马寅初谢世，其后人将其部分骨灰送回家乡，归葬在马母墓旁，兑现了当日的承诺。
1946年，马寅初到上海为工业界人士演讲《中国经济之命运》时，对访问者说，他不喜欢上海，第一，因为上海空气太坏；第二，他每天要爬山运动，在上海只能爬楼梯。
马寅初格外怕热，陈纲回忆，1948年夏，马寅初到杭州高级中学演讲，他语言生动、辛辣，论证有力，博得了学生们的一阵又一阵掌声。当时天气炎热，马身躯肥胖，演讲中他虽已脱去长衫、礼帽，只着背带西裤白衬衫，但仍是满头大汗。学生自治会准备的电扇、凉茶根本无济于事，学生们纷纷自发送上凉水毛巾。为防他中暑，自治会买来正广和汽水代替马惯喝的可口可乐。
曾与马寅初共事的江天蔚回忆，马在杭州慰劳解放军总会的办公室房间很小，设备简陋，连电扇都没有，夏天小房间热得像蒸笼。马寅初总是在脖子上悬挂一条水湿的白毛巾，不时用以擦汗，并不停扇动手中的大芭蕉扇。他不喝茶，唯一的享受便是喝可口可乐。
马寅初面色红润、身体健康，一位曾与马寅初共事的苏联专家，本想用半生不熟的汉语称赞马身体健康，像个小伙子，不料却说成了：“你真是个老小子啊！”
北大学生俞辉回忆，北大民主广场曾贴出一张关于马寅初的大字报，说马曾请苏联专家医生诊断，身体各部器官同20岁的健康青年一样，如无特殊情况可以活到150岁。
新中国成立后，中国学习苏联模式，教学与科研分开。马寅初主持北大，主张大学既要搞教学，也要抓科研；而当时的中国科学院院长郭沫若则坚持教学与科研必须分开。为了平息争论，毛泽东邀请马、郭及时任高等教育部部长的杨秀峰进行商谈，马、郭、杨三人皆患重听，所以此次商谈也被人称作“聋子对话”。
在美国读书时，马寅初爱上了“可口可乐”。新中国成立初期，他任浙江大学校长时仍喜欢喝，被人指责为“崇洋”。时浙江省省委书记谭震林在浙大讲演时特别为马说明：“我们每个人有每个人的习惯，各人有各人的脾气。山东人喜欢吃大葱饼，南方人喜欢吃大米，我这个湖南人喜欢吃辣椒。多少年养成的习惯，不可能要求全国人民都一致，也不可能一致起来。如果我喜欢吃辣椒，别人不叫我吃，我就不高兴。马寅初教授喜欢喝那种怪味的东西，是他在美国养成的习惯，只要他能买到，他又有钱买，那就听其自便。”马寅初听后很是感激：“谭书记是位肚里能撑船的人物，是个爱惜人才的好领导。”
在北大时，每到课间操时间，马寅初都到操场上和学生一起做操。作家刘绍棠回忆，一次，他和同学下课，途经马的办公室。正好马从办公室里走出来，张开双臂，拦住学生们，让他们和他一起做广播操。马寅初不止一次拦过学生。每次拦下后，大家列队站成方阵，马寅初总站在方阵的最前列，动作一丝不苟。而他身后的学生们往往缩头拱肩，敷衍了事。有时他们还趁着马寅初自我陶醉之际，偷偷捡起脚下的书包，溜之大吉，把马一个人晾在那里。后来，马有所察觉，于是拦下学生后，还让他们脱下大衣，摘下棉帽，解下口罩，褪下手套，并且面向学生