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这时，胡林翼进驻英山，曾国藩扎营宿松，正准备全面进攻太平军在安徽太湖、潜山的据点。接下来的事情就很自然了。左宗棠拜见了曾国藩，便留其幕中。不久，曾国藩奉到咸丰帝的寄谕，特询：“左宗棠熟习湖南形势，战胜攻取，调度有方……应否令左宗棠仍在湖南襄办团练事，抑或调赴该侍郎军营，俾得尽其所长，以收得人之效。”曾国藩与左宗棠虽然性情、脾气并不相投，但交情颇重，对左宗棠身被诬陷十分同情，只因他贯于明哲保身，为人小心谨慎，一直未出面说情。这时，见“天心大转”，便立即回奏：左宗棠“刚明耐苦，晓畅兵机，当此需才孔亟之时，无论何项差使，惟求明降谕旨，俾得安心任事，必能感激图报，有裨时局”。
大佬就是大佬，面子那是相当地大。很快，朝廷即发下谕旨，授予左宗棠四品卿衔，帮助曾国藩办理军务。这算是左宗棠正式入仕，开始他的事业，虽然发达较晚，但是左宗棠总算是跟对了人。曾国藩这个人，过于小心谨慎，因此雪中送炭不敢，但是他却非常乐意于锦上添花，帮助其幕僚成功。如果说当左宗棠被人陷害时曾国藩不敢援救有私心，那么当左宗棠投靠曾国藩后，曾国藩却是竭尽全力为其创造机会助其成功，可见此时对左宗棠已是毫无私心。当时清政府有意调左宗棠前往四川督办军务，曾国藩认为左宗棠是独当一面的帅才，如果去四川，只能是寄人篱下，和他当时在湖南没什么区别，于是曾国藩婉言谢绝了清廷的谕旨。而攻克安庆以后，湘军完成了对南京的包围，终于腾出手来解决浙江问题了。而派谁去呢？这是一个问题。曾国藩再一次想到了左宗棠。曾国藩认为，左宗棠平时用兵取势甚远，审机甚微，可挑大梁，不可久居人下，埋没人才。曾国藩不但把驻扎在赣浙边界的湘军统归左宗棠节制，而且给了他向皇帝的专奏权和征收厘金权。从此，左宗棠终于自立门户，拥有了进一步发挥自己才干的天地，踏入“封疆大吏”的行列。读者可以想象，如果曾国藩真是伪君子，真有私心，他大可以把左宗棠留在幕府中“雪藏”起来，让其有苦难言。
然而性格决定命运，性格上的巨大差异使得两人表面和善私下充满了矛盾的暗礁。曾国藩讲究个人修养，是个理学家，平时不用说，处处显得很“面”。而左宗棠个性刚直果断，慷慨激昂，是非分明，疾恶如仇。左喜欢快刀斩乱麻，曾喜欢慢工出细活，因此两人经常锣不对鼓，板不合腔。左宗棠多次进京赶考却未及第，因此始终特别敏感，稍被人怠慢或过分谦让，都可引起激烈的反应，而且言词辛辣，甚至狠毒。有一次曾国藩在给左宗棠的信札中，出于谦让，用了“右仰”这样的客套话，左宗棠很是不快，说道：“他写了‘右仰’，难道要我‘左俯’不成！”曾国藩曾作一语调侃左宗棠：“季子敢鸣高，与予意见大相左。”将左宗棠的姓（左）和字（季高）都嵌入进去，寓庄于谐，既切事，又达意，略无雕琢，浑然天成。左宗棠却受不了这一“恶补”，甚至有点恼羞成怒，便决意在气势上凌轹对方，因而打出一记刚猛的重拳：“藩臣徒误国，问他经济有何曾？”也将曾国藩的姓（曾）和名（国藩）嵌入首尾。二语合璧，恰成一副绝对。虽然对得工整，但是言语却显恶毒。天长日久，嫌隙渐生。
如果说这些都是日常的小矛盾的话，那么天京城被攻克后，两人就洪秀全的继承者幼主洪天贵福是否已死的问题，向朝廷打起的笔墨官司，就是二人从此产生了天大矛盾的根源。
天京攻陷后，曾国藩听信众将所言，认定洪秀全之子洪天贵福已死于乱军之中，江南匪焰将熄，于是向朝廷奏报克复金陵，所有悍贼被一网打尽，并特别指出，城破后，伪幼主积薪于宫中，举火自焚。
不想左宗棠也密上一折，称据金陵逃出难民供出伪幼主洪天贵福于同治六月二十一日由东坝逃至广德，被太平军将领黄文金迎入湖州府城，想借伪幼主名号，召集太平军余众。清政府看到左宗棠奏报后，对曾国藩大为不满。曾国藩平生自认为以诚信为本，假如按左宗棠所言，则无异于欺君罔上。于是曾国藩上折反驳左宗棠，称洪天贵福可能已死而黄文金为纠合太平军余众伪称尚存，这是古来常有之事等。言外之意，左宗棠虚张声势，有邀功请赏之嫌。左宗棠看到此奏后，具疏自辩，洋洋数千言，辞气激愤，指斥曾国藩有欺君之嫌。这下事情可就闹大了，于是两人一时之间你来我往，大打口水战。至此曾左二人的关系彻底破裂，十几年的交情付诸东流。
但同为一代名臣，始终不因个人恩怨而在公务上掣肘对方。曾国藩为左宗棠西征筹饷，始终不遗余力，而且推荐自己最得力的湘军将领刘松山随之西征，左宗棠在陕甘新疆建功立业皆赖此军。当时，有人从西北考察归来，与曾国藩谈及左宗棠治军施政，事事处处雷厉风行，卓见成效。曾国藩由衷佩服，击案说：“当今西陲的重任，倘若左君一旦卸脱，不仅我难以为继，就算是起胡文忠（胡林翼）于九原，恐怕也接不起这副担子，你说是朝端无两，我认为是天下第一！”左宗棠平定新疆后，清廷拟封左宗棠一等公爵。
然而慈禧太后大耍手腕，说曾国藩克复金陵，仅获封侯，而左在新疆建立功业所依靠的将领刘松山和湘军又是曾国藩所派遣的，于是只封左宗棠一等恪靖伯晋二等侯，以示稍亚于曾国藩。此举不异于在两人脆弱的关系上再砍上一刀。所以左宗棠在晚年，逢人便骂曾国藩，经常是喋喋不休。然而名臣毕竟是名臣，当曾国藩离世时，人们纷纷猜测左宗棠可能不会致祭，然而左宗棠却送来了他的挽联：“知人之明，谋国之忠，自愧不如元辅；同心若金，攻错若石，相欺无负平生。”这是左宗棠对曾国藩和他们两个关系由衷的评价。左宗棠的挽联使我们重新看到了其自身人格的完满，或者，他和曾国藩交恶是两个人共同演出的一段双簧，目的就是让清政府放心，如果真是这样，那真不知道该谁悲哀了。
（五）永不言败的战争之王
当然，镇压太平天国算不上什么功绩，如果算，那也比不上曾国藩。左宗棠一生对中华民族，甚至对自己，最大的贡献就是收复新疆。在晚清名臣皆是“内战内行，外战外行”的情况下，他率军抵抗外敌，收复新疆，为晚清腐败政治中唯一的亮点，也为中国保住了一百几十万平方公里的国土。因此，梁启超先生说左宗棠为“五百年来第一伟人”！这也是左宗棠至今仍享有的崇高威望，为后人缅怀的主要原因。谁能保我疆土，惟有左大将军！
同治年间，浩罕国将领阿古柏趁清政府无暇外顾之机，侵占新疆。沙俄趁火打劫，于1871年（同治十年）侵占伊犁，并向准噶尔盆地渗透。但是当时东南沿海防务也十分紧张，清政府不像现在的美帝，拥有同时打赢两场局部战争的能力，必须在“海防”与“塞防”之间作出优先抉择，于是一场“塞防”与“海防”之争就此掀起。
极端的和平主义者李鸿章认为：“新疆乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人烟稀少。乾隆年间平定新疆，倾全国之力，徒然收数千里旷地，增加千百万开支，实在得不偿失。依臣看，新疆不复，与肢体之元气无伤，收回伊犁，更是不如不收回为好。”而左宗棠则不同意李鸿章的“新疆贫瘠论”，他认为：“天山南北两路粮产丰富，瓜果累累，牛羊遍野，牧马成群。煤、铁、金、银、玉石藏量极为丰富。所谓千里荒漠，实为聚宝之盆。”而且从战略意义上考虑：“我朝定鼎燕都，蒙部环卫北方，百数十年无烽燧之警……是故重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师。……若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日。而况今之与昔，事势攸殊。俄人拓境日广，由西向东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂。徙薪宜远，曲突宜先，尤不可不豫为绸缪者也。”面对举棋不定的清廷，左宗棠慷慨陈词，把收复新疆提到保障国家安全的高度，坚决主张打击沙俄气焰：“若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺。”
终于，害怕失去国土、背上历史骂名的清政府决定与俄国人赌上一把，毕竟是在自己的国土上，胜算还是大点。1875年，朝廷正式任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。这一次，清政府是豁出去了，面对经费不足，皇帝甚至御批道：“宗棠乃社稷大臣，此次西征以国事而自任，只要边地安宁，朝廷何惜千万金，可从国库拨款五百万，并敕令允其自借外国债五百万。”可见什么时候都是软的怕硬的，硬的怕横的，横的怕不要命的。清廷这一次不要命了，北极熊还不是乖乖服软，可见事在人为。
左宗棠是幸运的，如果说这是一场事关国运的赌博，他代表中国把宝押在了自己最拿手的事物上面，不像翁同龢，两次在关系国家命运的关口把宝押在自己一点也不擅长的赌法上，结果给自己和国家带来灾难和羞辱。左宗棠不是“躺在安乐椅上的战略家”，他是一位具有丰富战争经验的军事家，面对当时的实际情况，左宗棠决定采用“缓进速决”的战略战策。其实这也是无可奈何的办法。所谓“缓进”就是要用一年半的时间筹措军饷，积草屯粮，调集军队，操练将士，作好充分的准备。因为新疆偏远辽阔，作战物资补给十分困难，因此必须有充足的时间作好后勤保障准备，而且面对艰苦的条件，必须对部队进行整编，不愿去的可以发路费回家，以确保出塞之师的斗志和士气。
《左宗棠平西战图之一》所谓“速决”，实在是因为空虚的帝国无法承受长时间的战争，否则将为战争所累。当然，并非你想速决就能速决的，充分的准备、周密的计划和正确的指挥是关键。在这些细节上，左宗棠是相当有经验的，他甚至从一个军人，一匹军马，每日所需的粮食草料入手，推算出全军八万人马一年半时间所需的用度。然后，再以一百斤粮运输一百里，估算出全程的运费和消耗。甚至连用毛驴、骆驼驮运，还是用车辆运输，哪种办法节省开支也做了比较。经过周密计划，估算出全部军费开支共需白银八百万两。细节决定成败。从这点来看，左宗棠必定成功。
《左宗棠平西战图之二》任何一位有实战经验的将军都不会忽视武器的力量，毕竟将军们的专职就是打仗，不战而屈人之兵的政治手腕还是留给政客们去发挥。为了对付阿古柏匪徒的洋枪洋炮，左宗棠从广州、浙江调来专家和熟练工人，在兰州造出大量先进武器，还仿造了德国的螺丝炮和后膛七响枪，改造了中国的劈山炮和广东无壳抬枪。经过一段时间扩充军备，已有了一批威力较强的轻重武器。可以说这时左宗棠的部队已经是接近近代军队了，火器占的比重相当大。
兵马未动，粮草先行。西域幅员辽阔，交通不便，军粮运输非常困难，正是因为这场战争将是“拼经济”“拼后勤”的战争，左宗棠才要求精简部队，速战速决，而且对军粮运输非常关注。他开辟了三条运输军粮的线路：一是从甘肃河西采购军粮，出嘉峪关，过玉门，运至新疆的哈密；二是由包头、归化经蒙古草原运至新疆巴里坤或古城（今奇台）；三是从宁夏经蒙古草原运至巴里坤。此外，左宗棠事先命西征军前锋部队驻军哈密并兴修水利、屯田积谷。但是哈密水渠年久失修，渗水严重，而且是砂土地，需用毡毯铺底。左宗棠得知消息后说：“开屯之要，首在水利。毡条万具，既所必需，文到之日，即交宁夏、河湟各郡并力购造。”经过努力，屯田积粮成绩巨大，1876年一年就收获粮食五千一百六十余石，基本上可以解决该部半年军粮所需。
万事俱备，只等开战。1876年4月，左宗棠从甘肃省城兰州移驻肃州。时已入新疆的张曜部屯哈密，金顺部屯巴里坤、古城一带。根据既定方针，左宗棠令刘锦棠率所部湘军分批出嘉峪关，经哈密前往巴里坤，会合金顺所部先取北路；命张曜部固守哈密，防敌由吐鲁番东犯。阿古柏得悉清军西进，即由阿克苏赶至托克逊部署防御：以白彦虎等率部分兵力防守乌鲁木齐等北疆要地，阻击清军；以一部兵力防守胜金台、辟展一线；主力2万余人分守达坂、吐鲁番、托克逊，成犄角之势。1876年8月上旬，刘锦棠、金顺二部清军从阜康�