孙策起兵时，他全力追随，从不思虑自己安危和前途。
因此，孙策对程普十分尊敬，私下里将他当作长辈。
周瑜筹建水军，程普则分管陆军。
他对孙策和孙权那么器重周瑜，不以为然，觉得周瑜只是诡诈之计多一些罢了，平日与他相见，颇为不屑。
周瑜很大度，怕孙权夹在中间为难，就从不和他计较。
以前，都是孙策治理军队和排兵布阵，周瑜制订未来战略和作战计划，各尽所长，合作无间。孙策死后，治理军队的重任就落到了戎马一生的程普身上，但与孙策比，相差甚远。
对此，孙权十分忧虑。
“公谨大哥，江东要有一个治军有方的人，这很急切啊！”
“这谈何容易啊！治理军队，首先要有足够的德望和权威。只凭这一点，能担当此重任的人就寥寥无几。”
“那你的水军呢？”
周瑜一听，也愁上眉头：“我精于智谋和战略，却不擅长治军。伯符一死，这个问题就日益突出了。”
“公谨大哥，你的学识和智慧，江东人士无人能及，这个重任，我看非你莫属。”
周瑜恍然大悟：“哦，仲谋，你绕了这么大一个弯，是这个意思。”
“军队的治理是打仗的根本，这是头等大事，交给别人，我不放心，你能放心吗？这几年，江东不会有大的战事，小股叛乱，杀鸡不用宰牛刀，我自会率兵平定，无需劳你的大驾。你正好可以潜心研究治军之术。”
周瑜稍一思想，就没再推辞，担当起治军的大任。
对于儒学，周瑜一度抛弃。近几年，他又觉得在乱世之中，儒学并非一无用处。
天下再乱，人再沉沦，在每个人的内心深处，都有对“善”的向往和尊敬，只要能够培养和引导，这种“善”将大放异彩，重新主宰人。
用儒学的“仁”和“礼”来治理军队，应该能收到很好的效果。
带兵，应该像父兄带子弟一般，无钱粮无升迁，尚是小事，切不可让他们因扰民而坏了品行，因嫖赌而坏了身体，将士们各个学好，人人成材，他们会感恩，他们的父母妻子也会感恩，愿意把他们送来。这样的军队才是王者之师，才能无敌于天下。
周瑜招募水军，宁缺勿滥，只招三种人：一种是水性好的贫苦渔民，一种是穷山僻壤的山民，一种是朴拙的农夫。而城里市井之徒和商人子弟，几乎不用。
在训练上，周瑜要求之严格，还胜孙策。他要求天天训练，阵法技击，无不演习。
和孙策不同的是，周瑜苦口婆心地给将士们讲正义之理，开诚布公地讲救世济民的伟大思想。日子一久，将士们渐渐接受了这种精神感召，变成了有“主义”的军队，将士之间亲爱精诚，献身精神大大增强，对外严守纪律，爱护百姓。
周瑜将孔子、孟子、孙子、管仲、乐毅、田单、荆柯、韩信、张良等先贤名士们的故事讲给将领们听，再让他们讲给士兵听，收效很大。
其中，洪大胡子的效忠，就是最明显的例子。
洪大胡子当了二十年的海盗，很讲义气，有恩必报，有仇也必报，但他杀人无数，罪恶深重，吃喝玩乐是其最高的人生目标，是非标准和善恶观念极淡，什么为国为民，什么君子之德风，统统是痴人梦呓，不知所谓。
洪大胡子在水军中，主管帆的制造，十分清闲，就经常到水兵营中闲逛。他和水兵们都出身于贫苦，粗旷朴拙，十分投缘。
将领们受周瑜之命，不厌其烦地进行高尚思想的教育，使他们胸怀正义，感受公理。洪大胡子听得多了，渐渐地懂了，觉得有点道理，不是“吃饱了没事干撑的”。有的晚上，他竟然不去喝酒，也留下来听。
水军大营的四周，都是质朴的渔民和农夫。
周瑜对水兵们反复讲解“民乃兵之本”的道理，有民才有兵，没有民，兵就失去了依靠，无法存活。他经常组织经验丰富的水兵，帮助渔民修破渔船，传授出海经验。因此，江东水军的声誉极好，附近的百姓见了他们，十分热情友好。
有一次，洪大胡子酒兴来了，约了三个水兵在集市上买酒，已经挑好了两坛，一摸口袋，忘了带钱，十分扫兴。
那酒店的主人一看他们穿着水兵的军服，很大方地说：“水兵兄弟们想喝酒，就带去吧，我不要钱了。”
一个水兵忙说：“那可不行，我们的军令很严，不能白拿老百姓一根葱，何况是两坛酒了。”
“死心眼，我就说你们给钱了，谁知道。”他是真心诚意的，一边说，一边使劲推着洪大胡子，“快走吧，别在这里耽误我做生意。”
此时此刻，洪大胡子像被一股巨大的电流击中了，内心充满了温情，好暖好暖的。这是一种他从未有过的感动，觉得这两坛酒是无价，给多少钱都不算多。
第二天一早，洪大胡子就把酒钱送来了，但那酒店老板坚决不要。
“水兵大哥，你们给百姓们做了许多好事，我们都很感激！我有个弟弟是渔民，他的渔船坏了，自家人单力孤，是修不好的，但有一天，来了二十几个水兵一起动手，一天时间就修好了，一文钱也没要啊！”
争执到最后，酒钱还是没要。
洪大胡子回想起过去自己抢劫渔民，血洗渔村的所作所为，十分悔恨。
从这以后，他更热恋水兵大营了，变得十分勤快，帮助周瑜训练水兵，从不计名利。天天笑哈哈的，红光满面，和蔼可亲。水兵都很喜欢他，有的小水兵把他当成知心的长辈，甚至有时故意戏弄他。他一点也不在意，反而很开心。
在洪大胡子的一再请求下，周瑜把他从造船厂调到水兵大营里，任一名带兵校尉。
洪大胡子在海上纵横二十年，水面作战经验十分丰富，给周瑜提出许多宝贵意见，江东水军受益非浅。于是，周瑜不计前嫌，请孙权破格任用他水军总教头，官职与韩当等三朝老将们平起平坐，俸禄相当。
如此殊荣厚赏，令洪大胡子所料不及，发誓要效忠江东水军。周瑜的许多训练计划，都是和洪大胡子商量后制定的。
周瑜素不爱财，在选人任将上，他也不用为名利而来的人。那些提拔稍迟一点就怨恨不己，遇到一点不如意就怨气冲天的人，必会与同僚争薪水，与士兵争毫厘，小肚鸡肠，做不得大事。
但与此同时，他又坚持以“利”来获得军心，实行厚晌养兵，使一个普通兵卒除了个人生活外，还可资补家用，因此而安心操练，一心向上，不想扰民，也不想做其它副业。
周瑜的水军将领，大都不善言辞，甚至不重礼仪，但行动如风，从不推辞和畏缩。凡是能言善辩，处事圆滑之人，他一概不用。
身边的将领，一定在诚，且必须是发自内心。“君子之道，莫大乎以忠诚为天下倡”，臣诚，必尽忠于军；僚属诚，必尽忠于长官。这是维系君与臣、长官与僚属、将与兵之间牢不可破的纽带。孔子说的“礼治天下，仁者无敌”真有道理啊！治军要讲法，也是讲儒，二者不可或缺。
在钻研治军之术时，周瑜重新捧起了儒学经典，思考运用，得心应手。
大凡年轻人，血气方刚，锐气十足，往往矫枉过正，从一个极端走到另一个极端，爱什么，就万分尊崇，恨什么，就觉得一文不值。任何一种学说，都有它的合理成份，就像任何人，都有值得学习的地方，就是从两个人的吵架中，也能受到启发。
孙权到水兵大营巡示，问：“有多少水兵了？”
“这不太好说。”
孙权十分奇怪：“为什么？”
“大营中有五万水兵，但这一带的百姓和我们水兵情深意厚，若有强敌来犯，兵民一体，同仇敌忾，即使有十万敌军，也能叫他有来无回。”
孙权心花怒放：“公谨大哥治军，我放心矣，江东无忧了。德谋应该让贤了。”
周瑜忙摇头：“德谋乃是江东的三朝老臣，德高望重，让他交出陆军大权，他会不服气，也令老臣子们心寒。我的治军之术并不复杂，我先告诉你，由你转告德谋，岂不更好。”
孙权连连点头。
程普从孙权的口中，听了周瑜的治军之法，连连称奇，当即就表示要照搬到陆军中来。接着，孙权又说了周瑜的良苦用心，令程普倍感惭愧。此前，他自以为是三朝元老，战功赫赫，多次怠慢周瑜。
于是，程普亲自来到水军大营，拜访周瑜，一见面一躬到地。
“以前多有得罪，望公谨宽恕。”
周瑜急忙拦住他：“德谋，你这是为何啊！论官职你和我相同，论辈份，你还是我的长辈。”
“今天，我是廉颇，你就是蔺相如。我们重演一遍将相和。”
从此，程普对周瑜十分敬重，二人关系非常亲近。
他告诉别人：“与周公谨交往，就好像喝下厚味的美酒，不知不觉就已沉醉。”
孙策死时年仅26岁，这时候，曹操是46岁，袁绍48岁，徐州的刘备40岁，荆州的刘表47岁，汉中的张鲁38岁，益州的刘璋36岁，他们的人生阅历和统治经验都很比较丰富，且是掌权较久，应付过各种危机。
孙权执掌江东大权时才19岁，还是个少年，他望眼天下，觉得任重道远，有一种极强烈的危机感：我这稚嫩的双肩，能挑起振兴江东，鼎足天下的大业吗？
有了危机感，孙权十分勤奋，既埋头苦读，又虚心向人学习，其中请教最多的当属周瑜。
孙家几经磨难能东山再起，要依仗程普和黄盖等旧部老臣，但要割据江东甚至是平定天下，就要靠公谨大哥和鲁子敬等少壮派了。忠心耿耿的部属，谁都有，但像公谨大哥这样的奇才，就可遇不可求了。
东汉献帝建安十三年（公元二0八年），江东倾兵而出，杀向江夏的黄祖，孙权再度披挂上阵，统领陆军。周瑜则被任命为前部大都督，率领自己训练已久的水军，浩浩荡荡地向江夏郡出发。
黄祖与孙家乃世仇，当年孙坚便是单骑追杀，在岘山被其士兵射杀身亡，孙策为报父仇，曾多次讨伐黄祖，黄祖亦曾在刘勋被逐出宛城后，率军赶来欲助刘勋夺回领地。然而孙策在尚未与黄祖分出胜负之前，便不幸殒逝。
因此，与黄祖之间恩怨的了结，就落到了孙权身上。在此之前，孙权已两次征讨过黄祖，一次是在建安八年（公元二0三年），原本已大破对方舟车，却因为辖区山越族叛乱，只好回军平乱，未能破城。另一次是在建安十二年（公元二0七年），这回由黄祖先行挑衅，遣手下猛将邓龙率数千捕鱼马进攻柴桑，不过给迅速率军赶到的周瑜击溃，一路穷追猛打后，反将邓龙生擒，并掳获男女数百人。
而这次大举进攻，主要是周瑜见时机已经成熟，想测试培训多年的江东水军能够发挥多大的威力。
历经两次激烈的对战，江夏郡实力大不如以前，但黄祖仍拼命死守，他用两艘以生牛皮包裹的狭长蒙冲封住沔口，船上用坚韧的棕绳捆住巨石，然后抛向江底，藉此固定船身。船上千余士兵不断用弓箭向外发射，顿时箭如雨下，江东水兵根本无法靠近。
江东的偏将军董袭、别部司马凌统，立功心切，见此景况十分焦急，不等主力水军赶到，就各率敢死队一百人，每人身披两副铠甲，乘着大船冲入黄祖两艘冲之间，董袭抽刀砍断棕绳，先让蒙冲失去定点而漂走，再令大船强行清出一条水道，打乱黄祖的阵式，于是江东的主力水军毫无阻碍的通过了沔口。
黄祖见状，连忙派水军都督陈就迎战，不料一触即败，被周瑜杀得溃不成军。平北都尉吕蒙统率前锋，亲手斩下陈就的人头，悬挂示威。江东士气大振，乘胜直追。
另一方面，孙权的陆军几乎未遇到任何抵抗，就长驱直入夏口城下。不久，周瑜的水军赶来会合，经过一阵猛攻，很快就破城而入。
黄祖在一队亲兵的保护下，拼命杀出重围，无奈仍被追上，死于乱军之中。
江夏郡失守，荆州人如梦方醒，惶惶不可终日。
刘表长子刘琦与弟弟刘琮，因继位问题水火不容，刘琦眼见自己势单力薄，情况越来越不利，在和刘备新得的谋士诸葛亮请示后，认为这是躲避灾祸的好机会，逐向重病卧床的父亲请求接替黄祖的职位。刘表考虑几日后，终于答应让他出任江夏郡太守，并设法与孙权大军抗衡。
周瑜得知此消息，微笑着喃喃自语：刘表根本就不知道我周瑜是何人也，看来，荆州已成歼灭黄祖的另一项胜利品了。
就在周瑜和孙权摩拳擦掌之际，忽然接到密探千里飞马来报—�