力工程领域过硬履历的江担任所长兼党委副书记。身兼两职给了江很大的权力，这一任命把江提拔进了高级领导干部的行列。
江对于这一任命心情复杂。虽然他将成为有300多人的新机构的领导，但他更喜欢在北京工作的前景。新职务的一个不利因素是，他的家庭没法与他同行。家人不得不留在上海——这是一段20年分居生活的开始。尽管江每年有一个月的假期可以与家人团聚，两地分居还是使这个家庭，尤其是他的妻子在情感上付出了代价。另一个不利因素是，武汉作为湖北省的省会处于政治主流之外。不过，事实很快证明，这一点反而是天大的喜事。在此后的几年中，政治的主流是任何人都最不愿卷入的。
1965年11月10日，迫在眉睫的厄运初见端倪。一家上海报纸刊登了抨击北京市一位副市长所写剧本《海瑞罢官》的文章。评论的作者是一个叫姚文元的人，他声称该剧含沙射影地攻击了毛主席，阴险地暗示有党的高级干部在背地里支持该剧。后来结果表明，姚自己才恰恰为他人所操纵，特别是毛的妻子江青以及上海的宣传干将张春桥。他们三个再加上一个名叫王洪文的工厂保卫干部将会成为臭名昭著的“四人帮”。
到了1966年3月，“四人帮”（译注：当为江青等人，此时“四人帮”尚未形成）毛危言耸听地说，“你的命令没人理会，你的权威正被人篡夺”。毛则认为可以通过净化中国的意识形态加速中国的发展，但所谓的“文化大革命”却来源于他的信念，这信念产生于他动荡的一生的晚年，即他必须再次使中国革命化。“文化大革命”开始是为了阻止中国走上苏联赫鲁晓夫式的“修正主义”道路，最终却化为十年浩劫，几乎毁掉整个国家。毛想造福的对象——工人和农民——全都变得更加贫困。
正像他以前所做的那样，毛又一次求助于人民，敦促他们谴责其领导人和被他称为“阎王殿”的党的中央委员会的一些部门。当年晚些时候，国家主席刘少奇和中央委员会总书记邓小平分别被打成“头号走资派”和“第二号走资派”。两人都遭到清洗。刘少奇夫妇受到了红卫兵长期的肉体和精神折磨。当监狱方面拒绝治疗刘少奇的糖尿病时，他的生命走到了尽头。邓小平也免不了承受较长时间的艰辛，但其命运要好得多。
类似的惩罚也落到了全国各地的知识分子和专业人士的头上。最初，他们并不认为这种疯狂能够持久，但在狂热情绪和激进分子与投机分子的推波助澜下，“文革”迅速升级，并失去控制。毛泽东，一个真正具有超凡魅力的人，其人格却被严重扭曲了，对他的崇拜笼罩着全国。年轻的红卫兵大多数没受过多少教育，他们挥舞着记录着毛主席语录的红宝书，好像它是神灵的启示一般，对任何他们认为是反革命的人加以审判。红卫兵呼喊着制造不和的口号：“破四旧”（即破除旧思想、旧文化、旧风俗、旧习惯）、“宁要社会主义的草，不要资本主义的苗”和“永远忠于毛主席”等。
大学被关闭了，教授们被流放到农场去清扫猪圈或在水稻田中劳作。当“革命委员会”接管了为数不多的仍在办公的机构以后，运动进程告一段落。人们开始相互为敌——工人对工人、朋友对朋友、孩子对父母。随着数百万人遭到清洗，文明被扫进垃圾堆，整整一代人被毁掉了。30年后，江泽民说：“贬低和破坏美好文化艺术的荒谬行为是完全错误的。”
起初，江最担心的是他在上海的家人。到1966年11月，他意识到无政府状态并没有像多数人希望的那样快要过去，而是正在不断蔓延。12月，他请了一个短假去看望妻子和儿子。他决定取道北京，他这样绕道有其深意，是想亲身感受一下正在发生的一切。
到达首都后，江了解到，一机部所有高层领导都已经或即将被打倒，并发配到农村去扫猪圈和种稻子。汪道涵和江的其他朋友一样都被流放。他们销声匿迹了10年或更久。
上海的情景同样令人不安。潮水般的红卫兵蜂拥在市委大楼门前，高呼口号要求市委书记陈丕显和市长曹荻秋下台。两人都曾有过光辉的革命记录，现在却遭到攻击。据说是因为陈拒绝谴责刘少奇和邓小平。12月30日，聚众闹事者突破了军队把守的路障，洗劫了中共上海市委的办公室——该事件被称为“康平路事件”。此后不久，陈就被揪出来参加了3次批斗会和公审，电视台对此进行了现场直播。此后他和其他许多人一样也被清洗了。江泽民后来把这一阶段的动乱称为“史无前例的破坏时期”，其中有些是他亲眼目睹的。
1967年1月，江回到武汉，他发现“文革”的冲击已像冬日的寒风，横扫了这座城市。江保持了低调，他穿上旧军服，与普通人装束无二。不过，作为研究所所长，他很容易成为攻击目标，批判他的“大字报”贴到了墙上，其中之一写道“江专而不红”。他被指控为走“白专”道路，是“修正主义者”和“走资派”。他自己说过的话——“我们必须热爱我们正在从事的工作”——成了他的罪证，他还因为重复陈毅将军的话——“‘专’就是红，它们是同一问题的两个方面”——而受到批判。
在江泽民身上，红卫兵找到了大量的攻击点：他的知识分子背景、他成长的文化背景、他所接受的精英教育以及他在苏联的留学经历。他能说多门外语这一事实意味着他“崇拜外国生活方式”。他们还指控江过着“资产阶级的生活”。
江的确非常注意自己的外表。他偶尔会在公开场合梳头并整理着装。他的朋友们有时候会以此开一些善意的玩笑，他们会说：“大脑袋小梳子。”江会微笑着回敬他们：“爱美乃人之天性。”
江默默地承受批判。与他的同学和同事相比，他知道自己是幸运的。他没有被清洗、流放或监禁。他有两个救命的优势：他生在一个“红色”的家庭；他专注于科学研究。用“文革”的语言来说，他是属于“靠边站”，而不是被“打倒”。尽管如此，他还是很愤怒：毕竟他曾为建设党和国家那么努力地工作。江后来告诉他的朋友和家人：“墙上的大字报真令人难以忍受。没办法同他们理论。对我而言，这是一种折磨与考验。”
红卫兵选了一个名叫刘振华的大学生来调查和审问江泽民，这可能是使江感到最为屈辱的事情，在审问中，江十分坦诚。他告诉这个神经过敏的学生：“你们年轻人必须保持清醒的头脑。在我们社会主义国家，有各种各样的人。你必须学会如何用自己的头脑分析问题并发掘真相。”当刘指责他的“资产阶级生活”时，江愤怒了。
刘私下里告诉一位朋友，他非常感激江的忠告。
尽管如此，江被拉下了所长的位子，接受公开批斗，被迫交代自己的“错误”并写下检讨书。尽管他在心里可能有时觉得生气；有时觉得好笑，但江努力保持一个坦率正直的态度，不给那些坏蛋以任何借口对他进行变本加厉的迫害。即便如此，他拒绝为了开脱自己而牵连任何人。一段时间后，攻击他的人好像已经用尽了所有可以指控他的借口。
是什么原因使江泽民遭受的迫害相对较轻呢？首先，他离北京和上海比较远——那两个地方被看成是滋生反对毛以及破坏共产主义的“走资派”的温床。另外，江的个人行为无懈可击：他没什么财产，从不追求浮华的生活方式。为了把迫害他的人搞糊涂，江强调他的父亲是共产党的烈士，而对他成长的文化背景和所接受的精英教育则轻描淡写。那时江还不知道，他的母校扬州中学是红卫兵攻击的早期目标，他们用鲜亮的大红色把这栋“封建”大楼涂抹得面目全非。
江竭尽全力帮助所里的工作人员。他的办公室主任姓杨，曾经在中南海担任过10年的警卫工作，对党很忠诚，但由于曾给中央委员会写信批评“四人帮”（译注：当为江青等人。此时“四人帮”尚未完全形成）而被打成“反革命”。江对他说：“杨同志，你确实是一个好同志。你一定要相信只要我们的老一辈领导人还健在，只要人民解放军还在，天就塌不下来。最终，你会得到平反和正确评价的。”
在江被停职期间，他为技术人员组织讲座和课程，考虑到当时反知识的政治气候，这真是个小小的奇迹。其中包括用英语和俄语来授课，吸引了100多名学生。他还加深了自己对核工程学及马列主义的理解。头一次有了那么充足的时间，他可以如饥似渴地读书，特别是英语书籍，非常具有反讽意味也非常聪明的是，其中包括外文版的毛泽东著作。毕竟，怎么能够批评他读毛的著作呢？江的另一项自我完善是学游泳，这一技能成为他在以后岁月中最主要的锻炼方式。
9月，江探访了一些新入所成员的房间，注意到他们中的4个人挤在一个狭小的屋子里。在与一位名叫华明春（音译）的不到20岁的毕业生交谈时，他说：“小华，为什么不和我住到一起呢？”听到这话，新来的同志不知道该怎么回答，只是紧张地笑笑。“这不是什么大事，”江说，“所长和其他人都应该一样。领导决不能搞特殊。”当华到了江的房间，他惊讶地发现江已经重新放置了两张单人床，还把自己的小书桌放在床中间，与他共用。
1967年是“文革”的暴力活动达到高峰的一年。华明春回忆说：“有一天，我问江所长，他想不想出去看不同红卫兵派系间的武斗。他拍拍我的肩膀说：‘小华，你还年轻，你应当把时间用到学习上。如果我们没有知识，就不能建设我们的国家。’”
在华搬进来之前，江把所有业余时间都用于在宿舍里学习。他的床上总是堆着高高的书。如今他有了个室友，江便在办公室里读书，直到很晚才回来，几乎总是要到华睡着以后。“他总是很小心地开门，”华说，“他从不开灯，总是摸黑作上床前的准备。”
华和江在一起住了3年。他记得江从不抽烟或喝酒。不过，他的确记得江的宽边眼镜，还有那颇有意思的头发问题。华说：“我们所里有些人批评江的头发留得太长了。他们说江的发型是（解放前）30年代的。”
江别无选择，只能把头发剪短，但当他回来时，听到了同样的抱怨——说他的头发还是不够短。因此他再次回去，让理发师给他理了个政治上正确的寸头。当他这次再回来的时候，他摩挲着几乎已被剃光的头问他的室友：“小华，现在我的头发怎么样？”
华忍不住笑了起来。他说：“好啊，江所长，短头发能防止被人‘揪辫子’。相信我，这次没人会批评你的头发了。”
江泽民在武汉的那几年里，只有很少的个人财产——一个旧皮箱、一个人造革手提包、一条蓝色碎花小棉毯、一顶旧蚊帐、一个小收音机以及一个煤油炉。研究所没有食堂，单身汉要吃饭就得到隔壁的武汉锅炉厂去。有时候，江工作或学习太忙，他会给华留一个字条，让他带碗米饭回来。其他时间，他会用煤油炉做点简单的汤面。“我们所里就有煤油，”华解释说，“但江总是到商店去买他需要的那一点煤油。”
“个人的就是个人的，”江说，“所里的就是所里的。我们必须公私分明。”
“在我看来，这有一点过分了。”华补充说。
1968年，有更多的人进所，由于没有空房子，两个人搬进来与江和华同住。江对华说：“我们要同甘共苦。”他的室友聊天打牌，但无论屋子里有多吵，只要江在屋里而又没睡觉，他就总是在读书。有一次，一个室友的家人来访，江建议所有其他人另找地方睡几天，让那家人有些私人时间在一起。
多年后（1991年），华明春惊讶地得知江泽民是江上青的儿子。“我们在一个小房间里生活了3年多，”华当时说，“但他从没对我提过他是烈士的儿子。”
1967年10月9日，周恩来总理——在这个灾难性的时期几个孤独的理性的声音之一——访问了武汉。研究所的工作人员按要求夹道欢迎这位伟人，江与其他同事一样，都把这看成是一种荣誉。但是，就在周到来之前，江和另外6名靠边站的高级领导被强行关进一个空屋子里，不许出来。这让江感到苦涩和失望。他说：“今天，我最大的遗憾就是没能见到周总理。”江的同事从没见他这么沮丧过。
在停职近两年后，江泽民被要求接受党的严格审查，结论是在江的个人背景或政治行为中找不到任何严重问题。结果，江被送到“五七”干校。“五七”干校的得名是因为毛泽东在这一�