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第二天，同一内容的早餐后，一位女管理员在监号门外喊：“葛佩琦：出来！”他被领到监房院的大门，一位武装战士把他带到了另一个院子。这院子北边有一排平房，一溜开着五六个门，每个门旁都挂着“审讯室”三个字的牌子。他被带进了一个审讯室，坐在办公桌旁边的，正是前天晚上逮捕他时那位穿便衣的同志。
“你刚进看守所，可能有些不习惯，过一段时间就好了。把你带到这里来，是为了弄清你的问题。你只要好好交代问题，就有前途。”
1958年2月18日，春节。春节过后，葛佩琦入狱已近两个月，才第一次接受正式审讯。审讯他的是一位年轻的审讯员。这位年轻人对祖国的现代史和党的地下工作知识，似乎还是一张大白纸。当葛佩琦回答他对“历史经历”的询问，说到1938年在河南商丘地区组织豫东抗日游击队时，这位年轻人问：“你组织游击队干嘛？”葛佩琦回答：“抗日。”这位年轻人把桌子一拍：“胡说！国民党是积极反共的，你会抗日吗！”
“你说说，你在东北当‘国民党少将’，你都干了些什么？”
“我是共产党员，”葛佩琦说，“是党的地下组织派我打入国民党东北保安长官司令部，以‘国民党少将’名义作掩护做地下工作的，我搜集了国民党的大量重要军事情报，报给了我党地下组织……”
“你是‘国民党少将’，你怎么会是共产党员呢？”年轻的审讯员怒斥道。“你这是公然污蔑共产党！这是审讯室，你要小心！你要这样胡说，就要罪上加罪！”
这样的审讯一共进行了三十六次，有时白天黑夜连续进行，葛佩琦视之为“简直是精神折磨”。从第一次审讯后，他就再也不提自己是共产党员。审讯员给他的“写亲笔供词提纲”中，也没有要求写参加共产党和奉党的指派做地下工作这一条。为党为国出生入死十几年，早被一笔勾销了！
1958年秋天，这位年轻的审讯员，对葛佩琦进行了第二阶段共达三十次的系统审讯。审讯内容与第一阶段的大致相同，但也提出了一个新问题：“你出卖了共产党的哪些利益，才当上‘国民党少将’的？！”葛佩琦说：“我不但没有出卖共产党的利益，我还给共产党做了很多有益的工作。抗战胜利后，党中央西安地下情报组织派我到东北做地下工作时，不是我一个人而是一批人，单是我们这个情报小组就有四个人；以‘国民党少将’名义作掩护的，也不只是我一个；和我在工作上单线联系的李年，也是用‘国民党少将’身份作掩护的……”
1958年初冬，审讯员给葛佩琦一份“写亲笔供词提纲”，他很快写好交了上去。不久审讯员对他说：“你的问题已经‘结案’，听候法院开庭审理。”葛佩琦不禁暗自惊喜，以为尽管度日如年地苦熬了几将一年的岁月，终于“结案”快回家了！
1959年2月下旬，他看到了北京市人民检察院分院送来的一份《起诉书》，他才知道自己的那种“暗自惊喜”未免太想入非非了！《起诉书》中把他的革命历史全部称为“反革命历史”，把1957年6月以来大小报刊上对他的那些栽赃诬陷的不实之词作为论据，说他“公开叫喊要杀共产党人和推翻人民政权”，要求法院对他“依法惩处”。
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的苍天可鉴：他被党判了无期徒刑
1959年3月4日早饭后，他出庭受审。法庭就在草岚子看守所内监房大院外的另一个院子里。这院内有一栋坐北朝南的瓦房，门上边写有“法庭”二字。审判台上坐着审判员、检察员、书记员、陪审员，台前站着几位法警。庭内虽然也摆满了木制长条椅，但没有一人旁听。
审判员指着最前面的一张长条椅让他坐下，问了他的姓名、年龄、工作单位，由检察员宣读《起诉书》。读完之后，审判员要他陈述意见。这是维护真理与革命法制的关键时刻，他再也不能默默忍受不准提及自己是个共产党员的禁令，而为自己做了论据充足、法理畅然的辩护。他说：
《起诉书》控告我的罪名，概括起来可以分为两条：第一条是“历史反革命”；第二条是“现行反革命”。根据事实，这两条罪名都不能成立。现将理由陈述如下：
《起诉书》控告我为“历史反革命”的主要内容，是说我“历充蒋匪要职，积极为敌效劳，长期充当蒋匪特务”，这完全是颠倒黑白，混淆是非。
不错，我曾担任过“国民党军委会委员长天水行营少将特派员”、“国民党东北保安长官司令部政治部少将督察”等职；但这不是我的真实职务，而是我的掩护身份，是共产党（有关组织的）领导人让我去担任的。在这些名义的掩护下，我曾策动大批汉奸部队反正，编入抗日部队序列；我曾掩护建立沈阳地下电台并搜集了国民党的大批重要军事情报，报给共产党……这类事实证明，我不是“为敌效劳”，而是为共产党效劳，为抗日战争和解放战争效劳。上述事实也证明，我不是“蒋匪特务”，而是接受了共产党的派遣，打入国民党高级军事机关的地下情报工作人员。以上事实证明，我的历史是革命的，而不是“反革命”的。所以《起诉书》控告我为“历史反革命”的罪名是不能成立的。
《起诉书》控告我为“现行反革命”的主要内容，是说我“借党整风之机，攻击诬蔑党的各项政策和政治运动，叫嚣要杀共产党人和推翻人民政权”。认定这条罪名的证据，都是从1957年报刊上抄下来的对我的诬陷不实之词。例如《起诉书》上引用的：“肃反搞糟了，统购统销搞糟了，老百姓把用豆饼做的豆腐叫做日本的混合面，人民生活提高的是过去穿破鞋进城，现在坐上小汽车的党员和干部”；“党员起了监督群众的便衣警察作用，因为党组织要他们作情报”；“今天的党群关系和解放前相比，差了十万八千里，1949年共产党进城时，老百姓‘箪食壶浆’以迎王师；今天老百姓对共产党的敬鬼神而远之”；“共产党可以看看，不要相信我们知识分子。搞得好，可以；不好，群众可以打倒你们，杀共产党人”，等等。
《起诉书》从报刊上引用的这些话，不是我的原话；报刊发表这些言论时，没有经我同意，没有经我签字，是没有法律效力的，不能作为定罪的“证据”，这是第一点。第二点，毛主席多次说：“右派问题是敌我矛盾，我们作为人民内部矛盾处理。”既然把右派问题作为人民内部矛盾处理，我在整风座谈会上的发言，就不能作为定罪的“证据”。根据以上两点理由，《起诉书》控告我为“现行反革命”也是不能成立的。
综上所述，我既不是“历史反革命”，也不是“现行反革命”，请求法庭依法宣告无罪释放。
但是，正像开庭前两天，监房的那位女管理员问葛佩琦要不要请辩护律师时说的那样：“辩护不辩护，都是一个样：法院是以《起诉书》为根据、是听党的话的。”
6月29日，距离葛佩琦为自己做出强有力辩护的三个月又二十五天，北京市中级人民法院给他做出了“判处无期徒刑”的判决。《判决书》如下：
查被告葛佩琦历充蒋匪要职，积极为敌效劳。长期充当蒋匪特务，发展情报人员，并亲自搜集我军情报，报与敌特机关，参加镇压学生运动。多次诽谤我党，鼓动蒋匪帮反共反人民的气焰。解放后对其主要历史罪行又长期隐瞒，拒不向政府坦白。人民政府未念旧恶，给其安置工作，在人民大学担任讲师的重要职位。被告本应感恩自悔，痛下决心，彻底改造，重新做人，好好地为人民服务。但被告却相反，视人民对其宽大为可欺，死抱反动立场，坚决与人民为敌。乘党整风之际，即歪曲事实，颠倒黑白，向党和政府展开全面的进攻，竟公然叫喊要杀共产党人，要推翻人民政府。被告这些严重罪行，引起全国人民的公愤。故本院根据中华人民共和国惩治反革命条例……之规定，判决如下：
被告葛佩琦犯反革命罪判处无期徒刑，剥夺政治权利终身。
证物：匪（指国民党）军衔花八个、帽徽一个、司章三个、军服两套、军服带两条全部没收。
看了这份《判决书》，葛佩琦的目光久久地凝注着其中“歪曲事实，颠倒黑白”这八个字。对照着他迄今为止的四十八年来所走的每一个脚印，究竟是谁在“歪曲事实，颠倒黑白”，这又是苍天可鉴的！他立即向北京市高级人民法院、北京市人民检察院提出申诉，而且接连申诉了许多次，都被一一驳回。从此，他步入了榛莽漫漫的无期囚徒之路。
消息传出，海外一家报纸评论说，葛佩琦作为共产党打入国民党要害部门的一名得力情报人员，是促使国民党在东北战场大溃败的一个局外人无从知晓的因素，国民党后来想惩治他而只能干瞪眼，想不到共产党自己却帮了国民党的这个大忙。
走在榛莽漫漫囚徒路上的葛佩琦当然不会听到这种对共产党竭尽嘲讽之所能的传说。他虽然对自己和整个家庭所受到的这种令人难以置信的遭遇耿耿难平，但他坚信这不是自己的党无情，而是钻进党内极少数坏人为了私利使然，因而他确信自己的不白之冤，终有一天会大白于天下。
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的无期徒刑只住了十八年监狱；出狱时，他已成了近乎双目失明的孤寡老人
那是一个偶然的幸遇。
1975年冬天，出于政治策略上的某种考虑，中华人民共和国第四届全国人民代表大会常务委员会第二次会议决定，对在押的原国民党县、团级以上的党政军特人员全部予以宽大释放。凡有家可归的，都可回到原籍；无家可归的，由政府分配到劳改就业单位就业，享受国家职工待遇；原职务级别属于国民党少将以上或国民党省政府、省党部以上、经当地公安部门同意又有常住户口直系亲属接纳的，可以回到北京、天津、上海这三大城市；愿往台湾的，政府提供方便……
这样，身置山西监狱的葛佩琦，在12月中旬，与山西省各个监狱就业单位的七八百名国民党县团级以上人员一道被宽大释放。又几经周折，他才于1976年3月下旬回到了北京。这时候，他已成了全身“没有一个好零件”、双目几近失明的六十五岁的老人了……
在1959年春天审讯“结案”，等待法院做出宣判时，他就被从草岚子看守所转到了北京市看守所，在那儿从事书籍装订劳动改造，一待就是五年。在这五年中，他不断便血，肋骨结核，血色素最低时降到三点五克，只有成年男子正常数的四分之一，身躯日益衰颓。又由于对右脚拇趾的毒疮未能及时治疗，后又治疗不当，几乎造成小腿截肢，留下了腿脚麻木的后遗症，不得不用双拐代步，与战场下来的伤兵无异。因之在1964年春天转去关押长期徒刑人犯的北京市第一监狱后，虽然那里拥有可以从事轻度劳动的织袜工厂、塑料工厂和钓鱼竿车间，等等，他也不得不长期住在监狱病房。
1966年6月“文革”开始，清理政治环境，把“地富反坏右”赶往外地的北京市当局，于8月6日夜晚，把葛佩琦等五百多名“反革命”人犯锁进闷罐子火车，押送到大同以北、雁门关以外，山西省第四劳改支队管辖的大青窑煤矿。由于他每挪一步都要借助于双拐，在必须下窑的煤矿中等于是个废人，同时塞外气候寒冷，也不利于他的健康的恢复，劳改支队的贾政委出于革命人道的考虑，派人把他送到位于太原的山西省第一监狱。为此贾政委后来遭到批斗，被调离了劳改支队。
对外叫做“太原联保工厂”的山西省第一监狱，内有塑料、铝制品、印刷、制鞋等车间，葛佩琦被分在制鞋车间劳动。1968年秋，他的右目突患急性青光眼，眼压升高到七十毫米汞柱，等于正常值的三至四倍，疼痛难忍。监狱医务所的一位针灸大夫误以为是偏头痛，多次扎针而贻误治疗时间。待另一位大夫确诊为青光眼时，却又说外面“文化大革命”太乱，不肯送他去外面有眼科大夫的医院抢救，而让监狱医务所的一位不懂眼科的外科大夫给他做了青光眼手术，给他留下了白内障后遗症。
1969年春，为防范全是来自上海、浙江、福建、广东等沿海地带的犯人趁“文革”之乱而越狱�