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7月，东北解放军围攻四平守敌新七军。国民党东北保安长官部副长官郑洞国任前进指挥所副主任，率领榴弹炮营和坦克大队离开沈阳前往增援。担任这个前进指挥所新闻组组长的葛佩琦，在进达铁岭的当天夜晚，用军用电话向我党沈阳地下组织密报了这一情报，使围攻四平的解放军及时采取了应急措施。
不日，葛佩琦当年的北大校友傅汝霖，率领南京的国民党中央慰劳团到达四平，专要葛佩琦陪他一道看了几处伤兵医院，又一同坐飞机到了国民党新一军困守的长春。在对高级军官慰劳会的交谈中，葛佩琦获知了新一军的城防部署的动态，一回到沈阳，就向地下组织报告了这一切。
总之，在1946年春天到1947年秋天的一年半的“深入虎穴”中，葛佩琦尽管随时都有被捕杀的危险，但仍恪守一个党的地下工作者的行动守则：静似处女，动如脱兔，机智果敢，沉着冷静地获取了大量情报。这些情报，对东北人民解放军夺取许多重大战役的胜利，发挥了不可磨灭的功效。
但是，既然是“虎穴”，就难免受到“虎狼”的伤害。1947年10月初，西安情报站被西安国民党军统特务发现，赵耀斌被捕。赵耀斌在西安新华巷一号的住宅，打着胡宗南或三青团陕西分团旗号开办的《新秦日报》、西北通讯社和研究书店，都遭到了特务们的彻底搜查。被周恩来称做我们党“情报工作后‘三杰’＇注1＇之一的熊向晖的真实身份已完全暴露，只因军统特务头子毛人凤等人与胡宗南的关系至为深厚，他们为保住胡宗南的“声誉”，才没有向蒋介石报告，而让大吃一惊的胡宗南亲自处置，而这时，熊向晖已被胡宗南保荐去美国留学，并已经到达大洋彼岸；胡宗南为保住自己不被蒋介石痛骂一顿，也只得给这位几近十载的“亲信助手”网开一面。但是，对由西安而北平而沈阳的我们党的地下情报网的其他人员，军统特务们则力争搜捕无遗。对这种突发的危急事态，远在沈阳的葛佩琦等人却全然不知。
在1947年10月10日参加了“国庆纪念会”的当天夜晚，担任“国民党东北行辕政工处第二科科长”的李年同志、掩护地下电台的“沈阳警备司令部新闻处副处长”兼“东北通讯社”社长王书鼐同志、住在王书鼐隔壁的“辽北省长岭县县长”邢国彦同志，同时被国民党军统特务系统的“行辕二处”的人所逮捕。葛佩琦接到了李年的爱人——地下电台译电员何英芬的告急电话，立即作了急速考虑：如果黑名单上也有自己的名字，跑是跑不出去的；如果没有，也不会因为“为朋友说了几句好话”而被捕。“既入虎穴，何必怕虎”？！
第二天，他就打听出了事变的根底：“案子”是北平方面来人办的，行辕二处只是奉命协助；“案由”是共党嫌疑，被捕人员下落尚不可公开。
同时他还得知：从西安来到“东北通讯社”电台的台长，十天前就失踪了。他估计，问题可能出在这个台长身上。
得一位老朋友的帮忙，他与这位老朋友一道去拜会了东北行辕的崔处长。 这位崔处长说，在行辕内部出了共产党的“案子”，陈（诚）代主任很生气。你们过去和李年有交往的人，要特别小心自己的言行。
经过多方努力，葛佩琦终于从一名特务的妻子口中，探听出关押三位被捕同志的地点：沈阳市昆明街八十一号——国民党军统特务在沈阳的秘密监狱。他立即通知三位被捕同志家属，给他们送饭送衣物，从而得知这三位同志都已受到了严刑拷打。
不久，他的那位老朋友告诉他：据西安来人谈，赵耀斌也被捕了，“研究书店”和《新秦日报》被搜查了。同时说，他已向军统特务中等头目、沈阳市督察处处长打听过了，北平来人办了“案子”就回去了，看来不至于再扩大。督察处长知道你是程潜将军的老部下，不会因为你与李年有过来往就怀疑你。葛佩琦这才明白自己的真实身份还没有被暴露，决心留下继续为党做出新奉献。
但是地下组织和电台都被破坏了，所获新的情报统统发不出去。1948年1月中旬得知，李年等蒙难的同志，都被国民党用飞机押送到南京。到了南京，李年还给他的妻子何英芬来了信。这表明这三位同志只被当做一般的“嫌疑犯”，而且经受住了生死考验，不禁为他们庆幸！
其时我们的党在东北，已经三分天下有其二，沈阳的解放指日可待。葛佩琦利用“国民党中央宣传部东北通讯处处长”的身份做掩护，继续坚守在沈阳孤军作战：
——东北大学的几名进步学生被逮捕，他以“国民党中央宣传部东北通讯处处长”身份，把他们全都救了出来；
——他以山东同乡会理事的身份，公开向同乡中的大户募捐，救济失业同乡，并暗地动员生活困难的同乡去解放区参加大生产；
——他又以“国民党中央宣传部东北通讯处处长”名义，多次召集沈阳各报的进步记者、编辑开会，要他们揭露国民党统治区的社会黑暗和抓壮丁、拉民夫、抢征农民粮食等苛政……
在这些孤军战斗的过程中，李年的妻子何英芬带着孩子去南京营救李年，邢国彦的妻子生了孩子后去北平，接着王书鼐的妻子也去了北平与家人聚会，葛佩琦都一一帮助她们买了非常难买的飞机票和托运行李，给予精神鼓励和物质援助。
孤军战到1948年10月，葛佩琦终于迎来了可以亮明自己本是一名铁骨铮铮的共产党人的曙光：10月16日，东北解放军攻克锦州，全歼国民党东北“剿总”副总司令范汉杰及第六兵团司令卢泉以下十余万人；10月29日，在黑山、大虎山地带，又全歼国民党第九兵团司令廖耀湘部十余万人；长春守敌也起义的起义，投降的投降。
11月2日，沈阳解放。葛佩琦怀着无比兴奋的激情去寻找党的领导机关，面无愧色地回到党的怀抱。因为深入虎穴多少年一直对党的耿耿忠心，是苍天可鉴的。
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的苍天可鉴：他成了“党外人士”
沈阳解放伊始，党的领导机关尚未公开，他只能去沈阳市政府询问。接待人员问他有没有地下组织的介绍信。他实话实说，地下组织被敌人破坏了，他随之得到了这样的回答：没有地下组织或党员介绍信，不能接组织关系。
没法，他只得先回北平。火车不通，他只得坐马车。经受了六天刺骨寒风的吹拂，进入了“天下第一关”。这时候的东北大地和“天下第一关”均红旗飘飘，他觉得这些红旗上也有他葛佩琦的一滴血，对在沈阳没有接上关系并没有往心里去。他进了山海关步行到唐山，搭火车到了北平。
北平和平解放，辽沈、淮海、平津三大战役胜利结束。南京的国民党政府慌乱得一团糟。南京法院对关押在南京监狱中的“共党嫌疑犯”李年、王书鼐、邢国彦三人“因证据不足，宣告无罪释放”。1949年3月中旬，他们三人回到了北平。但他们与葛佩琦只有共同工作上的关系，而在组织上与葛佩琦单线联系的赵耀斌却没有回来，且情况不明，葛佩琦仍然没法接上组织关系。
4月初，他偶然在全国总工会碰见了分别近十载的入党介绍人刘子久。刘子久说，接组织关系，须经党的组织部门，便介绍他去中共中央华北局组织部。组织部的一位刘同志对葛佩琦说，这是历史遗留问题，应该解决，并拿出信纸和信封，要他给能够证明他的组织关系和工作关系的人写信。他当即分别给刘子久、李年、邢国彦写了信，交给了刘同志，刘同志要他过一段时间再去看结果。
4月中旬，葛佩琦再去华北局组织部。这位刘同志说，根据调查到的材料，只能证明他入过党，做过地下工作，但因找不到你的单线联系人赵耀斌，组织关系还不能恢复。葛佩琦要求先安置工作，刘同志说：虽然他入党十多年，但由于长期做地下工作，对党的方针政策不很熟悉，工作起来有困难，遂介绍他去华北联合大学政治研究所学习一个时期，然后再分配工作，同时继续调查处理他的组织关系。
到了华北联大政治研究所，他才明白他已成了“党外人士”：因为四五百名学员几乎都是从北京各大学来的教授、副教授、讲师和一部分社会名流，清一色的党外人士。《社会发展史纲要》、《国家与革命》、《评艾奇逊的白皮书》、《别了，司徒雷登》等等，学了半年，和后来他和监狱中人们之集体所学，除了“老三篇”和《毛主席语录》之外，几乎完全一样。
毛泽东首登天安门以其洪亮的湖南腔宣布“中华人民共和国中央人民政府成立了”之后，华北大学改称中国人民大学。过去和葛佩琦一道做地下工作的同志，大多被分配到情报总署。一位领导也要他到那里去。可是他却书生气十足，自以为是地觉得革命战争已大获全胜，再也不需要那么多情报人员了。早被批判过的少年时代“科学救国”的理念，在新的“理论指导”下复又萌动起来：只讲科学不讲革命，固然不能救国；但只讲革命不讲科学，像我们这种贫穷落后的国家也难以富强。他遂把“科学救国”改为“救国不忘科学”。
所以作如是想，是因为他当年一心要“科学救国”，才投考了北京大学物理系，并在接连不断的学生运动中以优异成绩毕了业。在沈阳频频向地下组织报送重大机密情报的过程中，还忙中偷闲地到沈阳医学院（解放后改称沈阳医科大学）教物理。现在他自认为留在人民大学教物理，是实实在在的顺理成章。虽然只给他工业经济系讲师和理化教研室物理小组长头衔，他照样忙得不亦乐乎。
他一面教课，一面编写了《物理学讲义》、写了《〈实践论〉对于自然科学工作者的启示》的论文，编写出版了《电磁感应》和《自然常识问题解答》两本书。鉴于美国率先造出原子弹、苏联首先建成原子能发电站，而我们的国家除了钱三强等老一辈物理学家在国外做过核分裂实验外，国内尚无这方面的专门实验室，致力于核物理学研究的人也不多，遂结合自己的煤炭部等单位作的“和平利用原子能”的报告，写了介绍核物理学常识的文章，并出版了《原子核常识问题解答》一书。他认为在没有枪炮声的静谧书斋中这样夜以继日地呕心沥血，与往昔之“深入虎穴”脑袋拴在裤腰带上一样，都是为自己的党和国家，为了人民的未来。
但是，这只是“剃头挑子”一头热，他还是一名“党外人士”。从1951年2月起，他几乎每个月都要挤出点时间去见党总支书记一次，要求调查恢复他的组织关系。得到的回答是“老三句”：你的问题时间长了，问题复杂，不好解决。他还直接给学校党委写过三次申诉信，并把华北局经过“函调”、确认他入过党做过地下工作的材料转给了学校党委，但他始终没有得到确切的回答，这不免使他很寒心。
寒心中也不免有点后悔：后悔全国解放之初，没有接受老同学罗竹风的劝留。他与罗竹风，从中学到大学都是同学，两个人的爱人也是中学到大学的同学。1949年6月2日，国民党在山东的最后一个据点青岛解放后，罗竹风是接管山东大学的军代表。当年暑假，葛佩琦夫妇到青岛与罗竹风重逢，罗竹风劝他留在山东大学物理系任教，葛佩琦夫人朱秀玲有点心动，认为都是老同学，容易相处。但葛佩琦为了急切找到组织关系，执意要回北平。结果，却寒心又寒心！如果留在山东大学，有担任军代表说了话算数的老同学鼎力相助，也许早就回到党的怀抱了！
但是，懊悔顶何用！？太晚了！！
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的苍天可鉴：他成了“党的敌人”
1957年春，“知无不言，言无不尽；言者无罪，闻者足戒”的整风运动热浪滔滔。中国人民大学党委接连两次给葛佩琦送来书面通知，要他参加“党外人士座谈会”。葛佩琦觉得他本是一个名副其实的共产党员，只是由于地下组织被破坏，单线领导人被捕而断了组织关系，党委对自己的一再申诉似乎无动于衷，凭什么要把自己列为“党