为了发展抗日民族统一战线，葛佩琦和另两位执委受同学会的委派，举着《平津同学会上政府意见书》，先后往访了国民党中央政治委员会主席汪精卫、中央党部秘书长叶楚伦、中央宣传部长邵力子、教育部长王世杰、军委会第六部（民选部）部长陈立夫等党政要人，要求国民党中央政府分配平津流亡学生上前线参加抗日救亡。同时他们访问了沈钧儒、张申府等社会名流和进步人士，得到了他们的同情与支持。
八路军南京办事处成立，中共中央书记处书记博古作为中共代表进驻南京。先期到达南京、并在平津同学会中建立了党的组织的中共原北平市西城区地下区委书记李华，与同学会中的蒋南翔会见了博古，博古指派李华成立中共南京市委并担任书记。葛佩琦与平津同学遂在党的直接领导下做了大量抗战救亡工作。他们组织战地救护队去正在激战的上海昆山一线，把大批无人抢救的伤兵抬下火线，送到后方医院；他们组织了宣传团，鼓舞南京人民的抗敌热情，并和南京的许多大学、中学的爱国学生共同进行抗日救亡活动；同时成立了迎送小组，在短短三四个月内，把南北各地流亡到南京的学生，输送到抗日部队、延安或大后方的，就达万人以上。
9月中旬，国民党政府让教育部出面，以沦陷区的一些高等院校已在湖南、陕西成立了临时联合大学为借口，要求平津同学会自动解散。南京宪兵司令部也借口“维护首都治安”，多次派人催逼同学会停止活动。为克服这一危机，葛佩琦遵照学生会负责人传达的博古的指示精神，与学生会的另一名执委见了南京政府教育部高教司司长周炳琳，要求举办“战地服务训练班”为前线培训战地服务人才。
这一要求得以实现。9月底，一部分同学去了战训班，大部分同学仍留在同学会。10月8日晚，市委书记李华正在同学会参加同学会的执委会议，突然冲进来大批全副武装的宪兵，将葛佩琦和蒋南翔等五人以“滋事学生”的罪名，关进南京警备司令部监狱。他们向警备司令部提出强烈质问：我们爱国抗日，你们为什么要逮捕我们？
关到第七天，警备司令部只得用大汽车，把他们送到位于南京建邺路原国民党中央政治学校旧址的“南京青年战地服务训练班”，与平津的许多老同学相聚在一起。
战训班主任是陈立夫。它成立之初，中共南京市委就派地下党员顾大椿等人，以学员身份进入并建立了党支部，领导有组织联系的二十多名地下党员和二百多名民先队员，团结广大进步同学，与训练班当局的班内搞的一系列反动活动，进行了一次又一次机智果敢的斗争，并都取得了胜利。
上海沦陷，南京告急。战训班由南京撤向芜湖、南陵、青阳、贵池……直至景德镇。在大家的一再要求下，战训班当局以“行军耽误了训练计划”为口实不让毕业的阴谋又遭失败。
1938年1月上旬，葛佩琦等一百多名已获毕业证书的男学员被调往武汉，等候分配。他们立即与八路军武汉办事处秘密取得了联系，向已是中共长江局负责人的博古汇报了战训班斗争的情况，并研究了下一步如何走。当战训班副主任黄仲翔要分配他们去河南第一战区工作的时候，葛佩琦立即去找先期到达武汉的蒋南翔，要求解决党的组织关系。蒋南翔说：你还是随着大队去河南，到时候会有人找你。
1938年2月15日，正是元宵节，葛佩琦等一百人到达第一战区司令长官部的所在地郑州，当时担任第一战区司令长官部政治部主任的李世璋，是中共地下党员。得到李世璋的大力举荐，这批战训班学员被司令长官兼河南省主席程潜分别委派为民运指导员。葛佩琦与中共地下党员王振鸿、刘野亮等四十人，主动要求去接近前线的豫东商丘地区的十二个县，组织民众抗日自卫队，聚集抗日力量，保卫战区安全，支援徐州会战。离郑州前，中共河南省委委员、八路军驻开封办事处主任刘子久找葛佩琦谈了话，要他有事直接找他联系，到豫东的主要任务是抓武装。
葛佩琦等人到了商丘地区各县，国民党的县长和县党部书记长们借口地方武装已由联保主任们组成了联防队（限制共产党活动的一种组织），无需再组织民众抗日自卫队，反对民运指导员们抓武装；甚至长官部规定的民运指导员们每人每月由地方财政支付的二十元生活费，他们也借口财政困难而拖延支付。葛佩琦等人立即向程潜汇报。程潜为此特别召开了各县民运指导员、县长、县党部书记长参加的开封会议，要各县将民运工作放在第一位；若有妨碍民运工作者，必将予以严肃查处。会后，程潜以河南省主席名义，撤掉了商丘地区阻挠民运工作的六名县长，并批准了葛佩琦等人推荐的新县长，才打开了那一带“民运”工作的新局面。
1938年春天台儿庄大战之后，又发生了徐州大会战。5月24日，国民党部队自徐州败退，苏北、豫东的主要城镇也随之陷入敌手。程潜的长官部也从郑州撤至洛阳。派在豫东的四十名民运指导员中的三十九人，随着军队撤到黄泛区以西，只有葛佩琦一人仍留在商丘地区。
商丘地区的国民党党务专员和各县县党部书记长，也都已无令而逃。葛佩琦主动联合商丘地区民运专员宋克宾等人，发动各县民众抗日自卫队开展游击战，成立了豫东抗日游击司令部，宋克宾任司令，葛佩琦任政训处长。短短一个多月，就发展为一支五六千人的抗日游击队，为当时黄泛区以东惟一的一支抗日武装，拔除了日寇在陇海线上的几个据点，并收复过两座县城。
6月下旬，这支游击队派秘书李洪（中共地下党员）去洛阳向长官部汇报豫东战况。葛佩琦适时请李洪与中共河南省委取得联系，并向刘子久转达他的入党申请。7月上旬，葛佩琦接到程潜的电报，要他与宋克宾火速赴洛阳面谈。他俩带着几个卫兵越过六十里宽的黄泛区，经周口、漯河、郑州日夜兼程地赶到洛阳，受到了程潜的接见与嘉奖，洛阳各报都报道了豫东的抗战战绩。
一天晚上，李洪陪同当时为中共河南省委委员、豫西特委书记、八路军洛阳办事处主任的刘子久，来到葛佩琦独自住宿的一家旅馆。刘子久向葛佩琦宣布：“组织上已经正式批准你的入党申请。由于你是老民先队员，免除候补期，直接转为正式党员。”葛佩琦顿感周身热血沸腾，为“一二·九”运动以来的最崇高的愿望终得实现而感到无上荣幸。他决心为人类最伟大的事业献出自己的一切！
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的身在“曹营”心在“汉”，万死而不辞（上）
离开洛阳前，刘子久给葛佩琦交代了任务：做好宋克宾和官兵们的统战工作，为新四军彭雪枫支队进驻豫东、建立抗日根据地创造条件。他并写了一封介绍信，要葛佩琦面交彭雪枫。
1938年冬，彭雪枫率部到达豫东，宋克宾等人不但表示欢迎，还送了几百套棉军衣给彭支队战士们御寒。葛佩琦单独与彭雪枫见了面，转交了刘子久的信，汇报了豫东的抗战活动和敌我情势。彭雪枫对葛佩琦的工作大加赞赏，要葛佩琦有事直接与他联系。
1939年春，彭雪枫支队在永城县境与日寇作战，牺牲了几位战士。葛佩琦代表豫东专员公署和保安司令部前往参加了追悼会。会后，彭雪枫约葛佩琦单独谈了话。这时，宋克宾的部队又扩大到一万五千多人，下分三个纵队。葛佩琦说，自己已经是一个共产党员了，老穿着国民党的军官服，觉得很不舒服，要求到自己的党的部队中去工作。彭雪枫大笑。他劝慰葛佩琦说：为了发展抗日统一战线，你继续留在宋克宾那里为党工作，比调去新四军会起更大的作用。
葛佩琦这才下了决心在国民党部队继续干下去，除非党组织有了新的派遣。
这时，程潜调任国民党军事委员会委员长天水行营主任，由洛阳到了西安。第一战区司令长官兼河南省主席由卫立煌接任。卫立煌撤了宋克宾的豫东专员兼保安司令的职，但宋克宾没有交出原来由葛佩琦帮助扩建的豫东抗日游击队。后来在程潜的支持下，这支部队改编为下辖三个师的国民党暂编第二军，宋克宾为军长，葛佩琦为政治部主任，调河北省抗日。
在河北大名、南宫之间，这支部队与扫荡的日寇频频发生战斗。由于人生地不熟，武器装备又极为悬殊，部队损失惨重，军心颇为动荡，绝大部分官兵都主张返回豫东老家。葛佩琦坚决反对。因为原来的防区已被河南省保安队接收，豫东陇海沿线又被汉奸张岚峰部队所控制，一时难有立足之地。可是宋克宾却说，张岚峰也是豫东同乡，又在西北军中共过事，不至于不给碗饭吃。
葛佩琦预感宋克宾等人有率部当汉奸的危险，想到自己是一名共产党员，绝不能被他们裹挟而去当汉奸，遂连夜只身潜出围塞，历数昼夜，越过日寇铁路封锁线，奔向彭雪枫部队原驻地永城县书案店。到了书案店，才知彭雪枫已率部东进，吴芝圃副司令还在附近一个村庄，当晚也将出发，葛佩琦立即向吴芝圃汇报了宋克宾部队的险象，并问是否可以再由他自己去把宋部的部分部队拉到永城，与新四军合作抗战。吴芝圃说，这不符合抗日统战政策，要葛佩琦尽快去西安向程潜报告，力挽宋部不当汉奸，并说，如果宋部真的投靠了敌人，你就利用程潜的关系留在天水行营，长期埋伏，等待党的新指示。
葛佩琦与吴芝圃分了手，经多日迂回跋涉到了洛阳。他想向刘子久汇报党的工作，可是没有找到刘子久；他想乘火车直奔西安，但这一带的铁路已遭黄河北岸日寇炮火破坏。他只得时而骑自行车，时而推车步行。他好不容易地到了西安，程潜闻知，立即召见。程潜说：“前方来电话宋克宾已率部叛国投敌。那个部队是你当民运指导员时组织起来的，你能不能把那个部队再拉回来？”葛佩琦说：能！程潜让他去参谋处看看有关策反的文件，听候命令。
1939年8月中旬，程潜派葛佩琦为“天水行营豫东特派员”，主要任务就是策反汉奸部队反正，并给他派了三名联络参谋和一个通信班及电台。
9月初，他们到达黄泛区以北的鹿邑县秋渠集，葛佩琦分别派遣三名参谋潜入敌占区开封、商丘、徐州，他本人也化装潜入商丘，侦察到宋克宾部队已被改编为“和平救国军第一军第三师”，宋为师长，驻商丘以东三十华里的马牧集。他同时还侦察到，他当年扩编的游击第六支队袁天柱部，也已投敌被编为“和平救国军第一军独立团”，驻商丘以南的马头集。经数月周密策划，袁天柱部于1940年2月率先反正。
接着，葛佩琦又与宋克宾的部队取得了联系。他们也答应反正。他立即把这一情况报告了天水行营。程潜复电说：及早发动，有功者奖。不久，程潜又来电说：策反工作可与何柱国军长合作进行，已另给何军长去电知照。
何柱国是豫东前线国民党骑兵第二军军长。葛佩琦知道，他正在策动“和平救国军第一军”另两个师的反正。葛佩琦仍一门心思地想把宋克宾部队拉到彭雪枫那边去，以壮大自己党的武装力量。他专程赶赴洛阳，找到了刘子久，汇报了这一新的重要军情。刘子久说：你与何柱国的这一密切合作，符合抗日统战政策，有利于抗战；你若把宋克宾部队拉到新四军去，恐怕难以成功。
这样，葛佩琦才与何柱国紧密协作。1940年10月下旬，由何柱国的骑兵接应，三个伪军师同时反正成功，被合编为国民党新七军，削弱了在豫东的蚕食力量。
当年冬，程潜被调往重庆，天水行营改称国民党军委会西安办公厅，熊斌、蒋鼎文相继担任办公厅主任。葛佩琦以“参议”名义，继续埋首于此，听候党的指示。
1941年夏，西安办公厅、黄河水利委员会、第一战区和第五战区长官司令部、河南与安徽两个省政府的代表，组成了黄泛区勘察团，调查黄泛区民情。水利委员会的代表为主任，葛佩琦担任副主任。他们的木船时而在漂晃的高粱穗梢上前进，时而在水漫屋檐的街道中穿行；安徽淮河边上的著名城镇正阳关，也成了洪水四围的“海中龙宫”；木船从西门开进，停在一家旅店前。
经数月勘察，深入了解黄泛区的灾情和政治、经济、军事情况后，他们在报告中建议由国家拨款，以工代赈，在�