由于全天参加了游行示威，本当9日下午当众开票宣布北京大学学生会的选举结果，改在10日上午宣布。葛佩琦被选为学生会执委会委员。接着，朱穆之（当时叫朱仲龙）、韩天石等三人被选为学生会总务、副总务（即主席、副主席）。
也由于有了这一整天的示威游行，原定这一天成立的“冀察政务委员会”泡了汤。
冀察当局召集各大学的校长开会，要他们“劝导学生安心上课”，不要再上街“乱喊口号”。有些校长回校后在学生面前声泪俱下地说：“你们再去游行，学校就难保了！你们应当爱护学校！”有的学生当场站起来反驳说：“校长，我们爱学校，但是更爱国家！”
12月14日，北平报纸报道，冀察政务委员会改在12月16日举行成立典礼。北平市学联立即决定，在16日举行更大规模的示威游行。
16日凌晨，位于沙滩的北京大学的所有学生宿舍，都遭到国民党武装军警的紧紧包围，住在北大西斋宿舍的葛佩琦，率领西斋的同学向门外冲击时，与身后举大旗的两位同学立即被军警逮捕，并遭到十多个侦缉队员的拳打脚踢。然后被押到附近银闸胡同的警察署，拴在木柱上。接着沙滩大街上响起接连不断的口号声和歌唱声。北大同学终于全部冲了出来。
上午十点多钟，一个留着八字胡的警官开始“过堂”。他问葛佩琦：“你们这些受共产党蛊惑的学生，闹腾什么？……难道你们还要造反吗？”
葛佩琦回答：“是，我们是要造反。我们要造日本帝国主义的反，要造汉奸卖国贼的反！”
“不要胡说！谁是汉奸卖国贼？敦睦邻邦，谋求和平，是党国的大政方针，你竟敢在公堂上发表抗日言论……”
“镇压抗日救亡运动者就是汉奸，以国土睦邻者就是卖国贼……”
“你胡说啥？给我跪下来！”
“只有汉奸卖国贼，才会向帝国主义屈膝投降。我是抗日救亡的爱国青年，宁愿站着死，不可跪着生！”
“把他拉下去，给他戴上手铐，送市警察局！”
在市警察局，葛佩琦与各校被捕的同学继续坚持不屈，齐唱救亡歌曲。数日后，都被各个学校当局保释出狱。
1936年1月，平津学生组成了南下扩大宣传团，传播抗日救亡火种。葛佩琦与北京大学学生会的几位执行委员在后方募集捐款，支援南下同学。但是，到达涿州附近高碑店的第三团和到达保定的第一团与第二团，先后被国民党军警特务和河北省政府勒令解散回北平。为了保存这一支支抗日救亡力量，第三团团长、中共地下党员蒋南翔建议成立“中国青年救亡先锋团”，获得第三团全体团员的拥护。第一团和第二团成立的组织叫做“民族解放先锋队”，推举一团团长、中共地下党员韩天石等九人为筹备委员。他们全都返回北平后，经中共地下党组织的同意，将这两个组织合并为“中华民族解放先锋队”（简称“民先队”），作为中国共产党的青年外围组织。葛佩琦立即参加了民先队。
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的“民先”“民先”更得打先锋
就在他参加“民先”的这个月——1936年2月，在南京的国民党政府颁布了“维持治安紧急办法”，北平市当局更加起劲地镇压学生的抗日救亡活动，许多学校的学生被逮捕或被开除。单是天安门外河北省立第十七中学（又称河北高中）在一天之内，就开除了学生运动积极分子康世恩等十人。在校学生要求校长收回成命。高二、高三班同学六十人激于义愤，和康世恩等被开除的同学一起离开学校，流落街头。葛佩琦与北大学生会的两位执行委员代表北大学生会，让他们投宿于北大三院学生宿舍，给予热情慰问。
2月13日，北平各学校的学生代表三百余人，护送康世恩等人返回河北十七中学。校门紧闭，无人接纳。学生们越墙而入。学校校长带来军警特务，将高二丙班学生郭清五花大绑投入监狱，严刑拷打。3月9日，郭清被折磨致死。消息传出，北平许多学校的学生都怒火填膺。北平学联党团决定，3月31日上午九时在北京大学三院大礼堂，召开追悼郭清烈士大会。30日深夜，葛佩琦和北大学生会的几名执行委员连夜把这一决定，秘密通知了北大进步同学。
3月31日上午九时左右，聚集在北大三院大礼堂的各校学生代表一千多人正要召开追悼会，北大校长蒋梦麟到场勒令停止开会。同学们置之不理，追悼会继续进行。北大救国会主席韩天石致词后宣读了祭文，天津学联、民先总队、北平妇女救国会的代表相继发言。大会决议要求释放被捕学生，不再发生这类事件；停止内战，对日抗战。
这时，北大三院的大门已被军警特务封锁。参加追悼会的同学更加悲愤难忍，决定“抬棺游行”。但他们遭到军警的镇压，结果，五十多位同学被捕，其中有女生十七人，还有一位跟着采访的新闻记者，另有更多的同学被打伤。
当天上午，北京大学当局贴出两张布告：一是“本届学生会立即停止一切活动”；一是将追悼会主持人之一的韩天石等四位同学开除学籍，理由是“破坏秩序，危害全校安宁”。
这样，北大学生会一边设法营救被捕同学，同时，要求学校当局收回开除四位同学的成命。4月1日下午，葛佩琦与另一位学生会执行委员刘玉柱，去面见校长蒋梦麟，要求恢复学生会的活动，收回开除四位同学的成命，保释被捕同学。蒋梦麟余怒未息，对所有要求均断然拒绝。
葛佩琦们没有气馁。他们发动被捕、被开除同学所属班系的男女同学，接二连三地向蒋梦麟请愿，大搞“疲劳轰炸”。最后蒋梦麟不得不宣布：“兹念师生感情，尚可尽力帮助。”北京大学被捕的男女同学，相继被保释出狱。其他各校被捕的同学，也先后得到释放。
1936年5月，天津日益增多的日寇，将被迫为他们扩建兵营、构筑军事设施的大批中国工人秘密处死。葛佩琦也亲眼看到天津海河中漂流着不少浮尸。天津全市的爱国学生举行了声势浩大的“反对日本增兵华北”、“打倒日本帝国主义”的示威游行。
刚刚自动恢复活动的北大学生会，立即率领北大同学响应天津学生的爱国运动。北大当局仍拒不备案。学生会在三院大礼堂召开全校同学大会，又被突然赶来的警察、宪兵所制止。学生们遂转移到三院大操场继续开会，决定将北大学生会改名为“学生救国委员会”。经正式投票选举，葛佩琦被选为二十一名委员之一。
6月13日，葛佩琦与救国委员会的委员们，率领北大同学参加了全北平市学生的示威游行。各路游行大军运用了“头调尾、尾调头”的穿插迂回游击战术，经过七散七聚，避开了沿途军警的拦截，会师于鼓楼广场，召开了市民大会，通过了如下的决议：停止内战，一致对外；武装保卫华北，收复东北失地。
1936年11月，在傅作义的指挥下，绥远抗战爆发。北平市学联发起募捐活动，支援和激励绥远前线将士。葛佩琦也率领北京大学的一支募捐队，到东四至朝阳门一带募捐。他们将募捐所得全部送交北平市学联，市学联购买了钢盔、皮衣、药品等物，送往绥远前线，当月25日，绥远前线将士收复了百灵庙，取得了绥远抗战振奋人心的胜利。
北大学生救国委员会的抗日救亡活动卓有成效，也未能得到学校当局的承认。而当时没有一个合法的学生会，要顺顺当当地开展抗日救亡活动是相当困难的。经过多次力争，学校当局才同意按照当时官方的“高等院校学生自治会组织大纲”重新组织学生会。经过全校各班代表大会的正式选举，陈忠经被选为学生会主席，葛佩琦为副主席，刘玉柱、袁宝华、陆平、胡昭衡、顾大椿等十七人为执行委员。其中除葛佩琦为民先队员外，绝大多数都是中共地下党员。
12月9日，“一二·九”运动一周年。中共北平地下市委决定这一天举行全市学生大游行。市委负责人黄敬、学联负责人高承志和民先队负责人李昌等人组成了游行指挥部。但到了这一天，正碰上段祺瑞的大出殡。为避免与全城戒严的军警发生冲突，李昌建议把“一二·九”一周年的大游行，改在12月12日进行。
12月11日夜晚选出的北大学生自治会，立即对全校进步同学作了总动员。第二天天不亮，葛佩琦等人就率领全校同学参加了全市学生的大规模示威游行：庆祝绥远抗战胜利，支持青岛工人抗日大罢工，要求释放全国救国会领导人沈钧儒等七君子。
几路游行大军在东皇城根会师不久，在东华门大街碰到了“冀察政务委员会”委员长、二十九军军长宋哲元的小汽车。学生们早先接到了中共中央北方局书记刘少奇的指示——对宋哲元只能团结和统战，围着小汽车齐声高呼：“拥护宋哲元将军抗日”，“拥护二十九军保卫冀察”，要求宋哲元下车讲话。宋哲元坐在车里答应：现在兄弟公务在身，下午在景山公园相会。
下午，葛佩琦率领的北大学生队伍首先进入景山公园，然后各学校的队伍五千余人陆续到达。宋哲元虽然失约，仍派北平市长秦德纯代表他和大家见面。他表示愿意抗日，接受了大会主席团的几项抗日救亡的要求。对要求释放被捕学生，他说“今天就办”。当学生队伍气势雄壮地走出公园大门时，全副武装站岗的士兵向学生队伍规规正正地敬礼。
1937年6月，葛佩琦从北大物理系毕业，获学士学位。山东省教育厅请他去省立第五中学教物理，他没有去。他首先想到的是国家民族的命运：如果抗战爆发，就响应党的召唤，奔赴前线；如果一时中日不交战，就争取出国留学深造，多学点本领总是有用武之地的。
6月28日，北大、清华等许多院校的学生，在西山举办军事夏令营。葛佩琦虽在城内一所中学兼课，未能全部参加，但在老红军袁义烈和军事干部朱则民秘密前往夏令营讲授游击战时，他也专程前去聆听。这次学到的点滴军事常识，居然对他抗战初期组织游击队发挥了大作用。
“七·七”抗战爆发的第二天，北大学生会就组织了多支慰劳队，赶赴卢沟桥和城内伤兵医院慰劳伤员。其中一支慰劳队由葛佩琦率领，慰问了东直门陆军总医院的伤员。伤员们备受感动。有的尽管头上裹的纱布血迹斑斑，有的腿上打着石膏，也纷纷表示争取早日伤愈，重回前线。
第二天，葛佩琦参加了北京大学和北平大学医学院的学生组成的战地联合救护队，到战地救护伤兵。抬进城内的伤兵无处收容，他们就把北大三院改为伤兵医院，医药、设备、经费，一切的一切，全靠自力。葛佩琦代表学生会去见了北大秘书长郑天挺，郑先生表示学校的东西都可以用，煤水电全由学校负担。他们陆续抢救了数以百计的伤员。
7月28日夜，二十九军全线撤退，北平沦陷。在日寇正规军尚未进城时，葛佩琦和他的同学们仍在继续抢救伤员，并把他们转移到安全地区。8月7日，他才和朱穆之、刘江陵等人告别北平，奔向抗日征程。
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的步步走向奉献终身的大门
1937年8月上旬，葛佩琦与先后到达天津的五百多位北平学生，乘一艘英国轮船去上海。船到塘沽，上海爆发了“八·一三”抗战，心中打鼓的英国船长想调转船头。葛佩琦与刘江陵等人被全船学生推举组成了航行指挥部，向英国船长提出严正警告：如果你执意要把轮船开回天津，把我们送给已经全部占领了天津的日本强盗手中，我们就把你扔进大海。这位船长只得答应将船开到烟台。
船到烟台，上岸步行。男女同学三百人在掖县沙河镇作了三天的抗日宣传，葛佩琦没有一睹近在咫尺的平度县家门。
在济南，民先队的领导同志李昌等人根据党的指示开会决定，将汇集于济南的大批平津学生一分为三：一部分由李昌率领去太原支援山西抗战；林一山、刘居英、孙传文等一部分人适合留在山东就地开展抗日活动；大部分人由蒋南翔等人率领，南下开展救亡。葛佩琦与南下同学到了南京；并被推选为“平津流亡同学会”的执行委员之一。这些执行委员，绝大多数都是中国共产党员和民先队员。
为了发展抗日民族统一战线，葛佩琦和另两位执委受同学会的委派，举着《平津同学会上政�